ספלינטר מספר שוב לצבים איך הם הפכו למשפחה לפני חמש עשרה שנים. הוא מסכים לתת לצבים לעלות למעלה בפעם הראשונה.

הצבים מחליטים לנסות להציל את אפריל ואת אבא שלה שנחטפו.

הצבים קיבלו מידע שהקראנג עומדים לפרוץ למעבדה. כאשר הם מופיעים, ויק מצלם וידאו של הצבים נלחמים בהם בטלפון והצבים צריכים להשמיד אותו.

מיכלאנג'לו רוצה שיהיה לו חבר אנושי. הוא מחליט להתחבר עם קריס בראדפורד, אך מתברר שהוא נשלח על ידי שרדר ורק מעמיד פני חבר כדי להגיע לספלינטר.

ספלינטר מעניש את הצבים על שגלשו במאורה. הם יוצאים החוצה אף שהם בעונש ונתקלים באדם מוזר בעל שריון, שמתחזק לאחר שהוא משיג את ה"טי-פוד", נגן המוזיקה שדונטלו הכין משבב מיוחד שמצא.

דונטלו בונה רובוט שילחם במקומו. הוא שולח את הרובוט להלחם עם שאר הצבים כשהוא נשאר בבית ושולט בו משם. העניינים מסתבכים כשקראנג משתלט על הרובוט ודונטלו נאלץ לצאת לעזרתם.

דוקטור טיילר רוקוול מדווח כנעדר. אפריל חושבת שאולי יש קשר בין המקרה הזה לחטיפה של אבא שלה, כיוון ששוב מדובר במדען. אפריל ודונטלו יוצאים לחקור את העניין.

אפריל לוקחת את הצבים למסעדת הנודלס של מוראקאמי. הצבים מצילים את מוראקאמי מבריונים שתוקפים אותו ואחר כך נאלצים להתמודד גם מול בראדפורד וזבר.

אפריל מותקפת על ידי מוטציה של יונה. צבי הנינג'ה נחלצים לעזרתה ומגלים שליונה היו מטרות אחרות.

סנסיי מתיש את הצבים באימונים מפרכים. שרדר ונתיניו זוממים תכנית מרושעת נגד הצבים.

כנופיית הדרקונים הסגולים גונבת לאפריל את הטלפון. הצבים שיוצאים למשימה כדי להשיבו נתקלים באויב בלתי צפוי.

צבי הנינג'ה נתקלים במוטציה חדשה שנלחמת בקראנג. מאוחר יותר הם מגלים כי למוטציה יש משהו ששייך לקראנג.

צבי הנינג'ה נתקלים באויב חדש, מוטציית צמח. רפאל קורא תיגר על מנהיגותו של לאונרדו. לאונרדו מכיר בחורה חדשה.

צבי הנינג'ה נתקלים באויב חדש, "מלך החולדות", שכשמו כן הוא שולט בכל חולדות העיר ניו-יורק. יחד הם יוצאים להילחם בו ולעזור למאסטר ספלינטר בצרה שאליה נקלע.

מאסטר שרדר ממשיך בניסיונותיו לחסל את הצבים. אפריל נתקלת באויבת בלתי צפויה, גברת זקנה, וקוראת לצבים לעזרתה. לאונרדו נתקל באויבת/ידידה מן העבר.

בזמן שהם מוציאים את השריונית לנסיעת מבחן, הצבים פוגשים את המעריץ הראשון שלהם, נער מתבגר מחופש כדי להילחם בפשע, "הכותש". בקסטר סטוקמן מכין זוג רגליים קיברנטיות לפרצוף-דג באמצעות הטכנולוגיה של קרנג.

בזמן שהם פורצים לסביבה העוינת של מטה טי-סי-אר-איי לאחר שראש-עור מסר להם את מיקומו, הצבים מגלים את כוונתם האמתית של קראנג: לפתוח את השער לממד איקס ולפתוח בפלישה המונית.

שעה שהם מנסים לסכל את מזימתם של קרנג לקדוח אל תוך ליבת כדור הארץ, המקק המרגל של דונטלו עובר מוטציה בטעות. כשהצבים מוצאים אותו, הם מגלים שהמקק-גל סימן את רפאל, שלמרבה האירוניה, מפחד ממקקים.

