世界最先端の科学実験施設が終結した「アカデミア島」。その中核を成す「科学アカデミア」には、世界中から選ばれた優秀な若者たちが集い、恵まれた環境で研究を続けていた。「科学アカデミア」のプロジェクトの中でも、最も大規模なものが、巨大宇宙衛星・スペースアカデミア号の建造計画。若者たちは皆、このスペースアカデミア号の搭乗員となることを夢見ていたのだ。しかし、衛星打ち上げの日、「科学アカデミア」は謎の敵から襲撃を受け、スペースアカデミア号も破壊されてしまう―。

謎の敵の正体は、武装頭脳軍ボルトであった。その幹部となっていたのは、かつて「科学アカデミア」の学生だった月形剣史たち３人。ボルトはついに、世界征服計画を実行に移したのである。だが、この最悪の事態を前に、果敢に立ち上がった若者たちがいた。彼らこそ、生きとし生けるものを守る戦士・超獣戦隊ライブマンだ！

ケンプやマゼンダすらも戦慄した、尾村豪の恐るべき実験計画。さすがの大教授ビアスも、この計画に高い評価を与えた。深夜の町に現れるウイルスヅノー。若者たちが次々と襲われていく。この暴挙を食い止めようとする勇介とめぐみだったが、豪の優しい一面を知っている丈は―。

マゼンダは、人間とそっくりな「ダミーマン」を日本各地に送り込み、社会を混乱させるという作戦を実行に移した。まんまと成功するかに思われたが…。

２年前に亡くなった矢野卓二の弟・武志が、勇介に会いに来た。卓二が遺していた設計図を基に、未来車を完成させてほしいというのだ。武志の熱い思いを受け取る勇介。だが、そのころ、ボルトは「車社会」を根底から揺るがす、恐るべき計画を企んでいた。

時間と空間を操る頭脳獣・タイムヅノーが誕生した。タイムヅノーは７０００万年前へとタイムスリップし、一匹の子ども恐竜を現代へと連れ帰る。だが、その恐竜は健一少年に発見され、かくまわれた。やがて、ゴンと名づけられた恐竜と健一少年は心を通わせていく―。

タイムズノーが連れ帰った一匹の子どもの恐竜、ゴン。健一少年と心を通わせ、大人しい恐竜だったが、オブラーはガッシュを使って、ゴンを巨大化して町で暴れさせてしまう。過去に戻ることもできず、自分を抑えることもできないゴンを待ち受ける運命は―。

ケンプは、自らが下等生物だと見下している「人間」の弱点を突く作戦を考え出した。それは「人間」が持つマイナスの感情を、頭脳獣のエネルギーに変えるというものだ。しかし、「人間」としての煩悩を捨て去ったはずのケンプにも「怒り」の感情が残っており、皮肉にも、その「怒り」までも頭脳獣のエネルギーとなってしまう。

めぐみの友達・ゆかりの結婚式に出席した３人。しかし、新郎の俊介が、こともあろうに新婦を捨て、謎の美女の虜になってしまう。実は、美女の正体はマゼンダ。俊介の様子がおかしくなったは、「ラブトワレ」という香水のせいだったのだが―。

大原丈は真也という少年から「おっさん」呼ばわりされるが、真也の姉・陽子の笑顔に惹かれ、姉妹が営むピザ屋を手伝うことにする。「スケボーでピザを配達する」という丈のアイデアが早速、実行に移されたが、新たな頭脳獣メイロヅノーが出現し、街中が迷路と化してしまった。当然、丈は指定の時間内にピザを届けられず…。

歓楽街にヒヒヅノーが現れた。その使命は、人間を猿人化すること。オブラーの作戦は成功するかに思われたが、凶暴極まりないニューマフィアのボス・毒島嵐の出現によって、様相が一変する。なんと嵐はヒヒヅノーを自らの手下にしてしまったのだ。頭脳獣よりも強い、この男の正体はいったい何者か？

