Obwohl Sasuke im Kampf gegen Naruto erwähnte, dass Naruto sein bester Freund ist, ist sich Naruto unsicher, ob die Aussage der Wahrheit entspricht. Denn welches Ziel verfolgt Sasuke, wenn er seinen besten Freund so hart bekämpft? Sasukes unglaubliche Kräfte setzen Naruto ziemlich zu. Deswegen beschließt Naruto ebenfalls alles zu geben und aktiviert das Chakra des Neunschwänzigen Fuchses.

Kakashi ist mit dem Spürhund Pakkun auf der Suche nach seinen Schülern Naruto und Sasuke. Diese setzen währenddessen ihren Kampf weiter fort. Sasuke kann sein Sharingan mit doppelten Tomoe zu einem mit dreifachen Tomoe entwickeln, dadurch beherrscht er zunehmend das Feld. Durch dieses ist Sasuke in der Lage, Narutos Bewegungen vorherzusagen.

Der Kampf zwischen den Teamkollegen Naruto und Sasuke geht in die entscheidende Phase. Wie es scheint, sind die Kräfte des Mal des Fluches, welches sich an Sasukes Hals befindet, viel größer als die Kräfte des Neunschwänzigen Fuchses. Naruto muss sich geschlagen geben und geht als Verlierer aus dem Duell heraus. Sasuke stellt fest, dass er sich von Orochimaru nicht fernsteuern lassen will.

Kakashi konnte mit dem Spürhund Pakkun die Shunin Shikamaru, Choji, Neji, Kiba und Naruto ausfindig machen. Shikamaru und seine Teamkollegen konnten ihre Mission nicht erfolgreich abschließen. Alle Mitglieder sind aufgrund der Misserfolge während der Mission sehr deprimiert und erschöpft.

Sakura möchte sich auch endlich an der Suche nach Sasuke beteiligen. Nachdem Naruto von ihren Plänen Wind bekommen hat, flieht er mithilfe eines Tricks aus dem Krankenhaus und begleitet seine Teamkollegin. Jiraiya hat den Plan von Sakura und Naruto schon frühzeitig durchschaut. Nach Absprache mit Tsunade macht er sich mit den zwei jungen Shinobi auf den Weg in das Reich der Reisfelder.

Immer noch suchen Jiraiya, Naruto sowie Sakura nach Sasuke und somit Orochimarus Dorf Otogakure. Auf ihrem Weg gelangen sie in ein Dorf, in welchem nicht gerade viel los ist. Kurz nach der Ankunft, geht Jiraiya los, um weitere Informationen über Otogakure einzuholen. Bei seinen Nachforschungen kommt er in eine Bar. In dieser trifft der Lehrer auf eine Frau, welche behauptet ihm helfen zu können.

Naruto, Sakura und Jiraiya treffen auf Sasame. Wie sich herausstellt geht es dem Mädchen nicht gut und Sakura kümmert sich um sie. Natürlich interessiert sich auch Jiraiya für das Mädchen vom Fuuma-Clan. Während eines Picknicks wird Sasame von den Fuuma-Clan-Mitgliedern Kamikiri Jigumo und Kager festgehalten. Die drei Nukenin arbeiten für Orochimaru, der ihnen ein Versprechen gegeben hat.

Jiraiya, Sakura und Naruto erfahren endlich den genauen Standort von Orochimarus Versteck. Nachdem sie am Versteck angekommen sind, wissen sie nicht, welcher der drei Eingänge der Richtige ist. Um das herauszufinden, beschwört Jiraiya den Sohn des Froschkönigs Gamabunta, Gamakichi. Jedoch beschließt Jiraiya kurz darauf, dass sich das Team trennen soll.

Endlich konnten Naruto und Sakura die Machtzentrale von Orochimaru ausfindig machen. Dort treffen die Shinobi auf Kabuto, der Naruto zu einem Duell herausfordert. Kabuto ist in der Lage einen Chakra-Faden direkt aus seinem Herzen zu spinnen und mit diesem Naruto einzuwickeln. Dadurch schlagen die Herzen von Naruto und Kabuto binnen weniger Minuten synchron.

