故事开始于八年前的一个雪夜……北海道的一片雪原里，天海夫妇被一只神秘的机械狮子托付了一个婴儿。那个婴儿是人类生存的关键。

然后，在2005年，一个巨型机器人突然出现在东京湾的一块填海土地上，并开始入侵新宿的新市中心。其中一名被卷入事件的儿童是由天海夫妇抚养长大的婴儿，名叫天海护。

秘密防卫组织GGG的机动队长狮子王凯和机甲加里昂被派去对抗继续入侵新宿新市中心的巨型机器人。一直睡在GGG机库里的加里昂，仿佛因为阿护的危机而醒来。

狮子王凯和加里昂融合在一起，成为机械凯牙，对抗名为EI-02的巨型机器人。凯牙进一步与Gao机械融合，成为重型机动机械人GAOGAIGAR，并击败了EI-02。GAOGAIGAR试图取出核心并摧毁它，但有人阻止了他。这是以光辉姿态出现的阿护。

两年前……年轻天才宇航员狮子王凯在接触外星智慧1号（EI-01）后受致命伤，成为半机械人。而现在……GAOGAIGAR试图摧毁的EI-02的核心时被阿护的神秘力量变回人类形态。中央核心=异械金属拥有人类并利用他们的创伤将他们转变为异械机器人。

虽然恢复了和平，但城市受到的破坏却是广泛的，而在融合计划未完成的情况下作战的GAOGAIGAR的损失也很大。当阿护回到父母身边时，他只是对自己未知的能力感到困惑。

这时，身体状况不佳的职业摔跤手EI-03出现了。尽管凯和GAOGAIGAR尚未完全调整，但他们在最终融合被阻止的情况下再次融合成功并击退了EI-03。阿护再次出现在GAOGAIGAR面前，GAOGAIGAR手里拿着异械金属。

GGG……是日本政府为了回应两年前在EI-01袭击中救下凯的加里昂的警告而成立的秘密防卫组织。加里昂对阿护有一种奇怪的亲近感，把他带到了GGGBaytower基地。然而，尽管进行了所有测试，阿护神秘力量背后的机制却从未得到澄清。然而，当阿护在基地内遇到了因机械人身体故障而遭受伤的凯时，他与凯的G石产生了共鸣，并利用该能力拯救了凯。

随后EI-04出现在人口稠密的地区。由于城市遭到破坏，GAOGAIGAR的战斗陷入困境，GGG引入了新开发的超级工具分割驱动器。在空间曲率造成的战场上击败EI-04。

EI-04的真实形态已经逃到了城市。GGG拼命寻找被阿护称为“异械”的逃亡者无果。此时，阿护的父亲天海勇所在的宇宙开发公司正准备发射航天飞机。护感觉到航天飞机处于危险之中，但没有任何证据表明这一点。最终，航天飞机发射升空，但异械潜伏在那里。然而，GGG派了凯来驾驶航天飞机。异械与航天飞机融合成为异械机械人EI-05。然后，凯被扔出了航天飞机，并使用最终融合击败了异械机械人。

六个月前诞生的两个AI……由GGG成员训练，安装在两台车载机器上。他们的名字是冰龙和火龙。然而，由于GSRide的控制无法正常工作，他们无法将系统转换为人形机械人。此时，普莉玛达制造的异械机械人EI-06开始摧毁这座城市。冰龙和火龙被派去执行救援任务。然后，冰龙和火龙的GSRide对因凯牙危机而情绪激动的阿护作出反应，成功转换了系统。GAOGAIGAR在冰龙和火龙的支持下，通过合作击败了异械机械人。

冰龙和火龙无法进行对称对接，因为AI的同步率（simparate）没有增加。异械机械人EI-07出现在鹿岛海滨工业区，冰龙和火龙在争吵中出击。负责这次行动的弁奇诺尔的目的是让GAOGAIGAR在EI-07战败后引爆其内部储存的汽油。即使知道了敌人的策略，GAOGAIGAR也无法退缩，并使用了他的必杀技“天堂地狱破”。危机来临，冰龙与火龙的同步率提升到100%，成功对称对接，成为超级龙神。EI-07爆炸的影响被超龙神使用的超级工具“消除弹头”消除了，GAOGAIGAR被救了。

