Han pasado tres meses desde que el Raimon ganara el Torneo Camino Imperial; el fútbol ya no está controlado por el Sector Quinto y se puede jugar en libertad. Arion Sherwind ha viajado por todo el país, enseñando a jugar a este hermoso deporte. Pero al volver al Instituto Raimon, no encuentra ni rastro del fútbol.

Arion es atacado por el misterioso Alpha, y sólo se salva gracias a la intervención de otro misterioso chico que viene de dentro de 200 años en el futuro: Fei. Desafían a Arion y Fei a un partido. Arion queda sorprendido no sólo ante la increíble velocidad y técnica del equipo de Alpha, sino también del hecho de que sean capaces de vestir sus Espíritus Guerreros con armaduras.

El grupo llamado El Dorado no sólo quiere eliminar el club de fútbol del Raimon -¡sino eliminar el fútbol de la historia!. Para impedirlo, Arion y Fei viajan en el tiempo a los inicios del fútbol en el Raimon; es decir, al primer día de Mark Evans en el Instituto Raimon.

Tras ganar el partido contra Alpha, y seguro de que Mark fundará el club de fútbol del Instituto Raimon, Arion vuelve a su tiempo para ver si la historia se ha arreglado. Sí, Riccardo y los demás han vuelto al club, pero aún falta Victor Blade.

Sabiendo que una derrota significaría que no cambiaría la historia y que su hermano nunca sería un gran futbolista, Vladimir Blade promete hacer lo que sea para ganar, jugando con Arion y los demás para vencer al Protocolo Omega y salvar al club de fútbol del Raimon.

El Raimon toma el lugar del equipo estadounidense en el amistoso con Japón para intentar derrotar al Protocolo Omega 2.0. Arion, incapaz de conseguir la Armadura de Espíritu Guerreo, termina el primer tiempo frustrado y desanimado.

No solo su equipo fue incapaz de arreglar la historia y eliminar la prohibición del fútbol, sino que El dorado capturó a Mark Evans. Por si eso fuera poco, la mitad de los miembros del Raimon han perdido el amor por el fútbol por culpa del Protocolo Omega 2.0, dejando solo a Arion y a un puñado de jugadores.

No se puede permitir que Eldorado siga interfiriendo en la historia, así que para que el equipo pueda rescatar a Mark Evans, Axel Blaze les indica el camino a Santuario, la instalación donde el Sector Quinto entrenaba a sus mejores jugadores. Arion y los demás empiezan a entrenar a tope, recibiendo el consejo de escuchar la voz de sus Espíritus Guerreros.

Arion ha comprendido cómo conseguir la Armadura de Espíritu Guerrero, pero el fútbol sigue prohibido y todo lo relacionando con él desaparece. Incluso la famosa sede del club de fútbol será derribada. El único modo de impedir esto y rescatar al entrenador Evans es que el equipo entero domine la Armadura de Espíritu Guerrero para vencer al Protocolo Omega 2.0 de una vez y para siempre.

Arion y sus amigos lograron traer Las Enseñanzas del Maestro del futuro, pero está escrito en un código secreto indescifrable. Y al no saber quién es el enigmático Maestro, no pueden ir a pedirle ayuda.

Tras ver al Raimon jugar contra el Protocolo Omega 2.0, el célebre David Evans se ofrece a entrenarles, diciéndoles que "el camino a la victoria es 3D". Arion y sus amigos siguen jugando, mientras se preguntan qué podrá significar.

Arion y el resto de equipo viajan en el tiempo buscando jugadores con los que hacer realidad el sueño de David Evans de reunir el mejor equipo de todos los tiempos. Lo primero que necesitan es un creador de juego: alguien perspicaz, capaz de comprender la situación en su conjunto, que sepa cuándo actuar y cuándo esperar.

Arion y compañía persiguen a la Banda del Ciervo Blanco para rescatar a su nuevo amigo Daisuke, hasta que se ven ante su jefa, más conocida como Beta deL ProtocolO Omega 2.0. Ella, que controla a los miembros de la banda usando su misterioso "Dispositivo esfera", reta a Arion a un partido de fútbol para salvar a a Daisuke y sus amigos.

