Unos parásitos se cuelan en Moya y ponen en peligro la nave y sobre todo la vida de Sun. Además crean réplicas de los tripulantes de la nave que siembran el caos. Por si fuera poco, sube a bordo una nave Pacificadora.

Tras el rescate de una nave de salvamento Crichton empieza a tener extrañas visiones que parecen ser el futuro. Mientras, la tensión crece tras el rescate de los supervivientes.

En una parada en un planeta para estudiar agujeros de gusano, Sun y Crichton descubren que hay órdenes de búsqueda contra los tripulantes de Moya que atraen a cazarrecompensas.

Tras un accidente Moya recoge a unos supervivientes entre los que está el mítico Durka, aquél que torturo a Rygel durante mucho tiempo, además de una prisionera de raza Nebari. A pesar de que Durka parece transformado Rygel intenta acabar con su vida… y en el proceso despierta de nuevo al terrible Pacificador.

Deben dejar subir a bordo a unos Pacificadores que van en misión secreta. Cuando el secreto de los mismos se escapa, una criatura va poseyendo a los tripulantes de Moya.

Rygel desespera ante la persecución a la que son sometidos y huye hacia los Pacificadores para intentar hacer un trato con Scorpius. Sorprendentemente, regresa con un desgraciado Crais, quien ahora se ve forzado a huir también de su propio gobierno. Crichton urde un plan para destruir la base Pacificadora. Crais logra hacerse con el control de Talyn, el bebé de Moya.

D’Argo se encuentra con una anciana muy reverenciada en su cultura y se somete compleamente a ella. Esta mujer realiza un ritual de rejuvenecimiento, pero sin darse cuenta toma la energía de Moya en vez de la de D’Argo y está a punto de acabar con la nave.

Un video oculto en los datos de Moya es hallado. En él se ve a Sun cuando todavía era Pacificadora, antes de ser piloto de cazas, colaborando para eliminar al piloto original de la nave y sustituirlo por otro más colaborador con los Pacificadores, el piloto actual. Sus compañeros exigen explicaciones y debe contar toda la historia, que incluye su relación amorosa con un Pacificador y sus estratagemas para ascender.

Durante la estancia en un planeta de sebáceos que hace siglos se separaron de los Pacificadores, los compañeros se ven involucrados en una trama de política y espionaje donde los miembros de la familia real intentan hacerse con el poder. Con ayuda de un Scarran, uno de los príncipes ha conseguido que ningún habitante de planeta sea compatible con la princesa para generar hijos, así que él heredaría el trono. Sin embargo, Crichton resulta ser compatible y es empujado a comprometerse con ella. No desea hacerlo, pero Scorpius, en su persecución, ha llegado al planeta, y será entregado a él si no accede a la boda.

Mientras, D’Argo y Chiana disfrutan de su relación y Aeryn no sabe cómo enfrentarse a sus sentimientos hacia Crichton, pero también rechaza sistemáticamente todos los intentos que hacen los lugareños por ligar con ella.

Crichton es objetivo primordial a eliminar en la carrera por el trono, y la seguridad que le han puesto no parece efectiva. Rygel tiene la idea de ocultarlo en una nave en órbita hasta la boda, pero el plan sale mal y Crichton acaba en manos de Braca, la mano derecha de Scorpius. Viendo que su fin está cerca, enloquece y consigue que los satélites de seguridad ataquen la nave. Consigue huir de pura suerte y sobrevive hasta la boda.

Moya se ve atraida por una señal que dice ser su creador. Éste afirma que Moya ha parido un arma de destrucción y le obliga a apagarse y morir. Zhaan intenta desesperadamente evitarlo.

Aeryn no sabe si luchar para recuperar a Crichton o dejarle en paz, hasta que éste le dice que proseguirá con la boda porque las otras opciones que le quedan son peores.

Crichton está casado y convertido en estatua, pero el Scarran, cabreado, le corta la cabeza. Todos la buscan desesperadamente, pero es Scorpius quien la encuentra. Sin embargo, la prometida del príncipe conspirador es una Pacificadora infiltrada para espiar en el planeta y cree que Crichton también lo es, así que le salva, le vuelve a unir la cabeza a su cuerpo y lo devuelve a forma humana . A cambio tiene que ayudarla a evitar que su prometido acceda al trono y establezca una alianza con los Scarran.