为了将地球升华为机械世界，异械人继续使用异械金属将地球人转化为异械机械人。涉及受害人的事件再次发生。神秘的黑色300系新干线在半夜出现，失控并喷出电磁波，给该地区造成了破坏。GGG使用具有镜面涂层以防止电磁波的冰龙和火龙，和由凯驾驶的我王列车进行捕获行动。两机械人、一人的配合，行动看似成功，但300系新干线却变成了异械机械人EI-08。GGG机动部队在分割驱动器和消除弹头这两个超级工具的配合下对抗EI-08散射的电磁波，并成功击败了EI-08。

有一天，太阳从关东地区消失了。天空中大片区域出现了巨大的云状异械机械人EI-09。EI-09的目标似乎是自己的成长而不是毁灭。这是为什么？

当阿华乘坐的气球也被异械捕获时，护伤心欲绝。由于EI-09体内储存了大量氧气而无法大意攻击的GGG终于开始了行动。在关闭发动机的情况下用我王隐形战机和凯牙救出人质后，他们计划用分频驱动器撞毁敌人，并用消除弹头消除爆炸的冲击。任务取得了成功，但在任务期间，凯目睹了异械体内的一个奇怪物体。

GGG在对付异械方面一直落后，但他们终于完成了对策。他们开发了一种Z传感器，可以检测异械产生的特殊基本粒子ZO。大约在同一时间，神秘的失控摩托车开始出现在城市中。火麻他们怀疑这可能是异械，于是拿起Z传感器前往调查。火麻他们使用Z传感器发现了异械，并追捕他，但由于异械混在大量摩托车中，他们无法识别他。派出的GGG机动部队也试图帮助捕获它，但无数的摩托车融合在一起形成了异械机械人EI-10。GAOGAIGAR很难对抗反复分离和结合的EI-10，但阿护的探测能力让他能够看穿敌人的主体并将其摧毁。

异械现身最新深海勘探船的下水仪式。更重要的是，阿护和阿华被困在异械机械人EI-11内，该机器人已与探索船融合在一起。GGG机动部队与GGG情报部门联合开始救援行动。首先，潜水器Marine1是从多维智能潜艇上发射的，但在6000米的深度，它无法承受水压而崩溃。然而，潜伏在里面的GAOGAIGAR却用分割驱动器制造出弯曲的空间场，继续向深海追击。弯曲空间场消失在深海之中的时间限制是三十分钟。他们最终在一万米深处摧毁了EI-11，但时间已经超出。然而，多亏了阿护未知的力量，所有人都被安全救出。

狮子王丽雄博士与斯万一起拜访了他以前的学生野崎。野崎是伊索尔德的首席实验员，伊索尔德是一座建于东苫小牧的巨型粒子加速器。然而，两人被已经变成了异械的野崎抓住了。GGG通过秘密护送两人的保罗霍特得知情况，立即派出专案组前往现场。凯、冰龙、火龙、保罗霍特分别从北门、南门、东门、西门入侵。机界四大天王终于出现在他们面前。巨型粒子加速器伊索尔德已经变成了利用其高能的异械金属工厂。融合了伊索尔德的异械机器人EI-12被GAOGAIGAR击败，并摧毁了异械的重要基地。

GGG继续研究他在伊索尔德成功获得的完美异械金属。勇者们受到G石力量的保护，但异械金属可以与任何普通机器融合。正是这种异械金属将人类变成了异械机器人。为了准备进一步的战斗，GAOGAIGAR与超龙神进行了模拟战斗，而凯和保罗霍特则分析了盟友和敌人的实力。与此同时，异械人也在为明天的攻防做准备。四大天王分为针对绿发少年卫的彼塔和弁奇诺尔，以及针对该凯恩遗产加里昂的波罗涅兹和普莉玛达，他们制定了策略。

