こころの大樹を守るため、キュアムーンライトがダークプリキュアと戦っています。でも、敗れてしまいました。そこでキュアムーンライトは、次にこころの大樹を守るプリキュアのため、妖精のシプレとコフレにココロパフュームを託します。その夢を見たのが、希望ヶ花市に引越ししてきた内気な女の子・花咲つぼみでした。

わけもわからずプリキュアに変身したつぼみは、キュアブロッサムと名乗りました。プリキュアの登場に、さすがのサソリーナもビックリします。でも、ブロッサムはまだ自分の力をコントロールできません。おもいっきりジャンプをしすぎて怖がったり、走ったら勢いがありすぎて止まれなかったり、ドジばかりして…。

友だちとしてえりかと付き合えるようになったつぼみ。ふたりは仲良く学校の屋上でお弁当を食べることにします。そのとき、えりかがキュアムーンライトの夢を見るようになったことを、つぼみに話しました。それを聞いたシプレとコフレは思わず飛び出して、えりかへプリキュアになるようお願いします。すると…。

デザトリアンが暴れていると知って、駆けつけるキュアブロッサムとキュアマリン。でも、機敏な動きを見せるマリンに対して、ブロッサムはドジばかりで迷惑をかけてしまいます。なんとか、マリンの活躍でデザトリアンから、こころの花を取り戻して事件は一件落着しますが、新たな砂漠の使徒の大幹部クモジャキーが現れます。

つぼみとえりかは学校帰りに、新装開店の準備をしているラーメン屋さんを見つけました。そのお店は美味しいと評判の三浦ラーメンの2号店。近所にできると知って、三浦ラーメンが大好きなえりかは大喜びします。そんなえりかに、同級生でラーメン店の息子のあきらは、なぜか「来るな」と言います…。

早朝、学校の花壇に水をあげる、つぼみとえりか。すると、体育館のほうから声が聞こえてきました。それは武道の練習をしていた、いつきの声です。いつきのカッコいい姿を見て思わず喜ぶつぼみの前に、カメラを持った女の子が現れました。女の子の名前は多田かなえ。いつもスクープ写真を撮ることに一生懸命の女の子で…。

生徒会長のいつきの写真をもらって、つぼみの思いはますます高まっていきます。そんなとき、つぼみのクラスにいつきが訪ねてきました。目的は、えりかからファッション部の部員名簿をもらうことです。でも、ファッション部の部員は、つぼみとえりかのふたりだけ。このままでは、ファッション部は廃部になってしまいます！

えりかの家は朝から大慌て。お姉さんのももかが撮影のため、朝からお出かけするからです。忙しそうにももかのお世話をするお母さんを見て、えりかは思わず「モデルはいいなぁ」とつぶやきます。そんなえりかに、「モデルになればいいじゃない」と返すももか。えりかは面白くありません。つぼみも、えりかのことが心配で…。

HANASAKIフラワーSHOPに小畑という人が訪ねて、つぼみのお父さんに挨拶をしています。つぼみのお父さんは、昔は大学で植物学を教えていて、小畑はその教え子でした。そんなお父さんに、小畑は自分の会社に来てほしいと頼みます。その話を聞いていたえりかに、お父さんとお母さんの出会いについて話します。

砂漠の使徒の基地では、サバーク博士が3幹部を集めて怒っていました。プリキュアの活躍によって作戦が次々に失敗し、世界を砂漠にしてしまうことができずにいるからです。そこでサバーク博士は、キュアムーンライトを倒した最強の戦士であるダークプリキュアを、ついに出撃させることを決めました。

砂漠の使徒に荒らされたお花畑も、すっかり元通りになりました。でも、いつまたダークプリキュアが襲ってくるかもしれません。不安に思ったつぼみは、何とか今度こそダークプリキュアに勝てる方法はないかと考えます。そんなとき、クラスメイトのまさとが、カンフーマスターと呼ばれるカンフーの達人だと知ります。

つぼみの家族は、えりかのお母さんからバーベキューに誘われます。そんな時、HANASAKIフラワーSHOPに、常連のお客さんである利岡ユウトがやって来ます。ユウトはいきなり「永遠に咲き続ける花をください」と言います。それは、特殊な加工をした花のこと。その花で、恋人にプロポーズするというのです。

