Después de ganar una lotería especial, Makoto Naegi, un estudiante promedio, se inscribe en la prestigiosa Hope's Peak Academy para estudiantes talentosos de secundaria. Sin embargo, en el momento en que Makoto entra al interior de la escuela, cae inconsciente y luego se despierta en un salón de clases lleno de cámaras de seguridad y placas de acero. Siguiendo las instrucciones de una nota para reunirse en el gimnasio, Makoto encuentra catorce otros estudiantes únicos en una situación similar, incluyendo un ídolo escolar de su antigua escuela secundaria, Sayaka Maizono. Es en este punto que el autoproclamado director, un oso de control remoto llamado Monokuma, aparece ante ellos, anunciando que los estudiantes permanecerán en la escuela por el resto de sus vidas y que solo pueden "graduarse" matando a otro estudiante. . Rechazando esta idea, los estudiantes pasan los siguientes días buscando en los terrenos de la escuela para tratar de encontrar una salida alternativa. Decidiendo que todos necesitan un motivo para matar, Monokuma muestra a cada alumno un DVD personalizado que los motiva a escapar a toda costa; en el caso de Makoto, se puso en peligro un video de su familia. Como Sayaka también está desconcertada por el contenido de su video, Makoto intenta calmarla, prometiéndole que encontrará la manera de sacarlos a los dos.

Después de aprender de Monokuma sobre la puerta defectuosa en el baño de su habitación, Sayaka se acerca a Makoto, quien le dice que teme que alguien la persiga y le ofrece cambiar de habitación para tranquilizarla. Al día siguiente, sin embargo, Makoto se horroriza al descubrir que Sayaka estaba muerta en su cuarto de baño, apuñalada en el estómago con un cuchillo de cocina. Mientras Makoto se enoja por este trágico cambio de acontecimientos, Monokuma explica que uno de los estudiantes es responsable de su asesinato y deben juzgar por sí mismos quién es el asesino en un "juicio de clase". Si la clase puede determinar con éxito al culpable, esa sola persona será ejecutada, pero si adivinan mal, el asesino será liberado y todos los demás serán ejecutados. Cuando la fashionista Junko Enoshima expresa su objeción y asalta a Monokuma, ella es empalada a muerte con lanzas como castigo, advirtiendo a los otros estudiantes lo que sucederá si no siguen las reglas. Después de que los manuales electrónicos de los estudiantes se actualizan con detalles sobre el asesinato, Makoto se convierte de inmediato en el principal sospechoso cuando se muestra que Sayaka había muerto en su habitación. Los estudiantes comienzan su investigación, tomando notas de todas las pruebas que encuentran, incluido un mensaje escrito en la sangre de Sayaka que dice "11037". Antes de que comience el juicio, Makoto encuentra el DVD motivacional de Sayaka, que revela que Monokuma mató a sus compañeros en un grupo de ídolos, que solo explicaría por qué si lograba graduarse. Mientras los estudiantes se dirigen a la sala del tribunal, Makoto recibe palabras crípticas de la misteriosa Kyoko Kirigiri. advirtiendo a los otros estudiantes qué pasará si no siguen las reglas. Después de que los manuales electrónicos de los estudiantes se actualizan con detalles sobre el asesinato, Makoto se convierte de inmediato en el principal sospechoso cuando se muestra que Sayaka había muerto en su habitación. Los estudiantes comienzan su investigación, tomando notas de todas las pruebas que encuentran, incluido un mensaje escrito en la sangre de Sayaka que dice "11037". Antes de que comience el juicio, Makoto encuentra el DVD motivacional de Sayaka, que revela que Monokuma mató a sus compañeros en un grupo de ídolos, que solo explicaría por qué si lograba graduarse. Mientras los estudiantes se dirigen a la sala del tribunal, Makoto recibe palabras crípticas de la misteriosa Kyoko Kirigiri. advirtiendo a los otros estudiantes qué pasará si no siguen las reglas. Después de que los manuales electrónicos de los estudiantes se actualizan con detalles sobre el asesinato, Makoto se convierte de inmediato en el principal sospechoso cuando se muestra