A murdered JAG officer teams up the JAG staff with agents of the Naval Criminal Investigative Services (NCIS).

NCIS Agent Gibbs continues his investigation on the terrorist, Amad Bin Atwa to avert another attack on a Navy ship. Harm is court-martialed for the murder of Lt. Singer.

Zespół agentów specjalnych zajmuje się sprawami przestępstw, które mają związek z marynarką wojenną i piechotą morską. Kieruje nim Leroy Jethro Gibbs (Mark Harmon) - oficer śledczy i specjalista od przesłuchań. Agentka Kate Todd nadzoruje na pokładzie samolotu Air Force One pracę oficera marynarki Raya Trappa, który od niedawna ochrania głowę państwa. Podczas lotu oficer zostaje zaproszony przez prezydenta na lunch. Tuż po posiłku umiera. Samolot ląduje awaryjnie, a na jego pokład zostają wezwani agenci Gibbs i Tony. Abby wykonuje analizy, które mają ustalić przyczynę śmierci Trappa. Gibbs jest przekonany, że za śmiercią oficera marynarki kryje się plan ataku terrorystycznego.

Gibbs, Tony i Kate zostają wezwani na miejsce wypadku. Podczas szkoleniowych ćwiczeń, kapral piechoty morskiej spadł na ziemię i wbił się w dach zaparkowanego samochodu - jego spadochron nie otworzył się. Agenci przesłuchują pozostałych żołnierzy. Ducky bada zwłoki a Abby rozpoczyna laboratoryjne analizy spadochronu. Koledzy Fuentes'a ujawniają, że był on znany ze swojej dobrej passy i szczęścia, którego go nigdy nie opuszczało, zwłaszcza podczas partyjek pokera. Abby odnajduje ślady kwasu na linkach spadochronu Fuentesa. Podejrzenia padają na Billy'ego Webba, który był odpowiedzialny za przechowywanie spadochronów. Abby odkrywa, że na węzłach linek spadochronu znajdują się odciski palców dwóch różnych osób. Podczas przeszukania, w szafce kaprala Schilza zostaje znaleziony nóż, za pomocą którego zostały przecięte linki spadochronu Fuentesa. Gibbs sądzi jednak, że za morderstwem stoi ktoś inny.

Gibbs i zespół są wezwani, gdy myśliwy znajduje w lesie zmumifikowane zwłoki oficera marynarki, który zaginął 10 lat wcześniej. Wraz z nim zniknął milion dolarów skradziony z budżetu wojskowego. Wszczynają dochodzenie w sprawie zabójstwa oraz defraudacji i wzywają dwóch marynarzy, którzy służyli na tym samym statku, co zmarły oficer. Abby wykorzystuje rekonstrukcję komputerową, chcąc skłonić podejrzanego do przyznania się do winy.

Z grobu wstaje kobieta, która została pochowana żywcem. Nie pamięta, kim jest i jak się tam znalazła, ale pamięta, że jakaś bomba ma wkrótce wybuchnąć na statku marynarki wojennej. Agenci służb śledczych rozpoczynają śledztwo, które doprowadza ich do pokoju hotelowego, gdzie znajdują martwego Waltera Richtera. Abby odnajduje na ubraniu kobiety składniki, które wykorzystuje się do budowy zaawansowanych bomb. Kobieta przypomina sobie, że odbyła rozmowę z jakimś łysym mężczyzną, którym okazuje się być Richter. Gibbs i Tony dowiadują się, że Richter był szefem ochrony w niemieckiej firmie BFF, która specjalizuje się w produkcji sprzętu do wykrywania bomb, w szczególności na pokładach statków marynarki wojennej. Agenci odwiedzają prezesa firmy Stephana Brauera, który ujawnia tożsamość odnalezionej kobiety. Okazuje się, że jest to Suzanne McNeil - naukowiec, której praca polegała na konstruowaniu niewykrywalnych bomb. W centrali firmy znajduje się replika wąskiego przejścia na statku, która służy do przeprowadzania testów i to ona była przyczyną obaw Suzanne. Jednak reakcja Brauera na wiadomość o tym, że Suzanne żyje wzbudza podejrzenia Gibbsa. Wnioskuje, że Suzanne i żonaty Brauer mieli ze sobą romans. Podczas konfrontacji z Brauerem, kobieta odzyskuje całą pamięć. Przypomina sobie, jak Brauer wysłał w swoim imieniu Richtera, aby zakończyć ich związek. Suzanne wpadła w furię i zabiła Richtera. Podczas szamotaniny z Brauerem uderzyła się głową o stół i straciła przytomność. Brauer był przekonany, że jest martwa, więc ją pochował.