Phaeton, nuovo capo dei soldati del Grande Tempio al posto di Gigars, affida a Castalia il compito di eliminare Pegasus, con l'aiuto di Eris, il Cavaliere d'argento della costellazione della Lucertola. Nel frattempo, i Cavalieri dello zodiaco sono venuti a conoscenza dell'identità di Arles, ma Lady Isabel suggerisce loro di non avventarsi subito al Grande Tempio per sconfiggere il Grande Sacerdote e consiglia loro di prendersi alcuni giorni di riposo. Perciò Pegasus si reca a far visita al collegio di Nuova Luxor, dove ha trascorso l'infanzia. Tuttavia, mentre il ragazzo parla con Lamia, un'amica di infanzia, sopraggiunge alla spiaggia di Nuova Luxor Castalia, accompagnata da Eris. Accortosi del fatto che il Cavaliere d'argento è un seguace di Arles, Pegasus affronta Eris, ma Castalia, accortasi dalle prime battute delle scarse possibilità di vittoria dell'allievo, simula la morte del Cavaliere dello zodiaco colpendolo al cuore. Credendo di avere ingannato con successo Eris, la sacerdotessa guerriero abbandona il campo di battaglia, ma il Cavaliere d'argento si accorge del trucco e si decide ad affrontare e sconfiggere personalmente il giovane avversario.

Eris possiede delle tecniche formidabili: le Dita d'Argento sono un attacco micidiale, mentre la sua Barriera d'Argento si rivela essere una difesa impenetrabile. Tuttavia Pegasus, mentre in un primo momento sembrava spacciato, riesce a scoprire il punto debole dell'avversario, ossia la sua eccessiva sicurezza nelle proprie tecniche. Il Cavaliere dello zodiaco riesce prima ad infrangere la Barriera d'Argento con una nuova mossa, la Cometa Lucente, e poi addirittura a respingere le Dita d'Argento. Il Cavaliere d'argento viene infine sconfitto con l'ausilio di un'altra nuova mossa, la Spirale di Pegasus. Ma quando Castalia e altri due Cavalieri d'argento, Asterione dei Cani da Caccia e Moses della Balena, trovano il corpo morto di Eris sulla spiaggia di Nuova Luxor, la verità sull'inganno della sacerdotessa guerriero ai danni del Cavaliere d'argento viene alla luce. Castalia viene sconfitta in battaglia da Moses e viene poi utilizzata come esca per attirare Pegasus: il Cavaliere dello zodiaco accorre immediatamente alla spiaggia ed ingaggia uno scontro con Moses. Questi, durante la battaglia, rivela il grande segreto di Castalia: l'istruttrice di Pegasus è in realtà anche sua sorella Patricia. Incoraggiato dalla notizia che sua sorella è viva e finalmente è stata ritrovata, Pegasus dà fondo a tutte le sue forze e riesce a sconfiggere Moses. Ma ora il Cavaliere dello zodiaco deve concentrare la sua attenzione su Asterione.

Pegasus affronta Asterione, ma il Cavaliere d'argento è in grado di leggere nel pensiero ed anticipa tutte le mosse dell'avversario. Il giovane Cavaliere si trova così in seria difficoltà, ma proprio mentre Asterione è in procinto di sferrare il colpo di grazia al nemico, viene interrotto da Castalia, che salva l'allievo. La sacerdotessa guerriero, impedendo al nemico di leggere nella sua mente, riesce poi a sconfiggere Asterione in battaglia, ma è successivamente costretta a fuggire. Quando Cristal raggiunge la spiaggia di Nuova Luxor, vi trova Pegasus privo di sensi. Accanto al corpo del ragazzo, scritto sulla sabbia viene notato un messaggio lasciato dalla stessa Castalia, che raccomanda all'allievo di proteggere Atena, dea della giustizia e sin dai tempi più remoti protettrice dei Cavalieri dello zodiaco. Riunitisi all'interno delle macerie del Palazzo dei Tornei, Pegasus, Sirio, Cristal, Andromeda e Phoenix vengono a conoscenza di una scioccante verità: Mylock racconta loro che, tredici anni fa, Alman di Thule, mentre si trovava ad Atene come turista, aveva incontrato un Cavaliere in fin di vita, Micene di Sagitter, che aveva dovuto sacrificare la propria vita per salvare quella di Lady Isabel ancora in fasce. Prima di morire, il Cavaliere aveva affidato ad Alman di Thule sia lo scrigno contenente la Sacra armatura d'oro, sia la bambina, spiegandogli che si trattava della reincarnazione della dea Atena sulla Terra. Tuttavia, all'improvviso, un nuovo Cavaliere d'argento attacca i cinque ragazzi: è Babel del Centauro, che con le sue potenti tecniche infuocate mette in grande difficoltà il paladini di Atena. Ma ecco che, nel momento culminante della lotta, giungono in volo tre nuovi e misteriosi Cavalieri.

