Data Stellare 46379.1: Bajor, un pianeta in una zona di secondaria importanza, è stato sottratto dal dominio cardassiano dopo cinquanta anni di occupazione. Il Comandante della Flotta Stellare Benjamin Sisko si appresta ad assumere il comando della ex stazione spaziale cardassiana Terok Nor, ribattezzata Deep Space Nine, nei pressi del pianeta, insieme al Maggiore Kira Nerys, che rappresenta il governo provvisorio bajoriano. Apparentemente, l'importanza strategica della stazione è trascurabile, ma ben presto si mettono in moto alcuni avvenimenti che potrebbero trasformare Deep Space Nine in un luogo di straordinaria importanza per tutto il settore.

Data Stellare 46379.1: Bajor, un pianeta in una zona di secondaria importanza, è stato sottratto dal dominio cardassiano dopo cinquanta anni di occupazione. Il Comandante della Flotta Stellare Benjamin Sisko si appresta ad assumere il comando della ex stazione spaziale cardassiana Terok Nor, ribattezzata Deep Space Nine, nei pressi del pianeta, insieme al Maggiore Kira Nerys, che rappresenta il governo provvisorio bajoriano. Apparentemente, l'importanza strategica della stazione è trascurabile, ma ben presto si mettono in moto alcuni avvenimenti che potrebbero trasformare Deep Space Nine in un luogo di straordinaria importanza per tutto il settore.

Nei pressi di Deep Space Nine arriva una nave inseguita dai cardassiani, il cui pilota viene salvato in extremis: si tratta di Tahna Los, un ex terrorista (o patriota, a seconda dei punti di vista) bajoriano, vecchia conoscenza di Kira.

Un vecchio avversario di Odo arriva su Deep Space Nine e, poco tempo dopo, successivamente ad una lite con lo stesso Odo, viene trovato ucciso. Gli abitanti bajoriani della stazione vorrebbero farsi giustizia da soli, ma la realtà è assai più complessa.

Deep Space Nine sta lentamente tornando all'efficienza, anche grazie al continuo lavoro di riparazione effettuato da O'Brien e dai suoi tecnici. Ma è proprio uno di questi interventi ad attivare inavvertitamente un pericolosissimo dispositivo di guerra batteriologica che era stato installato sui replicatori alimentari della stazione dai bajoriani durante l'occupazione cardassiana.

Il primo visitatore dal quadrante Gamma arriva a Deep Space Nine su una nave gravemente danneggiata. Si tratta però di un visitatore molto speciale, che sembra assai sospettoso, non fornisce molti dettagli su di sé ed ha tutta l'aria di essere inseguito da qualcuno.

Ritornando dal quadrante Gamma, Jadzia Dax riporta con sé Vash, che dispone di una serie di manufatti raccolti nelle sue esplorazioni e trova subito in Quark un volenteroso socio, pronto ad organizzare quanto necessario per fare ottimi affari. Ma Vash non è sola, con lei c'è anche Q, pronto a dare grattacapi e mettere in allarme lo staff di comando di Deep Space Nine.

Dax è sotto accusa per un crimine che avrebbe commesso il suo ospite precedente, Curzon Dax. Mentre Odo indaga, Dax viene giudicata colpevole.

Bashir e Kira scoprono su una nave gravemente danneggiata un criminale alieno morente. Quando il criminale muore, tutti sono convinti della sua morte, tranne l'alieno che l'ha catturato.

Gli ufficiali superiori di Deep Space Nine sono in alta uniforme: sulla stazione sta per arrivare la prima delegazione di una civiltà scoperta da una nave vulcaniana nel quadrante Gamma, i Wadi. Gli alieni, però, sembrano non essere affatto interessati alle procedure diplomatiche e la prima cosa che chiedono è di venir portati da Quark per giocare d'azzardo.

Quark ospita il Grande Nagus dei Ferengi, Zek, capitato su Deep Space Nine per trattare un importante affare. Prima di occuparsi dei suoi soldi, però, Zek vuole provare alcuni dei programmi delle holosuite di Quark. Nel frattempo, però, il barista si preoccupa del suo bar: se il suo istinto non lo inganna, il Nagus è lì per costringerlo a vendere il suo locale.