ある日、ゆりはキュアムーンライトがダークプリキュアに負ける夢を見ました。一体どういうことでしょう？ ゆりはお母さんとふたり暮らし。お父さんはこころの大樹を探す旅に出たまま帰ってきません。でも、お母さんはお父さんの帰りを信じて待ち続けていました。一方、ダークプリキュアは、ゆりのことを考えていました…。

今日のえりかのお弁当は買ってきたパンです。でも、パンだけではお腹がすいてしまいます。そこでえりかは、みんなからおかずを分けてもらうことにしました。そのなかでも、ひと際キレイにできていたものが、クラスメイトのななみのお弁当です。それを見たつぼみは、思わずななみのお母さんのことをほめますが…。

いつもりりしい生徒会長いつきは、本当は可愛いものが大好きな普通の女の子。そのことを知っているつぼみは、以前ファッション部に誘いましたが、いつきは忙しいのを理由に入部をしてくれません。そこでえりかは、いつきにファッションのデザイン画を描いてみてはと勧めます。いつきの描きあげたデザイン画は…。

ファッション部に、えりかの友だちのあずさが訪ねてきました。あずさは演劇部の部長。演劇のことになると夢中になる女の子です。最初は仲のよかったえりかとあずさでしたが、ファッションに関してどっちがくわしいかということで、口ゲンカを始めてしまいます。そしてとうとう、勝負することになってしまいます。

おばあちゃんに珍しい花が咲いたから見に来ないかと、植物園に誘われたつぼみとえりか。植物園に到着すると、そこにはおばあちゃんのほかに、ゆりも一緒にいました。先輩プリキュアのゆりから、いろいろな話を聞きたいつぼみとえりかでしたが、ゆりは相変わらず厳しい表情のままです。そんな時…。

プリントを渡すため、クラスメイトの番ケンジの家を訪ねることになったつぼみ。えりかはケンジのことを「伝説の番長」だと言って怖がっています。えりかによると、ケンジがひとにらみしただけで、どんなに強い番長も逃げ出したほどだと言うのです。そして、つぼみとえりかは、ケンジの家の前に着きます。

えりかのお父さんはとても有名なカメラマンです。そのおかげでえりかやももか、お母さんたち家族の写真はいっぱいあるけれど、お父さんが一緒に写っている写真が1枚もありません。そのことに気づいたえりかのお父さんは、カメラマン役をつぼみに頼んで、家族全員が写っている写真を残すために家族旅行に行こうと決めます。

お昼寝をしていたシプレとコフレは、突然の光にビックリして目を覚まします。ココロポットに貯めていた、こころの種が輝きだしたのです。きっとスゴイことが起こると喜ぶシプレとコフレ。その言葉通り、こころの大樹から新しい妖精ポプリが生まれてきます。一方、失敗を続けるサバーク博士のもとには…。

つぼみとえりかは、こころの大樹から生まれた第3の妖精ポプリを、おばあちゃんに紹介しました。ポプリはこころの大樹を砂漠の使徒から守るためにも、第3のプリキュアを早く見つけなければいけないと言います。でも、どうやって探したらいいか、つぼみとえりかにも見当がつきません…。

花壇を見ていたつぼみが急にあわてます。ファッション部とかけもちしている園芸部に行くのを忘れていたからです。そこで放課後になってから、ファッション部をお休みして園芸部に顔を出すことにしました。つぼみが園芸部に取られるのではないかと心配になったえりかも、一緒について行きます。

ポプリのことをぬいぐるみだと思って、カワイイと抱きしめるいつき。そのことがきっかけで、ポプリは3人目のプリキュアがいつきだと感じます。さっそく、いつきの家に行くと言い出したポプリを、つぼみたちは必死に止めました。そして、まずはいつきが本当にプリキュアなのか確かめようとします。

ついに誕生した第3のプリキュア・キュアサンシャイン。その力は、いつきが武術の達人だったこともあって、強敵のデザトリアンさえも圧倒します。シャイニータンバリンを取り出したサンシャインは、決め技「プリキュア・ゴールドフォルテバースト」で、デザトリアンを浄化して、お兄さんのこころの花を取り戻します。

お兄さんのさつきの体の具合もすっかり良くなって、いつきも大喜びです。そんなとき、つぼみとえりかがやって来ました。同じプリキュア同士として、お互いを名前で呼び合うようになる3人。さらに仲良くなるため、つぼみとえりかはいつきをファッション部の合宿に誘います。

