Bei einer Reihe brutaler Einbrüche kommen mehrere Menschen ums Leben. Die Polizei ist ratlos und weiß nur so viel, dass die Täter sehr gut informiert sein müssen, da sie dort zuschlagen, wo es viele Wertsachen zu stehlen gibt. Mithilfe eines Algorithmus findet Charlie eine Gemeinsamkeit der Taten heraus: die Handys der Opfer. Als die Räuber schließlich auch Autofahrer überfallen, wird klar, dass die Täter die GPS-Chips in den Handys benutzen, um ihre Opfer zu orten.

Auf ein Rekrutierungsbüro der US-Armee wird ein Bombenanschlag verübt, bei dem ein Mann ums Leben kommt. Zu diesem Anschlag bekennt sich die Gruppe Weather Underground. Ungewöhnlich ist daran, dass diese Gruppe das letzte Mal in den 70ern aktiv war. Don erhält Unterstützung von Larson, einem alten FBI-Agenten in Rente, der für diesen Fall reaktiviert wird. Schnell wird klar, dass der Fall deutlich komplizierter ist, als auf den ersten Blick gedacht.

Beim Absturz des Firmenjets der Firma Aeronomics kommen sämtliche Insassen ums Leben. Ein Forest Ranger, der den Absturz beobachtet, wird an der Absturzstelle mit einem Kopfschuss erschossen aufgefunden. Charlie stellt anhand der Ausdehnung des Trümmerfeldes fest, dass das Flugzeug schwerer gewesen sein muss, als es in den Ladelisten angegeben war.

Ben Blakely, ein Subunternehmer des FBI, stürmt das Gebäude, schießt Agent Devane nieder und nimmt David als Geisel. Das Team um Don Eppes gerät unter Druck. Die Nachforschungen ergeben, dass Agent Devane Blakely die Anweisung gab, einige Gegner des Gouverneurs zu beschatten. Diese wiederum entdeckten die Überwachung und ließen Blakely selbst bespitzeln. Er erhielt daraufhin keine Aufträge mehr und stand vor dem Ruin seiner Karriere – er musste einen Ausweg finden.

Drei Männern brechen in ein Haus ein und entführen einen Vater und dessen Tochter, einzig die jüngere Tochter kann fliehen. Später identifiziert das Mädchen zwei der Männer als Marines, die auch ihrem Verwandten Clay Porter nicht unbekannt sind. Er war mit einem der Kidnapper im Irak und hatte Wachdienst, als der einen Einheimischen zu Tode gefoltert hat, weil er ihm nicht das Versteck von Millionen von Dollar sagen wollte. Angeblich soll Porter den geheimen Ort kennen.

In einem Coffeeshop werden acht Menschen erschossen, unter anderem die beiden Polizisten Lowe und Alvarez. Wie sich herausstellt, haben die zwei einen Hollywoodproduzenten erpresst. Als Colby die Ex-Verlobte von Lowe verhört, fragt er sie nach dem Dossier, da auch ihr Leben auf dem Spiel steht. Erst als Lynn bei einem Sprengstoffanschlag fast ums Leben kommt, rückt sie das Dossier raus und Colby und sein Team kommen dahinter, wer der dritte Mann im Bunde war.

Bei einem Treffen der GEO, einer Organisation, die sich die Verbesserung der Welt als Aufgabe gestellt hat, geht eine Bombe hoch. Als das Gebäude evakuiert ist und das FBI mit den Ermittlungen beginnt, explodieren weitere Sprengsätze. Nach einigen Nachforschungen stellt Don fest, dass ihn McGill, ein Aktivist gegen die GEO, auf die richtige Fährte bringen kann. Und schon bald erfährt das Team, worum es bei der Sprengung wirklich ging.

Charlie hat die Verletzung seines Bruders noch nicht überwunden. Um sich abzulenken, stürzt er sich in die Arbeit. Er vermutet in ungeklärten Mordfällen ein Muster und versucht, das FBI zu überzeugen, dass es sich dabei um einen besonders gerissenen Serienkiller handelt. Robert Posdner, der mittlerweile Mitte 50 ist, treibt seit fast vier Jahrzehnten in drei Gebieten der USA sein Unwesen. Bisher konnte Posdner nichts nachgewiesen werden – doch Charlie hat eine Idee.

In einer mit Trockenmittel gefüllten Kiste wird eine vertrocknete Leiche entdeckt. Genau dieses Szenarium wird mit dem Film ‚Bixel Street‘, der demnächst im Kino anlaufen soll, auf die Leinwand gebracht. Das FBI beginnt, in der Filmbranche zu ermitteln. Bei dem Opfer handelt es sich um Brett Fuller, einem B-Movie-Produzenten, der ursprünglich als Produzent für ‚Bixel Street‘ vorgesehen war. Schon bald werden weitere Morde verübt, die ebenfalls in dem Streifen zu finden sind.

Ian Edgerton verfolgt den Drogenboss Salazar, der aus dem Gefängnis einen Heroinring leitet. Edgerton wird wegen Mordverdacht verhaftet, doch ihm gelingt die Flucht. Er nimmt Colby als Geisel und versteckt sich innerhalb des Gebäudes. Seine Forderung: Charlie soll ihm helfen, den ehemaligen Buchhalter Salazars, Felipe Garcia, zu finden. Garcia ist vor zwei Wochen ausgebrochen, aber Edgerton vermutet, dass er sich noch unter den 6.000 Häftlingen im Gefängnis aufhält.