È il primo giorno di un nuovo anno al Sacro Cuore, e dopo la sfuriata di Jordan, i rapporti sono molto tesi tra tutti. JD cerca quindi di far tornare le cose come prima. Carla è arrabbiata con Turk perché lui non le ha detto ciò che il dr. Cox provava per lei, ma non è solo quello il motivo e vuole che Turk capisca davvero perché lei è arrabbiata: fino ad allora non ha intenzione di perdonarlo. JD teme la reazione del dr. Cox dopo che Jordan gli ha detto che lei e JD quando si sono conosciuti hanno fatto sesso, e si stupisce quando Cox gli dice che lo perdona. Capisce poi che il Dr. Cox l'ha perdonato solo perché non gli interessa più niente di lui. Elliot passa il tempo a nascondersi da JD, poiché ora questo sa del fatto che lei ne è ancora innamorata. JD le propone di copulare insieme per scoprire dove portano questi sentimenti rimasti in sospeso. Così JD riunisce Carla, Turk e il dr. Cox per parlare delle loro liti, ma la cosa non ha successo. Preso dal cercare di risolvere i problemi, questo si è dimenticato del suo paziente, che sembrava un mistero diagnostico: si scopre però che la febbre del paziente era dovuta ai continui spostamenti da un reparto all'altro e i troppi farmaci. JD capisce così che a volte le cose si sistemano da sole, e infatti così accade, visto che alla fine della puntata Carla perdona Turk e il dr. Cox torna a trattare male JD come prima.

J.D., Elliot e Turk si lamentano continuamente in quanto non vengono mai affidati loro compiti importanti, ma all'improvviso il loro desiderio si realizza: si trovano per la prima volta da soli a gestire l'intero ospedale senza la supervisione di nessuno. I tre però scoprono ben presto quanto sia difficile prendere delle decisioni circa la salute dei pazienti. Fortunatamente c'è Carla ad aiutarli e a rasserenarli nelle loro insicurezze. Nel frattempo, il Dr. Cox pur di dimostrare a Jordan di essere cambiato (convincendola così a tornare insieme) accetta di fare un discorso d'elogio al Dr. Kelso nel corso di una premiazione ma manderà tutto a rotoli.

Altro giorno altri casi da curare al Sacred Heart Hospital, specialmente se questi casi sono “particolari”: chi infatti fornirà il caso più strano al dottor Kelso potrà partecipare ad un convegno a Reno. J.D si ritrova fra le mani il caso più interessante di tutto l'ospedale, ma dovrà decidere di non abbassarsi a compromessi per far carriera o fare i conti col giudizio del dottor Cox. Intanto nell'ospedale fervono i preparativi per il giorno dell'anniversario di matrimonio del dottor Kelso. Per finire il quadro della situazione Carla ed Elliot si accorgono che la loro amicizia non è tanto solida, ma anzi fin troppe differenze le dividono. Infine, J.D. accetterà il viaggio a Reno, facendo presente al dottor Cox che cercare di mettersi in luce è fondamentale. Così Cox chiederà di mettere una buona parola a una sua paziente influente che ha un'infatuazione per lui.

JD si accorge di conoscere poco della vita di Carla, quindi la spinge a confidarsi con lui in un momento di debolezza. Quando però scopre che JD ha rivelato a Turk il suo segreto s'infuria e promette di non dirgli più nulla sulla sua vita privata in futuro. JD si scusa e alla fine Carla si confida ancora con lui dandogli un'altra possibilità. Turk nel frattempo è invidioso della sua collega più abile di lui in sala operatoria e si esalta quando Kelso lo sceglie per accompagnarlo in Messico. Scopre poi che è stato scelto solamente perché Kelso non vuole la compagnia di una donna a causa dei suoi pregiudizi sessisti, quindi va dalla collega offrendole il suo posto. Questa rifiuta e alla fine sarà Todd ad andare in Messico. Elliot ha i soliti problemi di autostima e cerca disperatamente l'attenzione del Dr. Cox, che approfitta della sua disponibilità affidandole i compiti più ingrati. Alla fine, impietosito, Cox le consiglia di smettere di preoccuparsi di quello che pensa la gente di lei.

JD, divenuto assistente di ruolo, decide di mettere il camice bianco convinto che non ripeterà più gli stessi errori di quando era un assistente, ma il Dr. Cox non lo apprezza. Turk è costretto a lavorare con il Dr. Amato, che, a causa della sua piccola statura, costringe Turk a lavorare piegato, causandogli il mal di schiena. Elliot conosce un chirurgo dell'ospedale e, dopo una notte di sesso con lui, viene bersagliata dai pettegolezzi di tutto l'ospedale. JD, per via del suo nuovo camice, si sente troppo sicuro di sé e finisce per provocare la perdita dell'olfatto ad un paziente, che per sfogarsi, attacca JD, sotto gli occhi del Dr. Cox che ironicamente gli dice "Non fai più gli stessi errori schiocchi, complimenti". Intanto anche Turk inizia a spettegolare su Elliot, ma lei lo scopre mentre sta raccontando ai suoi colleghi dei piccanti particolari su di lei. JD, convinto che la perdita dell'olfatto del suo paziente non sia dovuta ad un suo errore, va in cerca di conferme; conferme che Ted gli dà. Deciso ad affrontare il Dr. Cox, JD gli fa notare che era lui ad avere ragione, ma Cox già lo sapeva e gli dice che se precedentemente lo aveva attaccato era perché il paziente aveva bisogno di sfogarsi e prendersela con qualcuno. Dopodiché JD decide di levarsi il camice bianco. Alla fine Elliot perdona Turk e inizia ad andare fiera dei pettegolezzi sconci che girano sul suo conto.

Dan, il fratello di JD, è in città e crea scompiglio nella vita del giovane dottore. Intanto Turk scopre cosa significa l'attaccamento al paziente.

