James Spader è Raymond "Red" Reddington, uno dei latitanti più ricercati dell'FBI, a cui si consegna offrendo la sua collaborazione per individuare i più pericolosi terroristi in circolazione.

Red indica come primo bersaglio un pericolosissimo criminale chiamato il Freelancer.

Red trascina Elizabeth in una pericolosa missione sotto copertura: il prossimo nome sulla Blacklist è quello di un killer cinese che uccide agenti della CIA.

Il testimone in un importante processo contro un boss della malavita scompare. Red guida Ressler e Liz in una spericolata caccia al numero 161 della Blacklist.

E' il turno del numero 85 della Blacklist: Red guida Elizabeth e Ressler in una caccia senza quartiere ad un criminale che ha rapito una persona.

Tom cerca di convincere Liz ad andare all'FBI per proclamare la sua innocenza e 'ripulire' il suo nome.

Qualcuno ha rilasciato un gas letale nella metropolitana di Washington. Red conduce Liz alla ricerca del folle esperto di armi chimiche che pensa sia il colpevole dell'attacco.

Per fermare l'attacco di un terrorista che minaccia di distruggere il sistema economico del Paese, Red chiede l'aiuto di Cooper. Intanto Liz è preoccupata per la salute di suo padre.

Mentre si trova in una birreria di Monaco a festeggiare, Red è raggiunto da Ressler, che gli comunica che Liz è in pericolo e che ha bisogno di lui: Red si affretta a tornare negli Stati Uniti.

Red è stato rapito dal terrorista Anslo Garrick. Sta ad Elizabeth cercare di ritrovarlo e salvarlo: riuscirà nell'impresa? E quali segreti stanno per essere svelati sulla sua storia?

Mentre Red è ancora latitante, Liz viene contattata dalla sezione Mobile Psych che chiede la sua collaborazione per risolvere il caso di un serial killer battezzato dalla stampa Il Buon Samaritano. A quel punto Red si fa sentire.

Red consegna a Liz un altro nome della Blacklist. Si tratta di Eric Trettel, soprannominato l'Alchimista, esperto di manipolazioni genetiche: il suo 'lavoro' è utilizzato da criminali di tutto il mondo.

Mentre Liz fa una scoperta scioccante che riguarda un'agenzia di adozioni, Red è sulle tracce della talpa interna all'FBI e potrebbe aver trovato un nuovo sospetto.

Liz aiuta Tom con le pratiche dell'imminente adozione. Intanto Red rivela che il prossimo nome sulla lista, Madeline Pratt, è una donna del suo stesso passato.

Mentre Red investiga per suo conto sulla vita di Jolene, Liz e Ressler danno la caccia ad un criminale conosciuto come Il Giudice, che ha una fama che si perde quasi nella leggenda.

Mako Tanida, un criminale giapponese appena evaso di prigione, sta uccidendo i componenti del vecchio team di Ressler che anni prima lo aveva catturato. Seguendo le indicazioni di Red, Liz si mette sulle sue tracce: ma il caso è complicato da un particolare segreto.

Liz ha l'incarico di trovare un hacker e terrorista russo, il fantomatico Ivan, che ha rubato un prezioso congegno elettronico in via di sperimentazione. Red, che conosce l'inafferrabile Ivan, si propone di aiutarla.

Mentre la squadra di Cooper è al lavoro sul caso di un serial killer, Liz è sempre più convinta che suo marito Tom non sia quel che dice di essere. L'arrivo del fratello di Tom non fa che rendere le cose ancora meno chiare.

Una scienziata cinese decide di collaborare con la CIA divulgando notizie su una potente arma batteriologica a cui sta lavorando: ma viene rapita. Red aiuta Liz a scoprire gli autori del rapimento e a cercare l'ostaggio. Intanto Tom ha compreso di essere stato scoperto.

Un politico viene incastrato per omicidio a Praga, portando così il team a caccia del Kingmaker, un infido stratega autore del successo di molti politici. Nel frattempo, Liz (Megan Boone) scopre un segreto che Red (James Spader) sta tenendo nascosto.

Dopo aver scoperto cosa ha fatto Red, Liz si rifiuta di lavorare ancora con lui. Cercando di farsi perdonare da lei, Reddington porta a conoscenza dell'FBI un caso importantissimo, che riguarda un virus letale e il suo antidoto.

In questo appassionante finale di stagione l'ambiguo Red e Liz continuano a loro modo a collaborare per cercare di catturare il misterioso Berlin, collegato in qualche modo all'incidente aereo che ha liberato diversi prigionieri e messo in pericolo l'intera città.

Red continua la sua battaglia contro Berlin, nel frattempo viene a sapere che una persona di nome "Lord Baltimore" ha assunto un cacciatore di taglie per ucciderlo e Liz dopo la resa di conti con Tom, prova ad andare avanti con la sua vita. Il vero Bersaglio di Baltimore è Noemi, l’ex moglie di Red.

Red informa l'FBI che la Monarch Douglas Bank di Varsavia è stata derubata. si scopre che l'unica cosa che manca dalla banca è un dipendente che è la chiave di tutte le operazioni criminali effettuate presso la banca. Red attira Berlin allo scoperto nella speranza di salvare Noemi.

Il cadavere di un uomo privato del cuore fa avviare un’ indagine sul mercato nero degli organi, Liz, Ressler e Samar Navabi indagano per rintracciare il dottor Covington che Red individua come l’uomo che sta dietro quest’attività criminale . Nel frattempo, Red cerca di sfruttare una nuova opportunità in Indonesia.