人間でありながら頭脳獣よりも強いニューマフィアのボス・毒島嵐は、ビアスの教えを受けてボルトの４人目の幹部であるドクター・アシュラとなった！ドクター・アシュラは自らの天才を証明するために学者をさらっていく。誰よりも強く、凶悪な天才の出現に、ケンプたちも気が気ではなく―。

ごく普通のテニスクラブの地下で、進行していた恐ろしい計画。それはドクガスヅノーによる毒ガス作戦だった。ドクガスズノーが作り出した毒ガスは、ダミーマンたちによって、街にばらまかれていく……はずだったが、一人のドジなダミーマンの失敗で、作戦はライブマンの知るところになってしまう。記憶を失い、追われる身となったダミーマン・タナカは、コロンに一目惚れ。しかしタナカはあえなく爆死を遂げる。コロンの鋼鉄の体に、熱い血がたぎって―。

戦う天才・アシュラが新たな作戦を仕掛けてきた。アシュラの「サイバー分身」によって出現した「シュラー三人衆」とエレキヅノーが、勇介を追う。そしてエレキビームを浴びた勇介は、電気人間となってしまった。市民に迫害され、逃亡を余儀なくされる勇介。変身能力すら奪われた勇介は思わず、自らの心に生じた不満を爆発させる―。

ロボット工学研究所で開発された戦闘マシン「バトルロボS1」がボルトに狙われた。「バトルロボS1」は、その動力源として、無限のエネルギーを生み出すことができる「メタルフォース鉱石」を使っていたのだ。ガードロイド・ガッシュとファイヤーヅノーに襲われる「バトルロボS1」を助ける丈。だが、その丈もピンチに陥って―。

プラズマヅノーが、今は亡き科学アカデミアの学生たちの魂を幽体プラズマに変換し、キョンシーとしてよみがえらせた。勇介は、キョンシーのお札に使われているのが、かつて自分が書いたラブレターであることに気づく。勇介がラブレターを書いた相手は、あの美女。だとすれば、この事件の背後には間違いなく、彼女がいるはずだ―。

めぐみの知り合いである令子は、妹の晴子との約束を果たすため、陸上競技の練習を必死で行っていた。しかし、その記録はなかなか伸びない。そんなとき、不思議なことに、令子が大事にしていた人形「トト」の目から涙が……。どうやら「トト」は、何らかの理由で「心」を持ったらしい。しかし、そんな「トト」をケンプが狙っていた。やがてケンプは「トト」を使って頭脳獣を造り出すことに成功。ピエロヅノーはマネキンやぬいぐるみを操り、人間を襲わせる―。

マゼンダは、自分の「優しさを愛する心」の遺伝子から、ツインヅノーを造り出した。ツインヅノーは、仙田ルイとそっくりなレイという美女の姿となり、人間社会へ。やがてレイは、丈と心を通じ合わせて……。

オブラーが命を削って造り出した頭脳獣ベンキョウヅノーの作戦が順調に進行していた。このままでは、ボルトの信奉者が増えるばかりだ。しかし、ベンキョウヅノーに異変が。なぜかスポーツに興味を抱き、作戦行動を放棄したのである。その原因は、オブラー＝尾村豪の深層心理にあった。ついに豪の姿に戻ってしまうオブラー。いったい、豪はどうなってしまうのだろうか。

謎の宇宙人はギルド星人ギルドスだった。ギルドスは、大教授ビアスに弟子入りするために宇宙からやってきたのだ。ギルドスが造り出した頭脳獣サイセイズノーはジンマーをよみがえらせる能力を持っており、ライブマンも苦戦する。サイセイズノーには、バイモーションバスターも通じない！

オブラーはドクター・アシュラ達が作ったオブラーヅノーと競いライブマンを狙うが―。ビアスに激しく叱責されたオブラー＝尾村豪はズノーベースを去り、母・俊子のもとへ―。果たして豪は本来の自分を取り戻すことができるのか。