que Sayaka había muerto en su habitación. Los estudiantes comienzan su investigación, tomando notas de todas las pruebas que encuentran, incluido un mensaje escrito en la sangre de Sayaka que dice "11037". Antes de que comience el juicio, Makoto encuentra el DVD motivacional de Sayaka, que revela que Monokuma mató a sus compañeros en un grupo de ídolos, que solo explicaría por qué si lograba graduarse. Mientras los estudiantes se dirigen a la sala del tribunal, Makoto recibe palabras crípticas de la misteriosa Kyoko Kirigiri. los manuales electrónicos se actualizan con detalles sobre el asesinato, Makoto se convierte de inmediato en el principal sospechoso cuando se muestra que Sayaka había muerto en su habitación. Los estudiantes comienzan su investigación, tomando notas de todas las pruebas que encuentran, incluido un mensaje escrito en la sangre de Sayaka que dice "11037". Antes de que comience el juicio, Makoto encuentra el DVD motivacional de Sayaka, que revela que Monokuma mató a sus compañeros en un grupo de ídolos, que solo explicaría por qué si lograba graduarse. Mientras los estudiantes se dirigen a la sala del tribunal, Makoto recibe palabras crípticas de la misteriosa Kyoko Kirigiri. los manuales electrónicos se actualizan con detalles sobre el asesinato, Makoto se convierte de inmediato en el principal sospechoso cuando se muestra que Sayaka había muerto en su habitación. Los estudiantes comienzan su investigación, tomando notas de todas las pruebas que encuentran, incluido un mensaje escrito en la sangre de Sayaka que dice "11037". Antes de que comience el juicio, Makoto encuentra el DVD motivacional de Sayaka, que revela que Monokuma mató a sus compañeros en un grupo de ídolos, que solo explicaría por qué si lograba graduarse. Mientras los estudiantes se dirigen a la sala del tribunal, Makoto recibe palabras crípticas de la misteriosa Kyoko Kirigiri. incluyendo un mensaje escrito en la sangre de Sayaka que dice "11037". Antes de que comience el juicio, Makoto encuentra el DVD motivacional de Sayaka, que revela que Monokuma mató a sus compañeros en un grupo de ídolos, que solo explicaría por qué si lograba graduarse. Mientras los estudiantes se dirigen a la sala del tribunal, Makoto recibe palabras crípticas de la misteriosa Kyoko Kirigiri. incluyendo un mensaje escrito en la sangre de Sayaka que dice "11037". Antes de que comience el juicio, Makoto encuentra el DVD motivacional de Sayaka, que revela que Monokuma mató a sus compañeros en un grupo de ídolos, que solo explicaría por qué si lograba graduarse. Mientras los estudiantes se dirigen a la sala del tribunal, Makoto recibe palabras crípticas de la misteriosa Kyoko Kirigiri.

Cuando comienza la prueba, la nadadora Aoi Asahina testifica que ella y la artista marcial Sakura Ogami vieron a Sayaka entrar a la cocina, durante la cual el cuchillo de cocina utilizado en el asesinato desapareció. Mientras tanto, Kyoko demuestra la inocencia de Makoto al señalar que, dado que los cuartos de baño de los niños no tienen cerraduras, no habría necesitado desmontar su propio pomo de la puerta para entrar al baño. Después de preguntarse cómo el culpable entró a la habitación, Kyoko presenta evidencia que revela que Sayaka había invitado deliberadamente a alguien a la habitación para asesinarlos y anotar el crimen en Makoto, solo para terminar como la víctima misma. Recordando el mensaje escrito en sangre, Makoto deduce que "11037" es un deletreo al revés de "LEON" y acusa a la estrella de béisbol Leon Kuwata del crimen. Su culpa es probada aún más por el método por el cual el culpable intentó deshacerse de la evidencia, su camisa manchada de sangre, de una manera que solo es capaz de una estrella de béisbol. Cuando se deduce que debe haber usado su conjunto de herramientas para desarmar el pomo de la puerta, Leon es votado unánimemente como el culpable culpable y es ejecutado por Monokuma con un aluvión de pelotas de béisbol. Más tarde esa noche, Kyoko consuela a Makoto al teorizar que Sayaka puede haber escrito su mensaje de muerte para protegerlo.