בעקבות קרב בין הצבים, שבט הרגל והקרנג, בקסטר סטוקמן משכנע את שרדר לאפשר לו להשתמש בתכנית חסינת תקלות. כוונתו האמתית כוללת נקמה בצבים , במכלאת כלבים ובפרצוף-דג על-ידי כך שימשוך את כולם למבוך קטלני.

כשמזימת הפלישה של קראנג מאיימת להשמיד את הצבים ולהעמיד את העולם כולו בסכנה, קאריי מציעה לצבים לכרות איתה ברית. לאחר שמסרבים לעצתה של קאריי, הצבים מחליטים בסופו של דבר שזה רעיון טוב לאחד איתה כוחות.

קאריי תוקפת את אפריל, אך הצבים לא יכולים להגיע לעזרתה, והיא נאלצת להתמודד מולה לבד.

המכסח חוזר ומתברר שהוא עובד עם חיל רגלים. הוא מתנדב להפוך למוטציה כי הוא רוצה להיות כמו הצבים.

הצבים בודקים מה זוממים הקראנג ונתקלים בביצה של יצור מוטנטי שמסבך אותם.

אפריל מקבלת מסר סודי מאביה. דוני, שמנסה למצוא חן בעיני אפריל, מפענח את ההודעה ויוצא למשימת יחיד להציל אותו.

הצבים מגלים שהקראנג עומדים להתחיל בשלב הסופי של התוכנית שלהם ויוצאים לנסות לעצור אותם ולהציל את העולם.

פרק אחרון לעונה. הצבים מגלים שאפריל נחטפה וספלינטר מתמודד מול שרדר. הם יוצאים להשיב את אפריל ולעצור את פלישת הקראנג לכדור הארץ.

הצבים נחים על זרי הדפנה לאחר שהביסו את אויביהם המושבעים הקראנג ושרדר. במהרה הם מגלים שאויביהם לא נעלמו מן האופק ושהמסיבה נגמרה.

שרדר יוצא ליפן כדי לטפל בעניין בהול, ומשאיר את קאראיי אחראית על הרגל. היא לוכדת את ליאונרדו וכופה עליו להילחם ברגל בוטים, גרסאות רובוטיות של נינג'ות הרגל, בניסיון למשוך את ספלינטר.

בעודם מחפשים את המוטגן החסר, הצבים נתקלים בסנאי שסולל את דרכו דרך גרונו של אדם חסר בית. לאחר שהם לוקחים את האדם למאורה לצורכי מחקר, הצבים מזדעזעים לגלות שהיצורים מתרבים בבטן האדם.

דונטלו הופך קנאי מאוד בתלמיד שאפריל חונכת במתמטיקה בשם קייסי ג'ונס ופורק את יגונו לפני טימותי. המשמידן המוטנטי מושפע מכך ולאחר מכן מתחיל לשתות מהמוטגן הניסיוני, מה שמאפשר לו להצמיח ידיים ורגליים.

מיכאלאנג'לו משחק עם דגימות פסולות של מוטגן הופכי וחוטף פצעי בגרות מסוכנים שמתרבים בלא שליטה. הצבים הולכים למה שנותר מהטי-סי-אר-איי כדי למצוא צנטריפוגה מוליקולרית שתעזור להם לרפא את מייקי.

הקרנגים וקראיי ממשיכים במרדף אחר אפריל ונעזרים בסוג חדש של רובוט למשימה. אפריל נאלצת להתגבר על משקעיה עם הצבים ולחבור אליהם לקרב מול הרובוטים.

צב המחמד של רפאל ספייק שותה מוטגן והופך למוטנט צב ענק שמכנה עצמו "סלאש". סלאש מציע לרפאל לחבור אליו ולהקים צוות נינג'ות ורפאל מסכים בשמחה מבלי לדעת מהן כוונותיו האמתיות.

אפריל מרגישה שהיא כבר לא בעניינים ומתעקשת להצטרף לצבים במשימה חשובה שבה סוד גדול מעברה נחשף.

קייסי ג'ונס מחליט להגן על השכונה שלו מפני נינג'ות ומוטנטים. הוא פוגש את רפאל ומכיוון שהוא מוטנט ונינג'ה מחליט שהוא מסוכן ובסופו של דבר עוקב אחריו אל המאורה ומגלה את קיומם של הצבים האחרים ושל ספלינטר.