Dopo che una serie di persone all'apparenza comuni e senza storie di crimini violenti commettono omicidi, Red spiega a Liz che un pericoloso esperimento socio-psicologico è andato fuori controllo. Red prova a convincere Noemi e il suo nuovo marito ad accettare una proposta complicata per iniziare una nuova vita.

Keen, Ressler e Cooper indagano su cellula eco-terrorista alla ricerca di un’arma mortale, Liz prova a sbarazzarsi dell’uomo che Red gli ha messo alle costole.

Dietro il ritrovamento di un cadavere mutilato c’e’ l’organizzazione criminale conosciuta come Il Cartello Mombasa, specializzata in traffico di animali esotici ed esseri umani. Il Cartello è responsabile della morte della famiglia di Dembe Zuma, il “tuttofare” di Red. Nel frattempo Liz si accorge della pericolosa dipendenza sviluppata da Ressler.

Quando uno scienziato nucleare iraniano è ucciso in maniera sospetta, Red informa gli agenti Liz e Navabi che il pericoloso killer “The Scimitar" è stato ingaggiato per uccidere un importante scienziato americano per vendetta. Liz nel frattempo raccoglie informazioni su Berlin e Red stringe amicizia con una donna che lavora su un furgone di ristoro ambulante.

Red e Berlin vanno a Mosca alla ricerca di Decembrist , l’uomo che ha dato il via alla loro guerra. Nel frattempo Liz prova ad avere notizie su Berlin interrogando Tom, la situazione precipita ed un Capitano di Porto viene ucciso da Tom.

Quando Red viene arrestato ad Hong Kong e portato in un centro di detenzione segreta la Task Force prova a salvarlo. Red deve affrontare una sua vecchia conoscenza, il criminale Luther Braxton, che è alla ricerca del Fulcrum.

Il team di salvataggio è intrappolato nel centro di detenzione dove regna il caos. Nel frattempo Luther Braxton cerca di arrivare ai segreti del Fulcrum interrogando Liz con l’uso di droghe per farle riaffiorare i ricordi della sua infanzia.

La Task Force deve salvare un prete, che in realtà è un agente sotto copertura della CIA, rapito dai separatisti in Uzbekistan; Red pensa che dietro il rapimento ci sia Ruslan Denisov, pericoloso criminale che agisce dietro la bandiera del separatismo. Nel frattempo negli Stati Uniti un poliziotto locale inizia un’indagine sull’omicidio del Capitano di Porto commesso da Tom.

Red porta la Task Force ad indagare sui motivi della scomparsa di Justin Kenyon, leader di una setta che nasconde pericolosi container nella sua proprietà. Nel frattempo, Red utilizza le sue conoscenze per rintracciare la cassaforte nascosta di Alan Fitch.

Liz viene a sapere dell’esistenza di un killer noto come "Il cacciatore di cervi" che segue le sue vittime come fossero prede. Liz chiede aiuto a Red per catturarlo. Nel frattempo, la polizia locale continua le sue indagini e Liz fatica a mantenere il suo segreto.

Tom si imbarca in una nuova pericolosa missione in Germania; un’ex amante coinvolge Red in un gioco mortale condotto da una dinastia che ha accumulato la sua ricchezza attraverso aste clandestine in cui vengono venduti sia oggetti che esseri umani.

Mentre Liz si difende dalle accuse di omicidio, l’intera Task Force ed il rapporto privilegiato con Red viene messa sotto esame. Nel frattempo, Red arruola Cooper e Ressler per trovare " The Major ", un pericoloso ex socio fondamentale per non fare arrestare Liz.

Le prove contro Liz aumentano ed un giudice federale minaccia di metterla sotto processo per l’omicidio del Capitano di Porto. Ressler e Red si mettono alla ricerca di Tom, l’unico in grado di scagionarla.

La Task Force si mette sulle tracce del miliardario Roger Hobbs che fa rapire pazienti disabili per permettere ai suoi scienziati di condurre esperimenti sull’immortalità. Tom è costretto a scappare dalla Germania e, tornato a Washington, si sacrifica per salvare Liz.

Liz indaga su Vanessa Cruz che vuole vendicarsi delle persone responsabili della morte del marito. Tom rivela a Liz che è stato Red a farlo entrare nella sua vita. Liz vuole rompere definitivamente con Red quando i due si incontrano un cecchino ferisce gravemente l’uomo.

Con la sua vita appesa ad un filo Red chiede a Liz di rintracciare una figura chiave del suo passato che può sbloccare il potere del Fulcrum. Tom offre aiuto in modo inaspettato.

Dopo la decodifica delle informazioni nascoste nel Fulcrum, Red è determinato a fermare l’imminente minaccia. Nel frattempo, la Task Force scopre che i cadaveri di donne cinesi-americani vengono contrabbandati fuori dal paese sotto falsa identità. Liz continua a cercare risposte sul suo passato dopo aver scoperto un quadro nascosto nell'appartamento segreto di Red.

A seguito delle informazioni di Red, l'FBI viene a sapere che il pericoloso assassino russo Karakurt è negli Stari Uniti per uccidere un senatore americano. Per fermarlo Liz contatta il controspionaggio russo scoprendo che hanno anche informazioni sull’identità di sua madre. Cooper si trova in una posizione compromettente.

Liz scopre di essere stata incastrata dalla Cabala, spingendo Red ad usare le sue connessioni per salvarla. Cooper riceve una notizia sorprendente; i membri della Task Force sono alle prese con una diffusa mancanza di fiducia.