チブチ星人ブッチーが、頭脳獣ギターラズノーを連れて地球へとやって来た。ギターラズノーが奏でる子守唄には人々を深い眠りに陥らせる効果があるため、勇介や丈も眠ってしまい、めぐみは孤立無援の状態に。しかし、ギターラヅノーの宇宙ギターの弦の振動を打ち消すメロディーが存在した。それは「ジュニア・ポップス・コンテスト」の出場を目指す少女・クミコが作曲した「スパーク！海へ」。めぐみはクミコに協力を要請するが、手を怪我して自暴自棄になったクミコは、これを拒否する。そこでめぐみは、クミコに「歌」の素晴らしさを改めて伝えようと試みるのだが……。

ビアスが、５人の幹部に宿題を出した。この宿題を最初にこなしたのはケンプ。彼が開発した新合金「ギガゾメタル」の硬度は素晴らしく、ケンヅノーの剣で、勇介の乗っていたバイクは一刀両断されてしまうのであった。敵のパワーアップを痛感する勇介たちだったが、勝利のためには新しい技を編み出すしか道がない。そんな中、めぐみが人質に取られる。仲間を救うため、勇介の心は炎のように燃え上がった―。

落ちこぼれ少年・ジュンの姿に、かつての自分を見る思いの勇介。だが、ジュンは突然優等生となり、努力することをやめてしまった。どうやら、この不思議な出来事の裏には、ある女教師が絡んでいるらしい。ジュンに努力の大切さを思い出してほしいと願う勇介は、事件の謎へ迫るが―。

福島県・会津若松の鶴ヶ城に、幽霊が出るという噂が広がっていた。実はレーヅノーが、ライブマンに倒された頭脳獣たちを復活させるための儀式を行っていたのだ。その儀式を目撃してしまった少年・コウジは、ドクター・アシュラとシュラ―３人衆から追われる羽目に。しかし、そこへライブマンが駆けつけた！

コウジは、ライブマンに助けられたお礼として、３人に会津の名所を案内していた。だが、そんなとき突然、異様に巨大化したカブトムシやセミが出現する。それはヒカリヅノーが、放射能に似た未知のエネルギーである「ギガスーパーエネルギー」を生産する際に発した光が原因だった。東京から来ていた少女・ユカリは会津の自然と昆虫たちが大好きだったが、この事件がきっかけで、昆虫に恐怖を感じるようになってしまう。生きとし生けるもののために戦ってきたライブマンは、生命を弄ぶボルトに対し、激しい怒りを覚えるのであった。

ビアスがズノーベースから姿を消した。謎の作戦指示書を残して……。その指示に従い、ギルドス＆ブッチーの宇宙人幹部コンビが、ジシンズノーを使って都市破壊を開始する。ライブマンはジシンズノーと戦おうとするが、今度は幼稚園バスが乗っ取られるという事件が発生。勇介たちは対応に苦慮するのだった。しかし、そんなとき、一人の男が颯爽と現れた。なんと、男はめぐみの父・与一郎。いったい、与一郎は何のために、わざわざ熊本からやって来たのだろうか？

不吉な予感を感じた勇介たち。その予感に間違いはなく、「ギガ作戦」は実行に移された。「ギガ作戦」とは、最強の巨大ロボ・ギガボルトを造り出すことだったのだ。その操縦者には、ビアスが与えた「宿題」を最初にこなしたケンプが選ばれた。ライブロボ対ギガボルトの対決が始まる。しかし、ライブロボの武器は全く通じない。ついにライブロボは敗北を喫した。危うしライブマン！

ライブマンの危機に謎のトレーラーが乱入。操縦席にいた男は、「ボルトを倒すのはこの俺たちなんだ！」と鼻息が荒い。彼らは非業の死を遂げた矢野卓二の弟・鉄也と、相川麻理の弟・純一だった。鉄也と純一の力を借りたライブマンはロボを取り戻そうとする。