מוטאנט של פטרייה מתפשט ברחבי הביבים וגורם לאפריל ולצבים לחוות את הפחדים הגדולים ביותר שלהם. לאונרדו נאלץ להתמודד עם הפחד שלו.

לאחר שדוני משפר את יכולותיו של ראש מתכת, הצבים מתחילים לחשוד בגרסתו החדשה. הצבים מגלים מהי תוכניתם החדשה של הקרנגים.

מלך העכברושים חוזר ועל ספלינטר להתגבר על פחדיו ולא לאפשר לו לשלוט בו על מנת לגבור עליו. מיכאלנג'לו מאמץ חתתלתולת רחוב.

רעידות אדמה מתרחשות בכל רחבי ניו-יורק וגורמות להרס ובהלה. לאונרדו שוקל לפנות לספלינטר לעזרה כדי להביס את נשקו החדש של שרדר.

הצבים מצליחים לברוח אך ספלינטר נלקח אל מאורתו של שרדר והחבורה צריכה להציל אותו ובו בזמן לגלות איך להביס את תולעי הענק.

הצבים מוצאים משחק תפקידים בסיגנון "מבוכים ודרקונים" ומחליטים לשחק את המשחק בגירסא המציאותית שלו, אך מגלים במהרה שההחלטה לשחק במשחק התפקידים אינה רק שלהם...

שרדר אינו מרוצה מהמוטנטים שבקסטר סטוקמן יוצר עבורו, ומעניש אותו בהפיכתו למוטנט בעצמו. בינתיים, דונטלו מפתח נוגדן מיוחד שמבטל את השפעת המוטגן והופך מוטנטים בחזרה לבני אדם.

הצבים מופתעים לגלות שיש עוד מישהו שמנסה להשמיד את הקרנג, אבל מופתעים עוד יותר לגלות במי מדובר. בינתיים, היחסים שבין רפאל לקייסי ג'ונס הולכים ונעשים מתוחים יותר.

הצבים מזמינים פיצה ומייקי יוצא לקבל אותה מהשליח. הוא נדהם כשהפיצה מדברת אליו ומבקשת ממנו לאכול אותה.

טופר נמר חוזר ושרדר שולח אותו עם קאראי לחסל את הצבים. קאראי מעמידה פנים שהיא מאמינה שספלינטר הוא אבא שלה והצבים לוקחים אותה למאורה.

הקסדה של שרדר נגנבת. הצבים מצליחים להשיג אותה ולאונרדו מנסה להציע לשרדר החלפה, הקסדה תמורת קראיי.

הקראנג מתכננים להחליף את התודעה שלהם עם בני אדם. במהלך קרב של הצבים נגדם רפאל מחליף את התודעה שלו עם קראנג.

הצבים משחררים את קאראי. היא יוצאת לתקוף את שרדר לבדה והוא תופס אותה ומנסה להשתמש בה כפיתיון לצבים.

כנופיית הדרקונים הסגולים גונבת פגיון עתיק ומשחררת מתוכו את הו צ'אן, שמציע לתת להם כוחות מיוחדים.

הצבים מקבלים הודעה מראש תנין, שמזהיר אותם מפני פעולת הקראנג. הם נכנסים לתוך ממד איקס כדי להציל אותו.

רובוטי הרגל רודפים אחרי אפריל ואירמה. כדי להגן על אירמה, אפריל לוקחת אותה אל המאורה של הצבים ומופתעת לגלות את זהותה האמתית.

פלישת הקראנג החלה. לאונרדו נפצע קשה בקרב מול שרדר. שאר הצבים, עם אפריל ועם קייסי, מנסים להתמודד עם המצב.

הצבים, אפריל וקייסי מתגוררים בחווה מאז עזבו את ניו יורק ומצפים להחלמתו של לאונרדו. בינתיים, מפלצת משתלטת על רפאל.

הצבים נתקלים בביגפוט פצוע ולוקחים אותו הביתה. אחרי טיפול בפצעיו הם מגלים שביגפוט היא בעצם נקבה והיא "מתאהבת" בדוני.

הצבים מגלים דלת סודית בבית החווה. הם מוצאים את אימא של אפריל שהייתה בהקפאה במשך שנים. מיכלאנג'לו אינו ממהר לבטוח בה...

