Un teniente de la Marina aparece brutalmente asesinado en una cabaña cercana a una carretera comarcal. Su hija y su ex prometido habían acudido al NCIS a denunciar su desaparición, pero la dura conducta de la mujer había levantado las sospechas de los agentes. Al visitar la casa de la víctima, descubren en el sótano material que podría estar relacionado con sus trabajos de alta confidencialidad en el Cuerpo Naval.