Ein mysteriöser Fall führt das Ensemble um den blauen Affen Beast, die Wettergöttin Storm und Logan alias Wolverine zusammen: Professor X berichtet vom Verschwinden eines japanischen Teenagers und bittet um Aufklärung des Falls. Vor ihrer neuen Mission gelingt es dem Trio mit vereinten Kräften, Cyclops zurückzugewinnen, der noch um Jean trauert, die nach ihrer Verwandlung in Phoenix nun nicht mehr Teil des Superhelden-Teams ist.