Het NCIS-team is onderweg naar Cuba en onderzoekt een moord, waarbij een tolk van de marine in verband wordt gebracht met smokkelpraktijken in een gevangenis.

Een terrorist houdt Ducky, Gerald en Kate gegijzeld, terwijl het NCIS-team onderzoekt hoe de terrorist het terrein van de marine is opgekomen.

Een terrorist heeft het plan om een aanslag op de president te plegen. Gibbs en zijn team moeten de identiteit van de terrorist zien te achterhalen en Kate vinden die door de terrorist is ontvoerd.

Een commandant sterft na een succesvolle operatie. Als het NCIS-team in zijn verleden duikt, blijkt dat hij veel vijanden had. Ze komen op het spoor van een luitenant ter zee, maar Abby is niet zo zeker dat hij de dader is.

Gibbs krijgt de opdracht te praten met een gevangene, die op het punt staat geëxecuteerd te worden. Gibbs moet informatie loskrijgen over de plaats waar hij zijn slachtoffers verstopte, maar de gevangene laat weinig los. Het team moet nu geheel op eigen kracht de zaak oplossen.

Twee agenten van Paula Cassidy's team komen om als ze in de val worden gelokt. Gibb's team is geschokt, want eigenlijk zouden zij de weekenddienst draaien.