2119 yılında bir su altı üssünde uzun batık bir kentte askerî bir mürettebat kimliği belirsiz bir gemi bulur. Gemiyi incelerken içinde bembeyaz duvara oyulmuş gizemli sembollerle karşılaşırlar. Geminin motorlarından biri aktif edilince hangar alev alır. Grup oradan kaçar ama komutanları Moran öldürülür. Hangarı terk ettikten hemen sonra grup koridora gider. Arkalarını döndükleri an Moran'ı hayalet benzeri bir şekilde görürler. Sonra Moran'ın yanına gelen başka bir hayalet onlara saldırmaya hazırlanır.

Doktor ve Clara üç gün sonra üsse gittiklerinde üs terk edilmiş görünmektedir. Hayaletlerle karşılaşırlar. Ancak hayaletler bir şey yapmaz. Doktor ve Clara'yı gemiye yönlendirirler. Gemiyi incelerler ve aynı sembollerle karşılaşırlar. Kaybolan hayaletler tekrar ortaya çıkıp saldırmaya başlar ve onları Faraday kafesine kadar kovalar. Hayaletler bu kafesi geçemediğinden mürettebat üç gündür oradadır. Duyma engelli bir kadın olan Cass önderliğinde mürettebat daha önce olanları söyler ama neden böyle olduğu hakkında hiçbir fikirleri yoktur. Doktor ilk hayaletin Tivoli ("The God Complex") gezegeninden birine benzediğini ama onların normalde korkak ve her zaman teslim olduklarını söyler. Üs "gündüz" moduna geçer ve güvenli duruma geldiği için kafesten çıkarlar. Hayaletler, üs "gece" modunda olduğu zaman ortaya çıkmaktadır.

Doktor ilk başta onların hayalet olduğunu kabul etmez ama aklında başka fikir kalmadığı için onların hayalet olma fikrine ısınır, hatta heyecanlanır. Aniden üs erken olduğu hâlde "gece" moduna geçer. Üssün kontrolünü ele geçiren hayaletler istediği zaman bu modu değiştirebilmektedirler. Daha sonra kazanç peşinde olan ve yalnız kalan, operasyonun kurumsal temsilcisi Pritchard'ı öldürürler. O da hayalete dönüşür ve kalan mürettebat üyelerine saldırmaya çalışır. Mürettebattan biri olan O'Donnell, hayalet saldırmak üzereyken üssü "gündüz" moduna geçirir. Cass mürettebatın üssü terk etmesini ve burasının zaten tek bir rota olduğu için kurtarma denizaltısını aramak ister. Ancak onları aradığında zaten denizaltının yollandığı cevabını alır. Ancak hayaletler daha fazla insanı hayalete çevirmek için yanlış bir mesaj yollamıştır. Doktor bunu engellemek için gemiyi geri yollamalarını ister.

Telefona verdikleri cevabın ardından Doktor ve diğerleri kendilerini yem olarak kullanarak hayaletleri Faraday kafesinin içine sokarlar. Hayaletlerin ağzından belirli sözcüklerin çıktığını görürler. Cass hayaletlerin dudaklarını okuyarak aynı sözleri tekrar ettiklerini fark eder: "karanlık, kılıç, terk edilmiş, tapınak". Doktor bunların koordinat olduğunu anlar. Hayaletler aslında hayalete dönüştürdüğü kişileri bir verici olarak kullanarak bilinmeyen dünyadışı bir hedefe sinyal yollamaktadır. Böylece sinyalin gittikçe güçlenmesiyle daha çok kişiyi hayalete dönüştüreceklerdir. Koordinatlar sonunda su altı şehrindeki bir kilisenin içinde bulunan kilitli, tabuta benzeyen canlı tutma odasına ulaşmaktadır. Mürettebat uzaktan yayın kullanarak bir denizaltıyla o canlı tutma odasını oradan alırlar. Ama onu açamazlar. Daha sonra Doktor, geminin içindeki sembollerin koordinatların yazılı formda olduğunu ve yazıyı görenlerin sinirsel bir ağa katıldığını anlar. Hayaletler bunu kullanarak onları öldürüp hayalete dönüştürerek sinyali artırabilmektedir.

Doktor, canlı tutma odasının ne olduğunu ve sinyalin ne anlama geldiğini öğrenmek için geminin kaza yaptığı bu şehrin su altında kalmadan önceki zamana gitmeye karar verir. Daha sonra hayaletlerin üssün ayarlarıyla oynaması yüzünden üssü sel basmaya başlar. Grup, üs tamamen su altında kalmadan TARDIS'e kaçmaya çalışır. Ancak, kaçmaya çalışırlarken otomatik izolasyon kapıları yüzünden Doktor ve Clara'nın yolu ayrılır. Clara, Cass ve Cass'in çevirmeni Lunn ile üste kalmak zorundadır. TARDIS, hayaletler yüzünden Clara'nın yanına gelemiyordur. Doktor, onları çıkaracağının sözünü vererek O'Donnell ve Bennet ile TARDIS'e gider. Clara, Cass ve Lunn yemek salonunda onları beklemeye koyulur. Ama en son pencereden yeni bir hayalet görürler. Onun Doktor olduğunu anlarlar.

Bölüm Doktor'un ayakkabı bağı paradoksunu açıklamasıyla başlar. Açıklamasında kuramsal zaman gezgininin hayran olduğu Beethoven ile tanışmak için zamanda geri gitmeye karar verdiğini, ancak Beethoven'ın hiç var olmadığını keşfettiğini, sonra zaman gezgininin Beethoven'ın müziğini kendisi çalmaya karar verdiğini ve aslında gezginin Beethoven olduğunu söyler. O zaman Beethoven'ın 5. Senfoni'sini kimin bestelediğini sorar.