הצבים מתנהגים לא יפה אל מיכאלאנג'לו אחרי ששוב עשה בלגן בבית והוא מחליט לעזוב. הוא מתחבר עם מוטנט צפרדע שלוקח אותו לחבריו.

הצבים לכודים בתוך חלום ולא יכולים להתעורר. אפריל וקייסי חושדים שהסיבה קשורה למוכר בעל ספר מסתורי ומנסים למצוא פתרון.

הצבים מגלים מוטנט-מכונית שתוקף את קייסי בזמן הנסיעה. קייסי רוצה לבנות רכב שיוכל להתמודד מולו ומבקש עזרה מדונטלו.

דונטלו בודק המצאה חדשה על אפריל והיא גורמת לה לראות דרך העיניים של מוטנט חדש, "כימרה".

אפריל וקייסי נשארים להתאמן לבדם בבית החווה בעוד שהצבים יוצאים לאימונים ביער כדי להתחבר לטבע.

הצבים מחליטים לחזור לניו-יורק. הם מוצאים את ספלינטר במצב בלתי יציב ומנסים להציל אותו.

הצבים מחפשים את קאראי ונקלעים לקרב עם סטראנקו ועם זק שרוצים להשתמש בהם למטרת עסקה עם שרדר.

הצבים יוצאים לחפש את קאראי על פי הרמז שקיבלו. הם מותקפים על ידי ביבופ ורוקסטדי.

הצבים פוגשים שוב את סלאש, שמנהיג צוות משלו ללחימה בקראנג. קורצמן רוצה ששני הצוותים יעבדו יחד אך הם מתקשים לקבל זה את זה.

הצבים נכנסים לממד איקס כדי להציל את תושבי ניו-יורק. בינתיים המוטנטים האמיצים נשארים מאחור כדי לעזור לצבים לחזור הביתה.

קייסי נכשל בניסיון לעצור את הדרקונים הסגולים. אחרי שהצבים צוחקים לו, הוא מנסה לתקוף את שרדר לבדו כדי להוכיח את עצמו.

קרב בין הצבים לביבופ ולרוקסטדי גורם ליצירת מוטנט נוסף. הוא מנסה להיות גיבור אבל ביבופ ורוקסטדי מנצלים אותו כדי שיעשה בעבורם את העבודה.

סלאש ורוקוול נלכדים ונתונים לשליטתו של שרדר. רפאל נחטף גם הוא והצבים, ראש תנין ופיט יוצאים להציל את חבריהם.

מיכלאנג'לו וקייסי משתעממים ויוצאים לבלות יחד. הם פוגשים מוטנט חדש שמוביל אותם למלכודת של פני דג.

אפריל נפגעת מהכשת נחש. קאראי, שנמצאת בשליטתו של שרדר, אחראית לכך ומנסה לפגוע גם בצבים.

הצבים פוגשים את רנט שבאה מהעתיד. היא נרדפת ורוצה שהצבים יעזרו לה, כיוון שבעתיד שהגיעה ממנו הם גיבורים מפורסמים.

הצבים מגיעים ליפן בעבר וחווים את הרגע המכריע בעברם של ספלינטר ושל שרדר.

הצבים מנסים להשיג תולעת מוח כדי למצוא מרפא בשביל קאראי. רפאל נפצע, וספלינטר אוסר על הצבים לפעול שוב, אך לאונרדו יוצא בכל זאת.

מיכלאנג'לו שופך על דונטלו בטעות חומר שגורם לו לאבד את החוכמה שלו. השרץ ונחשצמח חוזרים, והצבים נאלצים להילחם בהם שוב.

קאראי מהתלת בצבים ומכניסה אותם למלכודת. היא מאלצת את ספלינטר להילחם בה.

הצבים מוצאים יצור שנראה כמו דינוזאור ורוצה לחסל את הקראנג. רפאל גורם לו לציית לפקודותיו והם יוצאים יחד להילחם בקראנג.

הצבים פוגשים קראנג שונה שרוצה לעזור להם ומזהיר אותם מפני שני איומים העומדים להגיע לכדור הארץ, הקראנג והטרייסראטונים.

מיכלאנג'לו נחטף על ידי הטרייסראטונים, ושאר הצבים יוצאים להציל אותו. ספלינטר ואפריל פונים לשרדר כדי לקבל עזרה בהצלת כדור הארץ.

