I Cavalieri dello zodiaco cercano Lady Isabel in tutta Asgard, ma non riescono a trovarla: Nettuno l'ha portata nel suo palazzo, situato negli abissi più profondi. Il dio dei mari si è reincarnato in un giovane di nome Julian Kedives, che Lady Isabel ha già conosciuto in passato e che ha persino chiesto la mano della fanciulla, la quale non ha acconsentito. Nettuno vuole estendere il suo impero marino al mondo intero e rivela di aver dato l'anello del Nibelungo a Ilda di Polaris con il solo obiettivo di indebolire Atena. Ma Lady Isabel non intende lasciare la Terra al suo destino: per salvarla, la ragazza dovrà superare una dura prova a cui Nettuno la sottoporrà. Nel frattempo, con l'aiuto di Ilda e Flare i Cavalieri dello zodiaco trovano l'ingresso per il regno marino di Nettuno: Pegasus e Andromeda vi accedono per primi, ritrovandosi in un luogo sotto il mare dove però riescono a respirare. Qui incontrano Titis, un Cavaliere sirena che si scontra con i Cavalieri di Atena, ma le cui tecniche volte ad incantare i nemici vengono efficacemente contrastate. All'improvviso, sopraggiunge però un nuovo Cavaliere a servizio di Nettuno, che si presenta come Dragone del Mare.

Lady Isabel viene rinchiusa nella colonna di Nettuno, un'altissima colonna che sorregge i mari della Terra insieme alle colonne dei sette mari, altre sette colonne minori ognuna corrispondente ad un oceano del pianeta. La stanza interna alla colonna di Nettuno, dove si trova Atena, inizia a riempirsi di acqua, la stessa acqua che sotto forma di pioggia doveva cadere sulla Terra fino a ricoprirla e che ora dovrà essere sostenuta da Lady Isabel: è questo l'unico modo che ha la ragazza per salvare il mondo. Venuto a sapere dei fatti accorsi ad Atena, Dragone del Mare rivela ai Cavalieri di Atena il percorso da seguire: Pegasus e compagni dovranno sconfiggere i sette Generali degli abissi a guardia delle colonne dei sette mari, che dovranno a loro volta essere tutte abbattute per poter giungere alla colonna di Nettuno e salvare Atena. Sarà un'impresa difficile da completare in breve tempo: Lady Isabel non resisterà a lungo e prima o poi verrà completamente sommersa dall'acqua. Mentre anche Cristal fa il suo ingresso nel regno di Nettuno, Pegasus si reca alla colonna dell'Oceano Pacifico Settentrionale, difesa da Cavallo del Mare: il Cavaliere di Atena ingaggia una battaglia con il Generale degli abissi, che però si mostra da subito un ostico avversario.

Mentre anche Sirio e Kiki entrano nel regno di Nettuno, Andromeda raggiunge la colonna dell'Oceano Pacifico Meridionale, dove incontra il secondo Generale degli abissi, Kira. Nel frattempo, Pegasus supera un primo momento di difficoltà nella lotta contro Cavallo del Mare: il Cavaliere di Atena riesce a superare le difese dell'avversario, simili alle barriere del Cavaliere d'argento Eris, e giunge persino a danneggiare la sua potente armatura, composta di scaglie d'oro. Durante l'assalto finale, l'armatura di Pegasus assume un riflesso dorato: ciò è dovuto al fatto che la corazza è stata forgiata dai Cavalieri d'oro, per poi essere stata temprata durante la battaglia contro i Cavalieri di Asgard. Cavallo del Mare viene annientato da un potente Fulmine di Pegasus, quando sul luogo della battaglia arrivano Cristal e Sirio: Pegasus li mette al corrente di quanto sta accadendo, li congeda e si prepara ad abbattere la colonna dell'Oceano Pacifico del Nord.