La Banda del Ciervo Blanco ha estado buscando soldados para Yoshimoto Imagawa; parece que Beta se aliará con éste para enfrentarse a Nobunaga Oda y cambiar la historia. Pensando en cómo llegar hasta Oda para advertirle, Wonderbot tiene un plan genial: hacerse pasar por bailarines y colarse en su banquete.

Arion y los demás lograron entrar en el banquete de los cerezos de Nobunaga Oda gracias al ingenio de Toukichiro Kinoshita, y consiguieron llamar la atención del señor feudal con fútbol en vez de con bailes. Pero Beta los acusa de querer atentar contra la vida de Oda, así que son hechos prisioneros. Cuando éste les interroga, Riccardo intenta convencerlo de la verdad.

Por fin comienza el partido bajo la mirada atenta de Nobunaga Oda y Yoshimoto Imagawa. Arion y compañía trabajan al máximo para defender a Nobunaga con la ayuda de las jugadas colectivas de Daisuke y sus amigos, pero la diferencia de habilidad está clara desde el principio. Enfrentados a la presión implacable del Protocolo Omega 2.0, la confianza de Daisuke y los suyos se va viniendo abajo.

Tasuke y los demás lograron desarrollar la supertáctica de la Fortaleza Nocturna, dando a Arion y al resto del equipo la confianza que necesitaban. Por desgracia, no es suficiente para impedir que el Protocolo Omega 2.0 con su Espíritu Miximax marque de nuevo.

Finalmente Riccardo logra la Armadura de Espíritu Guerrero y absorber la fuerza de Nobunaga para ser el creador de juego que tanto necesita el equipo. No consiguieron rescatar al entrenador Evans, pero al derrotar a Protocolo Omega pudieron deshacer el control mental sobre los jugadores del Raimon para que volvieran a amar el fútbol. Pero Gabi se llena de envidia al ver al nuevo Riccardo.

Arion y sus amigos viajan en el tiempo en busca del poder de Juana de Arco, y se encuentran en un campo de batalla en la Francia medieval. Son capturados creyendo que son espías, pero eso les lleva a conocer a la misma Juana y acompañarla en su viaje.

Juana de arco oye la voz de Dios decirle que debe levantarse para salvar a Francia de la guerra que la asola desde hace tantos años. Arion y el equipo la acompañan cuando viaja a pedir refuerzos al Príncipe Carlos para los asediados defensores de Orleans. A Juana se le concede audiencia con el príncipe, pero se le trata con sospecha, lo que no le da mucha confianza.

Aunque los aliados no están al máximo, Juana se da cuenta que el ejército francés debe atacar ahora o perderán la ventaja que tienen sobre los ingleses. Los jugadores de Inazuma se apresuran a ayudarla, pero el Protocolo Omega 3.0 les cierra el paso, diciendo que si no les ganan, los refuerzos jamás llegarán a Juana y los suyos.

J.P. por fin logra la Armadura de Espíritu Guerrero, pero no es suficiente ante un enemigo tan poderoso. Samguk intenta animarle, diciéndole que no pierda el tiempo preocupándose, sino buscando su propio estilo y jugando a tope. El nuevo viaje temporal es a la época de los Tres Reinos de la historia de China.

Arion y sus amigos, ahora con Liú Bèi y sus colegas, marchan a la mansión de Zhūgě Liàng. Nada más entrar Guān Yǔ y Zhāng Fēi se ven controlados por Zanark, quien les desafía a un duelo de fútbol, con la ayuda de nuevos enemigos jamás vistos hasta ahora. Liú Bèi, que se suponía era el portero, deja abandonada la portería, pero el equipo logra solucionarlo.

J.P. encuentra la confianza como portero gracias a las palabras de ánimo de Liú Bèi, y el equipo consigue superar al ejército de terracota para verse cara a cara con Zhūgě Liàng. Pero a pesar de todos sus esfuerzos, Liàng no siente interés y evade las peticiones de ayuda de Liú Bèi.

A pesar de sus esfuerzos, Sol es incapaz de jugar con todas sus fuerzas porque inconscientemente teme volver a salir lesionado. Con la situación en un punto tan crítico, de repente Liàng le rodea con su Espíritu Guerrero y le dice que use su poder como mejor le parezca. Sol consigue un gol, empatando el partido para el segundo tiempo.

