Alors que l'opinion américaine s'émeut des nombreuses pertes subies en Irak par l'armée des Etats-Unis, une équipe du NCIS est envoyée à Bagdad afin d'enquêter sur le mystérieux décès d'un officier. En effet, une récente attaque au mortier dans la zone internationale, pourtant sécurisée, semble avoir été utilisée pour masquer un meurtre. Pour le directeur adjoint Leon Vance, il s'agit d'une affaire de première importance, qui doit être réglée rapidement afin d'éviter toute polémique. Gibbs décide de tout entreprendre pour que ce crime puisse être jugé. Les compétences de Nikki Jardine, une scientifique du NCIS, s'avèrent très utiles...