Yukiteru «Yukki» Amano es un joven que tiene por costumbre escribir un diario en su móvil y pasarse el día solo en su habitación soñando despierto. Un día, ante él aparece un dios llamado Deus Ex Machina, capaz de manipular el tiempo y el espacio.

Después de que Yukki acabe con el Tercero con la ayuda de Yuno, la novena poseedora, Minene Uryu, aparece en el Instituto de secundaria Sakurami. La intención de Minene es matar a Yukki con un dispositivo bomba, pero Yuno Gasai interviene para protegerle

El detective Keigo Kurusu, que también es el cuarto poseedor, forma una alianza con Yukiteru Amano. Mientras se lo pasan bien en un parque de atracciones, el corazón de Yukki late involuntariamente ante los gestos infantiles de Yuno.

Cuando Kurusu, Yukki y Yuno descubren que Minene está siendo retenida por la nueva secta religiosa Omekata, ingresan inmediatamente en ella. Allí conocen al líder de la secta, Tsubaki Tsugano, que les explica una historia sorprendente.

Yomotsu Hirasaka ataca a Yukki y a los otros con su capacidad de audición e hipnosis multiplicada por mil. Yuno y Kurusu quieren escapar de la secta lo antes posible, pero Yukki, preocupado por Tsubaki, no se mueve.

Akise invita a Yukki y a Yuno a una feria matrimonial y mientras participan en banquetes y se prueban trajes de novios se van metiendo poco a poco en el papel. Cuando regresan a casa después de la feria, Akise les está esperando.

Ahora que conoce el secreto del diario del Octavo, Aru diseña una estrategia para defenderse de sus poseedores y proteger a Yukki en la residencia Kosaka. Sin embargo, se produce un apagón repentino que permite infiltrarse al enemigo.

Yukki es hospitalizado después de resultar herido por el Séptimo y su padre, Kuro Amano, viene a visitarlo. A Yukki, quien se reúne con su padre por primera vez en medio año, le gustaría que sus padres divorciados volvieran a estar juntos.

Yukki y Yuno luchan abrumados por el poder del amor de Marco y Ai en un lugar especial para estos, la Torre Sakurami, que se está derrumbando. Por su lado, Rea, preocupada por Yukki, corre al lugar y se encuentra nuevamente con Kuro.

Yukki y Yuno se enfrentan en la catedral de la ley de causa y efecto porque el mundo se seguirá derrumbando hasta que haya un único ganador. Yuno tira a Yukki por el acantilado con la intención de convertirse en dios y reiniciar el mundo.

Mediante el poder de Yuno, que se ha convertido en dios, el juego de supervivencia se ha repetido en numerosas ocasiones. Tras saber la verdad, Yukki se dirige al instituto donde todo comenzó para salvar a Yuno y al mundo.

Por obra y gracia de la diosa Yuno, Yukki queda atrapado en un espacio ilusorio en el que se reúne con sus padres. Pero mientras sus padres cuidan de él, Yukki recuerda el nombre de la persona que amaba de verdad y lo grita en voz alta.