Arriva in ospedale l'affascinante rappresentate farmaceutica July (Heather Locklear). Tutti sembrano subire il suo fascino eccetto il dottor Cox che ostenta disgusto verso di lei pur essendone attratto. Intanto Turk regala a Carla un corso di specializzazione, visto che lei continua a lamentarsi di dover sempre chiedere ai medici il permesso di ogni cosa. Carla inizialmente si arrabbia con Turk ma poi si rende conto che non è pienamente felice della sua posizione attuale. JD ed Elliot discutono su una paziente ed Elliot alla fine la fa operare, ma questa muore sotto i ferri facendo cadere Elliot in depressione. JD gongola sostendendo di essere un sostenitore della teoria "Chi vivrà vedrà". Kelso però alla conferenza di immorbilità e mortalità, elogia la scelta coraggiosa di Elliot e bacchetta JD per la sua mancanza di coraggio. Kelso incarica Cox di organizzare la serata promozionale per il PLOMOX, il nuovo farmaco di July. Alla conclusione della serata Turk sta male per la troppa carne mangiata e viene portato in ospedale. Intanto July dice a Cox che prova qualcosa per lui, ma lui se ne va senza risponderle. Carla confessa a Cox che la vera ragione per cui non va al corso di specializzazione è perché vuole stare accanto a Turk e non trascurare il loro rapporto. Cox raggiunge July al bar e JD, grazie ad Elliot, capisce che nella vita come nel lavoro, ogni tanto bisogna rischiare, così i due vanno a fare bungee jumping.

JD e Turk hanno l'abitudine di rubare alcuni oggetti dall'ospedale per risparmiare e saldare così i debiti contratti per frequentare l'università. Turk offre a JD un lavoro nell'ambulatorio pubblico ma decide di tenersi 100 dei 300 dollari di paga. JD lo scopre e per vendetta racconta ai medici in ambulatorio che Turk fa uso di marijuana. Turk quindi non viene più contattato e perde il suo impiego serale. JD si sente in colpa perché ha costretto Turk ad un lavoro su un'ambulanza. Appena capito che il suo tiro mancino danneggiava anche Carla, JD va a fa re le sue scuse a Turk sull'ambulanza. Nel frattempo Cox ufficializza la storia con July, la bella rappresentante farmaceutica, e ciò modifica il suo carattere e lo fa diventare meno arrabbiato e scontroso. Poi però scopre che July è andato a letto con molte persone all'interno dell'ospedale, e ciò lo fa tornare il solito dottor Cox. Mentre July è a casa di Cox, arriva Jordan, la ex moglie di lui incinta, che rivuole Cox al suo fianco per crescere il bambino. Inizia così una guerra senza esclusione di colpi tra le due donne per il dottor Cox, che alla fine sceglie Jordan. Le cosiddette Ginecologirl, ovvero i medici che hanno preso la specializzazione in ginecologia, che sono tutte donne, chiedono ad Elliot di unirsi a loro. Elliot rifiuta. Il padre di Elliot fa visita alla figlia e le rivela che è stato lui a chiedere alla ginecologa Gerson di convincerla a scegliere ginecologia. Elliot dice al padre che non vuole specializzarsi in ginecologia e il padre le ricorda di averle pagato gli studi. Elliot risponde che è abbastanza grande per scegliere da sé. Mr Reid taglia i fondi alla figlia, che è costretta a traslocare dalla bella casa in cui viveva e cambiare radicalmente il suo stile di vita.

JD e Cox hanno una discussione su una diagnosi: secondo il dr. Cox è una malattia comune, secondo JD una patologia molto rara. Le analisi confermano la tesi di JD, che si monta la testa, risponde a tono a Cox e diventa arrogante. Cox allora lo sfida in una contesa medica: due pazienti perfettamente uguali, stessi sintomi, stessa età, stesso sesso, stessa etnia, uno per JD, uno per Cox. JD somministra gli stessi farmaci di Cox, ma il suo paziente muore, quello di Cox no. Persa la sfida, cerca di capire dove ha sbagliato. Il Dottor Cox gli spiega che la cosa di cui non ha tenuto conto è che il caso è sempre più forte di tutto. Elliot intanto affronta la mancanza di soldi, dopo che il padre le ha negato i fondi. In ospedale un paziente a cui aveva dato pochi mesi di vita ma che invece era completamente guarito le fa causa. Carla nel frattempo vuole parlare con Cox della storia con Jordan, che a lei pare una scelta sbagliata. Jordan si infuria con lei. Carla capisce di essere una persona che dice sempre agli altri ciò che devono fare e promette e Turk che proverà in tutti i modi a cambiare.

J.D. va al lavoro insieme a Turk, Carla ed Elliot. Il giorno però non si prospetta affatto bene: tra pazienti in fin di vita e continue complicazioni, J.D. immagina che il Sacred Heart Hospital sia come un "mostro" che risucchia le forze a medici e pazienti. Elliot intanto si è trasferita da Turk e J.D., con cui va a letto nuovamente, in quanto suo padre e sua madre l'hanno sfrattata di casa.

JD ed Elliot si risvegliano dopo aver fatto sesso. Entrambi non vogliono ricominciare una relazione seria, dopo la disastrosa fine dell'altra e quindi decidono di essere "Compagni di sesso". Elliot usa il sesso con JD per eliminare le tensioni e la depressione che la opprimono. Elliot è sempre più pressappochista nel suo lavoro e Turk, che l'aiuta, ne paga le conseguenze, venendo accusato delle negligenze della ragazza. Turk allora decide di dare ad Elliot una tregua per farla riflettere sulla sua vita convincendo i pazienti di Elliot a chiedere un altro medico. Elliot lo scopre e inizialmente di infuria, poi quando si rende conto che sta davvero peggiorando come medico, capisce che Turk ha fatto la cosa giusta, per il bene dei pazienti oltre che per il suo. JD intanto si rende conto di non riuscire a dividere il sesso dai sentimenti e si riscopre innamorato di Elliot nuovamente, ma Elliot tronca il loro rapporto per riordinare la sua vita. Carla nel frattempo ha un problema con un paziente anziano: gli ha detto che può essere dimesso per andare al matrimonio del figlio, ma Kelso sostiene che ha ancora bisogno di ossigeno. Manda JD da Kelso a sostenere che dimettere il paziente è la scelta giusta. Kelso va a parlare con lei e le dà la possibilità di decidere: dimetterlo e correre il rischio, o stare sul sicuro e farsi odiare da un paziente.

