Nell'Inghilterra vittoriana, la piccola Alice torna a casa dopo un periodo in cui era scomparsa e racconta di essere stata in un mondo incantato chiamato il Paese delle Meraviglie, ma non viene creduta dalla sua famiglia. Per tale motivo, viene portata in un manicomio per essere curata.

Alice vuole trovare l'ampolla: se lei esprime i desideri, Cyrus vi ritornerà dentro, e Will, diventato il nuovo padrone, permetterà che si incontrino.

Alice e Will non sanno capacitarsi del furto dell'ampolla, quando a lui viene l'idea di usare una corda magica, la Corda-che-mai-scorda, che può mostrare cosa è accaduto nel passato sul luogo verso cui si guarda. Will ricorda che ad averlo era il Brucaliffo, che si rivela un essere piuttosto scaltro e poco affidabile.

Jafar vuole eliminare il Fante dai suoi piani, così ordina alla Regina di occuparsene. In un momento in cui Alice e Will sono separati, in fuga da cacciatori di taglie mandati dal Brucaliffo, Will viene catturato dalla Regina.

La Regina Rossa vuole proteggersi dai poteri oscuri di Jafar, così stringe un accordo con Alice: se l'aiuta a procurarsi una polvere magica, lei l'aiuterà a trovare Cyrus. Alice, dapprima restia, accetta.

Cyrus è riuscito a fuggire dal palazzo di Jafar. Intanto Alice, scoperto il palazzo, si addentra prima nella Foresta Oscura, e poi nelle Piane Mestili, dove, inebriata dai fumi dei fiori magici, si dimentica dei suoi problemi. Il Fante, non più pietra, la raggiunge nella Piana, dove scopre un'Alice spensierata.

Jafar conduce il padre di Alice nel Paese delle Meraviglie. Alice e Will hanno raggiunto le basi del palazzo sospeso di Jafar.

Alice decide di andare a cercare Cyrus nella loro "casa" nelle Lande Desolate. Nel frattempo nel castello Pinco Panco, un servo della Regina, la tradisce consegnando l'ampolla a Jafar.

Will, ora il nuovo Genio della lampada, viene trovato da Liz, la ragazza brigante che aveva già aiutato Alice nella sua avventura, la quale ora ha tre desideri. Alice si sveglia nella tenda che Cyrus aveva costruito prima di essere separati e, pur non avendo ricordo di ciò che è successo nel campo, parte restia con Cyrus e la Regina alla ricerca di Will.

Alice, Cyrus, Anastasia e Will cercano un modo per poter spezzare la maledizione che ha trasformato Cyrus e i fratelli in geni, così da annullare il piano di Jafar.

Mentre Cyrus e Alice cercano di recuperare la sua bussola magica per trovare la madre di lui, Jafar comincia a richiamare il potere dei tre geni, però inutilmente.

Jafar ha conservato Anastasia in una teca, così da obbligare Will a realizzare il suo piano.

Cyrus e Amara sono arrivati al Pozzo; Jafar, giunto sul posto, la blocca prima che si consegni a Nyx, la custode del pozzo, e la uccide. Cyrus raccoglie l'acqua in cui la madre si è trasformata, e sta per riconsegnarla alla guardiana quando Jafar riesce a sottrargliela: lui l'ha presa a Nyx ora.