Clark è preso dall'angoscia, cosa fare? rimanere con la sua famiglia e con Lana o smettere di combattere e compiere il suo destino di essere supremo? Lex decide di non voler più avere segreti con Helen e le confessa di aver rubato la fiala dal suo ufficio. Helen, scioccata dalla notizia, va via annullando le nozze. Jor- El continua a tormentare Clark e alla fine lo mette di fronte a un ultimatum minacciando le persone a lui care. Lex racconta a Clark quello che è successo con Helen, anche se non scende nei dettagli e gli chiede di non informare ancora nessuno dell'annullamento delle nozze. Lana si sente in colpa nei confronti di Chloe per via di Clark; lei e Clark hanno deciso di dire tutto all'amica, ma è troppo tardi, Chloe li vede baciarsi e nella rabbia del momento decide di accettare la proposta di Lionel e comincia a indagare seriamente su Clark. Helen ritorna sui suoi passi e il giorno del matrimonio si presenta all'altare, Martha e Jonathan rimangono coinvolti in un incidente causato dall'onda d'urto provocata dalla navicella. Lex e Helen convolano a nozze e partono per la luna di miele ma durante il volo Lex viene drogato e l'aereo precipita in mare.

Clark, sconvolto da quello che è successo a sua madre, non riesce a sopportare il senso di colpa e indossa l'anello con la kriptonite rossa per dimenticare il suo dolore. Si reca a Metropolis dandosi alla bella vita, diventatno un criminale e facendo preoccupare la sua famiglia e i suoi amici. Lex si ritrova su un'isola deserta ed è costretto ad affrontare i suoi demoni personali; nel frattempo Lionel organizza un funerale per suo figlio credendolo morto. Jonathan Kent decide di prendere in mano la situazione e di riportare suo figlio a casa, ma il prezzo da pagare è molto alto.

Lex è convinto che le informazioni per rivelare il passato di suo padre sono andate perdute quando la sua memoria è stata cancellata. Per cercare di recuperare il più possibile di quanto andato perso, Lex si affida dal dottor Garner, uno scienziato che sta compiendo degli esperimenti sulle manipolazioni sensoriali. Sapendo che recuperando la memoria Lex scoprirà anche il suo segreto, Clark cerca di fermarlo, ma viene catturato da Lionel e dal dottore che tentano di sottoporlo allo stesso trattamento per scoprire la sua vera identità.

Kara, una bellissima ragazza che viene da Krypton, cerca di convincere Clark ad abbracciare il suo destino come figlio di Jor-El. Clark sente molto la mancanza del supporto di Pete, partito da Smallville insieme alla famiglia, specie adesso che Jonathan gli rivela il patto fatto con Jor-El. Il rapporto tra Clark, Lana e Lex subisce un'evoluzione inaspettata e a Clark non rimane che rivolgersi a Kara per un po' di conforto.

Clark riceve un messaggio postumo dal Dottor Swann, deceduto da poco. In seguito al messaggio, Clark e Lana seguono Lex e Jason in China alla ricerca di un altro cristallo di Krypton. Lana viene catturata e torturata e questo causa la ricomparsa di Isabelle...

Dopo un incubo Clark sireca alle caverne per parlare con Jor-El il quale lo avverte di un imminente pericolo: i cristalli sono in mani umane e Clark deve riunirli prima che un'altra pioggia di meteoriti si abbatta sulla Terra, questa volta distruggendola. Lana chiede aiuto a Lex perchè è convinta di aver commesso un omicidio, Lex si offre di aiutarla ma in cambio vuole il cristallo. Nel frattempo Jason ritorna e minaccia i Kent con una pistola e chiede dove si trova Clark. Clark sta raccogliendo i cristalli; Lex mette Lana su un elicottero per portarla in salvo e poi si reca alle caverne indiane dove trova Chloe. Clark riesce a mettere i cristalli insieme all'ultimo momento, quando le meteore cominciano a bombardare Smallville. Dopo che ha riunito i cristalli, Clark si ritrova in un altro luogo della Terra, Lionel è sotto shock dopo che il suo cervello ha eseguito l'equivalente di un download kryptoniano e Lana, sopravvissuta alla caduta dell'elicottero, si trova di fronte alla versione gigante dell'astronave di Clark.

