Los eventos llegan a un clímax cuando Michael lleva a sus amigos a través de la Isla para enfrentarse a los Otros. Mientras tanto, Desmond vuelve a la Isla en un velero, y decide junto a Locke ver qué pasa si el contador de El Cisne pasa de cero.

Después de que Desmond la rescate de morir ahogada en el mar, Charlie, celoso, convence a Hurley para que le ayude a descubrir porque Desmond parece que prediga el futuro.

Desmond y Sayid viajan hacia el carguero, cuando una turbulencia causa extraños efectos en el escocés. Éste descubre que los viajes en el tiempo que experimenta podrían incluso matarlo si no encuentra una constante que una su pasado con el presente.

Juliet recibe una visita no deseada de alguien de su pasado que le ordena vigilar a Charlotte y Faraday, con el objetivo de impedirles el cumplimiento de su misión.

Jack intenta descubrir la identidad del cuerpo que ha aparecido en la playa arrastrado por el mar. Mientras tanto, el campamento de Locke es atacado por los enemigos de Ben.

Jack y Kate siguen la señal del teléfono que el piloto ha dejado caer desde el helicóptero. Por el camino se encuentran con Sawyer, Aaron y Miles, que huyen de las barracas. Mientras tanto, Sayid llega a la playa con la zodiac para empezar a llevar gente al carguero.

La quinta temporada empieza con los supervivientes que se quedaron en la isla comenzando a sufrir los efectos de que esta se moviera. Por su parte, Jack y Ben quieren reunir a los seis del Oceanic con el fin de regresar a la isla.

Desmond busca a una misteriosa mujer, la madre de Daniel Faraday, quien puede parar los viajes a través del tiempo que está realizando la isla. En su búsqueda, descubre que Faraday -financiado por Charles Widmore- estaba experimentando con los viajes en el tiempo.

La misión que Locke debe realizar fuera de la isla es revelada. Para ello, adoptará el nombre de Jeremy Bentham.

Para expiar los pecados del pasado, Ben debe intentar invocar al monstruo de humo para ser juzgado.

Daniel Faraday desvela por fin qué es lo que sabe sobre la isla.

Ben deberá afrontar las consecuencias de una mentira oculta durante demasiado tiempo. Y es que Ilana, gracias a los poderes de Miles, descubre quién fue el verdadero asesino de Jacob.

El humo negro, tras la apariencia de John Locke, vuelve del templo con todo su nuevo séquito. En el campamento le esperan Jin y Sawyer. El ex convicto se encara con la némesis de Jacob porque quiere respuestas. Entonces Locke confiará a Sawyer una misión decisiva...

Han pasado muchas cosas desde que Sun volvió a la isla, y aún así su destino y el de su marido caminan por sendas muy distintas. Ella se mantiene del lado de los fieles a Jacob. Él, herido, continúa en el bando del falso Locke, al que fue arrastrado por Claire.

Desmond, el hombre viajó en el espacio y el tiempo en busca de la mujer que amaba, ha sido devuelto a una isla que detesta, y que le aleja de nuevo de Penny. Por si fuera poco, Charles Widmore pretende utilizarle como conejillo de indias en un peligroso experimento.