Le tecniche di Pegasus non sono sufficientemente potenti per abbattere l'imponente colonna del Pacifico del Nord, ma per fortuna in suo aiuto giunge l'armatura d'oro della Bilancia: Tisifone l'ha portata nel regno di Nettuno e ha affidato a Kiki il compito di portarla ai Cavalieri dello zodiaco, sostituendosi al giovane guerriero nella lotta contro Titis. L'armatura della Bilancia è un dono del Maestro dei Cinque Picchi, che autorizza i Cavalieri di Atena a utilizzare le sei armi di cui è composta: Pegasus lancia lo scudo contro la colonna del Pacifico del Nord e la abbatte in un colpo solo. Un maremoto scuote l'oceano, che deve trovare un nuovo assestamento dopo che la colonna che lo sorreggeva è crollata. Intanto, Andromeda sta combattendo contro Kira, ma in un primo momento il Cavaliere di Atena si trova in difficoltà. Il Generale degli abissi è dotato di una tecnica molto particolare: illusioni di diverse bestie, quali l'aquila, il lupo, la libellula, il serpente, il vampiro e l'orso, aggrediscono Andromeda ma non lo feriscono gravemente; solo nell'assalto finale una bestia attaccherà e sconfiggerà definitivamente il Cavaliere di Atena. Tuttavia, dopo aver assistito all'attacco di ogni singolo animale, la Catena di Andromeda può trovare la miglior difesa per ogni bestia e rispondere alla tecnica di Kira. Per prima è la libellula ad essere eliminata: la Catena di Andromeda assume la forma di una tela di ragno in cui la bestia rimane intrappolata.

Le sorti dello scontro tra Kira e Andromeda sono ora invertite: la Catena di Andromeda contrasta tutte le bestie del generale degli abissi, che si ritrova con l'armatura a pezzi e senza più armi da utilizzare. Andromeda non ha alcun interesse a privare della vita Kira e concentra la sua attenzione sulla colonna del Pacifico del Sud: anche questa colonna appare indistruttibile e la Catena di Andromeda non basta per abbatterla. Come se non bastasse, Kira riprende la battaglia colpendo con il potente Gorgo di Scilla, ma il Cavaliere di Andromeda non si cura dei ripetuti attacchi e si preoccupa solamente dalla colonna del Pacifico del Sud. Alla fine però il Cavaliere di Atena si decide a contrattaccare e immobilizza il nemico con la sua catena: essa è ora molto potente e ha assunto un riflesso dorato insieme al resto dell'armatura di Andromeda, come già accaduto con Pegasus.

Kiki raggiunge Andromeda e gli consegna l'armatura della Bilancia, necessaria per abbattere la colonna del Pacifico del Sud. Il Cavaliere di Atena colpisce la colonna con le barre gemellari, ma nel tentativo di fermare l'arma Kira si frappone tra essa e la colonna, non riuscendo comunque a impedire la caduta del pilastro. Rimasto gravemente ferito, Kira rivela in punto di morte di essere un guerriero simile ad Andromeda, pronto al sacrificio pur di conseguire un obiettivo. Nel frattempo, Sirio raggiunge la colonna dell'Oceano Indiano, dove incontra il Generale degli abissi Crisaore. Questi è dotato di una lancia molto potente, con la quale ferisce Dragone più volte e riesce addirittura a oltrepassare il suo scudo. Il Cavaliere di Atena si trova in seria difficoltà, ma lo spirito di Capricorn interviene in suo aiuto, rivelando di avergli donato la spada Excalibur poco prima di rimanere ucciso dalla Pienezza del Dragone durante la battaglia alle dodici case. In un secondo tentativo, Crisaore non riesce a superare lo scudo di Sirio: l'armatura di Dragone assume per un istante un riflesso dorato, segno che la corazza ha acquisito una grande potenza. Per utilizzare Excalibur Sirio deve comunque privarsi dell'armatura, ma al primo colpo di spada riesce a spezzare la lancia di Crisaore. La battaglia non è però conclusa: il Generale degli abissi ha altre tecniche da utilizzare.