两年前……太空巨兽加里昂飞到地球，给了凯G石，救了他的命。黑匣子内发现了众多超级科技，人类准备拦截额外智能（EI）。以加里昂为目标的是四大天王之一的波罗涅兹。

波罗涅兹的目标是在冲绳水上乐园Waterpolis玩耍的阿护。加里昂冲入了包围网，并遭到异械机械人EI-13的猛烈攻击。将阿护从危机中拯救出来的人是保护阿护的GGG情报部成员保罗霍特。凯冲入并最终融合到GAOGAIGAR，EI-13被击败。

彼塔是在做梦。曾几何时，三个太阳之下，他在红土地上的一场战斗中惨败，流浪……在那里他遇到了弁奇诺尔并成为了异械人。彼塔一心想先除掉拥有神秘力量的阿护。该计划是将美国士兵异械化，引诱阿护进入一个被雾覆盖的山谷，干扰电磁波，并使用地球武器攻击他们。由于大雾干扰了电磁波，通讯无法进行，GGG并不知道阿护的危机。暗中保护阿护的保罗霍特使用自己的多种特殊能力来保护阿护，巨型保罗霍特出现并与异械机械人EI-14对抗。与强大火力搏斗的巨型保罗霍特，和冲进来的GAOGAIGAR摧毁了EI-14。

猿頭寺耕助是为GGG基地创造计算机系统的天才。与他争夺开发主管职位而失败的犬吠崎化身为异械，潜入了GGGBayTower基地的电脑。结果，正在进行维护的凯、冰龙、恩龙都受到了损伤，主动力反应堆也失去了控制。当基地的主反应堆爆炸时，保罗霍特建议阿护撤离，但阿护无法接受独自逃到安全地方的想法，决定与保罗霍特一起击败异械。作为GGG的特殊成员，他与保罗霍特一起指挥并潜入基地。在他们和猿猴寺的努力下，犬吠崎被多维情报潜艇电脑中设置的陷阱从基地的电脑中消除了。在最后的挣扎中，犬吠崎融合了GAOGAIGAR的零部件，成为异械机械人EI-15。然而，GAOGAIGAR的合并程序已被破坏，因此凯牙和我王机械无法融合。这时，火麻、丽雄和牛山登上了每台我王机械，执行了危险的最终融合。在大家的努力下，EI-15被击败，但凯的半机械人身体却因必杀技“天堂地狱破”的影响而变得异常……

在与异械的反复战斗中，凯的半机械人身体因过度使用他的必杀技“天堂地狱破”而支离破碎。这时，著名大学的补习班接连在中午被炸。GGG发现，这是一门巨大的火车炮的远程轰炸。在保护东京大学免受轰炸的超龙神的英勇努力下，GGG成功查明了轰炸地点，并通过秘密路线派出了加里昂和我王机械。凯伤愈归来，并在异械机械人EI-16面前进行最终融合。使用分频驱动器抵消炮击威力，在肉搏战中击败了EI-16。

使用HypertoolDividingDriver有一种潜在的危险，敌我双方都意识到了这一点。普莉玛达利用这一特点作为战略的一部分，异械机械人EI-17出现在大阪。通过用分割驱动器创造一个空间弯曲场，凯用天堂地狱破击败了EI-17，尽管给他的身体带来了压力。然而就在这时，一个空间曲率场出现了，将GAOGAIGAR笼罩在内。GAOGAIGAR陷入了无法逃脱的状态。如果空间曲率场继续收敛，包括GAOGAIGAR在内的整个大阪都会消失。在这场危机中，身在美国的狮子王雷牙博士创造了空间钳。钳子融合成为超级工具，并将GAOGAIGAR与工具连接起来。凭借空间修复能力，成功闭合空间裂缝。

继续使用天堂地狱破，凯的机械人体内累积的伤害已经达到了极限。GGG为给GAOGAIGAR增加战力，加速G-tools的发展。有一天，日本宇宙开发公司发生了异常情况。员工们开始以奇怪的行为破坏设施。而且，就连国营公司的人也试图杀死凯。一切都是由微型异械引起的。GGG将人们从微型异械的控制中解放出来，但集合体异械机器人EI-18出现了。最终融合成GAOGAIGAR后，凯使用了禁忌的天堂地狱破，但这正是彼塔的目的......