Elliot vuole essere solo amica di JD, che si finge d'accordo pur essendone ancora innamorato. Elliot non fa che ostentare la loro nuova "amicizia" così JD per farla ingelosire esce nuovamente con la ragazza dello spaccio, piantando Elliot in asso nel momento del bisogno (le avevano rubato il furgone con dentro tutto ciò che possedeva). JD chiede scusa e le cose sembrano sistemarsi, ma alla fine capisce che Elliot per non sembrare vulnerabile stava portandosi dietro un pesante fardello. Allora non va all'appuntamento con la ragazza dello spaccio ma va a trovare Elliot, come amico (anche se a malincuore). Nel frattempo Cox e Carla si occupano del signor Corman, un uomo che si presenta molto frequentemente all'ospedale convinto di avere malattie esotiche e rarissime. Cox decide di strapazzarlo un po' con inutili controlli molto dolorosi, ma questo lo porta a scoprire che il paziente ha un rara forma di cancro. Cox chiede a Carla perché gli avesse impedito di fare le analisi inutili a Corman, dato che lei è l'unica che riesce a rimettere in riga il dottor Cox. Entrambi scoprono che la loro amicizia non è più affiatata e trovano un po' di tempo da dedicarsi. Intanto Turk e Kelso si occupano di un'anziana signora appena operata al cervello a cui Turk deve far ritirare la patente. Lui non lo fa, disobbedendo a Kelso, ma la sua paziente perde il controllo della macchina e per un pelo non investe Turk e Kelso, andando poi a schiantarsi contro la macchina del primario, da lui molto amata. Kelso allora impartisce una lezione a Turk: tutti i pazienti mentono.

In ospedale è tornata Elaine, in lista per il trapianto di cuore da molto tempo, tanto che lei e JD sono diventati amici. JD si occupa con il Dr. Cox anche di una donna incinta con un problema di cuore dovuto alla gravidanza. Quando il marito dovrà scegliere se far nascere pericolosamente presto il bambino per salvare la moglie, JD lo aiuterà nella scelta. Intanto Turk è deciso a chiedere a Carla di sposarlo. Ma la stessa sera Carla riceve la telefonata di sua madre, che le dice che è morta sua zia. Carla deve partire per 5 giorni per Chicago e Turk non trova il modo di fargli la grande proposta (anche perché l'anello viene mangiato da un bambino dell'ospedale, Ralphie). Prima che parta, senza anello, Turk glielo chiede lo stesso. Carla risponde che lo ama ma che ci deve riflettere. Nel frattempo Elliot combatte contro Kelso per avere due spogliatoi separati invece di uno misto. Grazie ai consigli legali di Ted ed al sostegno di tutte le donne dell'ospedale, Kelso cede. Alla fine la filosofia di JD (in ospedale per ogni persona che muore una continua a vivere, mantenendo l'equilibrio) si dimostra esatta: madre e figlio sopravvivono, ma Elaine va in arresto cardiaco e muore.

Carla sta tenendo Turk sulle spine riguardo alla richiesta di matrimonio perché è molto in dubbio sulla serietà della proposta e la maturità di Turk. Intanto arriva Kevin (D.L. Hughley), il fratello di Turk a passare un paio di giorni con lui. Kevin è stato lasciato dalla moglie e, anche se non lo fa trasparire, soffre molto per questo. Turk fa di tutto per tirarlo su e alla fine i due finiscono in un bar dove si ubriacano. Al loro rientro Carla vede Turk e Kevin sbronzi fradici con Roudie e una ragazza incontrata al bar. E questa fa nascere nuovi dubbi. Intanto arriva all'ospedale l'antitesi di Kelso, il dottor Doug Townshend (Dick Van Dyke), adorato da tutti, Cox, Kelso ed Inserviente compresi. Egli segue un caso con JD, ma gli fa utilizzare tecniche antiquate ed obsolete che presentano rischi inutili e che fanno aggravare il paziente. JD lo denuncia a Kelso che a malincuore è costretto ad impedirgli di esercitare la professione. Nel frattempo Cox e Jordan litigano perché Cox vuole sapere il sesso del bambino, Jordan no. Per una coincidenza Elliot viene a sapere di che sesso è il bambino mentre i genitori ne sono all'oscuro. Cox cerca di estorcerle l'informazione ma Elliot lo ricatta e poi dà una busta con su scritto il sesso a Jordan. Jordan dopo una discussione la consegna a Cox lasciando a lui la scelta. A malincuore alla fine Cox la straccia senza aprirla.

Turk continua a chiedere a Carla di sposarlo, ma questa continua a dirgli di aspettare perché deve decidere. JD e Turk inoltre fanno a gara per vedere chi preferisce tra loro due la cameriera del bar vicino all'ospedale. Elliot incontra un ragazzo al bar che si scopre poi essere un infermiere all'ospedale, ma lei è talmente preoccupata da ciò che pensano gli altri da piantarlo. Alla fine dell'episodio si pentirà e gli chiederà di nuovo di uscire. Il Dr. Cox va dal suo psichiatra, un tipo irascibile e poco amichevole. Questo però riesce a far ragionare il Dr. Cox su ciò che è e sui suoi rapporti con le altre persone pressoché inesistenti. Difatti questo invita diversi suoi colleghi a casa sua per vedere una partita, ma nessuno si presenta. L'unico a venire è JD che non era stato invitato e che viene sbattuto fuori di casa dal Dr. Cox. J.D. chiede un altro supervisore per stargli lontano. Alla fine la cameriera preferisce Turk e i due stanno quasi per andare via insieme quando Carla lo chiama per dirgli che ha preso una decisione e che lo sposerà. Turk va subito a trovarla ed abbracciarla. JD intanto è in ospedale e poco prima di uscire incontra il Dr. Cox che gli dà una pacca sulla spalla in segno di amicizia. JD alla fine va da Turk con dei fuochi d'artificio da far esplodere e tutti sono in allegria.

A differenza delle altre puntate, il narratore è Cox.

JD e Turk sono sul tetto a giocare a golf e una loro pallina rompe il vetro di una macchina che causa un incidente stradale. Jordan è in ospedale per partorire e il Dr. Cox le spiega che le ha fatto assegnare la sala da parto migliore dell'ospedale, sfortunatamente quella sala è occupata e di conseguenza le viene assegnata la stanza peggiore, ma Cox rimedia chiedendo un favore al Dr. Kelso. In seguito Jordan, furiosa per il precedente fatto e per via dell'imminente parto, caccia Cox dalla stanza. In ospedale si presenta un paziente che dice di essere stato colpito da una palla da golf mentre guidava, ma JD e Turk, impauriti, fanno finta di niente. Intanto Elliot prosegue la sua relazione con Paul, ma inizia a non riuscire più a nascondergli la sua "pazzia". JD e Turk, convinti che la causa di tutte le disgrazie che gli stanno capitando sia il cattivo Karma, decidono di confessare al paziente che sono stati loro a colpire la sua macchina, ma scoprono che non è stato colpito dalla loro palla e tirano un sospiro di sollievo. Paul intuisce che Elliot nasconde qualcosa e le chiede spiegazioni, così lei in preda al panico non resiste più e gli espone tutte le sue pazzie, ma Paul reagisce bene. Il Dr. Cox chiede a JD di dare ogni tanto un'occhiata a Jordan e mentre i due sono soli nella stanza, lei gli confida che il figlio che porta in grembo il realtà è di Cox.