Buscando al quinto y sexto miembros del Equipo Definitivo (a saber: un centrocampista lleno de trucos que sirva de puente entre ataque y defensa y un delantero rápido como el rayo con vista de lince), el Raimon viaja al final del periodo Edo de Japón para encontrar a Ryoma Sakamoto y Soji Okita.

El nuevo amigo de Arion y su grupo resultó ser el mismo Ryoma Sakamoto al que buscaban. No solo eso, sino que también les cree cuando le cuentan que vienen del futuro y necesitan su ayuda para salvar el fútbol.

Soji Okita está decidido a luchar contra Ryoma Sakamoto para defender el shogunato aunque le vaya la vida en ello. Mientras, Sakamoto va al castillo Nijo a solicitar una audiencia con el shogún y le dan con la puerta en las narices. Cuando empezaba a desanimarse, recibe una carta de los servidores del shogún: ¡una invitación para hablar con él!

Arion y el resto del equipo caen ante los fieros ataques de Zanark. Al final del primer tiempo, Okita ha recaído de su enfermedad y Zanark le abandona, así que debe retirarse. Aun así, rechaza los intentos de Sakamoto y Victor por convencerlo de que proteger al shogún no es proteger el país.

Los miembros del Raimon se despiden de Soji Okita y Ryoma Sakamoto para volver a su tiempo. Ya de vuelta al club, Arion y Fei deciden entrenarse a fondo con los duplis creados por Fei. Emocionado por el espectáculo, Wonderbot grita "¡juguemos al fútbol!", la frase típica de Mark Evans.

A pesar de haber vencido a Zanark, el equipo aún no ha logrado salvar el fútbol, así que solo queda un camino: viajar al futuro y enfrentarse directamente a Eldorado. Pero Arion y sus compañeros saben que Eldorado tiene al Equipo Excelente, un equipo aún más poderoso que el Zanark Domain.

Arion y compañía encuentran a un chico llamado Sor que vive entre dinosaurios y les acompaña a ver a Boss, en el Valle de las Bestias. Pero cuando llegan a la caverna de Boss, les ataca porque el Equipo Excelente le lavó el cerebro.

Al fin el Raimon se ve las caras con el Equipo excelente, sólo para sufrir una derrota humillante, con el único consuelo de que no les hayan lavado la mente. Cuando más baja estaba su moral, Sor les anima para entrenarse al máximo y conseguir a los jugadores séptimo y octavo del Equipo Definitivo entrenando con unos rivales muy fieros: ¡auténticos dinosaurios!

Arion y sus amigos juegan un encuentro muy reñido con el Equipo Excelente, pero ni aun con el Miximax logran superar a sus rivales, que han multiplicado sus fuerzas con el Espíritu Guerrero Artificial Sombra de Plasma. Por si fuera poco, Guile controla a los dinosaurios para que invadan el campo y desbaraten el juego.

Viendo lo bien que Riccardo y Arion dirigen al equipo, Arion duda ser digno del puesto de capitán. Mientras, se ha decidido que su próximo viaje en el tiempo y el espacio tendrá como objetivo encontrar a los jugadores noveno y décimo del Equipo Definitivo: un libero con la ferocidad salvaje y un centrocampista regio y valeroso con fuerza y contundencia para hacer posible lo imposible.

Los aprendices de caballero Arion y Fei viajan al castillo del Rey Arturo esperando convertirse en caballeros de la Tabla Redonda. Cuál es su sorpresa al llegar al castillo y ver que los Caballeros no son son otros que sus compañeros del Raimon, con Riccardo de capitán.

La Reina de los dragones, famosa por su gran sabiduría, ha atacado el castillo del Rey Arturo. Goldie ve que Skie corre peligro y es capturada por la Reina, que se la lleva a la Gruta de la pena.

El misterioso Caballero Negro que ha lavado el cerebro de la Reina de los Dragones no es otro que Ar Ecks del Equipo Excelente. Empieza el partido y la confianza de Arion, que ya estaba bastante dañada, sufre más cuando casi al instante reciben el primer gol de un equipo que ha tomado su estrategia definitiva: el Modo Hiperdrive.