GAOGAIGAR掉进了彼塔的陷阱，抓到了虚拟的异械金属，并被以天堂地狱破的能量作为雷管出现的大新星吞噬了。GrandNova是一个可以称为地球上太阳的高能量体......它的真实身份是异械金属Plant，它取代了因GAOGAIGAR的活动而一度丢失的Isolde。GGG全力展开了GAOGAIGAR救援行动，与此同时，阿护和保罗霍特寻找失踪的EI-18异械金属的下落。超龙神在全身伤痕累累的情况下成功救出了GAOGAIGAR，而保罗霍特也对保护异械金属的彼塔发起了突然袭击。最后，批准启动G工具黄金重锤以消灭新星。GrandNova被将物质转化为光的黄金重锤的力量消灭了，但GAOGAIGAR的飞行器也因为无法承受后坐力而受损。

G-Tool黄金重锤以其难以想象的威力对GAOGAIGAR的飞行器造成了严重损坏。GGG的翻修工作正在快速进行。与此同时，弁奇诺尔想要消灭阿护，后者利用他的神秘力量破坏了许多行动，因此他将阿护的小学与外界隔离，并让异械攻击阿护。在封闭的学校里，孩子们之间的战斗仍在继续。在他们的努力下，保罗霍特识破了封闭空间的诡计，GGG出动了。为了拯救被俘虏的孩子，并使用仍在改造中的黄金重锤，GGG机动部队的勇者机器人以精妙的协调性迎战异械机械人EI-19。使用DimensionPliers作为减震器和黄金重锤，他成功击败了EI-19。

为了在不给GAOGAIGAR的身体造成任何压力的情况下使用黄金重锤，正在进行改进。这是一款新开发的勇者机器人，拥有强大的右臂，可以承受黄金重锤的后坐力。这是，使重力控制成为可能的天才科学家平田昭子变成了异械。新生的异械机械人EI-20接近GGGBayTower秘密基地所在的G岛，同时因重力异常而造成高重力。参与救援的冰龙和火龙也被强大的高重力封印。然而，有一个勇者机器人不顾EI-20造成的高重力而出击。这是刚完工的黄金玛格。黄金玛格向前冲去，承受着高重力，摧毁了EI-20的重力控制部分，然后将工具与GAOGAIGAR连接起来，获得了强大右臂的GAOGAIGAR使用新的特殊分支“地狱之锤”和“天堂之锤”。击败异械机器人EI-20。

异械机器人EI-21出现在美国军事基地的一次活动中。与轰炸机融合的异械机械人EI-21可以在空中自由飞行。更重要的是，军事爱好者菖蒲和她带来的阿华被困在里面。即使受到猛烈的空袭，GGG机动部队也无法攻击，因为他们两个人被劫持。擅自冲过去的黄金玛格被打飞了。GAOGAIGAR的破碎万能也被摧毁，所有必杀技都被格挡。当时，菖蒲和阿华独自逃脱了。被认为已经停止运作的黄金玛格坚强地幸存下来，而GAOGAIGAR则用必杀技天堂地狱破击败了异械机械人EI-21。

美国宇航局正在测试一种新型机器人。外太空实验取得成功，开发负责人狮子王雷牙博士前往日本。然而，在潜艇秘密运输过程中，集装箱因暴雨沉入大海。集装箱立即被拉起，但集装箱内的新机器人却消失了……新科斯莫机器人迈克逃亡并独自登陆G岛，不知不觉中他与阿护成为了朋友。然后，引发风暴的异械机械人EI-22接近了G岛。迈克奋力抵抗，但瞬间被击败，出击的GAOGAIGAR和黄金玛格击败了异械机械人EI-22。

新机器人迈克性格开朗、友善，很快就与GGG的勇者机器人相处融洽。在迈克风前谈论勇者机器人过去的活动和他们的特殊能力。迈克对自己是一个多么无用的机器人感到沮丧，但他实际上有一个大秘密。深夜，迈克访问了GGG的数据库，偷偷复制了战斗记录。有一天，迈克出现在正在游乐园享受游行的凯和阿护面前。凯对与阿护等人成为朋友的迈克苦笑，但随后彼塔袭击了他。守陷入困境，却被突然出现的神秘机器人（迈克变身为吊杆机器人）所救。阿护似乎已经意识到了自己的真实身份泄露了，但是……