Después de la prueba de primera clase, Monokuma concede acceso al segundo piso de la academia, que contiene una biblioteca y una piscina con vestuarios divididos por sexo. Mientras buscan en la biblioteca, el grupo encuentra una computadora portátil rota y una carta que dice que Hope's Peak Academy ha estado cerrada por un tiempo, junto con un almacén lleno de archivos confidenciales. Más tarde, Makoto se encuentra con el escritor Toko Fukawa, que está enamorado de Biankuya Togami, antes de terminar como testigo de una batalla de resistencia entre el motociclista Mondo Owada y la brújula moral Kiyotaka Ishimaru, que termina uniéndose con el uno al otro como resultado. Poco después, Monokuma anuncia su próximo incentivo, afirmando que anunciará públicamente los secretos personales de todos a menos que alguien muera en las próximas 24 horas. El día siguiente, los estudiantes descubren que el programador Chihiro Fujisaki fue asesinado en el probador de la niña, colgado como una crucifixión con las palabras "Fiebre del baño de sangre" escritas con sangre en la pared. Durante la investigación, se encuentran algunas peculiaridades, como una mancha de café que parece desaparecer y carteles curiosamente inadecuados, junto con un testimonio de la jugadora Celestia Ludenberg de que vio a Chihiro la noche anterior. Byakuya le dice a Makoto que cree que el asesinato es obra de Genocider Sho, un asesino en serie que crucificó a las víctimas de manera similar. Mientras tanto, Toko se encierra en su habitación, menciona algo sobre Genocider Sho y no cumple una promesa con Byakuya. Durante la investigación, se encuentran algunas peculiaridades, como una mancha de café que parece desaparecer y carteles curiosamente inadecuados, junto con un testimonio de la jugadora Celestia Ludenberg de que vio a Chihiro la noche anterior. Byakuya le dice a Makoto que cree que el asesinato es obra de Genocider Sho, un asesino en serie que crucificó a las víctimas de manera similar. Mientras tanto, Toko se encierra en su habitación, menciona algo sobre Genocider Sho y no cumple una promesa con Byakuya. Durante la investigación, se encuentran algunas peculiaridades, como una mancha de café que parece desaparecer y carteles curiosamente inadecuados, junto con un testimonio de la jugadora Celestia Ludenberg de que vio a Chihiro la noche anterior. Byakuya le dice a Makoto que cree que el asesinato es obra de Genocider Sho, un asesino en serie que crucificó a las víctimas de manera similar. Mientras tanto, Toko se encierra en su habitación, menciona algo sobre Genocider Sho y no cumple una promesa con Byakuya. un asesino en serie que crucificó a las víctimas de manera similar. Mientras tanto, Toko se encierra en su habitación, menciona algo sobre Genocider Sho y no cumple una promesa con Byakuya. un asesino en serie que crucificó a las víctimas de manera similar. Mientras tanto, Toko se encierra en su habitación, menciona algo sobre Genocider Sho y no cumple una promesa con Byakuya.

Cuando comienza el segundo juicio, Byakuya afirma que Toko es el culpable ya que ella tiene un trastorno de identidad disociativo, su otra personalidad no es otra que Genocider Sho. Cuando Toko se desmaya bajo la presión, su personalidad cambia a la de Genocider quien, a pesar de admitir casualmente que es una auténtica maníaca homicida, niega matar a Chihiro, ya que siempre usa tijeras en sus asesinatos en serie. Siendo el único otro que sabía de los crímenes de Genocider, Byakuya es sospechoso del crimen, curiosamente no lo niega. Sin embargo, después de que Makoto deduce que Chihiro fue asesinada en el vestuario del chico, con Kyoko revelando que Chihiro era, contrariamente a lo que todos creen, no una chica sino un chico travesti, Byakuya admite que él no es el asesino y solo ha modificado la escena del crimen para hacer el juego más interesante. Cuando Celestia da su testimonio acerca de ver a Chihiro llevar una bolsa deportiva que contiene una camiseta la noche anterior, Mondo accidentalmente deja pasar que sabía de qué color era la camiseta, finalmente admitió que él es el culpable. Después del veredicto de culpabilidad, Monokuma revela que Chihiro había venido a Mondo, revelando su verdadero género, con la esperanza de poder ayudarlo a fortalecerse. Mondo, que había mantenido en secreto el hecho de que él era responsable de la muerte de su hermano para mantener a su pandilla juntos, se puso celoso de la fuerza de Chihiro y lo mató en un ataque de ira, moviendo su cadáver al vestuario de la niña y destruyendo su e-manual para proteger su honor. Lamentándose por sus acciones, Mondo pasa a través de su ejecución, en la que se hace girar en una jaula de muerte de motocicletas hasta que se licua en mantequilla, dejando a Kiyotaka mortificada. Mientras tanto, se ve a Monokuma hablando con una persona desconocida, hablando sobre el misterioso decimosexto estudiante de la academia. finalmente admitiendo que él es el culpable. Después del veredicto de culpabilidad, Monokuma revela que Chihiro había venido a Mondo, revelando su verdadero género, con la esperanza de poder ayudarlo a fortalecerse. Mondo, que había mantenido en secreto el hecho de que él era responsable de la muerte de su hermano para mantener a su pandilla juntos, se puso celoso de la fuerza de Chihiro y lo mató en un ataque