ケンプに代わり、ギガボルトの操縦者となったアシュラ。大規模な都市破壊が続いていく。一刻も早く、攻撃を食い止めたいライブマンだったが、ライブロボではギガボルトに勝てないことははっきりしていた。今こそ、新しい力を手に入れるとき！矢野鉄也がブラックバイソンへ、相川純一がグリーンサイへと変身し、超獣戦隊は５人となった。そしてライブロボとライブボクサーが合体し、スーパーライブロボが誕生する！！

純一の体に、宇宙生物ベガベビーが寄生してしまった。だんだん大きくなるお腹に、純一は恐怖を感じる。しかし、ベガベビーの「ママ！」という声を聞いた純一は、ベビーを産むことを決意するのだった。やがてベビーは誕生したが、純一はベビーをボルトから守るため、逃亡することに―。

ライブマンは、ライブロボの超獣剣をプラズマエネルギーによって復元・強化することに成功した。そして勇介は、幼稚園の保母となっていたマイと偶然、再会する。月形剣史に憧れているマイは、剣史が今はボルトの幹部ドクター・ケンプとなっていることを知らない。ケンプ＝剣史にとっても、マイは輸血で自分の命を救ってくれた命の恩人なのだが―。

友達が一人、また一人と引っ越してしまい、孤独を感じていたカズオ少年。彼は「ロボットでもいいから友達が欲しい」と願っていた。そこで鉄也は一肌脱ごうとするが、さすがに短期間でロボットを造るのはムリ。仕方なく、自分が「鉄ちゃんロボ」となって、カズオくんを慰めてあげようとした。しかし、そこへ「鉄ちゃんロボ」とよく似た頭脳獣ロボズノーが現れて……。

2003年―美しい女性へと成長したミクは、幼いころに自分を助けてくれた「リーゼントのお兄さん」のことを思い出していた。そんなとき、ミクの前に現れた、1988年へとつながるタイムトンネル。ミクは「リーゼントのお兄さん」と会うために、迷わず過去の時間へと向かうのだった。

タイムトンネル事件から一週間後の、10月29日。その日は、勇介とケンプにとって「約束の日」だった。「必ずここで会おう」と誓った場所に、ケンプは果たして現れるのか？勇介にとって、それは大きな「賭け」でもあったが―。

ボルトとの戦いに青春を捧げている純一だったが、その心には、高校に戻ってラグビーをまたやりたいという思いもくすぶっていた。そんなとき、頭脳獣ヨロイズノーが現れ、純一の友人のラグビー部員たちをヨロイ人間にしてしまう。彼らを元の状態に戻すには、ヨロイズノーを倒すしかない。弱点の触角をボール爆弾で攻撃するため、純一は必死に特訓を重ねる。その姿に、怪我をしてから勇気を失っていたミノルの心も動かされた。純一のミノルの共同作戦は、成功するのか？

ケンプは、ビアスの自分に対する評価が急降下していることに愕然としていた。そこで彼は捲土重来を図り、「恐獣変身計画」を実行に移す。しかし、その計画途中で事故が発生し、ケンプは16歳のころの月形剣史の姿と心に戻ってしまった。今なら、剣史の心を矯正して、ケンプの誕生を防げるかもしれない―そう考えためぐみは、セーラー服姿となって、剣史に近づいたのだが……。

マゼンダは、体の90％を機械化した「マシン・マゼンダ」となって、勇介に激しい攻撃を加える。それに対して、ただ逃げるだけの勇介の姿に、鉄也と純一は失望。しかし、丈とめぐみは、勇介には何か逆転の策があるに違いないと信じていた。実は勇介は、このような事態に備えて、ある研究開発を進めていたのだ―。

ギルドスとブッチーは、M15星雲・ドーハ星の破片から頭脳獣インセキズノーを造り出した。これに立ち向かった丈は地球へやって来たドーハ星人に助けられるが、星人は負傷してしまう。丈は星人から、その故郷であるドーハ星の悲劇を聞かされた。その手には、ドーハ星の平和と友好のシンボルとも言うべき花の種が―。

