Scully ma kłopoty ze zdrowiem i trafia do szpitala na obserwację. Pozostawiony sam sobie Doggett angażuje się w śledztwo w sprawie śmierci dwudziestu członków sekty i dwóch agentów FBI. Wygląda na to, iż guru sekty opanował umiejętność oddziaływania na ludzkie umysły skoncentrowaną energią tak zwanego trzeciego oka.

W pokoju hotelowym umiera mężczyzna, który dopiero co wrócił z podróży do Indii. Sekcja zwłok dowodzi istnienia rozległych obrażeń w ciele ofiary, a na dodatek stopień stężenia pośmiertnego sugeruje czas śmierci wcześniejszy, niż by to wynikało z relacji świadków. Scully wysnuwa teorię, że ktoś (lub coś) ukrył się we wnętrzu mężczyzny i potem wydostał na wolność. Kluczem do zagadki wydaje się być 11-letni chłopiec z ubogiej hinduskiej kasty, jeżdżący na wózku inwalidzkim.

Kontynuacja poprzedniego odcinka. Na pogrzebie Muldera spotkali się Doggett, Skinner oraz Scully. Szczególnie dla Scully jest to bolesne przeżycie, ponieważ Kersh chce na zawsze zamknąć Archiwum X. Rybacy u wybrzeży Karoliny Północnej złowili w sieci ciało. W kostnicy topielec ożywa. Okazuje się, że jest to Billy Miles, porwany przez Obcych razem z Mulderem. Skinner i Doggett zabierają zwłoki Muldera do szpitala wojskowego. Okazuje się, że ciało agenta żyje, ale jego mózg znajduje się w stanie rozkładu. Krycek proponuje Skinnerowi szczepionkę dla Muldera, lecz w zamian chce, by Scully nie urodziła dziecka.

Mężczyzna ginie od postrzału na trawniku przed Białym Domem. Przed śmiercią udaje mu się przekazać jednemu z agentów ochrony płytę z napisem: „Fight The Future”. W tym czasie Mulder szybko powraca do zdrowia, ale wciąż pamięta koszmarne doświadczenia, które Obcy przeprowadzali na nim. Scully zabiera go do siebie. Obawia się mu wyznać, że ma już nowego partnera w FBI. Mulder nie będzie zachwycony, gdy odkryje, że ktoś zajął jego miejsce w Archiwum X i nie kryje, że jest wściekły na Doggetta. Tymczasem Absalom ucieka z więzienia.

Kontynuacja poprzedniego odcinka. Wewnątrz FBI rozpoczyna się śledztwo dotyczące nadużywania władzy przez agentów z Archiwum X. Shannon McMahon, która służyła niegdyś z Doggettem wyjawia mu, że jest prototypem super-żołnierza. Prosi go, aby ujawnił śmierć mężczyzn, których zabiła oraz to, czym się zajmowali. Wszystko prowadzi do laboratorium znajdującego się na pokładzie statku marynarki wojennej.

Monica Reyes nie żyje, Doggett postrzelony walczy ze śmiercią. Tak naprawdę jednak wszystko dzieje się w alternatywnej rzeczywistości. Podczas gdy Doggett ledwo żywy egzystuje pod aparaturą, Monica wpada na pomysł, iż mogło dojść do przecięcia się rzeczywistości faktycznej z alternatywną i przypuszczalny zabójca posiadł zdolność przemieszczania się między jednym wymiarem czasowym a drugim.

Scully ma nadzieję na ponowne spotkanie z Mulderem, kiedy pojawia się nieznajomy – Człowiek-Cień, który oferuje nowe informacje dotyczące tego, co skłoniło Muldera do ukrywania się. Jednakże jej zaufanie do obcego może doprowadzić do tego, że Mulder znajdzie się w jeszcze większym niebezpieczeństwie. Slogan epizodu brzmi: „Oni obserwują”.