Il mago Gargamella decide di rompere l'armonia che regna nel villaggio dei Puffi inviando tra di loro una femmina. Con una complicata formula magica riesce a creare da un blocco d'argilla una Puffetta, in verità piuttosto bruttina e dai capelli corti e neri. Hefty (Forzuto) la trova nella foresta e la porta al villaggio dove Grande Puffo le offre ospitalità.

Clumsy (Tontolone) combina sempre guai e, per farsi apprezzare dagli altri puffi, decide di diventare un mago come Grande Puffo.

I Puffi stanno giocando a calcio. Vanity (Vanitoso) è il portiere, ma per tutto il tempo non fa che guardarsi allo specchio, finendo per romperlo. Dopo aver litigato con gli altri Puffi per l'accaduto, se ne va nella foresta con lo specchio rotto in mano. Intanto, il malvagio Gargamella sta creando uno specchio magico: chiunque vi faccia riflettere la propria immagine, resterà suo prigioniero.

I Puffi sono intenti a riparare la diga che protegge il loro villaggio dalle inondazioni; quando il Grande Puffo deve allontanarsi, affida la supervisione dei lavori a Brainy (Quattrocchi), i cui ordini però vengono continuamente ignorati e derisi dagli altri Puffi. Brainy decide così di instaurare sul villaggio un regime monarchico, di cui lui è sovrano col nome di Re Puffo e unico legislatore, e riesce a convincere vari altri Puffi a collaborare con lui.

Jokey (Burlone) consegna a molti puffi i suoi pacchi regalo che puntualmente esplodono. Grady (Golosone), Puffetta e Lazy (Pigrone) decidono di vendicarsi e lo attirano in una caverna, ma vengono assaliti da Birba e si rifugiano in un tunnel che li porta nel laboratorio di Gargamella.

Gargamella effettua un incantesimo che gli consente di osservare i Puffi tramite una sfera di cristallo. La visione si apre sul festeggiamento del puffleanno di Astro il quale esprime il desiderio di poter visitare un mondo che nessun Puffo abbia mai visto.

Il perfido Gargamella si avvicina al villaggio dei Puffi, ma Grande Puffo riesce a renderlo temporaneamente invisibile. Per prolungare l'incantesimo chiede a tutti di cercare nel bosco delle puffbacche che però sembrano misteriosamente sparite da tutti cespugli.

Harmony (Stonato) e Puffetta trovano un ricettario magico abbandonato nella foresta e lo portano al Grande Puffo. Il libro è di proprietà del Puffo Stregone, mai conosciuto prima, che abita in cima alla montagna delle nebbie. Una spedizione di Puffi parte per andarlo a conoscere, ma in realtà si tratta di Gargamella che li mette in gabbia, lasciando fuori solo Grande Puffo per essere libero di torturarlo se gli altri Puffi non avessero accettato di condurlo al villaggio.

Per sfuggire a Birba, Brainy (Quattrocchi) e Clumsy (Tontolone) cadono nella cascata; al loro risveglio sulla battigia trovano una lampada magica da cui fuoriesce un genio che si definisce "maleducato" e che li informa di poter esprimere tre desideri entro l'alba a condizione di conoscere la parola d'ordine. Nel frattempo Gargamella inventa un proiettore magico col quale assiste alla scena e decide di sfruttare i tre desideri a suo vantaggio iniziando a cercare nei suoi libri la parola da dire.

Mentre tutti i Puffi sono occupati a costruire un ponte, il Grande Puffo ha preparato un magico fertilizzante per dare una supercrescita al suo fiorellino che però, quando viene innaffiato con la pozione, si trasforma in una mostruosa pianta carnivora che cerca di divorarlo. Dopo essere stato salvato da (Hefty) Forzuto e (Lazy) Pigrone, Grande Puffo capisce che il fertilizzante è troppo pericoloso, perciò ordina ai due Puffi di sotterrare la boccetta in un luogo sicuro e lontano, ma loro invece la gettano in un burrone in cui si trova un nido di uccellini affamati.

Durante una notte di tempesta in un sinistro castello una strega grassa e pelata indossa il suo medaglione magico e una parrucca di boccoli rossi. Si tratta di Agata che poco dopo vola via sul suo avvoltoio, ma viene colpita da un fulmine e precipitando perde il suo ciondolo che più tardi viene trovato da Puffetta. Agata inizia a cercarlo e arriva a casa di Gargamella che costringe con la magia ad aiutarla.

È passato un anno da quando Puffetta è arrivata al villaggio e Grande Puffo organizza una grande festa in suo onore. Tutti i Puffi le regalano qualcosa e Inventore crea per lei degli occhiali magici che rendono più bello tutto ciò che si guarda, con la speranza che possa innamorarsi di lui, ma Puffetta non fa in tempo a provarli che viene trascinata dal vento nella rete di Gargamella che ha scatenato una tempesta con la magia. Attraverso gli occhiali il mago appare affascinante e non si capacita delle reazioni inconsuete di Puffetta che lo riempie di complimenti.