Tras separarse del Rey Arturo, Arion y sus amigos se ven envueltos en una luz cegadora y se encuentran en un lugar desconocido, reuniéndose con Samguk y los demás jugadores que se quedaron en el Instituto Raimon. Entonces aparece el presidente Argos, diciéndoles que deben ayudar a Eldorado en su lucha contra los Chicos de la segunda fase, que amenazan su mundo.

Los Chicos de la segunda fase rodean la sede de Eldorado y la arrasan, obligando a Arion y sus amigos a buscar un lugar refugio. Arion se ve cara a cara con el misterioso chico llamado Simeon, a quien conoció en el reino del Rey Arturo, y le revela que no sólo es uno de los Chicos de la segunda fase, sino que es su líder.

Antes de comenzar el primer partido de Ragnarok, los jugadores del Raimon se sorprenden de ver a su viejo enemigo Zanark Avalonic formando parte de Zan, el equipo de Nu-Gen. El juego violento de Zan provoca una lesión a Victor y aunque Eldorado Equipo 01 hace una defensa decidida, reciben gol tras gol. Cuando las cosas no podían empeorar, un extraño cambio tiene lugar en Fei...

Fei, a quien Simeon ha devuelto sus recuerdos, abandona el equipo pese a las súplicas de Arion. Mientras, comienza el segundo partido de Ragnarok, y las cosas pintan mal para Eldorado Equipo 02, pues es imposible construir el juego por culpa de la tozudez de los antiguos jugadores de Protocolo Omega...

Eldorado Equipo 02 sigue corriendo un gran peligro, pero un refuerzo tremendamente poderoso acaba de llegar para dar la vuelta a la situación. Antes de que eso pueda ocurrir, ha llegado el descanso y se encuentran perdiendo por tres goles, con Riccardo muy frustrado porque es incapaz de que el equipo trabaje unido.

La mañana del último y definitivo partido de Ragnarok, Arion está solo en el estadio, esperando que un día Fei y él puedan volver a jugar juntos. Pero cuando entra en el campo con Eldorado Equipo 03 se lleva una sorpresa desagradable...

Eldorado Equipo 03 recibe una avalancha despiadada de juego duro y crueles palabras por su antiguo amigo Fei y la primera mitad termina con dos goles de ventaja para Gar, que ha dominado el partido sin piedad.

La aparición de alguien inesperado le da a Eldorado Equipo 03 la moral que necesitaban y el partido deja de ser tan desigual. Mientras tanto, a Fei cada vez le cuesta más resistirse a las llamadas de Arion a su naturaleza bondadosa, haciendo que Simeon deba intervenir para obligarlo a lanzar un castigo cruel y poco común contra sus rivales...

Como Ragnarok terminó en empate, ambos bandos han decidido que se jugará un partido final para que llegar a una conclusión. Entre tanto, el Benefactor X revela su auténtica identidad, provocando una sorpresa monumental en Fei.

Fei y el profesor Cryptix lograron liberar a Mark Evans de la Chrono Storm, con lo que Arion y sus amigos lo recuperan como entrenador para el partido final contra el equipo supremo de Simeon: ¡Ragnah! Decididos a vencer a sus rivales y demostrar lo divertido que puede ser el fútbol, los jugadores de Chrono Storm lanzan sus Miximax para empezar.

Chrono Storm se ha visto completamente superado por Ragnah, el equipo final de Simeon, cuyo poderes y habilidades son increíbles. No obstante, a pesar de estar en desventaja, siguen siendo capaces de luchar con valor, sabiendo que no pueden permitirse perder. Fei y Zanark intentan lanzar un contraataque juntos, pero no funciona tal como esperaban.

Chrono Storm sale al campo de nuevo, decidido a mostrarle a sus rivales su propio fútbol. Y, oh sorpresa, logran parar uno de los tiros de Simeon y responder con su supertáctica para marcar un gol en respuesta. Simeon les dice que el poder de los Chicos de la segunda fase les une, pero eso no intimida a nuestros amigos, sino que les espolea.

Arion y su equipo han salido vencedores del último partido contra Simeon y los Chicos de la segunda fase, 200 años en el futuro. Hacen su último viaje en el tiempo para devolver a sus jugadores a sus propias eras antes de volver al Instituto Raimon.