一個6歲的男童向NCIS求助，聲稱自己的爸爸被綁架了。調查過程中，發現他的爸爸是一項秘密項目的負責人，而且他是唯一一個擁有能打開項目的代碼的人。當Gibbs向男童進一步了解情況時，其他人發現這個項目已經被入侵、裏面的資訊都已經被刪除掉了。到底這個失蹤的男人是無辜還是罪有應得的呢？

Gibbs接到任務調查一艘船，船隻突然爆炸，Gibbs被炸成重傷。送往醫院後，Gibbs陷入昏迷，過去的種種痛苦記憶不斷在腦海中重現。小組的其他成員不得不放下對Gibbs的擔心，繼續著手調查這個案件。Tony代替Gibbs接管大局，弄出了不少麻煩。

Gibbs尚未從爆炸的受傷中復原過來。小組成員不得不在沒有Gibbs的情況下獨自解決恐怖組織的案子。當Gibbs的良師益友、舊日的上司來訪時，看到Gibbs的記憶只停留在妻女喪失之後的那段日子。小組在調查中發現Gibbs是唯一一個目睹過恐怖分子襲擊計劃的人，他的幫助尤其重要。Gibbs必須在恐怖分子發動襲擊前恢復記憶 。

Fornell逮捕的一个囚犯越狱了，他找到Fornell说是被陷害的，要求重启案件调查。Gibbs中断退休生活回来帮助他解决危机。调查期间向一个退休海军—逃犯入狱后唯一一个保持联络的人问话。整个调查过程引向了一个意想不到的结果。

萬聖節的夜晚，一海軍士兵在家中遇襲，女兒被綁架，綁匪索要贖金。NCIS接報到場，展開調查。在調查過程中，他們發現這對夫婦已經分居，而妻子是有外遇的人。調查重點放到妻子的前男友身上，但審訊後一無所獲。

当吉布斯前岳母在谋杀案调查中作为证人出现时，秘密就浮出水面。

吉布斯呼吁团队协助缉毒局特工路易斯·米切尔处理一个一直悬而未决的案件，但迪诺佐发现吉布斯与特工的个人关系以及他帮助他成功的愿望还有更多。此外，球队还对吉布斯的新造型说三道四，因为他把标准的军用发型和马球衫换成了现代剪裁和定制的连衣裙。