지구가 핼러윈을 맞이한 사이, 가공할 만한 세력이 우주 전역을 뒤흔든다. 북극권과 머나먼 우주에서는 고대의 악이 자유를 되찾고, 현재 시점의 리버풀에서는 댄 루이스의 인생이 송두리째 뒤바뀐다.

전쟁이 한창이던 1855년의 크림반도에 떨어진 닥터는 역사의 오류를 바로잡고자 전장을 휩쓴 우주 종족 손타란을 몰아내려 애쓴다. 한편 시공간의 틈으로 빠져든 야즈와 댄은 불가사의한 현실을 마주한다.

아트로포스 신전이 위기에 몰리며 시간이 폭주하자 닥터는 친구들을 구하기 위해 목숨을 건 시간 여행에 나선다. 한편 각자의 기억 속에 몸을 숨긴 댄, 야즈와 빈더는 생존을 위한 투쟁을 마주한다.

1967년의 영국 해안가 마을에 착륙한 닥터와 친구들. 야즈와 댄은 주민들을 도와 사라진 소녀를 찾아 나서고, 소닉의 이상 반응을 추적하던 닥터는 뜻밖의 인물과 재회하며 일생일대의 위기를 만난다.

과거에 갇힌 야즈와 댄은 제리코와 함께 미래 지구의 운명을 수호할 임무에 돌입한다. 한편 미지의 공간으로 소환된 닥터는 자신의 잃어버린 기억과 우주의 종말 사이에서 선택의 갈림길에 선다.

온 우주를 파멸로 이끌 플럭스의 마지막 공세가 다가오는 가운데 손타란은 지구를 정복하고, 동시에 세 개의 현실로 흩어진 닥터는 친구들과 우주를 구하기 위한 필사적인 싸움에 나선다.

새해가 밝기 직전, 영국 맨체스터의 한 창고 업체에 착륙한 닥터와 친구들. 끈질긴 달렉의 공세 속에서 알 수 없는 시간의 오류를 만난 일행은 두 인간과 함께 죽음의 굴레에서 벗어나려 애쓴다.

전설 속 보물선의 행방을 찾아 과거 여행에 나선 닥터와 친구들은 예기치 못한 오류로 19세기 중국의 어느 해변에 착륙한다. 가공할 만한 위력의 바다 악마가 깨어난 그곳에서, 그들은 지구를 구하려 분투한다.

오랜 숙적 마스터가 우주 종족들을 아우르는 거대한 음모와 함께 돌아오자, 닥터는 오랜 친구들과 손잡고 지구의 존재를 지키려 분투한다.

마스터의 일격으로 전부를 잃은 닥터는 자신의 존재를 되찾기 위해 애쓰고, 야즈와 닥터의 컴패니언들은 또 한 번의 작별을 준비한다.