めぐみが出会った史郎という青年は孤児院の出身だった。史郎が手に入れた結晶体には頭脳獣が潜んでおり、彼はその頭脳獣を使って悪事を重ねていく。史郎は、自分と同じような境遇の孤児たちを喜ばせるために、お金を必要としていたのだ。しかし、自慢の頭脳獣を奪還したいマゼンダは―。

ボルトから離れていった尾村豪。しかし、彼は今も記憶を失った状態のままだった。にもかかわらず、ビアスは頭脳獣を送り込んで、豪の命を狙う。トウメイズノーによって透明人間にされてしまった豪と、そんな豪を救おうとする丈。豪が偶然目撃してしまったビアスの恐ろしい秘密とは、いったい何だったのだろうか。

激しく苦悶していたビアスだったが、ズノールームへ入ることによって、急激に復調した。そしてビアスは自ら作り出したボンバーズノーを使って、グラントータスの爆破作戦を試みる。「ギガブレインウェーブ」によってビアスに操られた鉄也は、ボンバーズノーをグラントータスへと招き入れてしまった。ビアスの作戦は成功するのか？そして「ギガブレインウェーブ」とは！？

「ギルドカオス」から生まれたギルードズノーは、不滅の生命力を持っていた。何度倒しても復活する恐るべき頭脳獣を相手に、ライブマンは苦戦する。ギルドス＆ギルードズノーのコンビが、ついに勝利を果たすのか？そう思われた矢先、ギルドスが謎の爆発を遂げる。なんとギルドスは宇宙人ではなく、ロボットだった！？

ギルドスの死に衝撃を受けるブッチー。そして―ブッチーもまた、ギルドスと同じくビアスによって造り出されたロボットであった。ブッチーの過去の記憶さえ、ビアスによってプログラミングされたものだったのである。ビアスはギルドス、ブッチーという未知の存在とケンプたちを競わせることで、彼らを奮起させようと企んでいたのだ。すべてを知ったブッチーは、自らが造り出したボーソーズノーと共に、ローラースケートで街を暴走。怒りと悔しさにまかせて、見境のない破壊活動を続けた。そんなブッチーを説得しようと考えためぐみは……。

ケンプ９００点、マゼンダ９００点に対し、アシュラの現在の評価は６００点。他の２人に大きく差をつけられたアシュラは、起死回生を狙って、大胆な作戦に着手した。コンピューターウィルスによって、都市機能は麻痺寸前に。そしてコンピューターから膨大な知識を得たアシュラの思考力は、一気に上昇するのだった。

コンピューターから膨大な知識を得るという一発逆転の作戦に成功し、思考力が一気に上昇したかに見えたアシュラだったが、その体に異変が起きる。なんと毒島嵐の姿に戻り、知能もかつてと同レベルに戻ってしまったのだ―。

マゼンダは、夢を実体化させるシステムを完成させた。誕生したアクムヅノーは強く、ライブマンは大ピンチに。この状況を受けてマゼンダの評価は上昇し、ついに千点頭脳へと到達する。だが、豪から「千点頭脳に到達した者はビアスに脳を奪われる」という衝撃の事実を聞いたマゼンダは、自分の脳を奪われるのを防ぐため、意外な手段を講じるのだった。

千点頭脳となったケンプは、マゼンダと異なり、自分の脳を敬愛するビアスへ差し出すことを厭わなかった。頭脳を失ったケンプは恐獣ズノーへと変化。そしてケンプの千点頭脳によってパワーを得たビアスは若返り、少年の姿となるのであった。

ズノーベースから放たれる「ギガブレインウェーブ」によって、全人類が洗脳されていく。ついにビアスの野望が達成されるときが来たのか？ズノーベースへ突撃した勇介＝レッドファルコンを迎え撃つのは、少年王ビアスが造り出した頭脳獣デンシズノー。ライブマンは地球の生きとし生けるものを守るため、最後の戦いに挑む！