Madoka Kaname, una estudiante de octavo grado que vive una vida tan tranquila, tiene una familia amorosa y mejores amigos. Ella se ríe y llora de vez en cuando. Una noche tiene un sueño extraño. Se suponía que era un día de rutina habitual, pero la llegada de Homura Akemi, un estudiante transferido que vino a la clase de Madoka, cambió eso.

Mientras rescatan a Kyubey de ser atacado por Homura, Madoka y Sayaka se pierden en un espacio misterioso. Se encuentran en una situación desesperada y son rescatados por Mami Tomoe, una chica mágica. Luego, Mami los invita a su habitación.

Madoka y Sayaka se están acostumbrando a la prueba de caza de brujas de Mami. Sin embargo, sus deseos permanecen indecisos. Mami revela su pasado a las ansiosas dos chicas. Sayaka pregunta: "¿Mi deseo tiene que ser para mí?"

El día después de la feroz batalla entre Mami y la bruja fue un día pacífico normal. Después de lo que presenciaron, Madoka y Sayaka se dan cuenta de las demandas de involucrarse en el mundo mágico y dejan de convertirse en chicas mágicas.

Como una chica mágica, Sayaka rescata a Madoka y Hitomi de una bruja. Ahora que su deseo se ha hecho realidad al firmar el contrato de Kyubey, su mente está clara y no parece arrepentirse de haberse convertido en una chica mágica.

Homura aparece de repente en el campo de batalla de Sayaka y Kyoko. Ella interviene y deja inconsciente a Sayaka con un solo golpe. Después de ver esto, Kyoko está en guardia contra Homura, y se va, poniendo fin a la batalla.

Sayaka descubre la verdad sobre su propio cuerpo como una chica mágica. Ella vacila entre el deseo que se hizo realidad al aceptar el destino de luchar y el alto precio que pagó por ello. Sayaka está deprimida en casa cuando aparece Kyoko Sakura.

A pesar de su propia herida, Sayaka sigue destrozando a la bruja frente a ella. Gracias a la magia curativa, gana sin un rasguño al final. Pero parece extremadamente agotada.

La gema del alma de Sayaka se convierte en una semilla de dolor de color negro azabache, que eclosiona y emerge una nueva bruja. Llevando el cuerpo de Sayaka, Kyoko se enfoca en defenderse de los ataques de la bruja que se acerca. Homura se adentra en el laberinto de la bruja y lleva a Kyoko a escapar.

El funeral de Sayaka se llevó a cabo bajo la lluvia. Madoka regresa a casa con los ojos vacíos. Apenas le dice nada a Junko, quien la recibió en la puerta principal y entró en su habitación. Kyubey aparece frente a Madoka, que está perdida en su dolor, sola.

Homura desafía sola a la noche de Walpurgis y resulta gravemente herido. Ella se desespera porque no puede ganar sin importar cuántas veces lo intente. Sus acciones hacen que Madoka sufra aún más y se desanima. Su Gema del Ama comienza a volverse negra.