Rose Tyler arbeitet in einem Warenhaus in London. Plötzlich werden die Schaufensterpuppen lebendig und bedrohen sie. Ein seltsamer Mann, der sich als 'der Doktor' vorstellt, taucht auf und rettet sie. Er reist mit einer Raum-Zeit-Maschine, die wie eine englische Telefonzelle aussieht und die er TARDIS nennt. Rose sucht im Internet nach dem mysteriösen Doktor. Sie findet heraus, dass er immer wieder bei wichtigen historischen Ereignissen erscheint...

Um Rose zu beeindrucken, reist der Doktor mit ihr mit der TARDIS 5 Milliarden Jahre in die Zukunft - zum Ende des Planeten Erde. Auf einer Raumstation trifft sich ein buntes Volk Aliens, die das Verglühen des Planeten, quasi als Touristenattraktion, feiern wollen. Doch irgendjemand unter den Gästen führt eine Teufelei im Schilde und bringt alle an Bord in tödliche Gefahr. Sind etwa die mysteriösen Anhänger des Ordens 'des sich selbst wiederholenden Meme' die Urheber?

Der Doktor und Rose kehren zurück ins London der Gegenwart, nur leider landet die TARDIS versehentlich ein Jahr zu spät. Rose galt zwischendurch als verschollen. Ihre Mutter ist in heller Aufregung, und ihr Freund Mickey wurde mehrfach von der Polizei verhört. Noch während Rose versucht, ihre aufgelöste Mutter und den misstrauischen Mickey zu beruhigen, stürzt ein Raumschiff mitten in London ab. Dann entdeckt der Doktor, dass der Pilot des Raumschiffes ein Hausschwein ist.

Der Doktor und Rose sind den Aliens in die Falle gegangen. Sie nennen sich 'Slitheen' und sind eine Art Familienunternehmen, das mit der atomaren Zerstörung von Planeten seinen Profit macht. Inzwischen haben sie die englische Regierung unterwandert, indem sie in die Häute wichtiger Regierungsmitglieder geschlüpft sind. Ihr Ziel ist es, von den Vereinten Nationen Zugriff auf die Codes zu kriegen, mit denen sie die Gewalt über die Nuklearwaffen erhalten.

Der Doktor bringt Rose zurück zum 7. November 1987, der Tag, an dem ihr Vater Pete bei einem Verkehrsunfall mit Fahrerflucht getötet wurde. Rose will den sterbenden Mann nur trösten, aber im Moment des Ereignisses entscheidet sie spontan, ihn zu retten. Mit dieser unüberlegten Aktion bringt sie die Zeitlinie in Unordnung - ein Zeitparadoxon droht. Fliegende Monster, quasi eine Art 'Gesundheitspolizei', tauchen auf, und beginnen den Planeten aufzufressen.

Die dunkle Bedrohung, die sich hinter den Spielemachern der "Gamestation" verbirgt, sind die Dalek. Sie sind wiederbelebt mit menschlichem Genmaterial vom letzten Überlebenden Dalek, der sich - wahnsinnig geworden - als göttliches Wesen begreift. Als der Doktor erkennt, dass er die Schlacht womöglich nicht gewinnen kann, schickt er Rose nach Hause. Es ist nämlich zu befürchten, dass das letzte Gefecht Dalek und Menschen gleichermaßen vernichten wird.

Die TARDIS bringt Rose und den von seiner Regeneration noch stark geschwächten Doctor zurück nach London zum Weihnachtsabend.

Jackie Tyler und Mickey Smith helfen Rose, sich um den erkrankten Timelord zu kümmern, während eine gerade gestartete Weltraumsonde der englischen Regierung die Aufmerksamkeit der kriegerischen Sycorax auf sich zieht. Premierministerin Harriet Jones und UNIT widersetzen sich erfolgreich den Außerirdischen, bis die Sycorax von ihrer Bluttechnologie Gebrauch machen, um die Kontrolle über ein Drittel der Erdbevölkerung zu übernehmen. Sie drohen diese 2 Milliarden Menschen zu töten, wenn sie nicht als die Herrscher über die Erde anerkannt werden...

Der Doctor und Rose reisen weit in die Zukunft zum Planeten "Neue Erde". In einem Krankenhaus eines Schwesterordens entdecken sie, dass hier unheilbare Krankheiten geheilt werden können. Welches Geheimnis hat die Schwesternschaft? Außerdem taucht Cassandra wieder auf und sie ist auf Rache aus.

Die Tardis wird in eine Parallelwelt entführt. Rose macht dort die Entdeckung, dass ihr Vater noch am Leben ist. Doch er hat keine Kinder, dafür aber einen Hund mit Namen Rose! Der Doctor kommt dem Rätsel auf die Spur: ein Industrieller namens Lumic will unsterbliche Menschen kreieren - die Cybermen! Dadurch ist ein alter Feind des Doctors im Begriff, in einer neuen und schrecklichen Form wiedergeboren zu werden.

Die Cybermen übernehmen die Kontrolle über London. Sie beginnen damit, Menschen in Cybermen zu verwandeln. Der Doctor, Rose und Mickey verbünden sich mit der Widerstandsbewegung. Ein Angriff auf die Cyberfactory ist ihre einzige Chance. Werden sie diese Schlacht überleben?

Elton scheint ein ganz normaler Mann zu sein. Doch er ist geradezu besessen von Doctor Who. Mit einer Gruppe Gleichgesinnter sucht er seit Jahren nach dem Doc. Auch der mysteriöse Victor gehört zur Gruppe. Durch Victor gerät das scheinbar harmlose Hobby in eine Welt voller lebender Albträume...

Hilflos muss der verwundete Doktor zusehen, wie Davros und seine Dalek ihren größenwahnsinnigen Zerstörungsplan weiter umsetzen. Seine letzte Hoffnung ruht auf der Geheimarmee seiner Gefährten. Sie planen, Davros höchstpersönlich anzugreifen, doch eine Prophezeiung verheißt, dass einer von ihnen dabei sterben wird.

Ein Plan, der vor langer Zeit in Gang gesetzt wurde, führt nun zur Wiederauferstehung des Masters, auch wenn diese nicht so abläuft wie ursprünglich gedacht, denn er schwebt danach in einem Stadium zwischen Leben und Tod. Um daraus zu entkommen, setzt er seine Hoffnung auf das Immortal Gate, eine außerirdische Maschine, die dem skrupellosen Joshua Naismith in die Hände gefallen ist.

Der Doctor wird derweilen von den Ood vor der Rückkehr des Masters gewarnt, doch der Doctor hat keine andere Wahl als seinem Erzfeind gegenüberzutreten. Dabei erhält er unerwartet Hilfe von Wilfred Mott. Dennoch scheint sich die Prophezeiung über des Doctors Tod langsam zu verwirklichen. Doch weder dem Doctor, noch dem Master ist dabei bewusst, dass das Immortal Gate eine noch viel größere Gefahr für Raum und Zeit darstellt, als ihr alter Kampf...