Croden, un umanoide di Rakhar, ha attirato l'attenzione di Odo. Il capo della sicurezza di Deep Space Nine non si fida degli sconosciuti, ma ancor meno si fida di Quark e decide quindi di indagare per vedere se il barista della Passeggiata ha qualche affare in ballo con due Miradorn appena giunti sulla stazione che sono stati invitati a bere un drink proprio da Quark. Durante le trattative per la vendita di un artefatto molto prezioso, Croden si fa vivo minacciando i Miradorn e Quark con un'arma, pretendendo la consegna dell'oggetto. Odo interviene nella rissa che segue, ma non riesce ad impedire che un colpo sparato dallo sconosciuto uccida uno dei due Miradorn.

Kai Opaka, venuta su DS9, chiede di visitare il Tempio Celeste e il quadrante Gamma. Purtroppo, una richiesta di salvataggio da un pianeta condannerà la vita della Kai.

O'Brien accompagna il Dottor Bashir su Bajor, dove dovrà soccorrere l'anziano Sirah di un villaggio, un capo carismatico con il potere di sconfiggere un'entità maligna che attacca la sua gente per cinque notti ogni anno. Quella che verrà sarà la quarta notte e se il Sirah non potrà intervenire, l'intero villaggio sarà condannato. Anche se debole, il Sirah riesce a far fronte alla minaccia, che si presenta sotto forma di una densa nuvola capace di ricoprire in poco tempo tutto il villaggio. Rivolto al cielo, il Sirah racconta con enfasi del coraggio del suo popolo e a poco a poco la nuvola si ritrae. Ma l'esperienza lo ha sfinito e quando torna nei suoi alloggi cade in uno stato di incoscienza. Poco prima di morire il Sirah riprende conoscenza e designa il Capo O'Brien come suo successore...

Una luna di Bajor, colonizzata durante il dominio cardassiano, deve ora essere evacuata perché ne venga estratto il nucleo, destinato alla produzione di energia, ma il Maggiore Kira si trova a combattere con un vecchio orgoglioso e ostinato, Mullibok, che non vuole abbandonare la sua casa. Mullibok si è stabilito su quella luna anni prima, dopo essere riuscito a sfuggire ai Cardassiani. Insieme ai suoi amici Baltrim e Keena si è costruito una casa, ha coltivato la terra e ha ritrovato un'esistenza semplice, ma dignitosa...

Miles O'Brien sta raccontando una favola alla sua piccola, quando il protagonista della fiaba, lo gnomo Rumplestiltskin, prende vita proprio vicino al letto della bambina, Jake sta giocando a baseball in una delle saleologrammi quando decide di interrompere il programma perché ha fame e viene seguito da uno dei giocatori olografici, che ha fame anche lui. Anche i desideri di Bashir prendono vita sotto forma di una Jadzia Dax perdutamente innamorata di lui. La causa di tutto questo si trova forse nello spazio intorno a Deep Space Nine: una frattura subspaziale che si sta allargando minaccia di inghiottire la stazione e l'intero sistema bajoriano.

Alcuni ambasciatori della Federazione sono in visita su Deep Space Nine e Sisko affida al Dottor Bashir il compito di seguirli e soddisfare le loro richieste. Fra i diplomatici vi è anche Lwaxana Troi, ambasciatrice di Betazed che, dopo essere stata difesa da Odo al bar di Quark, lo ricopre di attenzioni. Il pudico mutaforma non si trova a suo agio con l'esuberante Betazoide e cerca di evitarla in ogni modo, ma la donna non gli dà tregua. Improvvisamente sulla stazione si scatena una raffica di guasti senza spiegazione che mettono in pericolo gli ambasciatori affidati a Bashir e bloccano Odo e Lwaxana Troi in un turboascensore...

Per ragioni sconosciute, una nave klingon esplode a poca distanza da DS9. Uno dei suoi occupanti viene trasportato in infermeria e muore subito dopo avere pronunciato la parola "vittoria". Dax e O'Brien si imbarcano su una navetta per cercare di scoprire le cause dell'esplosione. Da quel momento l'ordine e la disciplina vengono a poco a poco turbati, fino a degenerare in un vero e proprio tentativo di ammutinamento da parte del Maggiore Kira Nerys..