de ira, moviendo su cadáver al vestuario de la niña y destruyendo su e-manual para proteger su honor. Lamentándose por sus acciones, Mondo pasa a través de su ejecución, en la que se hace girar en una jaula de muerte de motocicletas hasta que se licua en mantequilla, dejando a Kiyotaka mortificada. Mientras tanto, se ve a Monokuma hablando con una persona desconocida, hablando sobre el misterioso decimosexto estudiante de la academia. finalmente admitiendo que él es el culpable. Después del veredicto de culpabilidad, Monokuma revela que Chihiro había venido a Mondo, revelando su verdadero género, con la esperanza de poder ayudarlo a fortalecerse. Mondo, que había mantenido en secreto el hecho de que él era responsable de la muerte de su hermano para mantener a su pandilla juntos, se puso celoso de la fuerza de Chihiro y lo mató en un ataque de ira, moviendo su cadáver al vestuario de la niña y destruyendo su e-manual para proteger su honor. Lamentándose por sus acciones, Mondo pasa a través de su ejecución, en la que se hace girar en una jaula de muerte de motocicletas hasta que se licua en mantequilla, dejando a Kiyotaka mortificada. Mientras tanto, se ve a Monokuma hablando con una persona desconocida, hablando sobre el misterioso decimosexto estudiante de la academia. Monokuma revela que Chihiro había venido a Mondo, revelando su verdadero género, con la esperanza de poder ayudarlo a fortalecerse. Mondo, que había mantenido en secreto el hecho de que él era responsable de la muerte de su hermano para mantener a su pandilla juntos, se puso celoso de la fuerza de Chihiro y lo mató en un ataque de ira, moviendo su cadáver al vestuario de la niña y destruyendo su e-manual para proteger su honor. Lamentándose por sus acciones, Mondo pasa a través de su ejecución, en la que se hace girar en una jaula de muerte de motocicletas hasta que se licua en mantequilla, dejando a Kiyotaka mortificada. Mientras tanto, se ve a Monokuma hablando con una persona desconocida, hablando sobre el misterioso decimosexto estudiante de la academia. Monokuma revela que Chihiro había venido a Mondo, revelando su verdadero género, con la esperanza de poder ayudarlo a fortalecerse. 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Cambiando de habitación y destruyendo su e-manual para proteger su honor. Lamentándose por sus acciones, Mondo pasa a través de su ejecución, en la que se hace girar en una jaula de muerte de motocicletas hasta que se licua en mantequilla, dejando a Kiyotaka mortificada. Mientras tanto, se ve a Monokuma hablando con una persona desconocida, hablando sobre el misterioso decimosexto estudiante de la academia. Cambiando de habitación y destruyendo su e-manual para proteger su honor. Lamentándose por sus acciones, Mondo pasa a través de su ejecución, en la que se hace girar en una jaula de muerte de motocicletas hasta que se licua en mantequilla, dejando a Kiyotaka mortificada. Mientras tanto, se ve a Monokuma hablando con una persona desconocida, hablando sobre el misterioso decimosexto estudiante de la academia.

Después de que los otros investigan el tercer piso recién abierto, que contiene una sala de recreo, una sala de arte y un laboratorio de física, Monokuma anuncia su próximo incentivo: una recompensa en efectivo de 10 mil millones de yenes a quien se gradúe, aunque nadie parece caer en ello. Posteriormente, la pandilla descubre una computadora portátil, que Chihiro había dejado en el vestuario de los baños, que contiene un programa de IA llamado Alter Ego, que se ofrece para ayudar a descifrar algunos archivos que quedan en la computadora portátil. Cuando Kiyotaka le pregunta a Alter Ego si lo culpa por la muerte de Chihiro, imita a Mondo para darle palabras de aliento, demostrando ser demasiado exitoso. Luego, Alter Ego muestra una foto curiosa de Leon, Chihiro y Mondo colgando juntos, lo que no podría haber sido posible durante el tiempo que se conocen. Después de que Kyoko toma precauciones siguiendo algunos intereses poco saludables de Kiyotaka y el artista de doujin Hifumi Yamada, Alter Ego desaparece de repente, lo que lleva a Byakuya a sospechar que puede haber un lunar entre su grupo. A la mañana siguiente, Makoto, Kyoko, Aoi y Sakura se encuentran con Celestia, que dice haber sido atacada por alguien disfrazado de robot que tomó a Hifumi como rehén. Después de encontrar a Hifumi herido en la biblioteca y llevarlo a la enfermería, la pandilla se dividió en grupos para buscar al perpetrador. Mientras el grupo de Byakuya persigue al perpetrador, el grupo de Makoto regresa a la enfermería y descubre a Hifumi tirado en un charco de sangre, con el anuncio de "descubrimiento de cadáver" de Monokuma que sugiere que ha sido asesinado. Makoto se apresura a informar al otro grupo en el almacenamiento del laboratorio de física, donde descubre que Kiyotaka ha sido asesinado también. Al regresar a la enfermería, el grupo encontró que el cuerpo de Hifumi había desaparecido, y luego descubrió que el cuerpo de Kiyotaka también había desaparecido. Al descubrir los cuerpos en la sala de suministros de arte, Hifumi aparentemente vuelve a la vida, afirmando que pudo haber conocido a todos antes y dejar atrás el nombre 'Yasuhiro' antes de morir, momento en el que la alerta de 'descubrimiento de cadáver' se reproduce por segunda vez.