JD è indeciso se dire o no al Dr. Cox che il figlio di Jordan è suo e inizia a chiedersi quale sia il motivo per cui lui e lei abbiano divorziato. In ospedale si presenta una paziente con un medico privato di nome Peter che Cox scarica a JD. Elliot, Carla, JD e Turk si divertono con un paziente narcolettico, narcolessia dovuta all'eccitazione sessuale. Elliot lo fa svenire mentre Carla non ci riesce, così da farle dubitare del suo fascino. Intanto il Dr. Kelso parcheggia la macchina sotto il canestro, non permettendo così a Turk di giocare a Basket, che a sua volta per vendetta taglia la spina al videogioco di Pac Man, videogioco di cui Kelso è dipendente. Si viene a sapere che Cox e il medico privato Pet erano amici e quest'ultimo svela a JD i segreti per contrastare le sfuriate di Cox. I 3 si ritrovano in una stanza e da una discussione JD scopre che Jordan tradì Cox con Pet, svelando così il motivo per cui i due si separarono.

In ospedale si presenta una ragazza di nome Jamie che viene a trovare il marito che è in coma ormai da 2 anni, ma questo, dopo alcuni tentennamenti, non impedisce a JD di uscire con lei, nonostante il parere contrario di Carla. Ralphie, il bambino che ingoiò l'anello di matrimonio di Turk, confessa a Carla l'accaduto, mandandola su tutte le furie. Turk le assicura che l'anello è pulitissimo e per dimostrarlo se lo mette in bocca, ingoiandolo accidentalmente. Cox, JD, Turk, Carla ed Elliot si ritrovano nella mensa aziendale a discutere della volontà di JD di uscire con Jamie, e dopo un batti e ribatti, quest'ultimo va su tutte le furie facendogli notare che gli ultimi a poterlo giudicare sono loro, visto che per stupidi motivi non fanno altro che lamentarsi dei loro rapporti sentimentali.

Inizia il tirocinio in chirurgia e JD diventa l'assistente di Turk, ma non riesce ad ambientarsi e viene preso di mira dagli altri chirurghi. Paul, in seguito ad un equivoco, crede che Elliot gli abbia detto "ti amo", così il rapporto subisce una rapida accelerazione da parte dell'infermiere che porta Elliot a distaccarsi. Intanto JD, stufo degli scherzi subiti dai chirurghi, inizia a svelare imbarazzanti segreti su Turk rendendolo lo zimbello del gruppo. Intanto Kelso è impegnato in un convegno e Cox decide di fargli uno scherzo, facendolo credere morto, ma lo scherzo gli sfugge di mano, arrivando addirittura a svuotare il suo ufficio in un attimo. Elliot e Paul discutono della loro relazione fino a quando lei non lo scarica.

JD va al funerale dell'ex marito della donna con cui sta uscendo e, mentre urina in un cespuglio, vede da una finestra l'inserviente che si fa la doccia e nota un melanoma sul pene di quest'ultimo, tumore che poi si rivelerà benigno, nel frattempo è arrivato in ospedale un paziente tedesco che non parla inglese e quindi l'unico tramite è il fratello del paziente che parla sia inglese che tedesco, nascono problemi poiché quest'ultimo non vuole rivelare al fratello le precarie condizioni diagnosticagli. Il Dr. Cox ha dei problemi con la sua ex moglie poiché lui non si vuole occupare del bambino che pensa sia di un altro uomo, nel frattempo Turk ha fatto un sogno erotico con protagonista Elliot, Carla lo viene a scoprire ma non accade quello che pensava, la donna infatti si rivela piuttosto tranquilla riguardo a quella situazione, giustificando il comportamento del fidanzato.

JD si frequenta con la Bella Sposina del Coma, ma hanno dei problemi perché tra di loro sembra non esserci più pepe, svanito l'effetto eccitante della relazione proibita. Durante l'episodio JD cerca in tutti i modi di mantenere la B.S.C. interessata a lui, e riesce alla fine a stabilizzare la propria relazione. Nel frattempo Carla e Turk stanno cercando di organizzare il loro matrimonio e Carla desidera che sia il matrimonio dei suoi sogni, ma all'infermiera arriva la notizia del decesso della madre, per cui decide di volersi sposare il prima possibile. Il matrimonio non verrà celebrato però perché Turk si accorgerà che non è quello che Carla vuole realmente.

Spence (Ryan Reynolds), un amico di JD e Turk, è in visita per il matrimonio di un vecchio compagno di college dei tre. In seguito a un imprevisto il Dr. Cox scopre di essere il padre del bambino di Jordan, sua ex moglie con la quale sta cercando di riallacciare i rapporti, all'inizio ne rimane colpito e deluso ma poi capisce e i due fanno pace. Il Dr. Kelso è arrabbiato con Elliot in seguito a un incidente e la bistratta in continuazione. L'inserviente e JD hanno un battibecco poiché il primo guadagna più dell'altro.Infine JD fa notare a Cox come egli possa essere un ottimo padre, così Cox interviene nella discussione tra Elliot e il Dr.Kelso dando un pugno in pieno volto al primario, augurando una buona giornata a tutti e tornando a casa da Jordan e suo figlio.

Inizia il terzo anno: Elliot continua ad avere problemi di autostima e la vita in ospedale non l'aiuta a migliorare. J.D. deve curare una paziente, la signora Farr, e chiede aiuto a Turk e Carla, ignorando Elliot. La ragazza riesce finalmente a reagire: cambia look e modo di fare, arrivando a imporsi con il radiologo, il quale non voleva collaborare con J.D., Turk e Carla. Dopo il pugno in faccia ricevuto da Cox, Kelso sibila quando respira: questo suono "avverte" il personale dell'ospedale del suo arrivo, il che permette loro di fingere di lavorare. Per ripicca, Kelso manda Cox a fare la visita annuale al penitenziario. Alla fine, Cox riaggiusterà il naso di Kelso.