Quando un vascello chiede di far sbarcare un passeggero affetto da Kalla-Nohra, Kira è molto emozionata. Gli unici casi di questa rara malattia si erano verificati in un campo di lavoro cardassiano e il malato non può essere che un ex prigioniero bajoriano. Con sua grande sorpresa, scopre che si tratta invece di un Cardassiano. Se ha contratto la Kalla-Nohra, non poteva che essere uno dei guardiani del campo di lavoro e Kira è ben decisa a vederlo finalmente punito per i suoi crimini di guerra. Le indagini però rivelano che il Cardassiano Marritza era soltanto un innocuo e pavido archivista...

Su Deep Space Nine è giunta in visita Vedek Winn, uno dei leader spirituali di Bajor, probabile candidata a diventare la prossima Kai. La prima tappa della visita di Winn è la scuola in cui insegna la moglie di O'Brien, Keiko. La lezione è incentrata sul tunnel spaziale scoperto vicino Bajor, che è spiegato come fenomeno artificiale, diverso dai consueti tunnel spaziale. Vedek Winn puntualizza che il tunnel spaziale non è un fenomeno fisico, ma il Tempio Celeste dei Profeti. Keiko obbietta che quella scuola non vuole sostituire i leader spirituali e quindi il suo compito è attenersi ai fatti, ma Winn si sente ormai oltraggiata e minaccia di chiudere la scuola se Keiko non sarà allontanata per aver professato delle blasfemie.

Kira scopre casualmente che Li Nalas, eroe della resistenza bajoriana, è ancora vivo e si trova prigioniero in un campo di lavoro cardassiano. Sotto la guida di una persona tanto carismatica, Bajor potrebbe dimenticare le dispute e ritrovare finalmente la stabilità e la pace. Sisko è scettico, ma quando Odo gli mostra i graffiti che stanno comparendo sui muri della base e che rappresentano un cerchio, rivede la sua posizione. Il "Cerchio" infatti è una fazione di estremisti bajoriani che vorrebbero estromettere gli stranieri dal pianeta e ora anche da Deep Space Nine. Il comandante affida una navetta a O'Brien e Kira, cui raggiungere il campo di lavoro cardassiano e tentare di liberare Li Nalas...

Le azioni del "Cerchio" sono sempre più violente. Il Ministro Jaro richiama Kira Nerys sul pianeta e quando il Comandante Sisko protesta vigorosamente, replica che si tratta in realtà di una promozione e che lascerà sulla base l'eroe nazionale Li Nalas per sostituire il maggiore. Su Deep Space Nine i segni di insofferenza verso chiunque non sia bajoriano e verso il debole governo provvisorio si moltiplicano, tanto che la Flotta Stellare rischia di trovarsi coinvolta in una guerra civile. Intanto, sul pianeta, Kira accetta l'invito del Vedek Bareil a trascorrere qualche tempo nel monastero...

In seguito all'ultimatum dei militari bajoriani, Deep Space Nine viene evacuata. Mentre i civili vengono imbarcati su navette e messi in salvo, Sisko e i suoi ufficiali decidono di rimanere nascosti sulla base per affrontare i ribelli. Nel frattempo Dax e Kira tentano di raggiungere la sede del governo su Bajor per dimostrare che dietro alla violenta rivolta si nascondono in realtà i Cardassiani...

A causa di una tempesta di plasma, solo il personale indispensabile è rimasto sulla base stellare. L'equipaggio di un'astronave in difficoltà composto da due Klingon, una donna umanoide e un Trill viene tratto in salvo, ma le intenzioni dei nuovi arrivati non sono pacifiche. Il Trill, Verad, sostiene di avere trascorso tutta la sua vita preparandosi per accogliere un simbionte, ma di essere stato dichiarato non idoneo. Vuole impossessarsi del simbionte Dax e fuggire nel Quadrante Gamma attraverso il tunnel spaziale...