Sasame muss schon kurz nach dem Aufeinandertreffen mit ihrem Cousin feststellen, dass Arashi nicht mehr der Mensch ist, der er einmal war. Seit er in den Diensten von Orochimaru steht, ist er zu einem Monster geworden. Naruto und Sakura stellen sich einem Kampf gegen Arashi. Die jungen Shinobi können in Erfahrung bringen, dass es Sasuke gut geht und machen sich daraufhin auf den Heimweg.

Naruto, Sakura und Jiraiya sind wohlbehalten in Konoha angekommen. Direkt nach der Ankunft führen sie ihr Training fort. Tsunades ständige Begleiterin Shizune besteht auf die Sortierung von Unterlagen. Der Godaime Hokage fällt während der Sortierung ein Zettel in die Hand, auf welchem eine Formel geschrieben wurde. Sofort erkennt sie die Handschrift von Orochimaru.

Mizuki, Fuujin und Raijin konnten aus der Hochsicherheitseinrichtung fliehen. Iruka, Naruto und Spürhund Pakkun nehmen die Verfolgung auf. Pakkun kann die Fährte der Flüchtigen aufnehmen, doch statt der Flüchtigen treffen sie auf Shizune. Sie erzählt von einem Überfall auf ihr Team, ausgeübt von den drei Ausbrechern.

Naruto, Iruka und Pakkun treffen auf die Flüchtigen Mizuki, Fuujin und Raijin. Auf dem Feld stehen sich infolgedessen Iruka und Mizuki sowie Naruto, Fuujin und Raijin gegenüber. Im Gegensatz zu Naruto, kann Iruka die Oberhand im Kampf gegen seinen ehemaligen Kindheitsfreund Mizuki gewinnen.

Obwohl sich Ino, Shikamaru und Choji im Kampf abwechseln und mit immer neuen Jutsus kämpfen, können sie den Kampf gegen die Brüder Fuujin und Rajiin nicht dominieren. Inzwischen kämpfen Iruka und sein Kindheitsfreund Mizuki weiter. Mizuki ist es möglich, Iruka in ein Gebäude zu locken, welches wie ein Gefängnis aufgebaut ist.

Gemeinsam mit Naruto und Pakkun, nimmt Iruka die Verfolgung von Mizuki auf. Die Drei erhalten Unterstützung von Tsubaki, die sie kurz davor kennen gelernt haben. Die Verlobte von Mizuki, möchte ihren Freund vor neuen Verbrechen abhalten. Mizuki ist unterwegs zu einer Höhle. In dieser möchte er etwas Spezielles herstellen.

Mizuki konnte seine Substanz herstellen und diese zu sich nehmen. Die Essenz weckt in Mizuki zunächst unglaubliche Kräfte, welche Iruka und Naruto sofort zu spüren bekommen. Schon kurze Zeit darauf fällt Pakkun auf, dass Mizukis neu erlangte Kräfte nachlassen und er sich langsam in einen alten Mann verwandelt. Daraufhin wird er von Iruka in eine Falle gelockt.

Naruto möchte immer noch Sasuke ausfindig machen. Allerdings gibt es keine Anhaltspunkte zum Aufenthaltsort von Sasuke und Orochimaru. Deswegen findet Tsunade die Idee von Naruto, Sasuke zu finden, für unsinnig. Shino schlägt eine weitere Vorgehensweise bei der Suche nach Sasuke vor.

Shino, Kiba, Hinata und Naruto suchen nach dem speziellen Käfer, der noch den schwächsten Duft riechen und die zugehörige Person somit finden kann. Mithilfe dieses Käfers wollen die Freunde Sasuke finden. Die Suche erweist sich schwieriger als gedacht, denn es gibt einfach zu viele ähnliche Käfer. Verfolgt werden die Freunde von Mitgliedern des Kamizuru-Clans.

Hinata wurde von Mitgliedern des Kamizuru-Clan entführt. Diese sind schon seit langer Zeit Rivalen des Aburame-Clans. Mithilfe eines speziellen Käfers wollen sie den Ruhm von früher widerherstellen. Die Begleiter von Hinata wollen den wertvollen Käfer verstecken. Bevor sie ein sicheres Versteck finden, werden sie in eine Falle gelockt.