I tre nuovi guerrieri si presentano come i Cavalieri d'acciaio: Lear, Benham e Shadir. Questi irrompono nel bel mezzo del combattimento tra Babel e Cristal, agendo a favore di quest'ultimo: proprio grazie al loro intervento il Cavaliere del Cigno riesce a sconfiggere l'avversario. Prima di morire, la mente di Babel viene liberata dall'influsso malefico di Arles, grazie ai grandi poteri della dea Atena. Ma Pegasus e compagni non hanno ancora la piena certezza del fatto che i Cavalieri d'acciaio, i quali intanto si sono dileguati, siano dalla loro parte, pensando che in realtà siano parte di un'altra fazione anch'essa sulle tracce della Sacra armatura d'oro. Nel frattempo, al Grande Tempio, Phaeton affida il compito di eliminare i Cavalieri dello zodiaco a Tisifone, su richiesta della stessa sacerdotessa guerriero. E mentre sale la preoccupazione per Castalia, che ancora non è tornata ad Atene, Tisifone sceglie come suo compagno di battaglia Argor di Perseo, un altro temibile Cavaliere d'argento. Intanto, A Nuova Luxor Pegasus decide di partire per una ricognizione in Grecia, accompagnato da Sirio e Andromeda. Ma mentre i tre Cavalieri sono in viaggio verso il Grande Tempio, una forza sconosciuta attira il loro aereo su una piccola isola, dove ad attenderli vi è proprio Tisifone.

Tisifone, Argor e Virnam, altro Cavaliere d'argento, si scontrano rispettivamente con Pegasus, Andromeda e Sirio. La lunga faida tra la sacerdotessa guerriero e il Cavaliere di Pegasus si conclude a favore di quest'ultimo, che riesce a sconfiggere la sua acerrima nemica una volta per tutte. Ma Argor, deciso a vendicare la disfatta della sacerdotessa, sfodera il suo scudo della Medusa, uno scudo che reca scolpito il volto della Gorgone: chiunque incroci il suo sguardo viene pietrificato. Primo a cadere nel trucco è Andromeda, suo diretto avversario. Nel tentativo di portare soccorso all'amico, anche Pegasus viene trasformato in pietra. Infine, per sbaglio, viene pietrificato anche Virnam. Sul campo di battaglia restano quindi soltanto lo stesso Argor e Sirio, che è riuscito a sfuggire allo sguardo di Medusa grazie al potente scudo del Dragone. Intanto a Nuova Luxor, venuti a sapere dell'incidente accorso all'aereo sul quale viaggiavano gli altri Cavalieri, anche Cristal e Phoenix partono alla volta della Grecia.

La lotta si rivela subito molto complicata per Sirio: nessuna strategia sembra essere utile contro Argor. Alla fine, il braccio sinistro del Cavaliere del Dragone, insieme allo scudo che fino ad allora lo aveva protetto dallo sguardo di Medusa, viene pietrificato. Sembra la fine per il cavaliere di Atena, in procinto di essere sconfitto, ma all'improvviso accorrono in suo aiuto i tre Cavalieri d'acciaio, che si rivelano così dalla parte di Atena. Purtroppo però, nemmeno i Cavalieri d'acciaio riescono a fermare il nemico e vengono sconfitti. Allora Dragone decide di compiere un gesto estremo: si acceca con le proprie mani, nella speranza di non incrociare lo sguardo di Medusa. Guidato dalla dea Atena, il Cavaliere dello zodiaco riesce a distruggere lo scudo di Medusa e a sconfiggere Argor. A seguito della morte di quest'ultimo, tutti coloro che erano stati pietrificati ritornano normali. Insieme a Pegasus e Andromeda, anche Virnam riassume le sue sembianze umane, ma è costretto a ritirarsi insieme a Tisifone. Raggiunti da Cristal e Phoenix, i Cavalieri dello zodiaco tornano a Nuova Luxor e portano Sirio all'ospedale. Nel frattempo, Lady Isabel incontra il professor Rigel, il creatore dei Cavalieri d'acciaio. Il professor Rigel racconta la sua storia, spiegando che è stato Alman di Thule ad incaricarlo della costruzione delle armature d'acciaio, che infatti sono armature meccaniche. I tre Cavalieri d'acciaio sono un'ulteriore forza a difesa della dea Atena, insieme ai Cavalieri dello zodiaco. Intanto all'ospedale, Pegasus e compagni vengono a sapere che Sirio si riprenderà, ma la sua vista sarà perduta per sempre.