Las palabras moribundas de Hifumi dejan a la mayoría de los estudiantes convencidos de que el culpable es el adivino Yasuhiro Hagakure, quien es encontrado por Kyoko cerca del estanque atrapado dentro del disfraz de robot antes mencionado. Yasuhiro niega haber cometido ningún asesinato, alegando que fue noqueado después de ser llamado por una nota, que posteriormente había desaparecido. Después de que Makoto y Kyoko finalicen su investigación de la escena del crimen, comienza el juicio de clase. Makoto comienza a responder por la inocencia de Yasuhiro, usando evidencia para señalar que no podría haber diseñado el atuendo, y mucho menos llevar los cadáveres mientras lo llevaba puesto. Después de que Kyoko le pide a la corte que considere los dos asesinatos como incidentes separados, Makoto deduce que Hifumi solo había simulado su muerte desde antes, con la evidencia de Kyoko que revela que Hifumi fue quien mató a Kiyotaka, moviendo su cuerpo al armario de suministros de arte, donde él mismo fue asesinado. Encargado de encontrar al verdadero culpable detrás de ambos asesinatos, Makoto acusa a Celestia del crimen, ya que sabía que había una segunda víctima antes de que se anunciara. Cuando Celestia se pone a la defensiva y vuelve a mencionar las palabras moribundas de Hifumi, Makoto deduce que el 'Yasuhiro' al que se refería era en realidad el nombre real de Celestia, Taeko Yasuhiro. Aceptando la derrota, Celestia revela que ella robó a Alter Ego para obligar a Hifumi a matar a Kiyotaka bajo la premisa de que escaparían juntos, antes de matarlo ella misma con la esperanza de ganar el dinero de la recompensa y comprar un castillo. Dejando a Kyoko con la llave de la ubicación de Alter Ego, Celestia es sometida a una quema de brujas estilo Versalles antes de ser atropellada por un camión de bomberos. Después del juicio, Kyoko hace que Makoto investigue una habitación oculta detrás del niño. s inodoros, donde encuentra un montón de registros confidenciales y una nota que dice "No debes escapar de aquí". Sin embargo, es repentinamente noqueado por un misterioso atacante, descubriendo todos los archivos faltantes cuando recupera la conciencia. Mientras regresa a su habitación, Makoto ve a Sakura y Monokuma enfrentándose en el gimnasio.

Makoto escucha que Sakura se vio obligada a convertirse en la mole de Monokuma mientras tomaba como rehén a su familia dojo. Como Makoto siente que no debe sacar conclusiones precipitadas hasta que haya hablado con Sakura, Kyoko se molesta con él por ocultarle secretos. Después de explorar el cuarto piso, que contiene algunas habitaciones cerradas que Monokuma prohíbe irrumpir, la pandilla se pone al día con Alter Ego, quien informa que Hope's Peak Academy fue puesta bajo llave por un terrible incidente que ocurrió, teorizando que el verdadero director de la escuela podría ser Detrás de eso. También descubre otra foto extraña, esta vez de Sayaka, Celestia y Hifumi juntas. Después, Monokuma anuncia a todos que Sakura es el topo, a quien se le ordenó matar a alguien a cambio de la seguridad de su dojo, con la esperanza de provocar otro asesinato entre el grupo. A medida que Aoi se enoja con las malas palabras que se dicen sobre Sakura, termina en un roce con Genocider, dejando a Sakura enojada de que personas inocentes se involucren. Mientras tanto, Alter Ego le pregunta a Makoto y Kyoko, que perdonan a Makoto por guardar silencio acerca de Sakura, que lo lleven a algún lugar donde se pueda conectar a la red escolar para que pueda encontrar una manera de ayudar a los estudiantes a escapar. A pesar de conocer los riesgos involucrados, Makoto y Kyoko respetan sus deseos y lo instalan en la habitación oculta desde antes. Más tarde, Makoto, Kyoko y Aoi descubren a Sakura muerta en la sala de recreo, que ha estado cerrada desde adentro. Mientras Kyoko conduce su investigación, Aoi dirige su ira hacia Byakuya, Toko y Yasuhiro, sintiendo que uno de ellos es responsable de la muerte de Sakura. termina teniendo una discusión con Genocider, dejando a Sakura enojada porque personas inocentes se involucraron. Mientras tanto, Alter Ego le pregunta a Makoto y Kyoko, que perdonan a Makoto por guardar silencio acerca de Sakura, que lo lleven a algún lugar donde se pueda conectar a la red escolar para que pueda encontrar una manera de ayudar a los estudiantes a escapar. A pesar de conocer los riesgos