El Scarran secuestra a Chiana para torturarla y averiguar dónde está Crichton. En el enfrentamiento final, D’Argo y Crichton luchan contra el Scarran y Scorpius. Consiguen rescatar a Chiana y Crichton tiene a Scorpius a su merced… pero algo en su interior le impide acabar con su vida.

El complot se ha descubierto, los enemigos han sido destruidos. Solo queda volver proseguir con el matrimonio y el gobierno convirtiendo a Crichton en estatua, pero su biología no es sebácea y no sobreviviría a otra conversión, así que propone otra solución: el pueblo no le conoce y su esposa está ya embarazada por inseminación artificial, así que pueden convertir en estatua al verdadero amor de la Princesa y guardar el secreto.

Ante el temor de que las provisiones de comida que han comprado tengan parásitos se hacen también con una criatura que supuestamente los eliminará. La situación se complica cuando parece haber otra criatura a bordo, mientras que la primera no parece servir de nada.

Crichton tiene visiones de Scorpius y sus compañeros creen que está perdiendo el juicio.

Crais pide ayuda a los tripulantes de Moya para quitar el peligroso cañón del agresivo Talyn. Cuando se acerca la nave alienígena que va a proveer un arma menos dañina, el cañón dispara y la destruye. Crais echa a los que habían subido a bordo para poder huir, y mientras estos intentan llegar a Moya otra nave de esa raza los atrapa y son sometidos a un juicio. Cada uno da su versión, pero cuando es evidente que pretenden culpar a alguien a toda costa Stark se ofrece como chivo expiatorio. Afirma que, al ser de energía, podría volver a unir su cuerpo.

Scorpius comprueba si el chip con el clon neural ha adquirido la información sobre agujeros de gusano.

Con ayuda de los mercenarios, piratas y demás, asaltan el depósito para rescatar a Crichton e intentar acabar con Scorpius. La batalla es cruenta y si no llega a ser por la aparición de Talyn en el último momento no habrían sobrevivido.

Scorpius no ha conseguido llevarse la información que tanto ansía, pero el clon está muy arraigado en la mentre de Crichton y el humano está completamente enloquecido. Sin embargo, ha descubierto que podría quitarse el implante sin acabar con su vida.

Mientras buscan un planeta fértil donde intentar sanar a Zhaan, un agujero de gusano aparece ante Moya. De repente, aparece una nave a toda velocidad, colisiona con la Leviatán y, unidas, se ven arrastradas a través del agujero de gusano. La vida de todos, incluida la de Moya, están en peligro. Deben intentar colaborar con los tripulantes de la otra nave para hallar una solución, pero la tarea no será fácil, y al parecer sólo una de las naves podrá sobrevivir.

Moya está moribunda. Los problemas que sufre se agravan. Se descubre que los tripulantes de la otra nave están saboteando la Leviatán para que sea imprescindible huir en su navío. Los compañeros de Moya colaboran como pueden en la caótica situación y llegan a una solución, pero alguien debe sacrificarse para poder llevarla a cabo. A pesar de las reticencias de los demás, Zhaan se ofrece, pues su vida estaba llegando a su fin de todas formas.

Talyn, con Crais, Areyn, Stark, Rygel y uno de los Crichton, es engullido por un budong, el famoso monstruo espacial gigante. Mientras los protagonistas confrontan sus problemas personales y los problemas que causa el asustado e incontrolable Talyn, deben tratar de escapar de las entrañas del monstruo.

El Crichton que va en Moya, Jool, D’Argo y Chiana se ven envueltos en un jaleo de drogas, engaños y secuestros.

Moya y Talyn se reencuentran, y las tripulaciones vuelven a unirse. Se topan con otros presos fugados y les dan cobijo temporalmente, pero uno de ellos resulta ser un traidor.

Crichton decide que los agujeros de gusano son demasiado peligrosos para que alguien como Scorpius los use como arma, así que decide ir en su busca para destruir el proyecto de cualquier manera.

Por culpa de Chiana, Crichton y ella acaban metidos en un juego de realidad virtual del que no saben cómo salir. En él dan vueltas y más vueltas encontrándose con personajes conocidos en situaciones delirantes y tratando de hallar el camino de salida.