Doktor, ordudan Bennett ve O'Donnell ile 1980 yılına sel olmadan öncesine, uzay gemisinin indiği güne gider. Orada henüz ölmemiş Tivolili Prentis ile karşılaşırlar. Geminin duvarında yazının olmadığını görürler. Prentis, uzay gemisinin aslında Balıkçı Kral'ı taşıyan bir cenaze arabası olduğunu söyler. Gelecekteki su altı üssünde Clara, Cass ve Lunn Doktor'un hayaletinin koordinatların yerine kendi isimlerinin listesini söylediğini anlarlar. Doktor, Clara ile bağlantı kurar ve hayaletinin olduğunu öğrenir. Doktor geleceğiyle ilgili bu bilgiyi öğrenince sarsılır. Clara zorla Doktor'u olayları değiştirmeye teşvik etmeye çalışır. Ama Doktor, bunu yapamayacağını ve bunun değiştirilemeyeceğini, zamanı gelince ölmesi gerektiğini söyler. Hayaletinden bilgi almaya çalışır, ama hayalet Faraday kafesinin kilidini açarak hayaletleri serbest bırakır. 1980 yılında Balıkçı Kral hayattadır. Kelimeleri geminin duvarına yazar ve Prentis'i öldürür. Doktor'un grubunu tuzağa düşürmek için onları canlı tutma odasının olduğu yere sürükler.

O'Donnell, Bennett ve Doktor koşarken ayrılırlar ve O'Donnell, Balıkçı Kral tarafından öldürülür. Bennett, hayaletin mürettebatın adlarını ölüm sırasına göre söylediğini söyler ve Doktor'u O'Donnell'ın ölmesine izin vermesiyle suçlar. Ama sıra kendisine geldiğinde kendisi kurtarmaya çalışacağını söyler. Doktor, sıranın Clara'ya geldiğini ve o yüzden kendisini değil Clara'yı kurtarmaya çalışacağını söyler. Geleceğe dönmeye çalışır ama TARDIS oradan ayrılamaz, onun yerine geldikleri zamanın yarım saat öncesine gider. Doktor kendi zaman çizgisinde sıkışmıştır. Doktor ve Bennett önceki olanları izler ve müdahale etmezler. O'Donnell'ın hayaleti gelecekte Clara'nın Doktor ile kurabileceği tek iletişim kaynağı olan telefonunu çalar. Clara, Cass izin vermediği için Lunn'ın gemiye giremediğini ve oradaki yazıları görmediğini öğrenir. Mesajın Lunn'ın beyninde kodlanmadığı için hayaletlerin ona saldırmayacağını ve bu yüzden telefonu geri alması gerektiğini söyler. Cass, ilk başta gitmesini istemese de Lunn kafesten ayrılıe ve telefonun yerini bulur ama hayaletler onu tuzağa düşürür. Onu ana odaya kilitlerler. Lunn dönmeyince Clara, Cass'in onu aramasına eşlik etmeyi kabul eder.

Doktor, Bennett'i TARDIS'te bırakarak Balıkçı Kral'la yüzleşmeye gider. Balıkçı Kral, dönüştürdüğü hayaletlerin oluşturduğu sinyali kullanarak insanlarına mesaj yollayacağını ve o mesajla Dünya'yı işgal edecek bir donanma yollayacaklarını söyler. Ayrıca Doktor'un geleceği değiştirme isteksizliğiyle alay eder. Ama Doktor, ölenlerin ruhlarını kendi amaçları için kullandığı ve kuralları ihlal ettiği için onu cezalandırır. Doktor, Balıkçı Kral'ı yazıların silindiğini söyleyerek kandırır ve yaratık gemiye döner. Doktor'un onu kandırdığını anlar ama iş işten geçmiştir. Doktor, güç hücrelerinden birini (önceki bölümde eksik olan hücre) kullanarak baraj duvarını yok eder. Bennett hâlâ TARDIS'tedir. TARDIS'in güvenlik protokolü aktif olur ve TARDIS geleceğe döner. Balıkçı Kral, baraj duvarı yok olduğu için dökülen sele kapılır. Ama Doktor'un selden sonra nerede olduğu bilinmemektedir.

Clara ile ayrıldıktan sonra Moran'ın hayaletinden kıl payı kurtulan Cass, Clara ile tekrar bir araya gelip hangardaki Lunn'ın yanına giderler. Hayaletler de içeriye gelirken canlı tutma odası açılır ve içinden Doktor çıkar. Doktor, sonik gözlüklerini kullanır ve Balıkçı Kral'ın çağrısının sesi çıkar. Sesi takip eden hayaletleri Doktor'un hologramının olduğu Faraday kafesine çekerek tuzağa düşürür.

Doktor, sonik gözlüğünü kullanarak herkesin o sembollerle ilgili olan anılarını siler ve UNIT'in Faraday kafesini içindeki hayaletler beraber götüreceğini söyler. Clara, O'Donnell'ın ölümünden dolayı Bennett'i teselli etmeye çalışır. Bennett, Lunn'ı Cass'e aşkını itiraf etmesi için ikna eder. Doktor ve Clara oradan ayrılıp TARDIS'e giderler. Clara, Doktor'a hayaletinin hologramını nasıl yaptığını sorar. Doktor ayakkabı bağı paradoksunu anlatır.