involucrados, Makoto y Kyoko respetan sus deseos y lo instalan en la habitación oculta desde antes. Más tarde, Makoto, Kyoko y Aoi descubren a Sakura muerta en la sala de recreo, que ha estado cerrada desde adentro. Mientras Kyoko conduce su investigación, Aoi dirige su ira hacia Byakuya, Toko y Yasuhiro, sintiendo que uno de ellos es responsable de la muerte de Sakura. termina teniendo una discusión con Genocider, dejando a Sakura enojada porque personas inocentes se involucraron. Mientras tanto, Alter Ego le pregunta a Makoto y Kyoko, que perdonan a Makoto por guardar silencio acerca de Sakura, que lo lleven a algún lugar donde se pueda conectar a la red escolar para que pueda encontrar una manera de ayudar a los estudiantes a escapar. A pesar de conocer los riesgos involucrados, Makoto y Kyoko respetan sus deseos y lo instalan en la habitación oculta desde antes. Más tarde, Makoto, Kyoko y Aoi descubren a Sakura muerta en la sala de recreo, que ha estado cerrada desde adentro. Mientras Kyoko conduce su investigación, Aoi dirige su ira hacia Byakuya, Toko y Yasuhiro, sintiendo que uno de ellos es responsable de la muerte de Sakura. llevarlo a un lugar donde pueda conectarse a la red escolar para que pueda encontrar una manera de ayudar a los estudiantes a escapar. A pesar de conocer los riesgos involucrados, Makoto y Kyoko respetan sus deseos y lo instalan en la habitación oculta desde antes. Más tarde, Makoto, Kyoko y Aoi descubren a Sakura muerta en la sala de recreo, que ha estado cerrada desde adentro. Mientras Kyoko conduce su investigación, Aoi dirige su ira hacia Byakuya, Toko y Yasuhiro, sintiendo que uno de ellos es responsable de la muerte de Sakura. llevarlo a un lugar donde pueda conectarse a la red escolar para que pueda encontrar una manera de ayudar a los estudiantes a escapar. A pesar de conocer los riesgos involucrados, Makoto y Kyoko respetan sus deseos y lo instalan en la habitación oculta desde antes. Más tarde, Makoto, Kyoko y Aoi descubren a Sakura muerta en la sala de recreo, que ha estado cerrada desde adentro. Mientras Kyoko conduce su investigación, Aoi dirige su ira hacia Byakuya, Toko y Yasuhiro, sintiendo que uno de ellos es responsable de la muerte de Sakura.

Después de una investigación en el laboratorio de química, comienza el juicio de clase. Toko revela que ella, Byakuya y Yasuhiro recibieron notas de Sakura llamándolas a la sala de recreo, donde ella había sido testigo de cómo Yasuhiro atacó a Sakura con una botella de vidrio por miedo. Sin embargo, se descarta que Yasuhiro sea el culpable cuando Makoto revela que Sakura había sido golpeada dos veces. Este segundo golpe se reveló que vino de Toko después de que se había desmayado al ver la frente ensangrentada de Sakura y se convirtió en Genocider, golpeándola con otra botella. Como también se revela que este no fue el golpe mortal, Byakuya revela que la causa real de la muerte fue el veneno, que presentaba una botella de veneno cuyo contenido fue reemplazado por un batido de proteínas. Aoi luego anuncia que ella misma es la culpable, alegando que ella había reemplazado el batido de proteína de Sakura con veneno y se lo dio. Sin embargo, el análisis de Makoto y Kyoko del escenario de "habitación cerrada", junto con un trozo de cristal encontrado en la botella de veneno que presentó Byakuya, revelan que Aoi solo había estado ocultando el hecho de que Sakura realmente se había suicidado. Cuando el juicio llega a su fin, Aoi revela que intentó deliberadamente llevar el juicio a un veredicto equivocado, creyendo por una nota de suicidio que Sakura estaba sufriendo y sintiendo que todos merecían morir para compensarlo. Monokuma posteriormente revela que la nota que leyó era una falsificación que había hecho, con la verdadera nota de suicidio de Sakura que decía que se había quitado la vida para salvar su dojo y que deseaba que todos salieran vivos de la academia. Aunque los demás se sienten alentados por los deseos moribundos de Sakura, Monokuma luego revela que había atrapado a Alter Ego tratando de piratear la red de la escuela y destruyó su computadora portátil con una excavadora. Más tarde esa noche, Kyoko le dice a Makoto que distraiga a Monokuma mientras ella investiga un poco sobre ella, y luego le advierte sobre el decimosexto estudiante de la academia y la Desesperación de Nivel Super High School: Mukuro Ikusaba.