Kurz bevor der wertvolle Käfer schlüpft, ist es Shino und seinen Freunden möglich, die Mitglieder des Kamizuru-Clans zu besiegen und sich aus den Kokons zu befreien. Um den vermissten Sasuke zu finden, muss das Erste, was der Käfer riecht, der Geruch von Sasuke sein. Hierfür hat Naruto das Stirnband von Sasuke parat.

Drei völlig erschöpfte Männer erscheinen vor Tsunade. Die Männer arbeiten in der Katabami Goldmine, welche schon länger vom Kurosuki-Clan geführt wird. Sie bitten Tsunade um Hilfe, um der Gewaltherrschaft in der Mine ein Ende zu setzen. Der Anführer des Clans soll Kontakte zu den sieben Schwert-Ninjas haben, zu welchen auch der Bruder von Sasuke zählen soll.

Tsunade schickt ein Team los, um die vor kurzem in Konoha eingetroffenen Männer, nach Hause zu begleiten. Zunächst schlagen Neji, Naruto, Tenten, Lee und die drei Männer ihr Lager in Großmutter Sanshos Restaurant auf. Ihr eigentliches Ziel, die Katabami Goldmine wird vom Kurosuki-Clan und dessen Anführer Raiga terrorisiert.

Naruto und das restliche Team müssen sich einen Kampf gegen den Anführer des Kurosuki-Clan stellen. Aufgrund Raigas Zugehörigkeit zu den sieben Schwert-Ninjas, ist der Kampf für Naruto von besonderer Bedeutung. Er erhofft sich durch ihn, Itachi und somit dessen Bruder Sasuke ausfindig zu machen. Während des Kampfes, fällt ein kleines Päckchen aus Raigas Umhang.

Naruto und seine Freunde kehren in das Dorf zurück. Dort erwartet sie schon Karashi, welcher noch eine Rechnung mit den jungen Shinobi offen hat. Obwohl Karashi Lee und den anderen Teammitgliedern nicht wohlgesinnt ist, verteidigt ihn Rock Lee vor den Dorfbewohnern. Diese unterstützen das Verhalten von Karashi nicht und wollen diesen aus dem Dorf jagen.

In der Auseinandersetzung mit Naruto, Lee und Neji kann Raiga seine wahren Kräfte zeigen. Dadurch ist es Naruto und seinen Freunden nicht möglich das Feld zu beherrschen. Angesichts der Trennung von Raiga, leidet Ranmaru sehr. Er wird von Tenten zurück in die Hütte gebracht, in welcher sie sich rührend um den Jungen kümmert.

Der Kampf zwischen Rock Lee und Raiga geht weiter. Infolge eines Angriffs von Raiga, liegt Lee kampfunfähig auf dem Boden. Sanshou tritt in Erscheinung und kann mithilfe des „Currys des Lebens" Lee für einen kurzen Moment wieder beleben. Daraufhin führt Naruto den Kampf an Stelle von Lee fort.

Für ein anstehendes Überlebenstraining werden jedem Genin drei junge Ninjas zugeteilt. Narutos Team besteht aus Konohamaru, Moegi sowie Udon. Das Ziel der vorgetäuschten Mission ist es, eine versteckte Schriftrolle auf dem Berg Takurami zu finden und diese nach Konohagakure zurückzubringen. Damit es den Teams nicht zu leicht gemacht wird, werden sie von Shinobis angegriffen.

Naruto, Hinata, Kiba und dessen Hund Akamaru werden von Tsunade beauftragt, das Reich der Steine aufzusuchen. Dort sollen die Shinobi den Dieb einer wertvollen Teeschale fassen und diesen anschließend verhaften. Im Reich der Steine angekommen, treffen die Abenteurer auf den Kopfgeldjäger Sazanami.

Nachdem Naruto, Hinata und Kiba einen Steckbrief mit dem Gesicht des Kopfgeldjägers Sazanami darauf gefunden haben, stellen sie den Mann zur Rede. Dieser erzählt bereitwillig seine Geschichte. Schon kurz darauf treffen sie auf den gesuchten Teeschalendieb Gosunkugi und seine Begleiter, welche die Freunde in einen Kampf verwickeln.