Elliot ha ritrovato il suo ex, Sean, con cui vuole ricominciare una storia, ma purtroppo la ragazza deve dare ancora precedenza alla vita in ospedale. Lui accetterà di essere messo in secondo piano. Carla trova un barattolo di urina senza etichetta e si farà aiutare dall'Inserviente per identificarlo. Turk e Carla hanno deciso la data delle nozze, così J.D. vuole passare una serata con l'amico, ricordando i vecchi tempi, ma lui porta anche il Todd. J.D. Si offende, ma più avanti Turk, dopo aver parlato con un paziente omosessuale, spiegherà di avere sempre avuto problemi ad aprirsi con gli uomini, anche se con lui, ci riuscirà.

J.D., Turk e Elliot sono alle prese con un gruppo di specializzandi. Elliot cerca di difenderne uno dagli stessi soprusi che il dott. Kelso riservava a lei tre anni prima. Sean capisce che J.D. è ancora innamorato di Elliot, ma non lo considera una vera minaccia e non se la prende. Il dottor Cox ingaggia una battaglia con un pediatra del suo stesso ospedale quando il piccolo Jack contrae il raffreddore.

J.D. ha capito che mentre Cox parla con lui nei corridoi può tranquillamente fare altre cose per qualche secondo perché lui non se ne accorge; Carla sostituisce un infermiere di chirurgia così può passare più tempo con Turk. Quest'ultimo non è molto felice, tra l'altro lo imbarazza mentre lavora così le trova qualcos'altro da fare, lei ci rimane male: in seguito Turk si rende conto che quando fece l'operazione con lei, è stato bravo, così si precipita da lei per chiederle di tornare a lavorare con lui, anche se gli scappa la parola "irritante" mentre fa un esempio che riguarda lei, quest'ultima capisce e se la prende. Tuttavia torna a lavorare con lui, ma la cosa sembra non finire qui. Le cose tra Elliott e Sean non vanno bene perché quest'ultimo capisce che tra lei e J.D. c'è un legame che tra lui ed Elliott non c'è, in più le dice che deve partire, quindi pensano di lasciarsi. Nel frattempo l'inserviente e l'amico "Palla di lardo" si arrovellano il cervello tutto il giorno per risolvere un indovinello di J.D., alla fine vanno da lui con la soluzione ma è sbagliata, scoprono che la soluzione è idiota tanto quanto l'indovinello, all'inserviente questa cosa non va giù, così si vendica distruggendo la bici di J.D. facendogli un indovinello molto simile. Nel frattempo Cox e la moglie assumono una baby sitter e Cox viene promosso "direttore sanitario" grazie alla moglie; nel frattempo J.D. Scopre che Elliott è Sean si stanno lasciando, lei però corre da lui fuori dall'autobus per dirgli che una relazione a distanza può funzionare, ma lui se ne va. Una sera J.D. Vede Elliott dalla finestra che piange, entra in casa sua con dei fiori per dirle che è ancora innamorato di lei, però si scopre che Sean non è partito, è lì con lei e lei stava piangendo dalla gioia perché il ragazzo ha accettato di stare insieme a distanza. J.D. Imbarazzato lascia i fiori e se ne va.

J.D. decide di chiamare il fratello perché vuole distrarsi per via della sua infatuazione non ricambiata di Elliott; ben presto però si rende conto che Dan è ancora fastidioso e non lo sta aiutando per niente, quindi gli consiglia di andarsene. Quasi tutti i lavoratori dell'ospedale fanno un secondo lavoro: Elliott rivela di lavorare anche come veterinaria, Turk al reparto mammografia; Carla però non è contenta di ciò.

J.D. Continua ad essere ossessionato da Elliott e, paradossalmente, si ritrovano a stare parecchio tempo insieme; nel frattempo il fratello di Carla viene a trovarla, in passato Turk lo aveva scambiato per un autista perché bianco e indossava il gilet... Perciò il fratello odia Turk da quel momento, inoltre parla solo spagnolo, quindi può insultarlo quanto vuole: alla fine però si scopre che parla inglese ma Carla non lo sa, quindi una sera lo provoca davanti a Carla, lui reagisce (dicendo qualcosa in inglese, appunto) e gli tira un pugno; nel frattempo J.D. Conosce una ragazza che, inizialmente cerca di evitare perché ancora innamorato di Elliott, ben presto però si accorge che hanno un sacco di cose in comune (come il famoso monologo interiore), J.D. Si decise a chiederle di uscire, anche se alla fine si scopre che lei non è altri che la sorella della moglie di Cox...

Nonostante la shoccante scoperta che la ragazza è la sorella della moglie di Cox, lei e J.D. Finiscono a letto insieme, Cox lo scopre e la prende malissimo, non farà altro che perseguitarlo ancor più di prima; il dottor Kelso si perfora accidentalmente le orecchie con uno stetoscopio, passerà il resto della giornata senza sentire nulla... Quando i colleghi lo scoprono, possono finalmente insultarlo con un sorriso in faccia, cosicché lui li scambi per complimenti; Elliott e Carla diventano sempre più amiche di prima, tuttavia dopo un intervento Elliott la tratta male per via della sua superiorità, Carla ovviamente la prende male ma alla fine si riappacificano; l'inserviente chiede a Kelso di annunciare le novità col microfono, il quale, ancora sordo, causa diversi problemi; per vendicarsi, Cox organizza un appuntamento a 4 con lui, sua moglie, J.D. e la ragazza al Luna Park, sapendo che J.D. Vomita ogni volta che ci va: la ruota panoramica si ferma e si capisce che J.D. vomita sulle scarpe della ragazza... Lei la prende malissimo, la prende ancora peggio quando gli dice che è innamorata e lui cambia subito argomento; nel frattempo J.D. Scopre la "teoria dei 15 secondi", ovvero il tempo esatto in cui Cox si interessa dei suoi pazienti... Cox e J.D. Usano questa tecnica con una nuova paziente, ben presto scoprono però che lei si trova lì perché si è lasciata col fidanzato e ha tentato il suicidio... Lo scoprono un po' tardi ma giusto in tempo per beccarla prima che lasci l'ospedale.

Cox per fare impressione a Turk fa un canestro ma si fa male alla schiena, Carla lo nota e lo mette alla prova facendo cadere il cartellino, Cox ce la fa ma la sera, proprio quando la moglie decide di avere un rapporto sessuale con lui come vuole lui, si fa ancora più male alla schiena, il giorno dopo lui e Carla rifletteranno sul fatto che sanno invecchiando; J.D. Continua a pensare a Elliott, tra l'altro i due fanno a gara a chi avrà per primo il paziente da operare; intorno alla puntata si crea un mistero sull'identità dell'inserviente, si dice sia inglese, si dice che sia tedesco e che il suo vero nome sia Klaus... Addirittura J.D. Lo riconosce nel Fuggitivo.