不安な気持ちを抱いたまま、ファッション部の夏合宿に参加したいつき。イメチェンのおかげでみんなと仲良くなることができ、浜辺でみんなと水遊びを楽しんでいます。それをなぜか、なおみだけが寂しそうな顔で眺めていました。別荘に戻り、みんなで文化祭のファッションショーの準備を始めますが…。

つぼみたちは、おばあちゃんと一緒に電車で鎌倉までやって来ました。以前住んでいた家に泊まりに来たのです。道の途中、みつるという男の子が現れます。彼はつぼみの幼なじみで、引越しのときにお別れを言えず、それっきりになっていたのです。家の中には写真が残されていて、それを見たつぼみたちは驚きます。

夏休みに入って学校はどこもお休み。コブラージャはその隙に、砂漠の使徒を使った一大作戦を計画していました。そうとも知らないつぼみといつきは、えりかの家を訪ねます。えりかは夏休みを毎日ダラダラと過ごしていました。しかし、気がつけばもう少しで新学期。夏休みの宿題を、まだたくさん残していました。

教室でドレスを縫っているつぼみ。実は、自転車で京都から旅してきたクラスメイトのゆうきが今日にも帰ってくるので、みんなで出迎えるため学校に集まっていたのです。ゆうきのガンバりを見習って、つぼみは自分の力だけで自分のデザインしたドレスを作るという目標を立てていました。ところが、ゆうきは…。

二学期が始まりました。でも、ポプリはいつきと遊びたくてしかたありません。一緒にいると言ってダダをこねるポプリを、「めっ！」と叱るいつき。ショックで植物園を飛び出すポプリ。あわてて後を追おうとするいつきたちでしたが、学校が始まってしまうので、シプレとコフレが代わりに探しに行くことになります。

またしても暴れるデザトリアンを浄化して、こころの花を取り戻したプリキュアたち。まさに絶好調なのに、ゆりだけは、いつもどこかさみしげな感じです。つぼみはそのことがとても気がかりでした。つぼみは秋の学園祭に向けて企画中のファッションショーに、ゆりにモデルとして出てもらうことを提案します。

パワーアップしたデザトリアンに勝つことはできましたが、砂漠の使徒も日に日に強くなっています。そこでつぼみたちは、おばあちゃんにプリキュアの力を高めるアイテムについて訊ねます。その名は「ハートキャッチミラージュ」。プリキュアの城「プリキュアパレス」にある、伝説のアイテムなのですが…。

キュアブロッサムたちは苦労の末、ついに「ハートキャッチミラージュ」を手に入れます。これさえあれば、こころの大樹までワープしたり、こころの花の様子を見ることができるのです。ほかにも神秘の力を秘めているミラージュがあれば、ゆりもプリキュアに戻れるのではないか？ ブロッサムはそう考えますが…。

コロンの魂の導きによって、ふたたびゆりはプリキュアに変身できるようになりました。ついにキュアムーンライトの復活です。ムーンライトにライバル心を燃やすダークプリキュアは怒り心頭、今度こそムーンライトを完全に倒してしまおうと攻撃してきます。しかし、ムーンライトは前に負けたときとは違っていました。

明堂学園の学園祭まであと3日、みんな準備に大忙しです。ファッションショーの準備で、えりかはパニック寸前。いつきは生徒会長としての仕事がありますし、部員のみんなもクラスの出し物があって、ファッション部のことをあまり手伝えません。つぼみも、ゆりに着てもらう服を、まだ仕上げられずにいました。

ついに学園祭の日が来ました。学校中が大にぎわい！ ファッション部もショーの準備に大忙しで、つぼみは緊張のあまりドジばかりしてしまいます。続いて、クラスでやっている喫茶室のお手伝いをするつぼみとえりかでしたが、お父さんやお母さんたちが来ていてビックリ。つぼみはますます緊張してしまいます。

学園祭も終わり、ホッとしたつぼみたちは植物園でお茶をしていました。そこに突然、何かが空から降って来ます。デザトリアンとは違った怪物です。怪物は目から怪光線を出して、花を枯らし、緑の大地を砂漠に変えてゆきます。それを見たつぼみたちはプリキュアに変身、怪物を止めようと挑んでいきます。

