Scully viene ricoverata in ospedale dopo un attacco causato da una visione del futuro che coinvolge William, il figlio avuto qualche anno prima insieme a Mulder. Mulder si propone di investigare, incrociando inavvertitamente percorsi con ex membri del Consorzio, il signor Y e Erika Price, la cui missione è colonizzare l'universo. Walter Skinner viene avvicinato da Monica Reyes e dall'uomo che fuma, che gli offre protezione contro il virus alieno in suo possesso, ma Skinner sembra interessato solo ad aiutare Mulder e Scully. L'uomo che fuma rivela di aver generato William abbinando il suo DNA a quello alieno, e ingravidando Scully.

Mulder e Scully vengono contattati, attraverso lo smartphone di Mulder, dalla coscienza virtuale di Richard Langly, che fa parte di una simulazione dell'NSA progettata per prendere vita quando i partecipanti muoiono. Langly chiede ai suoi amici di porre termine al programma di simulazione, perché al suo interno le entità sono diventate dei veri e propri schiavi digitali al servizio dell'NSA. Mulder scopre che la responsabile del progetto è Erika Price. Mulder cerca di guadagnare un po 'di tempo con le guardie che sono a protezione del progetto, in modo da permettere a Scully di spegnere i server della simulazione. In seguito i due agenti tornano sul luogo accompagnati da una squadra dell'FBI incaricata di svolgere delle indagini sulla questione, ma non troveranno che delle stanze vuote e nessuna traccia delle apparecchiature. Nel finale, i 2 agenti sono nuovamente contattati dalla coscienza di Langly che li prega di eliminare il backup del programma che l' NSA è riuscito a fare prima che Scully spegnesse i server.

L'episodio si apre ripercorrendo la storia di Jackson Van De Kamp aka William, il figlio di Scully, nato da un esperimento portato avanti dall'uomo che fuma: questo, oltre a tutta una serie di super poteri, possiede la capacità di salvare l'umanità dalla pandemia aliena, di cui Scully ha avuto avvisaglie in sogno. Kersh intima a Skinner di radiare Mulder e Scully, a causa di alcune dichiarazioni rilasciate a Tad O'Malley circa l'epidemia. I 2, in realtà, sono alla ricerca del figlio: sviato da Monica, Mulder arriva ad una base militare in cui è tenuta una navicella aliena. A capo della base vi è Mr. Y, che viene ucciso da Mulder. Rintracciato nuovamente William, Mulder assiste anche all'esplosione dei corpi di Erika Price e dei suoi uomini da parte di William. Skinner e Scully raggiungono Mulder in una fabbrica dove sta inseguendo William che, per non essere raggiunto, si trasforma in Mulder. Skinner uccide Reyes, ma è investito dall'Uomo che fuma rimanendo, apparentemente, anche lui ucciso. L'Uomo che fuma spara a Mulder (William in realtà) che cade in acqua, ma il vero Mulder sopraggiunge e spara a l'Uomo che fuma, uccidendolo. Distrutto per il fatto di aver perso suo figlio, Scully dichiara a Mulder di essere nuovamente incinta, questa volta veramente di Mulder. Nella scena finale si vede William che riappare vivo dalle acque.