Crisaore si siede e inizia a concentrare il "mantra", fonte di potere per il Generale degli abissi ed equivalente al cosmo dei Cavalieri dello zodiaco. Crisaore crea così una barriera spirituale che lo protegge insieme alla colonna dell'Oceano Indiano. Questo muro spirituale appare insuperabile per Sirio, che viene inoltre colpito dall'Unione Spirituale: la luce abbagliante creata con questa tecnica rende Dragone nuovamente cieco. Tuttavia Atena interviene in aiuto del suo paladino, indicandogli il punto debole di Crisaore, sul cui corpo sono disposti i punti segreti del mantra: Sirio riesce a colpirli tutti con un solo colpo di Excalibur, spezzando il mantra e sconfiggendo definitivamente il Generale degli abissi. In questo momento arriva Kiki, che consegna l'armatura della Bilancia a Sirio: con l'ausilio della spada il Cavaliere di Atena abbatte la terza colonna. Intanto, Cristal incontra il maestro Aquarius, che credeva fosse morto durante la battaglia alle dodici case, ma che si convince non essere un fantasma. Frattanto, Pegasus incontra Castalia, che si rivela essere Patricia, la sorella scomparsa di Pegasus. Quando Andromeda raggiunge la colonna dell'Oceano Antartico trova sia Cristal che Pegasus stesi a terra privi di sensi: le circostanze sono strane, in quanto sul corpo dei due Cavalieri non vi sono segni di lotta. Nello stesso momento giunge Phoenix, che incredibilmente attacca il fratello.

Il Phoenix che ha incontrato Andromeda si rivela essere il Generale degli abissi custode della colonna dell'Oceano Antartico, Lemuri: questi ha l'abilità di assumere le sembianze di altri individui, e sotto forma di persone care a Pegasus e Cristal ha sconfitto i due Cavalieri di Atena senza nemmeno lottare. Andromeda è costretto a combattere contro la figura di Phoenix, ma pur essendo consapevole dell'inganno non riesce a colpire la sagoma del fratello: ancora una volta il trucco di Lemuri funziona e Andromeda viene sopraffatto dagli Occhi della Salamandra. Ma ecco che in aiuto dei Cavalieri di Atena giunge il vero Phoenix, che ingaggia una battaglia contro Lemuri: lo scontro dura poco e, nonostante il Generale degli abissi assuma le sembianze di Andromeda, il guardiano della quarta colonna viene battuto. Solo in punto di morte Lemuri scopre il punto debole dell'avversario, ossia il suo amore per Esmeralda, una ragazza che Phoenix conobbe ai tempi dell'addestramento. Abbattuta la colonna dell'Antartico con l'ausilio del tridente, Phoenix decide di recarsi direttamente alla colonna di Nettuno senza pensare alle altre colonne.

Cristal riprende per primo i sensi e si dirige alla colonna del Mar Glaciale Artico. Difensore della quinta colonna è Abadir, che si rivela essere una persona speciale per il Cavaliere del Cigno: il Generale degli abissi conseguì infatti l'addestramento insieme al Cavaliere di Atena in Siberia, sotto la guida del Maestro dei Ghiacci. Ma un giorno Cristal si gettò in mare per far visita alla madre defunta, che si trovava in un vascello affondato e fermo nel fondale marino; le forti correnti sottomarine misero in difficoltà Cristal e perciò Abadir decise di accorrere in aiuto del compagno. Dopo aver salvato l'amico ed essersi procurato una profonda ferita ad un occhio, Abadir fu tratto in salvo dal dio Nettuno. A seguito della notizia della morte prima del Maestro dei Ghiacci e poi di Aquarius, entrambi per mano di Cristal, Abadir decise di diventare Generale degli abissi e, ora che ha di fronte il Cavaliere del Cigno, vuole prendersi la sua vendetta: dopo aver procurato a Cristal una ferita simile alla sua, il Generale non esita ad attaccare l'avversario con l'Aurora Boreale.