由于迈克的谜团仍未解开，狮子王雷牙博士他们回到了美国。然而，迈克不想与阿护等人分开，他溜出了运输机并返回了。这时，异械机械人EI-23和EI-24同时出现。GGG机动部队的勇者机器人们在异械的超声波攻击下，堪比人类血液的G液体被汽化，奋力挣扎。就在大河准备使用他的秘密武器“子弹X”时，迈克勇敢地冲了过来。然而，它不是异械机械人的对手，很容易被击败。然后，由于系统转换，迈克变成了Boom机械人，将阿护和GGG从危机中拯救出来。

由于多次失败的行动和工厂的毁坏，异械人体内只剩下了一种异械金属。帕斯达指示波罗涅兹和普莉玛达制定新计划，彼塔和弁奇诺尔联手实施牵制行动，以分散GGG的注意力。在海上失去父亲的男孩透变成了异械，将阿护的同学们陆续吞入了平行空间。从保罗霍特的智慧中得到线索的GAOGAIGAR和阿护用次元钳侵入平行空间，营救了同学，并成功击败了异械机械人EI-25。由于心地纯洁，透无需经过阿护的净化就能恢复原状。事件虽然解决了，但最终，异械人的牵制行动成功了，他们成功地分散了GGG对波罗涅兹和普莉玛达秘密行动的注意力……

失去了所有异械金属的异械人终于执行了他们的最终计划。波罗涅兹和普莉玛达变成异械机械人EI-28和EI-29，并用复合屏障Contrafall封锁了东京市中心。外出旅行的阿护他们被留在了Contrafall，并与其他1000万东京居民一起被扣为人质。为了应对这场史无前例的危机，GGG发动了倾尽全力的入侵战略。然而，彼塔和弁奇诺尔也变身为异械机器人EI-26和EI-27来攻击他们。勇者机器人通过不断使用各种超级工具，相继击败了四层的Contrafall，并最终成功地将GAOGAIGAR送入了Contrafall！

GAOGAIGAR进入Contrafall时亲眼目睹的是，整个首都都变成了异械金属工厂。GAOGAIGAR攻击波罗涅兹和普莉玛达，并成功摧毁了Contrafal。机械世界四大天王与勇者机器人的激战终于开始了。保罗霍特带着弁奇诺尔消失在灯光中。GAOGAIGAR凭借对天空的优势击败了彼塔。超龙神全身受伤，阻止了波罗涅兹和普莉玛达。然而，异械金属终于完成了。照这样下去，东京的所有居民都会变成异械机械人！？就在这时，终于解除封印的迈克的DiskX被激活了！！

迈克的DiskX释放出一道单独的波，只有异械金属被摧毁。东京似乎得救了，但这只是新恐怖的开始。阿护转入地下，被帕斯达抓获，加里昂和凯也冲进地下救出阿护。然而，活生生的彼塔站在盖面前，向他发起最后的战斗。凯来到帕斯达面前，犹豫不决。然而，在与凯战斗时，彼塔重拾了他曾经作为战士的骄傲，并在保护凯免受帕斯达攻击时倒下。最后，帕斯达揭露了他的真实身份：凯的死敌EI-01！

与终于暴露真实身份的帕斯达=EI-01的最终战斗已经开始。EI-01试图吸收整个东京的能量并逃往太空，勇者机器人发起全面攻击阻止他，但GSRide的能量却被湮灭。听到凯说他的体力即将耗尽，大河总监决定使用子弹X。子弹勇者机器人通过展示超越极限的力量击败了EI-01。然而，对于勇者机器人来说，这是他们必须用生命来换取的力量。……但是当阿护的眼泪流下来的时候，奇迹发生了！