Rock Lee und sein Sensei Might Guy machen sich auf zu einer Mission. Das nutzen die zwei tollpatschigen Brüder Mondai und Potcha aus und verkleiden sich als Lee und Guy, um so Konoha zu infiltrieren und geheime Informationen zu stehlen. Sofort erkennt Kakashi den Trick und gibt die Information an Tsunade weiter, die einen Plan schmiedet, um die Eindringlinge zu verjagen.

Ein weiterer Bittsteller kommt nach Konohagakure und erhofft die Hilfe von Tsunade und ihren Shinobi. Der junge Chishima kommt aus dem Land der Vögel. Dieses wird von einem unheimlichen Geist heimgesucht. Tsunade beauftragt Naruto, Tenten sowie Neji mit der Mission. Im Gegensatz zu Neji, glaubt Naruto an Geister und fürchtet sich sehr vor der Mission.

Nach wie vor sind Naruto, Tenten und Neji dem Geist des verwünschten Kriegers auf der Spur. Ihre Mission lautet: Die Shinobi sollen im Land der Vögel die wahre Identität des Geistes herausfinden. In einem ersten Versuch den Geist zu besiegen, nimmt Neji mithilfe seines Byakugan, keine menschliche Präsenz innerhalb der Rüstung wahr.

Nachdem Lord Komei die Inszenierung des „verwünschten Geistes" gestanden hat, entbindet Lord Mousou die Shinobi von ihren Pflichten und schickt sie zurück nach Konohagakure. Naruto glaubt dem Geständnis nicht und startet eigene Ermittlungen. Während seiner Informationssuche findet er einen Geheimgang in einem Tempel, wo er kurze Zeit darauf verhaftet wird.

Während des Gerichtsprozesses erscheint der „verwünschte Krieger" und fliegt mit dem angeklagten Hochverräter Lord Komei davon. Naruto konnte in seinem Verlies weitere Informationen sammeln. Naruto ist sich sicher, dass mehrere „verwünschte Geister" existieren und einer von diesen, ist Lord Sagi. Kakashi stellt sich einem Zweikampf gegen Nagare.

Naruto und seine Teamkollegen wollen immer noch das Geheimnis und die damit verbundene Intrige, um den „verwünschten Krieger" lüften. Im Verlauf der Mission kristallisieren sich schnell die wahren Identitäten von Lord Sagi und Lord Mousou heraus. Hinter Lord Sagi steckt seine Schwester Toki und Lord Mousou ist eigentlich der Anführer der wandernden Ninjas, Hōki.

Naruto steht unter Trance und wird von Hōki langsam in die Tiefe gezogen. Im letzten Augenblick kommt ihm Chisima zur Hilfe und kann ihn retten. Daraufhin entbrennt ein Kampf zwischen Naruto, Chisima und Hōki. Hōki schleudert Shuriken nach den zwei Freunden, wobei er Chisima schwer verletzt. Naruto versucht mit seinen Schattendoppelgängern zu kontern, allerdings scheitert der Versuch.

Nach ihrer Mission wollen Naruto und Chōji Nudelsuppe essen gehen. Ichirakus Rāmen-Stand hat geschlossen. In dem Geschäft finden sie Teuchi, welcher ein neues Rezept ausprobiert. Teuchi erzählt von der Entführung seiner Tochter Ayame durch einen Ryōrinin namens Hakkake und die damit verbundene Lösegeldforderung.

Shino bringt Naruto und Ino zu Tsunade. Die beiden jungen Shinobi erhalten einen weiteren Auftrag von der Godaime Hokage. Unter der Leitung von Anko, sollen sich die Ninjas auf den Weg in das Land der Ozeane begeben. An der Küste des Landes sollen sie den berüchtigten Seeteufel zur Strecke bringen. Das Seemonster soll für viele Angriffe auf Boote verantwortlich sein.

Naruto, Ino und Shino versuchen immer noch, den gefürchteten Seeteufel Kaima zu finden und zu besiegen. Nach einem Angriff von Amachi, droht Naruto zu ertrinken. In der letzten Sekunde kann Isaribi den bewusstlosen Jungen vom Meeresgrund retten. Nachdem Naruto wieder erwacht ist, gesteht ihm Isaribi, dass aufgrund einer Entführung durch den Seeteufel, die Dorfbewohner das Mädchen verachten.