Quando si ritirarono da Bajor, i Cardassiani abbandonarono i loro orfani sul pianeta. Uno di questi, cresciuto da una famiglia bajoriana, arriva su Deep Space Nine in compagnia del suo padre adottivo. Il giovane aggredisce Garak, il sarto cardassiano che vive sulla base stellare. Gul Dukat si fa vivo non appena viene a sapere dell'incidente ed esige che Sisko svolga delle indagini. Il padre adottivo del ragazzo dichiara di amarlo come fosse suo figlio, ma non ha mai voluto nascondergli le atrocità perpetrate dai Cardassiani nei confronti dei Bajoriani. Mentre viene decisa la sua sorte e quella degli orfani cardassiani ancora su Bajor, il giovane viene affidato a O'Brien e Keiko...

Melora è un ufficiale della Flotta Stellare originaria di un pianeta a bassa gravità. Per riuscire a muoversi su Deep Space Nine è costretta a servirsi di una sedia a rotelle, messa a punto apposta per lei dal Dottor Bashir. Melora non accetta l'aiuto di nessuno, ostinatamente decisa a cavarsela sempre da sola, ma apprezza molto lo speciale alloggio preparatole da Bashir, che le permette di regolare la gravità. Per ringraziarlo accetta di cenare con lui e dopo la piacevole serata è subito chiaro che fra i due sta nascendo qualcosa di più di una semplice amicizia...

Il Grande Nagus torna su Deep Space Nine per proporre a Quark un affare commerciale da trattare nel Quadrante Gamma. È giunta l'ora per i Ferengi di farsi conoscere anche dall'altro lato del tunnel spaziale. Intanto Rom, il fratello di Quark, ha assunto un nuovo cameriere, un giovane ferengi di nome Pel, così accorto, preparato e ambizioso da indurre Quark a portarlo con sé in questa speciale missione. Se Quark sapesse che i lobi di Pel non sono altro che protesi e che si tratta di una femmina travestita, ne sarebbe sconvolto e scandalizzato. Infatti, secondo la legge ferengi, alle femmine non solo è proibito trattare affari, ma non possono neppure indossare abiti...

Quark viene incaricato da Pallra, una ricca vedova bajoriana, di prelevare una valigetta nascosta dietro a un pannello su Deep Space Nine. Il Ferenghi riesce nel suo intento, ma viene gravemente ferito da un misterioso individuo che fugge con la refurtiva. Per fare luce sull'intricata vicenda, Odo dovrà risalire con la memoria a quando, cinque anni prima, la stazione era in mano ai Cardassiani e il marito di Pallra venne assassinato. Per ordine di Dukat era stato proprio Odo a occuparsi delle indagini..

Sisko incontra sulla passeggiata una donna di nome Fenna e ne resta folgorato. Ma così come è arrivata, la donna svanisce senza lasciare tracce. I doveri di comandante della base impongono a Sisko di delegare le ricerche a Odo, mentre lui accompagna Dax e Bashir a conoscere il Professor Seyetik a bordo del vascello Prometeus. Il presuntuoso scienziato annoia a morte gli ufficiali, vantandosi della sua abilità nel riportare la vita su pianeti morti. Quando Seyetik presenta a Sisko sua moglie Nidell, il comandante non riesce a credere ai suoi occhi: si tratta della donna che lui ha conosciuto come Fenna...

Quattro profughi provenienti dal Quadrante Gamma approdano su Deep Space Nine. All'inizio sembra impossibile riuscire a comunicare con loro perché il traduttore universale non riesce a codificare il loro linguaggio, ma dopo un po' di tempo il capo dei quattro, una donna di nome Haneek, riesce a raccontare la triste storia della sua gente. Sfuggiti a un passato di guerre e dominazioni, ora cercano un luogo dove vivere in pace. Bajor corrisponde perfettamente alla descrizione della terra promessa indicata dalle loro scritture sacre...

Martus è un El Auriano che sfrutta ignobilmente la sua natura di paziente ascoltatore per truffare il prossimo. Venuto in possesso di un accattivante gioco d'azzardo, riesce a convincere una bella vedova a finanziarlo e apre un locale proprio di fronte al bar di Quark. A nulla valgono le proteste del Ferengi e in poco tempo Martus gli porterà via le ragazze Dabo, la clientela e addirittura Rom...