Il Puffo Sognatore vuole andare in giro per il mondo e Grande Puffo, preoccupato per lui, gli dà un fischietto magico che ha il potere di riportarlo subito al villaggio in caso di pericolo. Durante una tempesta però, Sognatore lo perde ed è proprio Gargamella a trovarlo.

Il gigante Buegrasso arriva affamato a casa di Gargamella e gli saccheggia la dispensa. Al mago viene in mente che potrebbe servirgli nella cattura dei Puffi e per convincerlo ad aiutarlo gli propone di assaggiare un piatto succulento: la zuppa di Puffo.

Gargamella crea un filtro magico che rende visibili le impronte e spera finalmente di catturare i Puffi. Nel frattempo Tontolone trova un animaletto a forma di batuffolo rosa e lo porta a Grande Puffo che lo identifica come Zuffo dicendogli di riportarlo subito nella foresta perché avrebbe provocato solo guai.

Puffetta ha un incubo in cui Gargamella vuole vendicarsi per averla persa togliendo i poteri a Grande Puffo e poco dopo assiste ad un'esplosione nel laboratorio a causa di un esperimento fallito. Successivamente anche Pigrone viene coinvolto da un nuovo fallimento e Puffetta gli confida i suoi timori. Nel frattempo Gargamella scopre un incantesimo con cui può trasformare tutti i metalli in oro, ma tra gli ingredienti ci sono una decina di Puffi da bollire.

La primavera è nell'aria e tutti i Puffi sembrano pensare solo a Puffetta. Alcuni la chiedono in moglie ed anche Grande Puffo aggiunge la sua candidatura, ma quando Puffetta annusa un fiore stregato piantato da Gargamella diventa nuovamente cattiva e sotto l'effetto dell'incantesimo chiede sia a Inventore che a Forzuto di sposarla seminando zizzania.

Sembra che la sfortuna si sia abbattuta sul villaggio dei Puffi e il primo a farne le spese è Vanitoso, che rompe due specchi. Grande Puffo scopre sui suoi libri che un'eclissi lunare avrebbe portato 100 anni di malasorte a meno che non venisse eseguita la danza dei 100 Puffi. Inizia il conteggio mentre Vanitoso decide di realizzare uno specchio infrangibile con l'argento, ma il rumore che ne consegue spinge i Puffi ad allontanarlo dal villaggio.

Grande Puffo compone una sinfonia, ma non ha un'orchestra che possa eseguirla. I Puffi costruiscono gli strumenti musicali e finalmente provano a suonare, ma Stonato ovviamente viene scacciato. Gargamella lo sente nella foresta e si traveste da fata buona donandogli un trombettofono, una piccola tromba che non lo avrebbe fatto più stonare.

Per celebrare il giorno dei Puffi, Grande Puffo decide di preparare una torta, ma mancano le uova. Nel frattempo Gargamella crea un uovo magico che realizza i desideri di chi lo tocca.

Per meritarsi il rispetto degli altri Puffi, Quattrocchi decide di riprendersi le provviste rubate dal gigante Buegrasso, ma per farlo deve diventare forte in poco tempo. Dopo aver trovato tra i libri di magia del Grande Puffo una formula che moltiplica le forze.

Un brutto folletto trova il tesoro perduto degli antichi gnomi, ma lo spirito che lo protegge gli chiede di dimostrare di meritarselo affrontando tre difficili prove nella Valle Spaventosa o in alternativa sposando una fanciulla dal cuore sincero. Entrambe le cose gli sembrano impossibili, visto il suo aspetto. Intanto i Puffi stanno organizzando una festa per il compleanno di Grande Puffo, ma Puffetta non riesce a ballare senza commettere errori. Il folletto la vede e le dona due scarpette magiche dicendole che un giorno lo contraccambierà.

La strega Agata vuole vendicarsi dei Puffi e si trasforma in uno di loro con una pozione magica.

Gargamella crea una pozione magica con cui si trasforma in un Puffo appena nato e poco dopo Puffetta lo trova nella foresta. Al villaggio tutti cercano di fare qualcosa per lui mentre Grande Puffo ha l'impressione che gli ricordi qualcuno.

Mentre Poeta narra le gesta dei cavalieri della Tavola Rotonda, Forzuto sogna di essere uno di loro, proprio mentre si avvicina un drago che sputa fuoco e incendia la foresta.

Durante l'inverno, il magazzino con le provviste prende fuoco e i Puffi rimangono senza viveri. Grande Puffo decide di abbandonare Pufflandia per andare verso sud. Dopo aver camminato a lungo nella neve, i Puffi si rifugiano in un castello apparentemente abbandonato, ma presto scoprono di essere perseguitati da fantasmi.

