Anno 2199, la razza umana è stata quasi annientata dalla civiltà del pianeta Gamilon. I sopravvissuti sono stati costretti a rifugiarsi in città sotterranee.

Di ritorno da una missione di ricognizione, Kodai e Yuki trovano la corazzata alla deriva e disabitata. Mentre sono in cerca di risposte, cadono in una nuova trappola.