Después de que el grupo de explorar la quinta y última planta, que contiene un jardín botánico y un aula llena de sangre, Byakuya cuestiona Kyoko acerca de su identidad, pero ella dice que no recuerda debido a la amnesia. Como Byakuya rechaza esta idea y confisca la llave de la habitación de Kyoko, Makoto tiene la responsabilidad de cuidar un cuchillo de supervivencia que Toko encontró. Más tarde esa noche, Kyoko, que había logrado obtener una clave misteriosa y los detalles acerca de Mukuro de que el director de la oficina gracias a Sakura romper la puerta, le pide a Makoto para mantener Monokuma ocupado mientras ella va a investigar el segundo piso del edificio de dormitorios. Como Makoto tiene fiebre como resultado de quedarse despierto toda la noche, tiene un sueño que dice que se supone que debe permanecer en Hope's Peak Academy en lugar de escapar de él, antes de presenciar a una persona enmascarada empuñando el cuchillo de supervivencia, seguido por Kyoko diciéndole algo que él no puede oír. Al despertar a la mañana siguiente para descubrir que el cuchillo que había estado guardando se había perdido, Makoto se dirige al gimnasio donde todos los demás están desarmando una unidad de Monokuma averiada. Mientras buscan una manera de entrar a la oficina del director en busca de respuestas, el grupo descubre un cadáver en el jardín botánico que se asemeja al atacante enmascarado que Makoto vio. Antes de que puedan quitar la máscara e identificar a la víctima, se dispara una bomba, incendiando el cadáver y dejándolo inidentificable cuando apagan el fuego. Al encontrar la llave de la sala de procesamiento de datos, el grupo se enfrenta a Monokuma, que muestra que todas sus acciones se transmiten en vivo al mundo exterior. Para empeorar las cosas,

Antes del juicio de la clase, después de que Byakuya ha investigado a Makoto sobre la habitación de Kyoko, Kyoko le dice a Makoto que la llave que encontró es una llave maestra que puede abrir cualquier puerta de la escuela. Cuando comienza el juicio, Byakuya acusa a Kyoko, quien no tiene coartada para la muerte de Mukuro, mientras curiosamente saca pruebas que efectivamente niegan la coartada de Makoto. Al creer que la causa de la muerte de Mukuro es un golpe en la parte posterior de la cabeza, Byakuya deduce que el arma era una flecha de acero encontrada en un armario dojo, cuya llave fue descubierta en la habitación de Kyoko. Aunque esto parece estar en contradicción con el hecho de que Byakuya tenía la llave de la habitación de Kyoko todo el tiempo, Makoto considera la posibilidad de que Kyoko podría haber usado la llave maestra que le robó a Monokuma. Al darse cuenta de su desesperación por no ser encontrada culpable, Makoto decide depositar su fe en Kyoko y no exponerla, en cambio cuestiona la extraña naturaleza del juicio. Sin embargo, Monokuma repentinamente declara un abrupto final del juicio, declarando a Makoto como el culpable y decidiendo ejecutarlo. Antes de que Makoto pueda ser matado por una trituradora, un virus dejado por Alter Ego detiene la trituradora y permite que Makoto caiga de manera segura en un vertedero de basura a continuación. Algún tiempo después, Kyoko se arroja al vertedero de basura para rescatar a Makoto, proporcionándole comida y un medio de escape, explicando cómo la mente maestra originalmente tenía la intención de que Makoto se convirtiera en la víctima, planeando incriminarla por el asesinato y hacerla ejecutar en lugar. Mientras suben por una escalera gigante, Kyoko dice que recuperó algunos de sus recuerdos, revelándose a sí misma como la detective de nivel Super High School que había venido a Hope's Peak Academy para conocer a su padre, el director, con quien no está en buenos términos. Al regresar al interior de la academia, Makoto y Kyoko se enfrentan a Monokuma, y ​​lo acusan de que simplemente ejecutar a Makoto nuevamente no probaría que la esperanza no puede vencer la desesperación. Por lo tanto, proponen una prueba de clase final de todo o nada con las vidas de todos en la línea, en la que los estudiantes no solo deben determinar el asesino de Mukuro, sino también resolver todos los secretos de Hope's Peak Academy.