Elliott fa una visita ginecologica a una paziente facendola godere, Elliott si rende conto che il sesso la imbarazza e i colleghi la prenderanno in giro per tutta la giornata; le cose tra Cox e la moglie non vanno bene ma a fine puntata affideranno il figlio a J.D. E avranno rapporti sessuali, dimenticandosi dei loro problemi per qualche istante; Carla decide di non avere un rapporto sessuale con Turk per i restanti sei mesi prima del loro matrimonio, Turk la prende malissimo; per tutta la puntata si mette in evidenza il fatto che Carla sia una saputella che si fa sempre gli affari degli altri, i colleghi le evidenziano il fatto che è impossibile prenderla in giro per via del suo carattere; alla fine, proprio quando Turk accetta di non avere un rapporto sessuale con lei fino al matrimonio, lei cambia repentinamente idea, facendo felice Turk; Elliott alla fine cerca di superare l'imbarazzo riguardo al sesso; per tutta la puntata J.D. Si rende conto che l'inserviente non sa più come offenderlo, quindi prende di mira Turk.

J.D. Riflette sulla routine ospedaliera, ovvero Kelso che tratta male il suo braccio destro, Turk che discute con Carla avendola vinta lei... Ma quando Cox arriva al lavoro felice, sembra che tutto intorno sembra andare meglio, si crea un'aura di felicità generale; J.D. Nei suoi sogni ad occhi aperti comincia ad essere ossessionato di questo nano che spunta fuori e lo prende a pugni nei testicoli, fino a quando si presenta per davvero in ospedale; Cox comincia a prendere di mira Turk cominciando ad apprezzare J.D.; alla fine della puntata dirà a Carla cosa pensa di Turk, ovvero che è un idiota ma poteva trovare di peggio, Carla apprezzerà questa affermazione; J.D. Comincia a essere ossessionato dalla sua relazione con la ragazza, ha paura che la loro relazione diventi qualcosa di serio; Carla e Elliott provano ad assumere un gigolò per una paziente destinata a morire vergine, ma vengono arrestate. La paziente infine ha un rapporto sessuale con Ted.

Cox ha iniziato a vedersi con uno psicologo e riflette sul fatto che sta diventando più buono; J.D. Continua a pensare a come lasciare la sua ragazza, un giorno glielo sta per dire al telefono ma chiude la comunicazione (almeno, crede di chiudere la comunicazione, infatti a fine puntata si scopre che l'ha lasciata aperta) per interessarsi subito ai problemi di Elliott, la quale teme che la prendano in giro per il suo look. A fine puntata si scopre che quello con cui stava parlando Cox non era uno psicologo, ma non era altri che suo figlio piccolo; a un certo punto la moglie di Cox viene a dire a J,D, che la sua ragazza l'ha lasciato, a quel punto J.D. Improvvisamente si comporta come se gli dispiacesse, vuole sapere a tutti i costi perché lo ha lasciato... A fine puntata si scopre appunto che la comunicazione fu rimasta aperta mentre J,D. Si interessava ai problemi di Elliott, al che la ragazza capisce che J.D. È ancora innamorato di Elliott, così lo lascia definitivamente... J.D. È contento ma finge di essere deluso.

Tutti al Sacro Cuore sono in ansia per l'arrivo del medico e chirurgo Kevin Casey. L'uomo, pur avendo due specializzazioni (medicina e chirurgia), è affetto da disturbi ossessivo-compulsivi. Il dottor Cox affida a J.D. un caso complicato che il giovane non sa curare e per questo Cox lo incoraggia parlandogli del suo punto debole: le malattie dismetaboliche. Negli stessi istanti, il dottor Kelso cerca di far scappare uno stormo di uccelli che si è appollaiato sulla sua macchina. Appena questi si gira, Ted per dispetto butta sull'auto del mangime per uccelli e gli animali ritornano. J.D. sta pensando seriamente di non considerare più il dottor Cox come suo mentore e di sostituirlo con il dottor Casey. Il "superdottore" sembra infatti un uomo tenace che non si fa fermare dalla sua malattia. Il dottor Casey riesce a fare un'operazione chirurgica meglio di qualsiasi altro chirurgo dell'ospedale e anche Turk ne rimane affascinato. Il dottor Cox propone una sfida a Casey: gli specializzandi dovranno sottoporre loro dei quesiti medici e il primo che non saprà rispondere perderà. J.D. approfitta della situazione per fare al dottor Cox una domanda sulle malattie dismetaboliche al quale il medico non sa rispondere. Cox è seccato per aver perso credibilità di fronte agli specializzandi. Casey si lascia scappare una frase su chi segue sempre il dottor Cox come un cane e J.D. ne rimane offeso. Anche Turk è rimasto deluso nel vedere la bravura e rapidità dell'intervento del medico e nel capire di non essere il miglior chirurgo. J.D., Cox e Turk sono arrabbiati con Casey ma, quando lo vanno a trovare per dirglielo in faccia, vedono che la sua patologia gli sta imponendo di lavarsi continuamente le mani dopo un intervento. Questo fa sì che i tre capiscano che i loro problemi di inadeguatezza sono minimi se confrontati con i problemi del "superdottore".

Kelso non riesce a capire da dove provengano gli strani rumori che si sentono continuamente all'interno della struttura ospedaliera. J.D. scopre che l'Inserviente ha costruito un gabinetto sul tetto ed è convinto che l'utilizzo del wc permetta di avere straordinarie rivelazioni. Così l'uomo fa promettere a J.D. di non farne parola con nessuno. Intanto Cox e Carla sono arrabbiati perché Kelso ha chiuso un reparto dell'ospedale per risparmiare. Quando Kelso chiede di trovare un posto letto per il suo giardiniere Ector, i due decidono di trasformare il suo ufficio in una stanza per i degenti. Turk intanto chiede a J.D. di fargli da testimone per il suo matrimonio. Casey nel frattempo cerca con tutte le forze di sedersi sul gabinetto ma non ci riesce a causa dei suoi disturbi ossessivo-compulsivi. Rientrando a casa, J.D. trova un messaggio sulla segreteria: il fratello di Turk conferma di poter partecipare al matrimonio e di poter fare da testimone allo sposo. Il ragazzo rimane quindi molto deluso. La mattina seguente J.D. non sa se chiedere a Turk delle spiegazioni; per chiarirsi le idee va a sedersi sul gabinetto sul tetto e lì capisce che deve parlare all'amico. L'Inserviente però non è felice perché ora tutto il Sacro Cuore conosce il suo gabinetto e tutti fanno la coda per sedercisi sopra. Elliot invece non riesce più a fare un'intubazione ad un paziente e cerca qualcuno che la possa aiutare. J.D. va a parlare con Turk e scopre che quest'ultimo aveva chiesto a suo fratello di fare da testimone solo perché sapeva che non sarebbe potuto venire. Kelso, sfinito dalla presenza di Ector nel suo ufficio, decide di riaprire l'ala dell'ospedale. Tutti sono stati aiutati dal gabinetto, tranne Elliot. Questa va nello spogliatoio e trova un foglio di carta igienica con sopra scritto "Seguimi". Elliot lo segue per tutto l'ospedale fino ad arrivare al gabinetto sul tetto dove trova una foto di Casey che ha fatto diventare realtà il suo sogno di sedersi sul gabinetto. Elliot decide a sua volta di sedersi e proprio in quegli istanti trova il coraggio che aveva perso. Va infatti da un paziente e riesce ad intubarlo. Purtroppo scopre anche che Casey è stato richiamato dal suo vecchio ospedale e che non lo rivedrà più.

