神戸港を周遊する遊覧船で爆発が起き、乗員乗客を人質に取られる事件が起きた。犯人は陸上から船内の動きを監視していると無線を使って警告。犠牲者を出したくなければ、1時間以内に2億円を用意しろと、運航会社“黒沢興産”を脅迫する。黒沢興産の本社が京都にあることから、特別捜査対策室も動き出す。その“特対”メンバー、神崎莉緒（栗山千明）は神戸港に急行。双眼鏡で遊覧船を確認すると、謎の男がデッキから自分に向けて手旗信号を送っていることに気づく。「あ、か、い、…？」実は、手旗信号を送った男こそ、警視庁月島中央署刑事の糸村聡（上川隆也）だった。糸村は旅行中に偶然この事件に巻き込まれたのだが、船上から見えたある“不審点”を莉緒ら捜査員に伝えようとしていたのだった。要求通り、時間内に黒沢興産から2億円が用意され、無事に解放された乗客たち…。その中から、手旗信号の男を見つけた莉緒は、彼が刑事だと知り、ビックリ。しかも、その男・糸村は爆発現場で燃えかけの細い和紙を拾ったから、科捜研にまわしてくれと頼んできた。捜査に役立つ遺留品とも思えず、糸村のことをかなりの変わり者だとあきれる莉緒。そして、京都府警に派遣されてきた科捜研係官・村木繁（甲本雅裕）は、紙片の鑑定を依頼され、「まさか、あの男？ いや京都にいるわけがないし…」と糸村のことを思い出し、身震いしていた…。まもなく事件の指揮を任された特別捜査対策室室長・桧山亘（段田安則）は、黒沢興産と、遊覧船に乗っていた代議士・長部麗子（財前直見）の間に、知られざる繋がりがあるのではないかと睨み、特対刑事の佐倉路花（戸田恵子）や雨宮宏（永井大）らに彼らの周辺を探らせる。一方の糸村は、例によって遺留品の和紙の事ばかりを調べている始末だったが…、その線で辿りついた人物が、なんと黒沢興産の創業者である黒沢恒之助(伊東四朗)で…!?