Clark viene trasportanto nelle Fortezza della Solitudine e deve scegliere se salvare Chloe dal congelamento o la Terra dalla distruzione. Nel frattempo Lana incontra due Kryptoniani che emergono dall'astronave caduta sulla terra durante la pioggia di meteoriti. Gli alieni stanno cercando Kal-El e seminano caos e distruzione sul loro cammino.

Martha è contagiata da una strana malattia e il Professor Fine convince Clark che Jor-El è responsabile per la sorte di sua madre; il Professore è convinto che l'unico modo per salvarla è distruggere la Fortezza, ma in realtà Fine ha altri scopi...

Clark rivela il suo segreto a Lana, mentre Lex e Jonathan ricevono finalmente i risultati delle elezioni. Purtroppo un incidente stradale risulta fatale per una persona molto vicina a Clark, il quale si rivolge a Jor-El chiedendogli aiuto.

Il Professor Fine ormai non ha più freni e minaccia di usare un virus informatico che potrebbe causare il caos sul pianeta Terra, in realtà il suo vero scopo è un altro: liberare Zod dalla sua prigione, la Zona Fantasma. Clark cerca di fermarlo, mentre Lex cerca di prendere una decisione che potrebbe comportare la fine della sua storia con Lana.

A powerless Clark is trapped in the "Phantom Zone" surrounded by the criminals his father imprisoned there. However, an unexpected ally comes to his aid. Meanwhile, Zod in Lex's body advances his plan to transform Earth into a new Krypton, while using Lana to produce an heir.

Clark and Lois meet Smallville's newest arrival face-to-face, and she has some surprising news. Clark decides to leave Smallville and continue with his superhero training but Jor-el informs him that a new Kryptonian menace has arisen.

Clark hears his mother's voice trapped in Kara's crystal, and releases her. She gives him Jor-El's ring made of Blue Kryptonite, which strips him of his powers.

Chloe begins to notice that Clark's not acting like himself. Bizarro enlists the help of Brainiac.

When Clark wonders if the world would be better off if he never came to Smallville, Jor-El shows him what life would have been like if he had never existed.

Clark takes Chloe to the Fortress of Solitude so Jor-El can heal her after Brainiac replaces her memories with Kryptonian code.

Clark tells Jor-El he’s ready to start his training, but Jor-El sends him back to Metropolis to cut ties with Lois before he can begin. Chloe is shocked when Lois suddenly reappears after having been missing for weeks, but Lois has no recollection of vanishing into thin air with the Legion ring. Chloe begs Clark to use the Legion ring to go back in time to save Jimmy, but he refuses, driving a wedge into their friendship. Meanwhile, Zod arrives at the Luthor mansion...

Tess forces Oliver to come to a Queen Industries gala to put the Board at ease, but things go awry when the Toyman shows up with a bomb and a plan to take revenge on Oliver. The Toyman tells Oliver he must confess to murdering Lex or he will blow the place up. Meanwhile, as part of his training, Jor-El gives Clark the ability to hear other people’s thoughts.

Lois finds Clark's lifeless body and removes the blue kryptonite enabling him to heal himself. However, Lois sneaks away before Clark fully awakens in order to protect his secret. Meanwhile, Chloe is desperate to find Oliver, so she turns to an unlikely source for answers. Jonathan returns to the Kent Farm with a message for Clark, and Tess awakens in a LuthorCorp lab.

Clark takes Lois to the Fortress to get Jor-El’s blessing for their marriage. Jor-El bestows a unique wedding gift on the couple – he gives Lois Clark’s super powers so she can see what it’s like to be him for a day. Unfortunately, the Toyman has returned to Metropolis, so Lois must go up against the notorious villain instead of Clark. Meanwhile, Oliver searches for the Bow of Orion, which he believes will remove the Omega symbol from his skull, and runs into Kara, who is also on a mission to stop Darkseid.

The story of Clark Kent culminates in this epic two-hour series finale as Clark takes the last step to becoming the Man of Steel.