Jack, il figlio di Cox, sta per compiere un anno e, per celebrare il suo primo compleanno, Jordan invita tutta la sua famiglia, compreso Ben, suo fratello malato di leucemia e migliore amico di Cox che negli ultimi due anni ha saltato i controlli sulla sua malattia. I due infatti stanno tutto il giorno a parlare. Turk intanto è arrabbiato con Carla perché quest'ultima non vuole prendere il suo cognome dopo il matrimonio. Elliot invece ha un problema al piede e vorrebbe sottoporsi ad un'operazione chirurgica. Carla per sbaglio dice a Turk di odiare il suo neo sotto il naso ed entrambi fanno un patto: se Turk si farà rimuovere il neo, Carla prenderà il cognome del marito. Turk comunque non vuole sottoporsi all'intervento ma alla fine cede alla volontà di Carla. Quest'ultima per tutto il tempo ha parlato a Kelso di questa situazione malgrado quest'ultimo ribadisse di non volerla ascoltare. In un inatteso momento di empatia e dolcezza, Kelso le fa capire che anche il più insopportabile difetto della persona che ama potrebbe mancarle terribilmente nel momento in cui venisse a mancare. Carla si rende conto di non volere che suo marito si faccia togliere il neo e poco dopo gli dà un bacio proprio su di esso, per fargli capire che non le dà più fastidio. Al suo posto si fa operare Elliot al piede. È pomeriggio e sembra che Cox stia andando al compleanno del figlio, quando J.D. lo fa ragionare e questi capisce di non essere al compleanno ma al funerale di Ben, in realtà morto poco dopo averlo visto quella mattina (Cox ha parlato tutto il tempo da solo immaginando che lui fosse ancora vivo). Tutto il Sacro Cuore è presente al funerale.

Il dottor Cox non riesce a superare la morte di Ben, mentre Jordan sembra aver trovato il modo di accettare la situazione. Questa ha chiamato a casa sua 2 sue amiche che Cox odia profondamente. Kelso intanto, all'ospedale, ha deciso di far tenere a Carla un convegno contro le molestie sessuali. Ci dovrà andare solo chi riceverà più di 3 lamentele da qualcuno. Todd ne riceve 37 ed è il primo ad andare al convegno. Subito dopo arriva anche Kelso che ne ha ricevute 5. Così Carla, ogni pomeriggio, deve tenere lezioni a Kelso e Todd. J.D. intanto è andato dalle due amiche di Jordan per dir loro che se non se ne vanno Cox si sentirà sempre più male. Le due infatti se ne vanno, ma offese e Cox ben presto lo scopre. Il mattino dopo incontra J.D. e dopo avergli fatto capire di non dover intromettersi nella sua vita, scopre di aver ricevuto anche lui 4 lamentele per molestie da J.D. per aver usato con lui nomignoli femminili. Così è anch'esso costretto ad andare alle lezioni di Carla. In una di queste capisce però che le amiche di Jordan non erano lì per nulla, ma aiutavano proprio la loro amica a superare il dolore della morte del fratello. Cox va quindi dalla sua ex moglie per essere la sua spalla su cui piangere e consolarsi a vicenda per il lutto.

L'episodio mostra la stessa giornata ma vissuta in due modi differenti, ovvero se una farfalla si fosse posata su una donna o su un uomo. In ognuno dei due casi ci saranno una serie di reazioni a catena che porterà i due esiti della giornata in modo opposto. Nel primo caso Turk cerca freneticamente la sua bandana portafortuna per operare un paziente, ma non riesce a trovarla. Elliot non trova il cagnolino di pezza perso da una sua paziente (una bambina di 10 anni) in ospedale. J.D. fa per un giorno da padrone a Cox e riesce a guarire una paziente. Nel secondo caso Turk riesce a trovare la sua bandana. Elliot, grazie a Carla e all'Inserviente, riesce a trovare il cagnolino di pezza perso e Cox rimane il primario di J.D. Alla fine della giornata tutto è cambiato, ma il paziente di J.D. muore in entrambi i casi. Alla fine J.D. capisce che non occorrono oggetti per credere in noi stessi, ma solo coraggio.

L'inserviente decide di convincere J.D. e Turk che per l'ospedale si aggiri suo fratello gemello baffuto e adotterà molti stratagemmi per continuare lo scherzo, malgrado J.D. e Turk non ci caschino neanche per un secondo. Elliott per tutta la puntata stipulerà una sfida col dottor Cox, una sfida "della ragione", visto che c'è un paziente che, secondo il dottor Cox, si finge malato solo perché è un tossico che cerca la dose. Elliott infatti è convinta che stia davvero male e per tutta la puntata cercherà di dimostrare a Cox che ha ragione, ma alla fine scoprirà che il paziente era davvero un tossicodipendente a caccia di antidolorifici. Turk e Carla stanno affrontando il periodo pre-matrimonio e stanno iniziando a riflettere su quello che non potranno più fare da sposati: Turk non potrà mai più fissare il sedere di una bella ragazza e Carla non potrà mai più uscire con qualcuno che le piace. In ospedale si ripresenta una vecchia conoscenza di Carla, di cui lei era innamorata e la invita a cena. Carla accetta perché vuole dimostrare a se stessa di aver superato quel sentimento e J.D., preoccupato per Turk, non sa se dirglielo o no, perciò cerca di cambiare discorso ogni volta che incontra l'amico. Carla all'appuntamento non prova nessuna emozione e rinnova la convinzione di amare solo Turk, concedendogli infine di guardare il sedere di una bella ragazza senza ingelosirsi.