Ripresosi dopo il combattimento contro Argor, Sirio decide di recarsi ai Cinque Picchi per trovare un rimedio alla sua cecità. Intanto però, a causa di alcuni dissidi interni al gruppo di Cavalieri dello zodiaco, Phoenix decide di separarsi dagli amici e continuare a vivere in solitaria, pur rimanendo fedele ad Atena. La sera stessa un altro Cavaliere d'argento giunge a Nuova Luxor: è Damian del Corvo, mandato da Arles con l'obiettivo di rapire Lady Isabel. Con l'aiuto di un grande stormo di corvi addestrati, il Cavaliere d'argento riesce nel suo intento. Pegasus si lancia subito al suo inseguimento e lo raggiunge in una zona montuosa fuori dalla città. Qui Damian e il Cavaliere di Atena si scontrano: dopo un momento di difficoltà, è il Cavaliere di Pegasus ad uscire vincitore dalla battaglia. Tuttavia, i corvi sono già diretti verso il Grande Tempio insieme a Lady Isabel, e Pegasus dovrà continuare la sua corsa nel tentativo di salvare la fanciulla.

Pegasus riesce a salvare Lady Isabel, ma si ritrova con un braccio fratturato e accerchiato da Damian e Tisifone. La sacerdotessa guerriero, trasgredendo gli ordini di Phaeton, ha raggiunto Pegasus con l'obiettivo di vendicarsi per la recente sconfitta subita. Per sfuggire dalle grinfie della nemica, Pegasus si getta in un profondo burrone insieme a Lady Isabel. Nella caduta, il Cavaliere perde i sensi ed il mattino seguente viene trovato da Damian e Tisifone. Ma è Lady Isabel a proteggere il giovane eroe sino all'arrivo di Andromeda e Cristal, i quali si scontrano con Tisifone e la sconfiggono. Intanto Damian cade rovinosamente in un burrone, stordito da un attacco della stessa Lady Isabel, che grazie ai suoi grandi poteri derivanti da Atena conduce dalla propria parte i corvi addestrati dal Cavaliere d'argento. Tuttavia, mentre le condizioni di Pegasus si aggravano sempre più, i Cavalieri dello zodiaco non possono ancora tornare a Nuova Luxor, poiché dovranno fronteggiare due nuovi e misteriosi nemici.

I due nuovi guerrieri si presentano come Agape e Vesta, Cavalieri d'argento mandati dalla Grecia anch'essi con l'obiettivo di rapire Lady Isabel. Andromeda e Cristal si scontrano con i due avversari, ma hanno la peggio e cadono in un burrone. Ma proprio nel momento del bisogno, a difesa di Lady Isabel interviene Phoenix: il Cavaliere della Fenice si dimostra da subito superiore ai due nemici, e dopo aver combattuto e indebolito Vesta, piega Agape con il Fantasma Diabolico. Nel frattempo, Andromeda e Cristal riescono a risalire il burrone e tornano sul campo di battaglia. A questo punto, ripristinata la normalità, Phoenix abbandona nuovamente i suoi amici, affidando al fratello la missione di sconfiggere il già infiacchito Vesta. Andromeda riesce a vincere il Cavaliere d'argento, ma ora è tempo di concentrare le proprie attenzioni su Pegasus, le cui condizioni continuano a peggiorare.

Phoenix torna sull'Isola della Regina Nera, il luogo dove ha ricevuto l'addestramento per diventare Cavaliere. Mentre ricorda i duri tempi dell'addestramento e rammenta Esmeralda, una dolce ragazza incontrata in gioventù proprio sull'isola, il Cavaliere della Fenice viene attaccato da Jango, un guerriero che in passato aveva concorso con Phoenix per l'investitura a Cavaliere. Mandato direttamente da Arles, Jango è accompagnato da altri guerrieri, tra i quali anche Phoenix Nero: il Cavaliere di Atena accetta la sfida lanciatagli, poiché riportare la vittoria significherebbe chiudere definitivamente i conti con il suo passato oscuro e malvagio. Dopo un primo momento di difficoltà, grazie all'intervento degli altri Cavalieri dello zodiaco, tra i quali anche Pegasus che si è ripreso, Jango viene sconfitto. Ma improvvisamente un forte terremoto scuote la terra: i poteri oscuri di Arles hanno raggiunto l'isola, che inizia a sprofondare in mare. Tuttavia Lady Isabel, che segue i Cavalieri da un'imbarcazione non lontano dall'isola, salva i suoi paladini, che volano in cielo sotto forma di sfere luminose, protetti dal cosmo di Atena.

