Emma garde un œil sur M. Gold après que la maison de ce dernier a été cambriolée, au cas où celui-ci tenterait de faire justice lui-même. Pendant ce temps, Mary Margaret, Ruby et Ashley se préparent pour une soirée entre filles pour la Saint-Valentin. Dans le monde féerique, Belle sacrifie sa liberté en échange de la paix pour son village après une guerre contre les ogres. De retour à Storybrooke, davantage de mystères apparaissent autour de Regina.

Emma et Regina font équipe afin de trouver un moyen de sauver la vie d'Henry. Pendant ce temps, dans le pays des contes de fée, le Prince Charmant tente d'échapper aux griffes de la Méchante Reine afin de retrouver Blanche Neige qui, à son insu, a déjà croqué dans la pomme empoisonnée de la Reine.

Kidnappé et conduit à Storybrooke par Cora, le Géant déchaîne sa vengeance sur la ville quand un cas d'identité erronée le conduit à essayer de régler un vieux compte avec David.

Mr Gold, accompagné d'Emma et Henry, tente de quitter Storybrooke, espérant conserver sa mémoire intacte quand il dépasse la frontière de la ville. Il veut aller à l'aéroport à la recherche de son fils Bae.

Greg interroge Belle sur ce qu'elle a vu la nuit de son accident de voiture. Parallèlement, dans le monde des contes de fée, contre la volonté de ses frères, Anton, le Géant, descend du haricot magique et essaie de se lier d'amitié avec certains humains dont les intentions pourraient ne pas être très nobles.

Mr Gold demande l'aide de David pour essayer de débloquer les souvenirs maudits de Belle et la faire tomber amoureuse de lui de nouveau. Quand il est révélé que les haricots magiques qu'Anton et les nains ont collectés ont commencé à pousser et pourraient potentiellement transporter tout le monde chez eux, Emma est tiraillée entre vivre dans le monde des contes de fée ou rester dans notre monde.

Parallèlement, dans le monde des contes de fée, Rumplestiltskin force Belle à l'accompagner dans une chasse pour tuer un voleur qu'il avait libéré au nom de la miséricorde.

La grossesse de Zelena complique les choses pour Regina, qui décide de ramener sa sœur à Storybrooke et de l'enfermer en attendant de trouver une solution. Maléfique retrouve ainsi sa fille Lily, mais alors que la jeune femme veut sa revanche, Maléfique semble trop heureuse d'avoir retrouvé son enfant qu'elle a abandonné toute volonté de se venger. Lily refuse d'accepter ce revirement et essaie de quitter la ville. Regina profite que la jeune femme est seule pour prendre de son sang, qui contient la noirceur destinée à Emma, nécessaire pour enchanter l'encre de l'Auteur. Mais la blessure réveille le dragon en Lily, qui devient incontrôlable. Maléfique, Blanche et David la retrouvent et en essayant de la maîtriser, Blanche est blessée. Emma arrive, guérit sa mère et finit par se réconcilier. De leurs côtés, Maléfique et Lily, redevenue humaine, s'expliquent sur leurs déceptions et décident d'aller de l'avant ensemble. Regina trouve la vengeance idéale pour Zelena en demandant à l'Auteur de l'effacer de l'Histoire, mais quand Zelena compare Regina à leur mère Cora, Regina finit par renoncer, retrouver Robin et abandonner Zelena à son sort. L'Auteur refuse cet état de fait et fuit vers Rumplestiltskin, mal en point à cause de son cœur, et commence à écrire pour lui une histoire où les méchants auraient leur fin heureuse.

Après être devenue la Ténébreuse, Emma disparaît dans la Forêt Enchantée, ne laissant que la dague derrière elle, maintenant marquée de son nom. Sa famille est décidée à la ramener, mais avant, ils auront besoin de l'aide d'une personne inattendue.

Dans le passé, Merlin libère Lancelot et Merida des geôles de Camelot avant de partir avec Belle, James et Crochet. Belle montrant un certain talent pour comprendre la magie, Merida décide de l’enlever pour ses plans : utiliser le chaudron de la sorcière qui l’a aidée autrefois afin de trouver le moyen de garder le trône hérité de son père, le roi Fergus.

Trois semaines avant le retour à Storybrooke, Emma a en sa possession la flamme de Prométhée et la dague. Il ne lui manque que le reste de l’épée pour reforger Excalibur, et Merlin lui révèle qu'il est piégé : Arthur exige d'avoir la flamme et la dague sinon il forcera Merlin à tuer ses parents et Crochet. Le sorcier l'implore d'accepter et de ne pas suivre la voie qu'a prise Nimue.

À Storybrooke, Crochet réalise à nouveau qu'il est le Ténébreux devant une Zelena ravie et une Emma médusée. Afin de la retarder, Crochet prend une partie de ses souvenirs et bloque sa magie.

Ashley est à la recherche de sa belle famille pour régler leurs histoires et Emma, Hook et Henry lui viennent en aide avant qu'il ne soit trop tard. Pendant ce temps, Regina fait du chantage à Hyde. Margaret aide le docteur Jekyll à trouver un laboratoire pour ses recherches et David passe un marché avec Gold pour avoir des informations sur son père...

M. Gold et Belle convainquent Emma d'aider Gideon, expliquant qu'ils peuvent ensemble arrêter la Fée Noire. Henry ressent un changement troublant dans ses pouvoirs, poussant Regina à chercher conseil auprès du précédent Auteur. Pendant ce temps, au Royaume enchanté, Crochet tente de gagner l'aide d'un vieil adversaire en pariant sa plus précieuse possession dans une partie de cartes. Dans le passé, la Fée Noire torture le jeune Gideon dans l'espoir d'en faire le parfait apprenti.

Henry se réveille dans une Storybrooke maudite et découvre qu'Emma a été enfermée à l'asile, tandis que la Fée Noire est devenue maire de la ville. Henry tente d'aider Emma à recouvrer la mémoire alors que Gold cherche à découvrir ce qui est réellement arrivé à Belle.

Pendant ce temps, Blanche-Neige, Charmant, Regina, Zelena et Crochet sont piégés dans un Royaume enchanté au bord de la destruction, essayant de trouver un moyen de rejoindre Emma et Henry.