砂漠の使徒の支配者であるデューンが、砂漠の種・デザートデビルを地球に送りこんできました。この強敵に勝つため、プリキュアたちはハートキャッチミラージュの作り出した最後の試練を受けることにします。みんな無事に試練を乗り越えたかに思いましたが、キュアブロッサムだけがいまだに苦戦していました。

プリキュアたちは最後の試練を乗り越え、ついにスーパーシルエットの力を手に入れました。こころの大樹も元気を取り戻し、シプレたち妖精も大喜びです。そこで妖精たちは、ガンバったプリキュアに何かプレゼントをしようと考えます。ところが、突然、えりかが大ピンチだと叫んでキュアマリンに変身します。

今日もプリキュアに負けてしまったサソリーナ。その心に変化が生まれていました。プリキュアの聖なる光を浴びつづけたせいで、邪悪な心が薄れていたのです。心配そうに見守るクモジャキーとコブラージャ。そのころ、いつきはプリキュアに専念するため、生徒会長をやめることをつぼみとえりかに伝えていました。

植物園でプリキュアのマネをする妖精たち。それを見ていたつぼみたちの前に、ななみとるみの姉妹がたずねてきました。いつも来ていた人形劇団が来られなくなって、保育園のみんなが落ち込んでいるそうです。妖精たちを人形だと思っているななみは、つぼみたちにシプレたちを使って人形劇ができないかと相談します。

植物園でお花たちに水をあげるゆり。つぼみたちは、そのしぐさをマネします。ゆりのような、大人の女性に憧れているのです。誰かの気配を感じて植物園の外に出てみると、草むらに一通の封筒が落ちています。その封筒を拾ったつぼみたちは、ビックリしてしまいます。何と、ラブレターだったからです。

お母さんが入院したと聞いて、つぼみは大あわてで病院に向かいます。同じく駆けつけたお父さん。ところが、お母さんはなぜか嬉しそう。不思議に思ったつぼみとお父さんに、お母さんは赤ちゃんができたことを伝えます。それを聞いたふたりは大喜び。つぼみはお母さんの代わりに、お花屋さんのお手伝いを始めます。

クリスマス間近。植物園のモミの木もキレイに飾りつけて、クリスマスツリーに大変身です。ツリーを見ていたえりかが、一枚の短冊に気づきます。まるで七夕の短冊のように、「プリキュアに会えますように」とお願いが書いてあります。お願いを書いたのは、まゆかという女の子。つぼみは翌日、まゆかのもとを訪ねます。

ついにプリキュアたちの前に、砂漠の王・デューンが現れました。キュアフラワーを連れて行こうとするデューンに対して、キュアブロッサムたちは果敢に挑みます。でも、砂漠の使徒の支配者だけあってデューンは強敵でした。プリキュアたちは次々とその攻撃の前にはじき飛ばされ、変身がとけてしまいます。

おばあちゃんを助けるため、砂漠の使徒の本拠地・惑星城へと乗り込んだプリキュアたち。襲いかかるスナッキーの大軍をけ散らしていると、クモジャキーとコブラージャが現れました。ここから先には一歩も進ませないと、クモジャキーとコブラージャは気合充分です。二人には、キュアサンシャインとキュアマリンが挑みます。

ついに惑星城の中にいるおばあちゃんを助けたキュアブロッサム。おばあちゃんからキュアムーンライトとサバーク博士を戦わせないよう頼まれ、ブロッサムはムーンライトのもとへ向かいます。同じころ、キュアマリンとキュアサンシャインの前には、スナッキーの大群が現れていました。流石にこれには困ってしまい…。

プリキュアが惑星城で戦っているころ、地球にはデザートデビルたちが現れていました。不安そうなみんなを、プリキュアを信じていれば大丈夫だとケンジが励まします。キュアムーンライトは、ようやくダークプリキュアとの決着をつけることができました。キュアブロッサムも一安心。でも、月影博士の顔は沈んだままで…。

プリキュア・ハートキャッチ・オーケストラが、砂漠の王デューンにさく烈します。これでようやく、地球に平和が戻ってくるかと思われました。ところが、デューンはまだ立ちあがってきます。しかも、今まで以上に憎しみの力を増幅させ、ついに地球と同じくらいにまで巨大な姿へと変身してしまったのです…。