הצבים ניצלו ברגע האחרון על ידי פוג'יטויד. בעזרתו הם חוזרים אחורה בזמן כדי לעצור את הטרייסראטונים ולהציל את כדור הארץ.

הצבים פוגשים את הסלמנדריאנים, שתחילה תוקפים אותם, אך לבסוף הופכים לשותפים.

החבורה מוצאת היפר-קובייה מסתורית. קייסי פותח אותה ומשחרר את הווירם, והוא מציע להגשים להם שלוש משאלות.

לורד דרג יוצר קשר עם ארמאגון ומבקש את שירותיו כדי לחסל את הצבים.

החיפוש אחר הטרייסראטונים והחלק הראשון של מחולל החור השחור מוביל את החבורה לכוכב שפולט כוח של רשע.

ניוטרינוים נכנסים לתודעה של מיכלאנג'לו. שאר הצבים צריכים להיכנס לשם גם הם כדי להציל אותו לפני שיהיה מאוחר מדי.

הטרייסראטונים כולאים את הצבים. אפריל, קייסי ופוג'יטויד יוצאים להציל אותם.

סאל ומונה ליסה מנסים לגייס את עזרתם של הקראנג כדי להילחם בטרייסראטונים, אך נתפסים ברגע שהם חושפים את ידידותם עם הצבים.

הצבים יוצאים להשיג את החלק השני של מחולל החור השחור. הם נאלצים להתמודד שוב עם אויבים מוכרים.

הצבים עוברים במפתיע לממד אחר. מתברר שהמקבילים שלהם מאותו ממד זימנו אותם לעזרה.

תוקפים את הספינה של הצבים ופוג'יטויד נפגע. דונטלו מנסה לתקן אותו.

מונה ליסה מבקשת עזרה מהצבים, אך מתברר שהיא בגדה בהם ושיתפה פעולה עם דרג כדי להגן על הכוכב שלה.

הצבים יוצאים להשיג את החלק האחרון של מחו?לל החור השחור, אך גם דרג והטרייסראטונים בעקבותיו.

הטרייסראטונים עומדים לחסל את כדור הארץ שוב. הצב?ים מתחילים לחשוד בפוג'יטויד, שמוריד אותם בכדור הארץ.

מתברר שקאראי כבר לא נשלטת על ידי תולעת המוח. היא פועלת על דעת עצמה ומתכוונת לשקם את שבט הרגל ו?להחזיר לו את הכבוד שלו.

לאונרדו עוזר לקאראי לחסל מקומות מפתח של שרדר. הוא מסתיר זאת משאר הצבים ו?כשהם יוצאים לחפש אותו, דונטלו נפגע.

בקסטר סטוקמן יוצר עוד שני מוטנטים חרקים. הוא משתמש בהם כדי לגנוב כסף בשביל שרדר. רפאל נאלץ להתמודד שוב עם הפוביה שלו מחרקים.

רפאל כועס על האחרים ומחליט לפרוש מהצוות. בינתיים, צוות ה-"מוטנטים המופלאים" מתמודד עם חבורת פושעים עם כלי נשק לחיסול מוטנטים.

קריסטל האיון של אפריל גורם לדמויות מהקומיקס של מיכאלאנג'לו לקום לחיים. מתברר שאפריל קשורה מאוד לקריסטל באופן קיצוני.

שרדר דורש מבקסטר סטוקמן עוד מוטגן והוא הופך ל-"סופר שרדר". הוא חוטף את קאראי ומאלץ את ספלינטר והצבים לבוא הישר למלכודת שלו.

ספלינטר הוזה שהוא פוגש את מלך העכברושים. בינתיים, הצבים יוצאים לחפש אותו ומתמודדים מול שרדר והעוזרים שלו.

עברו של ציפורני נמר נחשף כשהוא נרדף על ידי אחותו. קייסי מקולל על ידה והחבורה מנסה לבטל את הקללה.

ספלינטר והצבים הולכים לבקר את קאראי ואת ה-"המוטנטים המדהימים". באותו זמן, שרדר תוקף אותם וגורם לחבורה להתפצל.