Después de que se les concedió acceso a todas las habitaciones previamente cerradas, Makoto y Kyoko investigan el segundo piso del dormitorio y encuentran una habitación escondida en el albergue del director. Allí, descubren los restos del padre de Kyoko, que murió mucho antes de que comenzara el juego de matar, junto con una tarjeta SD que contiene entrevistas en video de todos los estudiantes que aceptan pasar sus vidas en Hope's Peak Academy, aunque Monokuma desconecta el video llega demasiado lejos. Mientras que Kyoko trata con la revelación de que su padre se preocupaba más por ella de lo que pensaba, Makoto usa el e-handbook del director para abrir algunos casilleros, encontrar algunos libros de texto que supuestamente pertenecen a Yasuhiro y un cuaderno que contiene la letra de Kyoko, insinuando que hay dos 'Desesperación 'estudiantes. Luego, Makoto visita el laboratorio de ciencias, siendo utilizado como depósito de cadáveres, notando algunas heridas curiosas en el cuerpo de Mukuro antes de que Monokuma le dé una foto con los dieciséis estudiantes excepto él mismo. Como el juicio de la clase pronto comienza, con Monokuma uniéndose a la refriega, los otros estudiantes revelan que también han recibido fotos similares, solo que faltan en sus respectivas fotos. Preguntándose de dónde salieron estas fotos, Makoto revela los libros que encontró, deduciendo que cada uno de ellos está perdiendo algunos de sus recuerdos, y que Monokuma le había robado. Makoto luego acusa a Monokuma de asesinar a Mukuro, deduciendo que Mukuro fue asesinado dos veces, señalando que la verdadera causa de la muerte fueron heridas misteriosamente similares a las que recibió Junko. Después de que Kyoko demuestra su inocencia al revelar las quemaduras vergonzosas en sus manos, Makoto deduce de la evidencia oscurecida de Monokuma la identidad del culpable, el controlador de Monokuma,

Junko revela que ella había usado a Mukuro, su hermana gemela mayor, para tomar su lugar, antes de mostrar las otras imágenes del mundo exterior, revelando que estaba en un caos total. Esto es confirmado por Genocider, quien conservó sus recuerdos ya que se mantienen separados de los de Toko, con Junko revelando posteriormente que los recuerdos que fueron robados de los estudiantes en realidad fueron de dos años completos pasados ​​juntos en Hope's Peak Academy. Hace un año, cuando "The Tragedy" llegó al mundo, la escuela se convirtió en un refugio para proteger a los estudiantes que llevaban la esperanza sobre sus hombros. Sin embargo, Junko mató al director, borró los recuerdos de los estudiantes y comenzó el juego de matar, traicionando a su propia hermana en el proceso. Junko luego tiene una votación final entre la esperanza y la desesperación; si todos votan por la esperanza, deben abandonar la academia, pero si un estudiante votase a favor de la desesperación, los estudiantes permanecerán en la academia y solo Makoto será ejecutado. Makoto logra usar su propia esperanza para inspirar a los demás a enfrentarse a la desesperación, ganándose el nuevo título de Super High School Level Hope. Con el juicio terminado, Junko se revela a sí misma en la desesperación máxima y se da a sí misma la última ejecución, dejando atrás un interruptor de escape. Con esperanza en sus corazones, Makoto y los demás usan el interruptor para abandonar la academia y aventurarse en el mundo desconocido, sin saber que Monokuma todavía está activo. Junko se deleita en la desesperación máxima y se da a sí misma la última ejecución, dejando atrás un interruptor de escape. Con esperanza en sus corazones, Makoto y los demás usan el interruptor para abandonar la academia y aventurarse en el mundo desconocido, sin saber que Monokuma todavía está activo. Junko se deleita en la desesperación máxima y se da a sí misma la última ejecución, dejando atrás un interruptor de escape. Con esperanza en sus corazones, Makoto y los demás usan el interruptor para abandonar la academia y aventurarse en el mundo desconocido, sin saber que Monokuma todavía está activo.