Endlich findet das Team den Aufenthaltsort von Isaribi heraus. Sofort machen sich Naruto, Shino und Ino auf den Weg dorthin. Sie treffen auf einen alten Bekannten. Yoroi Akadō, war während der Chūnin-Auswahlprüfung ein Gegner von Sasuke. Shino stellt sich einem Zweikampf und kann diesen mit Leichtigkeit gewinnen. Nach einiger Zeit können sie Isaribi einholen und treffen danach auf Misumi.

Anko ist in der Lage ihre Teamkollegen Naruto, Shino und Ino aus einem eingestürzten Labor zu befreien. Sie gelangen an den Strand, wo sie mit Entsetzen feststellen müssen, dass der Konvoi um das Geldtransportschiff schon abgelegt hat. Der Kapitän erhielt eine gefälschte Nachricht, in der berichtet wurde, der Seeteufel sei überwältigt und die Ninjas aus Konohagakure heimgekehrt.

Naruto konnte den Seeteufel besiegen. Infolge des Kampfes sinkt der bewusstlose Naruto auf den Grund des Sees. Erneut muss Isaribi den jungen Ninja vor dem Ertrinken retten. Anko konnte inzwischen Amachi gefangen nehmen. Dieser beschwört Umibōzu, ein Wesen ausschließlich aus Wasser und Chakra. Dieses mächtige Wesen stellt für Naruto einen ernsthaften Gegner dar.

Naruto erhält von Tsunade den nächsten Auftrag. Er soll auf eine wichtige Person namens Kunihisa aufpassen. Wie sich herausstellt, handelt es sich um einen kleinen verzogenen Sohn eines Juweliers. Neben seiner „Babysitter-Mission" muss Naruto zusätzlich gemeinnützige Missionen erfüllen. Darunter fallen Reinigungs- und Sanierungsarbeiten.

Ein alter Bekannter von Tsunade erklärt die nächste Mission für Naruto, Kiba und Hinata. Kaisen Agari vom Kedoin-Clan erzählt von einem Schatz, welcher geborgen werden muss. Obwohl dessen genaue Lage bekannt ist, ist dieser aufgrund der schwer zugänglichen Gegend schwierig zu bergen. Hierfür braucht es schon die Geschichtlichkeit eines Ninjas.

Naruto, Kiba und Hinata werden von ihren Doppelgängern gefangen genommen. Die Doppelgänger wollen daraufhin in Konoha einfallen und dieses verwüsten. Die nötigen Informationen hierfür erhielten sie von einem Informanten aus Konoha. Kurz nach dem Verschwinden der Fremden können sich Naruto und seine Freunde befreien und nehmen die Verfolgung auf.

Naruto möchte das Training mit Jiraiya wieder aufnehmen, doch Jiraiya will zuerst sein Icha-Script zu Ende schreiben. Sein Sensei hat es allerdings nicht eilig mit der Fertigstellung des Dokumentes und so schreibt Naruto das Manuskript. Er übergibt das fertige Exemplar einem rasend schnellen Kurier-Ninja, damit dieser es an den Verlag überbringt.

Obwohl Hoshigakure ein Ninjadorf ist, bittet es um die Hilfe von Tsunade. Immer wieder wird das kleine Dorf Opfer von Überfällen. Grund für die Überfälle ist ein Stern, der vor 200 Jahren auf das Dorf stürzte. Daraufhin schickt Tsunade die jungen Ninjas Neji, Lee, Tenten und Naruto zu ihrer nächsten Mission aus. Kaum im Dorf angekommen, kann Naruto neue Kontakte knüpfen.

Trotz der Bewachung des Sterns konnten Neji, Tenten, Lee und Naruto den Diebstahl des Sterns nicht verhindern. Die vier Shinobi aus Konoha beginnen Nachforschungen anzustellen. Lee und Tenten überwachen den Dritten Hoshikage Akahoshi. Neji kümmert sich um die Dorfbewohner und Naruto soll mehr über Sumaru herausfinden.