In ospedale arriva il nuovo primario di chirurgia, una donna sexy che fa impazzire tutti, che cercano di impressionarla. Turk, per fare colpo su di lei, si distrae e accidentalmente buca un'arteria di un paziente, poco dopo si scoprirà che la carriera da pianista del paziente è rovinata per sempre per colpa di Turk, visto che l'arteria coinvolgeva il braccio destro, inizialmente Turk non glielo dirà ma a fine puntata, spronato da Carla, confesserà tutto. Turk nel frattempo deve spedire gli inviti al matrimonio, inizialmente non lo fa e per tutta la giornata avrà costantemente la voce pensiero e i sogni ad occhi aperti come J.D., ma dopo aver confessato al giovane il suo errore spedisce gli inviti. J.D. sostituisce Elliott per fare il pagliaccio con i bambini di un reparto, poco dopo si unirà anche l'inserviente, la cosa non gli farà piacere. Elliott nel frattempo ha problemi con Sean per la solita storia d'amore a distanza. La paziente della giovane è una donna molto avvenente e sposata con un uomo decisamente poco affascinante e goffo, così Elliot le domanda come mai abbia scelto un uomo del genere. Quest'ultima rivela che suo marito, malgrado sia brutto e un po' imbranato, sia sempre stato lì nel momento del bisogno e che questa è la cosa più importante in una storia d'amore. Così a fine puntata Elliott farà l'amore con J.D. perché ha capito che lui è sempre presente per lei. Sean si presenta poco dopo a casa loro ed Elliot, come se niente fosse, torna da lui, ferendo molto J.D.

J.D. è molto ferito per il fatto che Elliot si sia rimessa con Sean un attimo dopo aver fatto l'amore con lui come nulla fosse. Carla e Turk nel frattempo sono sempre più innamorati e iniziano a fare tutto insieme, iniziando a consigliare J.D. sul da farsi. L'inserviente ha dei problemi con la porta di servizio visto che ogni mattina la trova sfondata, questa cosa lo spinge a chiedere di farsi cambiare lavoro come guardia della sicurezza e Kelso glielo concede, così attua uno stratagemma per scoprire che esce dal retro ogni sera facendo scattare l'allarme. Il responsabile è proprio Kelso, che lo fa per arrivare prima a casa e gli dice che se proverà ad impedirglielo gli toglierà il posto. L'inserviente, però, la volta seguente glielo impedirà "placcandolo". J.D. la stessa mattina incontra la sua ex Danni e, per vendicarsi di Elliott, si rimetterà con lei. Danni, però, rivela che la prima volta che stavano insieme si fingeva buona per piacergli, ma che in realtà è una ragazza molto scapestrata e disinibita, cosa che spinge J.D. a non sopportarla. In realtà Danni pensa la stessa cosa di lui e comprendono conto che preferiscono stare con una persona che li odi anziché stare da soli. Sean chiede a J.D. se tra lui ed Elliot sia successo qualcosa in sua assenza e J.D. nega, venendo ringraziato da Elliot.

J.D. e Danni si lasciano senza alcun rimpianto. J.D. continua a soffrire perché è innamorato di Elliot e decide di parlarne proprio con Danni perché, malgrado non si sopportino, lei è sempre stata in grado di capirlo. La ragazza gli dice che lui vuole sempre e solo ciò che non può avere e che Elliot non fa eccezione. Carla inizia a essere preoccupatissima perché il giorno del matrimonio si avvicina e Turk le consiglia di eliminare qualche invitato ma ciò gli si rivolterà contro. Sean e Elliot decidono di andare a vivere insieme, ma quando J.D. le rivela i suoi sentimenti lei decide di lasciare il ragazzo per stare con l'amico. J.D. però capisce che Danni aveva ragione.

J.D. pensa di non amare davvero Elliot e chiede consiglio a Danni. Manca un solo giorno al matrimonio e Marco, il fratello di Carla, arriva in città. Turk e il futuro cognato non hanno un buon rapporto, ma nonostante ciò Marco si offre di scrivergli le promesse di matrimonio come vorrebbe Carla. Jordan decide di non litigare più con Cox per non influenzare negativamente il figlio Jack, ma il dottore sopporta la situazione e cerca di scaricare la sua irritabilità su altri. J.D. si rende conto che Elliot è perfetta per lui, ma che nonostante ciò non lo ama e questo lo fa impazzire. Cox, dopo molte provocazioni, spinge Jordan a tornare a litigare perché le liti sono comunque un aspetto passionale del loro rapporto, ma stabiliscono entrambi di evitarle in presenza del loro bambino. Alla cena della vigilia delle nozze, Turk legge a Carla la promessa di matrimonio, ma tutti capiscono che è stata copiata da Harry, ti presento Sally..., il film preferito di Marco. Carla si arrabbia con Turk che, parlando con J.D., trova le parole giuste per esprimere il suo amore per la moglie e così parla a Carla col cuore, rendendola felice. Subito dopo J.D. dice ad Elliot che non la ama e quest'ultima, dopo un primo momento di sbigottimento, lo colpisce buttandolo a terra per la rabbia.

Il giorno del matrimonio di Turk e Carla è finalmente arrivato, ma molte sono le cose che sembrano destinate ad andare male. Elliot è furiosa con J.D.per averle spezzato il cuore, ormai gli rivolge la parola solo per insultarlo. Turk decide di lavorare la mattina e di presentarsi alla cerimonia appena in tempo in modo da accumulare due giorni in più per la luna di miele, ma durante l'intervento sorgono delle complicazioni (non gravi) che lo obbligano a tardare e, una volta arrivato, si accorge di aver sbagliato chiesa e la cerimonia va a monte. Carla è furibonda, ma alla fine lo perdonerà e riusciranno a sposarsi grazie a un prete ricoverato al Sacro Cuore. Nel frattempo J.D., nella speranza di convincere Elliot a tornare amici, va da Sean, trovandolo disperato dal dolore, e lo convince a presentarsi dalla sua ex al matrimonio. J.D. è convinto così di aver risolto il problema, ma Elliot gli dice che non ha intenzione di rimettersi con Sean, perché se lo avesse davvero amato non lo avrebbe lasciato per lui. Sean riesce comunque a consolarsi con una botta e via con Danni, mentre Elliot dice a J.D. che non può fare niente per farsi perdonare.