A Csillagkapu 9. ékzárát tanulmányozó titkos kutatócsoport bázisát megtámadják, így a csapat kénytelen a titokzatos kapun átkelve menekülni. A túlélők egy ősrégi űrhajóra, a Destiny-re kerülnek, amely azonban mindenki megdöbbenésére több millió fényév távolságra lebeg a Földtől. Miután Dr. Nicholas Rush (Robert Carlyle) kapcsolatba lép az otthoniakkal, megdöbbentő hírt közöl a többiekkel: a Destinyt az Ősök tervezték, útja megváltoztathatatlan, mivel előre beprogramozták. Nincs menekvés, nincs visszaút a Földre. A hírt azonban nem mindenki fogadja el...

A Destiny legénységének máris egy halaszthatatlan problémát kell megoldania. A életfenntartó rendszer meghibásodott, az életükbe kerülhet, ha nem javítják meg villámgyorsan...

Miközben Dr. Rush az űrhajó számítógéprendszeréből igyekszik használható információkat kicsiholni, megrohanják a múlt fájó emlékei: annak idején, amikor a felesége beteg volt, Rush nem volt képes a problémákkal szembenézni, és inkább a munkába menekült. Ezért jelentkezett a Csillagkapu Programba.

Dr. Rush a kommunikációs kövek által okozott emlékei miatt azt gyanítja, hogy Telford ezredes az ellenséges Lucian Szövetség titkos kémje. Young ezredes és O'Neil tábornok tervet eszelnek ki az áruló leleplezésére.

Miután sikerül Telford ezredesből kicsikarni az igazságot a Destiny legénységének fel kell készülnie a Lucian Szövetség támadására. Az ellenségnek azonban sikerül feljutnia a hajóra, ahol túszokat ejtenek.