Nach einem tödlichen Kampf mit den Gamilas ist die Yamato bei Iscandar angekommen. Als die Crew der Yamato sich mit Starsha, der Königin von Iscandar, trifft, erzählt sie ihnen etwas, das sie niemals erwartet hätten.

Die Yamato hat das "Cosmo Reverse System" erhalten und ist nun auf dem Weg zurück zur Erde. Um den Rückflug zu verkürzen, möchte man das Subraumtor in Balun nutzen, um schneller zur Milchstraße zu gelangen. Doch eine Gamilas-Flotte lauert heimlich im Balun-Sektorauf die Yamato.