与异械人的战争结束了，和平又回到了地球。然而，新的敌人正在逼近。就在凯和命暂时平静地治愈心灵的时候，一个巨大的物体飞来，开始攻击GGGBaytower基地。GAOGAIGAR遭到压倒性的攻击，贝伊塔基地最终被摧毁。一艘神秘的超无畏战舰出现在GAOGAIGAR面前，GAOGAIGAR战败倒下。白色战舰J-Ark变身巨型机器人帝王杰达，轻松击败敌人。然后，阿护的同学、散发红光的戒道幾巳从帝王杰达中出现！

阿护目睹的，是戒道从帝王杰达身上出现，净化了神秘敌人的核心，然后离开某处的惊人一幕。然后，这一次，巨大的双体修理船天照出现了。在收纳着GAOGAIGAR的天照号上，凯和阿护得知了新敌人“机界31原种”的入侵，并在卫星轨道上建造的轨道基地重新开始了他们的余生。现在由联合国直接管辖的新GGG的第一个行动是拦截正在攻击地球的机界31原种。13架迈克出动，但他们却陷入苦战。然后一艘白色战舰出现并成功歼灭了敌人。然而，从原种核分解出来的28个原种坠落了地球。

阿护他们参观了GGG轨道基地的新功能和次元舰队。与此同时，坠落地球的28个原种的下落仍然未知。秘密防御组织GGG的存在被公开，战斗变得全球性。大约在那个时候，当阿护回到地球时，戒道出现在他面前，并带领他进入了J-Ark。在那里，曾经的强敌彼塔变身为索尔达特J，指挥着J-Arc。感知到原种的反应，戒道、J-Ark前往北冰洋，在那里他遇到了巨腿原种ZX-04占据水下石油开采工厂的地点。然而，在遭到原种的攻击后，J-Ark沉入了零度以下的海洋深处……

戒道他们的目的是收集净化原始核心时出现的异械水晶。已经觉醒的戒道说“你的记忆被封印”让阿护感到震惊。与此同时，GAOGAIGAR正与巨腿原始ZX-04战斗。GAOGAIGAR最终陷入危机，天空出现极光，这是范艾伦带消失的标志。在那里，复活的保罗霍特、冰龙、火龙、黄金玛格冲了进来。由Ultech引擎驱动的最强勇者机器人军团联手，最终击败了巨腿原种。然而，阿护无法净化的原始核心被J-Arc夺走了。

为了指导新型车辆机器人的人工智能，风龙和雷龙、冰龙和恩龙与凯和狮子王丽雄博士一起出发前往中国。然而与此同时，在中国醒来的脊椎原种ZX-05与中国的长城融合并出现。冰龙和火龙冲锋，但风龙和雷龙出现并优先战斗，导致大量游客被脊椎原种ZX-05带走。开发者杨博士训练出的用于军事用途的风龙和雷龙，与训练出以人类生命为优先的冰龙和火龙发生冲突。与此同时，因无法提纯原种核而郁郁寡欢的阿护在保罗霍特的鼓励下前往中国。最终，被绑架的游客变成了异械，和脊椎原种一起出现。冰龙和火龙赶到现场，但是……

ZX-05，一根与中国长城融合的椎骨，吸收了地下的地幔能量，并将其尖端延伸到平流层深处，以攻击轨道基地。为了阻止这种情况，勇者机器人分成两组，GAOGAIGAR从太空与脊椎原种ZX-05作战，冰龙则从地面与异械机器人作战。尽管历尽艰辛，GAOGAIGAR摧毁了脊椎原种本体，但逃出地下的原种核心却再次被帝王杰达偷走。与此同时，在地面上，超龙神正在努力拯救那些变成异械的人。被这一幕感动的风龙和雷龙最终成功对称对接，成为激龙神来救人。

在冰龙和火龙的影响下，风龙和雷龙的心中都在成长着勇者的心。杨博士明白了这一点，高兴地将两人转到了GGG。获得新能力的GGG尝试通过一项实验来解开其中一个谜团。大河长官将天海先生和夫人托付给他的G石吊坠交给了阿护，以便他能够与加里昂的黑匣子取得联系。然而，那次实验并没有发生任何事情，也无法获得新的信息。当失望的阿护独自面对加里昂时，他的脑海中浮现出一颗星星和三个太阳的景象。