Nella prima parte dello scontro con Abadir Cristal si trova in svantaggio. Anche Kiki rimane coinvolto nella battaglia e si ritrova a dover difendere l'armatura della Bilancia dalle grinfie del Generale degli abissi. Tuttavia, nel corso del combattimento Cristal si riprende e si decide a mettere da parte la vecchia amicizia con Abadir. Al momento della resa dei conti il Sacro Aquarius trionfa sull'Aurora Boreale e il quinto Generale viene sconfitto. Utilizzando la lancia bracciale Cristal abbatte la colonna del Mar Glaciale Artico, ma prima che il Cavaliere del Cigno riprenda la corsa verso la colonna di Nettuno Abadir, in fin di vita, gli rivela la verità sul conto di Nettuno: il dio è governato da un'entità malvagia. Intanto, mentre anche Andromeda riprende i sensi, Phoenix si imbatte in Dragone del Mare.

Phoenix riconosce in Dragone del Mare un cosmo oscuro e familiare, simile a quello di Gemini: il Generale degli abissi si rivela infatti essere il fratello gemello del Cavaliere d'oro della terza casa, Kanon, il quale non è però dotato di due personalità e mostra un animo solamente malvagio. Anche le sue tecniche sono simili a quelle di Gemini: Kanon spedisce Phoenix nel Triangolo d'oro, analogo alla Dimensione Oscura del gemello. Nel frattempo, Tisifone sconfigge Titis e corre al palazzo di Nettuno; entratavi, la sacerdotessa non è però in grado di contrastare il dio da sola e viene facilmente battuta. Intanto, mentre anche Pegasus riprende il cammino verso la colonna di Nettuno, Andromeda raggiunge la colonna dell'Oceano Atlantico Meridionale, custodita da Sirya: il Generale degli abissi non è stato ucciso da Orion ed è riuscito a scampare al sacrificio del Cavaliere di Asgard. La sua Dolce Melodia di Requiem incanta il già stanco Andromeda, ma l'azione del Generale degli abissi viene interrotta da Atena, che dalla colonna di Nettuno canta con voce soave.

Pegasus entra nel palazzo di Nettuno, dietro il quale sorge la colonna portante del regno del dio dei mari. Il Cavaliere di Atena vuole salvare Lady Isabel e attacca Nettuno, nel corpo di Julian Kedives, senza però riuscire a colpirlo. Il giovane eroe si ritrova con l'armatura in pezzi, così come Dragone e Cristal, che sopraggiungono poco dopo, ma in aiuto di Pegasus giunge l'armatura d'oro del Sagittario, che si dispone sul corpo del ragazzo. Nel frattempo, Sirya e Andromeda battagliano alla colonna dell'Atlantico del Sud, ma in un primo momento il Cavaliere di Atena si trova in difficoltà, non riuscendo a difendersi dalle delicate melodie del nemico. Andromeda comprende però che l'avversario è nobile d'animo proprio come lui: chi suona musica così dolce e soave non può avere una natura malvagia. Il Generale degli abissi resta meravigliato dai discorsi di Andromeda, ma non può cedergli il passo e si accinge a suonare il suo flauto un'ultima volta: la Nebulosa di Andromeda lo travolge e lo sconfigge.

