Jenna Flemming, une élue du Congrès, membre de la commission d'affectation des bases militaires, reçoit des menaces de mort. L'équipe du NCIS est aussitôt alertée et chargée d'enquêter sur les éventuels ennemis qui pourraient souhaiter sa disparition. Le directeur Vance se charge personnellement d'organiser la protection de la députée. Les choses se compliquent lorsque l'assistant personnel de Flemming est assassiné.

Après que le groupe de réflexion sur la sécurité intérieure d'Abby soit compromis et qu'elle se retrouve avec une vraie bombe, l'équipe du NCIS découvre que le chef d'un groupe a été assassiné et qu'un livre théorique sur la terreur a été volé.