脑原种ZX-06通过与航天飞机融合，成功进入卫星轨道，并在外层空间创建了一个与小行星带直接相连的虫洞。这个想法是从小行星带召唤无数小行星，让它们以陨石群的形式坠落到地球上。GGG机动部队拼命击落陨石。战斗中，脑原种ZX-06对GAOGAIGAR和最终与他融合的凯发起精神攻击，但一位神秘女孩救了他。GAOGAIGAR摆脱了危机并击败了ZX-06，而被凯恩释放出新力量的阿护也终于成功净化了原种核。然而，即将从虫洞出现的巨大陨石被推了回去，超龙神消失在虫洞中……

机界31原种之中，最强的七个原种已经开始活动了。它与各国的七艘战舰融合在一起，组成了一支原种舰队，包围了轨道基地。原种的目的是夺取GGG的原种核心，消灭GGG。同时消灭加里昂和帝王杰达。原种人利用他们的特殊能力入侵轨道基地。在激烈的战斗中，再次是一位神秘的女孩拯救了被抛入太空的凯。当凯回到前线并与原种对峙时，与手臂原种有着密切联系的索尔达特J出现在他面前。索尔达特J与手臂原种展开激战，但主控室最终被七原种占领。

原种被阿护的G力量压倒，从主控室撤退。阿护察觉到了被俘的阿华等人的存在，便驾驶加里昂前往营救她们。然而肠原种在那里等着，戒道也出现了。从肠原种的话语中，阿护得知自己并不是地球人，而是凯恩的儿子拉迪欧。而戒道幾巳是阿尔玛，一种以阿护为基础创造的生物兵器。在与地球上养育他的母亲融合的肠原种面前，戒道动摇了，被肠原种抓住了。与此同时，未能将轨道基地变成异械金属的原种们再次融合为战舰。GGG开始在舰队战中反击。

GGG向原种舰队发起挑战，与师团舰队进行一场舰队战。劫持戒道为人质的索尔达特J也用超级无畏舰J-Arc支援他。在一场激烈的战斗中，J-Rider击败了肝原种，而阿护则净化了它。剩下的失去再生能力的原种融合在一起，成为了一个巨大的原种联合体。GAOGAIGAR在六种不同能力的集中攻击中挣扎。然而，在得到三位神秘少女的暗示后，凯利用加特林机扭曲的空间作为重型卡伦兹，集中孤波击败了联合原种。戒道也被救了出来，但在回收的祖体中并没有发现肠原种和手臂原种。

在将巨大陨石推回虫洞而消失的超龙神，从6500万年前的地层中被挖掘出来。机体的状况十分恶劣，但仍然处于休眠状态，但它的AI和GSRide受到未知能量的保护，很安全。此时，GAOGAIGAR和帝王杰达因异械水晶发生争执，双双陷入了原种的陷阱，动弹不得。风龙和雷龙出发去拦截出现在埃及的手臂原种，但这一次肠原种出现在墨西哥。现在GAOGAIGAR无法动弹，风龙和雷龙无奈分成两队，单独挑战原种。阿护向休眠的超龙神诉说风龙和雷龙的危险。就在那时，奇迹发生了！

仿佛阿护的愿望实现了一样，沉睡中的超龙神苏醒了。为了挽救风龙和雷龙的危机，他们对称前往埃及，冰龙前往墨西哥，火龙前往墨西哥。获得了未知能量力量的冰龙和火龙分别成功与雷龙和风龙融合。对抗手臂原种和胃原种合体的幻龙神，以及对抗肠原种和鼻原种合体的强龙神！迈克的DiscM音乐解放的GAOGAIGAR和帝王杰达也加入战斗，成功一次性击败了合体原种。战斗中，戒道净化了肠原种的核心，成功救出了母亲，却让手臂原种则再次逃脱……