Kiki consegna ad Andromeda l'armatura della Bilancia, grazie alla quale viene abbattuta la colonna dell'Oceano Atlantico del Sud. Intanto, Phoenix torna dal Triangolo d'oro in cui Kanon lo aveva spedito e ingaggia una battaglia con il Generale degli abissi, presso la colonna dell'Oceano Atlantico Settentrionale. Il Cavaliere della Fenice colpisce l'avversario con il Fantasma Diabolico, che rivela il mistero della rinascita di Nettuno: un giorno Kanon cercò di indurre il fratello Gemini ad assassinare Atena, quando ancora era una neonata in fasce, con lo scopo di risvegliare il lato malvagio del Cavaliere dei Gemelli. Kanon venne imprigionato per i suoi progetti cospiratori, ma ormai era riuscito nel suo intento: di lì a poco Gemini, nel quale prevaleva il lato oscuro, avrebbe ucciso il Grande Sacerdote e avrebbe attentato alla vita di Lady Isabel, salvata da Micene di Sagitter, nella "notte degli inganni". Kanon riuscì poi ad evadere dalla prigione, ritrovandosi nel regno di Nettuno: il fratello di Gemini risvegliò il dio dei mari, rinchiuso in un anfora da Atena a seguito del suo trionfo sul dio nemico nell'antica Grecia. Venuto a sapere del ritorno della rivale Atena nel corpo della piccola Isabel, Nettuno si reincarnò nel corpo di Julian Kedives e Kanon divenne Generale degli abissi, con il nome di Dragone del Mare. Nel frattempo Pegasus, non riuscendo a colpire Nettuno, impugna l'arco e si prepara a scoccare la Freccia d'Oro.

L'ultima speranza per i Cavalieri di Atena è rappresentata dalla Freccia d'Oro: Pegasus la lancia contro Nettuno, ma il dio riesce a respingerla e a farla tornare al mittente. Tisifone, Sirio, Cristal e Andromeda, intanto sopraggiunto, difendono Pegasus dal contraccolpo, e dopo diversi tentativi la Freccia d'Oro colpisce Nettuno, permettendo ai Cavalieri di Atena di oltrepassare l'ostacolo. Nel frattempo, la lotta tra Phoenix e Kanon viene interrotta dall'arrivo di Kiki e Sirya, che è sopravvissuto alla Nebulosa di Andromeda e che ha compreso l'intera verità sul conto del fratello di Gemini. Phoenix lancia lo scudo dell'armatura della Bilancia contro la settima colonna, abbattendola: da adesso sarà possibile abbattere anche la colonna di Nettuno, e quindi salvare Atena. Tuttavia Pegasus, Sirio, Cristal e Andromeda, giunti davanti al pilastro portante, vengono di nuovo attaccati da Nettuno: ora nel corpo di Julian Kedives alloggia soltanto il dio dei mari, che non si dà per vinto e cerca di fermare i Cavalieri dello zodiaco. In aiuto dei quattro eroi giungono però altre due armature d'oro: quella dell'Aquario, che si dispone sul corpo di Cristal, e quella della Bilancia, che va a disporsi sul corpo di Dragone.

Le armi dell'armatura della Bilancia non bastano per abbattere la colonna di Nettuno: il pilastro portante è molto resistente, ma i Cavalieri di Atena non si perdono d'animo. Mentre Sirio, Cristal, Andromeda e Phoenix fronteggiano coraggiosamente Nettuno, Pegasus si lancia sulla colonna portante, sostenuto dal Colpo Segreto del Drago Nascente e dalla Polvere di Diamanti: il Cavaliere di Atena riesce ad abbattere la colonna di Nettuno ed esce dalle macerie con Lady Isabel in braccio. La dea della giustizia è stata salvata, ma Nettuno non è ancora stato vinto: il dio dei mari nutre ancora speranze di vittoria, nonostante le acque stiano sommergendo il suo regno in seguito alla caduta della colonna portante. Nettuno ingaggia una battaglia contro Atena, la quale riesce a imprigionare l'anima del dio nemico nell'anfora di Atena, dove era già stato rinchiuso dopo la sua sconfitta ai tempi dell'antica Grecia e da dove è stato liberato da Kanon. Lady Isabel porta in salvo i suoi cinque Cavalieri, mentre Titis recupera il corpo di Julian Kedives e lo riporta sulla Terra. I piani malvagi di Nettuno sono stati sventati e da adesso il dio dei mari dormirà un sonno eterno dentro l'anfora di Atena. La Terra è salva e la giustizia ha trionfato ancora grazie ai Cavalieri dello zodiaco.