Pigrone viene morso sul codino da una mosca Nenè che lo infetta facendolo diventare viola e rabbioso. Il Puffo, saltellando e dicendo solo "Gnap", inizia a mordere i suoi compagni espandendo il contagio. Grande Puffo cerca un rimedio, ma le sue pozioni non hanno successo. Dopo aver catturato la mosca, scopre che un fiore di tuberosa è riuscito a farla diventare azzurra e chiede ai suoi Puffi di andare a raccogliere più fiori possibili.

Puffetta e Tontolone cadono in una buca e vengono catturati da un uomo che si fa chiamare Bombast il Grande e che vuole utilizzarli come fenomeni da baraccone nel suo spettacolo itinerante assieme al suo cane ammaestrato Bluster.

Per far cessare la siccità, Grande Puffo inventa una "polvere di gigantismo" per far crescere le nuvole, ma non si accorge di essere spiato da Quattrocchi che poco dopo cerca di ricreare la stessa mistura per far crescere le puffragole e potersi fare una spremuta.

Inventore crea una macchina per controllare il tempo, ma mentre si reca lungo il fiume per fare un pic-nic con i suoi amici, Contadino la regola sulla pioggia per poter irrigare i suoi campi e subito dopo Poeta la riporta sul caldo per poter creare un'ode al sole. Dopo continue manomissioni, i due Puffi litigano tra loro e rompono le leve della macchina facendo impazzire il tempo che passa da solo dal sole alla pioggia e dalla neve alla nebbia.

Poeta e Pittore, sentendosi geni incompresi, decidono di allontanarsi in barca per poter creare indisturbati le loro opere. Quando Grande Puffo trova il loro biglietto d'addio, parte con altri Puffi alla loro ricerca.

Durante un periodo di siccità i Puffi sono affamati e vanno alla ricerca di cibo. Uno scoiattolo si impietosisce e regala a Vanitoso e Tontolone una ghianda che però cade in un buco. Per andare a riprenderla, i due Puffi scoprono l'ingresso ad una galleria sotterranea piena di leccornie ricoperte di ghiaccio e illuminate da uno strano diamante blu.

Golosone, Inventore e Puffetta giocano a "palla puffa", ma un orco scambia la palla con una sfera di cristallo che viene portata al villaggio. Poco dopo nel profondo di una caverna l'orco rivela al suo popolo che i loro problemi stanno per finire, infatti non sopportando la luce del sole, sono stati da sempre costretti a forgiare da soli degli scudi protettivi, ma i lavori potranno finalmente essere conclusi grazie all'aiuto di piccoli schiavi che presto sarebbero arrivati da loro.

Per evitare che combini altri guai, Grande Puffo manda Tontolone a raccogliere sassi, ma lui riporta invece dei diamanti trovati in una caverna, senza capirne l'importanza.

La mamma di Gargamella va ad aiutare il figlio nella cattura dei Puffi e dopo aver scoperto che non hanno bisogno di denaro e che dividono tutto equamente, decide di far emergere la loro avidità con un incantesimo.

Inventore fabbrica un automa per aiutare i Puffi nelle faccende del villaggio, ma Quattrocchi apre lo sportello sulla sua schiena per capirne il funzionamento e lo danneggia. Il Puffo Meccanico sembra impazzito e inizia a distruggere il villaggio. Ai Puffi non resta altro che bloccarlo e disattivarlo. Il piccolo robot riesce però a risvegliarsi anche senza tutti gli ingranaggi e versando una lacrima si allontana durante la notte.

Quando Grande Puffo si accorge che Pigrone non aiuta gli altri nel raccolto, lo manda nel bosco a fare legna assieme a Quattrocchi e Golosone. Nei pressi di una cascata Pigrone si addormenta di nuovo, ma viene svegliato da un ragazzo di nome Cicerone che lo invita ad attraversare la fonte per visitare il Paradiso, dove nessuno può dargli degli ordini.

Grande Puffo si ferisce al piede durante i lavori alla diga e chiede ai Puffi di portargli il polline del Fior di neve per alleviare il dolore, ma Tontolone lo fa cadere nel fiume. Non resta che andare in cima alla Montagna Ghiacciata a prenderne dell'altro senza cogliere la pianta che solo così potrà rifiorire ogni anno.

Grande Puffo dona la sua scorta di puffragole agli altri Puffi dopo che Gargamella li ha disturbati durante il raccolto. Per ringraziarlo, leggendo una lista delle sue cose preferite su uno dei suoi libri, alcuni di loro entrano in una caverna per cercare dei funghi, ma al suo interno scoprono un laghetto la cui acqua fa ringiovanire chi la beve.

Mentre i Puffi spalano la neve felici per l'approssimarsi della primavera, Gargamella odia il risveglio della natura e non sopporta la gioia che si respira nell'aria. Decide quindi di vendicarsi dei suoi piccoli nemici blu chiedendo aiuto al suo padrino Balthazar, un potente mago che vive in un castello circondato da un fossato in cui si trova un enorme drago.