在目睹了阿护闪亮的净化模式后，阿华疑惑道：“你是外星人吗？”阿护一脸震惊，无法回答。这时，一家电视台的制片人成为了异械，并开始扰乱世界各地的无线电波。GGG机动部队出击，但在人质和无线电攻击面前被迫挣扎。担心的阿护在父母的鼓励下决定亲自前往战场。GAOGAIGAR在阿护的帮助下击败了异械机械人EI-74。当阿护揭露他是外星人的真相时，阿华接受了他的本来面目。然而，原种的最后行动已经开始了……

圣诞节之夜，阿护在父母送行后启程前往太空。异械机械人EI-74是为了争取时间而诞生的，而原种正在木星上将他们的最终计划付诸实施。由于杰达在木星球层被俘虏，戒道在J-Arc与GGG汇合。为了所有地球人的利益，GGG和J-Ark启程前往火星。然而，在木星上，原种已经设下了陷阱，正在等待着他们。GGG舰队被封印在克莱因空间。然而，由于GGG舰队与J-Ark的联合行动，他们成功将被困的杰达救了出来。在帝王杰达的努力下，GGG舰队也获得了解放，但狮子王丽雄博士却因翼原种的攻击而命殒在木星……

狮子王丽雄博士与THE POWER进行了心理生物融合，并与曾经在木星球体中丧生的妻子重新团聚。而激烈的战斗还在继续……更重要的是，追逐雷奥的GAOGAIGAR撞上了木星。对即将失去知觉的凯发出呼唤的人，正是储存在加里昂内的凯恩人格的复制体。凯恩告诉凯，他是阿护的亲生父亲，并将一切托付给凯。GAOGAIGAR在THE POWER的帮助下复活了。其他勇者机器人也凭借THE POWER的力量击倒了原种们。然而，正当勇者机器人即将获胜时，原种也利用THE POWER的力量从水晶中重生。最后，全品种融合Z主体出现了……

师团舰队的须佐之男号和伊邪那岐号被Z主体的巨大力量击沉，迈克的部队全军覆没，只剩下13世。然而，在分析能量的流动时，命发现了THE POWER的力量从木星流向Z主体。勇者机器人乘着THE POWER之流动，带着J-Arc冲进Z主体。然而，那再生的31原种却在那里等待着。尽管受伤了，勇敢的机器人还是到达了中枢的心脏原种。在他们的支持下，帝王杰达入侵了心脏原种，释放出力量，这也是毁灭之力。Z主体从内部崩溃。勇者们也活着回来了。

结合所有异械水晶的主体被阿护净化，整个宇宙的异械停止了活动。在与Z主体的决战中失去J-Arc的GGG舰队在经过三个月的航行后返回地球。与异械的战争似乎已经结束，人们正在享受休息的时光。然而，轨道基地内部发生了异常。突然，命变成了一个奇怪的存在，并开始吸收轨道基地的能量。凯艰难地作出了隔离命的选择，但已成为机界新物种的命降落到地球并变成了异械机械人。地球还会继续升华吗！？

大约三年前，当EI-01陨落时，被植入机界种子的命被转化为机界的新物种异械。异械降临地球，是为了带领地球实现超越机界升华的物质升华。而轨道基地已经失去了能量，无法再运行。GGG成员手动将勇者们的AI和GSRide加载到我王机器上，计算再入轨迹，并成功降落到地球。地面上，阿护和加里昂正在与异械机器人战斗，但面对异械的强大力量，他们却吃力不已。凯和我王机械赶到了那里。凯最终与搭载勇者机器人AI的我王机械器融合，成为GAOGAIGAR，汇聚了最强勇者机器人军团的力量。然而，即使是最强模式的GAOGAIGAR也很难击败异械机械人。最终，阿护化作盾牌的身体被炸飞了。尽管GAOGAIGAR的整个身体都被压碎了，但他还是从异械身上挖出了核心。然而，现在拥有净化能力的阿护已经倒下了，他已经无法拯救命了。当凯以对生命的感情说出净化咒语时，奇迹发生了。阿护复活了，生命恢复了原来的形态，而凯成为了进化者，生命与机械的融合体。幸存者们，拯救了这座城市，这一次和平真正到来了。阿护与加里昂一起踏上了拯救地球以外行星的旅程……