לאחר שספלינטר נהרג על ידי שרדר, הצבים יוצאים להתעמת עם שרדר פעם נוספת ולהביס אותו אחת ולתמיד.

הצבים פוגשים קראנג שונה, שרוצה לעזור להם ומזהיר אותם מפני שני איומים העומדים להגיע לכדור הארץ, הקראנג והטרייסראטונים.

פרק אחרון לעונה. מיכאלאנג'לו נחטף על ידי הטרייסראטונים, ושאר הצבים יוצאים להציל אותו. ספלינטר ואפריל פונים לשרדר כדי לקבל עזרה בהצלת כדור הארץ.

הצבים נתקלים באנשי כת מוזרים. כשהם הולכים בעקבותיהם, הם מגלים שציפורני נמר הוא המנהיג שלהם.

הצבים מגלים שציפורני נמר ואנשיו מחפשים את הקסדה של שרדר כדי להחזיר אותו לחיים. במקביל, מופיע אדם נוסף שמתעניין בקסדה.

הצבים מגלים שציפורני נמר רוצה להחזיר את שרדר מהמתים. הם מנסים למנוע ממנו להשיג את הלב שלו שדרוש להשלמת התהליך.

קאבאקסאס מחזיר את שרדר לחיים. פני דג מספר לצבים איך נוצרו "יצורי שרדר" שבהם נתקלו. הצבים מנסים לעצור את קאבאקסאס.

ספלינטר מספר לצבים הצעירים איך הוא פגש אותם בראשונה ואיך הם החלו לחיות יחד כמשפחה.

אפריל, קייסי וכל אנשי העיר הופכים לערפדים. רנט מופיעה ומסבירה לצבים את המצב. היא לוקחת אותם לעוד הרפתקה של מסע בזמן.

רנט מחזירה את הצבים בזמן כדי לעצור את סאבאנטי רומרו. הם יוצאים לחפש את דרקולה בטרנסילבניה.

רנט והצבים ממשיכים לנסוע בזמן כדי למנוע מסאבאנטי מלגייס את צבא המפלצות שלו. הפעם הם מגיעים לטירה של פרנקנשטיין.

רנט והצבים ממשיכים במשימתם לעצור את סאבאנטי רומרו. הם מתקשים כשרפאל וגם דונטלו הופכים לערפדים.

הצבים עובדים עם האוטרום, עם המפקד סאל ועם מונה ליסה במרדף אחר נוכל מהעבר.

הצבים ממשיכים לעבוד עם האוטרום, עם המפקד סאל ועם מונה ליסה, והם נאלצים להתמודד גם עם לורד דרג והחרקים שלו.

הצבים פוגשים שוב את המקבילים שלהם מממד אחד. יחד איתם מגיעים גם המקבילים של שרדר וקראנג, ששוכרים את שירותיהם של ביבופ ורוקסטדי.

הצבים והמקבילים שלהם מממד אחר מתמודדים עם ביבופ ועם רוקסטדי שעובדים בשביל קראנג ושרדר מהממד האחר.

הצבים והמקבילים שלהם עובדים יחד כדי לעצור את שרדר ואת קראנג מהממד האחר. הם מקבלים עזרה לא צפויה מביבופ ומרוקסטדי.

הצבים מוצאים את עצמם בממד אחר בתקופה הפיאודלית, בעולם שיש בו חיות אנתרופומורפיות במקום בני אדם.

הצבים מצטרפים אל אוסאגי ואל קינטארו במסעם, בתקווה למצוא דרך לחזור הביתה אל הממד שלהם.

הצבים ואוסאגי מלווים את קינטארו אל ארמון מקדש בודהה השמים, שם הם פוגשים את ג'יי ונאלצים להתמודד איתו.

רפאל המבוגר נלחם בעזרת דונטלו-רובוטי בשממה של מוטנטים, בתקווה לשרוד לאחר אסון שקרה לפני כמה שנים.

רפאל ודונטלו מוצאים את מיכאלאנג'לו ונדהמים לגלות שהוא עדיין בחיים. האיחוד המרגש נקטע במהרה על ידי ורמינייטור רקס והכנופיה שלו.

פרק אחרון לעונה. רפאל הופך למנהיג השבטים ומוביל את כולם לעימות מול "מאקסימוס קונג". הוא נדהם לגלות את זהותו האמיתית של "מאקסימוס קונג".