Mentre a Nuova Luxor gli eventi si succedono in continuazione per i Cavalieri dello zodiaco, Sirio si trova ai Cinque Picchi. Tuttavia, qui conduce una vita diversa, in quanto lo stato di cecità gli impedisce di svolgere normalmente le occupazioni della vita quotidiana. Inoltre, sembra che anche la speranza di riacquistare la vista stia svanendo in Dragone. Un giorno, il Cavaliere incontra Demetrios, un ragazzo che in passato si allenava insieme a lui sotto la guida del Maestro dei Cinque Picchi. Ma un giorno, l'anziano maestro lo cacciò, in quanto lo riteneva indegno a indossare l'armatura del Dragone. Da quel giorno Sirio non lo aveva più visto, ma ora è tornato con ostili intenzioni, dopo aver trascorso molti anni vagando per luoghi diversi e allenandosi e migliorandosi sempre più. Convinto che la colpa di tutti i torti subiti in gioventù sia di Sirio, Demetrios vuole vendicarsi e attacca Dragone. Ma il Cavaliere dello zodiaco non è in grado di difendersi e, accortosi di ciò, Demetrios decide di abbandonare la lotta. Nel momento di maggior disperazione, Sirio riesce a comprendere che è necessaria anzitutto la volontà di tornare a vedere, e perciò ritrova finalmente la speranza perduta.

Nonostante la cecità, Sirio decide di affrontare Demetrios e chiudere definitivamente la questione. Prima di iniziare la lotta, il vecchio compagno di addestramento di Dragone si benda, per combattere ad armi pari contro l'avversario. Ma alla fine è il Cavaliere del Dragone, più determinato che mai a tornare dai suoi amici, a vincere lo scontro. Demetrios, spirando tra le braccia di Sirio, riconosce i propri errori e chiede perdono: Dragone promette sulla tomba dell'amico ritrovato che farà di tutto per tornare il guerriero che era un tempo e che riacquisterà la vista. Intanto, Pegasus si è recato nello Jamir, per incontrare il Grande Mur e chiedergli di aiutare Sirio. Tuttavia, giunto alla dimora del Grande Mur, vi trova Kiki, il quale lo informa che il fratello non è nello Jamir e che nemmeno lui sa dove sia finito. La sera stessa, la Sacra armatura d'oro, divisa ancora tra i Cavalieri dello zodiaco e il Grande Sacerdote, abbandona i luoghi dove era custodita e si ricompone da sola, andando a nascondersi sul fondale di un lago.

Mentre a Nuova Luxor e al Grande Tempio sale la preoccupazione per l'improvvisa scomparsa dell'armatura d'oro, Pegasus viene a sapere da Kiki che esiste un modo per guarire la cecità di Sirio. Secondo la leggenda, l'acqua della vita, che sgorga dalla sommità di un monte nello Jamir, è in grado di curare qualsiasi malattia e potrebbe anche ridare la vista a Dragone. Pegasus si reca immediatamente alla montagna e tenta di scalarla, nonostante nemmeno il Grande Mur, a detta di Kiki, sia riuscito a raggiungere la sorgente dell'acqua della vita, in quanto grandi forze cosmiche proteggono il luogo. Dopo essere incappato in varie difficoltà, il Cavaliere raggiunge l'acqua della vita e ne riempie una borraccia. Nel frattempo Kiki, che sta aspettando ai piedi del monte, viene attaccato da Aracne, un Cavaliere d'argento inviato da Arles per trovare il Grande Mur e condurlo al Grande Tempio. Pegasus riesce a raggiungere Kiki appena in tempo e, aiutato da Shadir, sconfigge Aracne. Il Cavaliere d'acciaio è giunto in Cina per informare Pegasus della scomparsa dell'elmo della Sacra armatura: il Cavaliere dello zodiaco è costretto a tornare a Nuova Luxor; la missione di consegnare a Sirio l'acqua della vita è affidata a Kiki.