Odo riceve l'inaspettata e non molto gradita visita del Dottor Mora Pol, lo scienziato che al tempo del suo ritrovamento gli insegnò a comprendere il comportamento degli umani e a imitarne le sembianze. Il dottore convince Odo a seguirlo su un pianeta all'altro lato del tunnel spaziale, dove sono state trovate tracce di DNA molto simile a quello di Odo. Raggiunto il pianeta, la spedizione esplora alcune antiche rovine, finché viene rinvenuta una forma di vita che potrebbe essere un mutaforma...

Il Dottor Bashir e il Capo O'Brien hanno il compito di disinnescare una micidiale arma genetica per suggellare la pace tra due civiltà in guerra da secoli. A missione compiuta però una delle due fazioni rompe la tregua e uccide tutti gli scienziati impegnati nel disarmo. I due ufficiali della Flotta riescono a salvarsi per miracolo, ma gli ambasciatori delle due civiltà comunicano al Comandante Sisko che i due ufficiali sono rimasti uccisi per una svista commessa da O'Brien. Mentre sulla base tutti piangono la loro morte, Bashir e O'Brien riescono a teletrasportarsi su una base militare in disuso e cercano di riparare le apparecchiature per comunicare con Deep Space Nine...

Di ritorno su Deep Space Nine dopo una breve assenza, Miles O'Brien stenta a riconoscere i suoi compagni di lavoro. Sua moglie Keiko è cordiale, ma stranamente distante, cerca in tutti i modi di tenerlo lontano da Molly e si incontra segretamente con Sisko. Tutti i compiti più importanti sono stati assegnati ad altri e Sisko gli chiede di revisionare i piloni superiori, un lavoro di routine che O'Brien aveva già svolto prima di partire...

Durante una missione di routine, Sisko e O'Brien notano la presenza di un insediamento umano su un pianeta sperduto. Decisi a saperne di più, i due ufficiali si teletrasportano sulla superficie, dove incontrano un'efficientissima comunità composta dai superstiti di una nave stellare della Federazione scomparsa nel nulla dieci anni prima. Il capo della comunità, una donna volitiva di nome Alixus, spiega a Sisko e a O'Brien che sul pianeta la tecnologia non può funzionare e che quindi anche loro non potranno più mai più fare ritorno su Deep Space Nine...

Odo e Dax giungono su un pianeta del Quadrante Gamma creduto disabitato e trovano un insediamento umano. Vengono arrestati da Colyus, il protettore della colonia, con l'accusa di essere responsabili della sparizione di ventidue persone. Dopo avere provato la loro innocenza, Odo e Dax offrono il loro aiuto per fare luce sulle scomparse e Colyus li conduce da Rurigan, un uomo anziano la cui figlia è stata l'ultima persona a sparire. Testimone della scomparsa è la nipotina Taya, una bambina timida che, dopo un'iniziale diffidenza, si confida con Odo...

Arjin è un giovane Trill che aspira a diventare ospite di un simbionte e Jadzia Dax ha il delicato compito di valutare l'attitudine del ragazzo a compiere questo difficile passo. Ricordando quanto è stato difficile superare le aspettative di Curzon, Jadzia è decisa a dimostrarsi amichevole e ben disposta. Arjin, che si aspettava un giudice inflessibile e severo, non riesce a credere che un Trill già unito al suo simbionte si comporti con tanta leggerezza, giocando d'azzardo con i Ferengi e familiarizzando con il cuoco klingon...

Tre Cardassiani sfuggiti a un attacco da parte delle autorità del loro pianeta chiedono asilo su Deep Space Nine. Fra queste persone, Quark riconosce Natima, una donna con cui condivise una grande storia d'amore. Il Ferengi tenta ogni strada per riconquistarla, arrivando a prometterle di abbandonare tutto per seguirla, ma lei sembra non volerne più sapere. Senza farsi notare, Garak osserva nell'ombra...

L'arrivo di tre anziani Klingon getta la base nello scompiglio. I guerrieri sono giunti su Deep Space Nine alla ricerca di Dax e con loro grande meraviglia scoprono, al posto di Curzon, la bella e giovane Jadzia. Molti anni prima Curzon strinse un patto di sangue con i tre Klingon, giurò di uccidere il responsabile della morte dei loro figli primogeniti e ora Jadzia vuole tenere fede all'impegno preso dal precedente ospite del suo simbionte...

Una nave cardassiana in partenza da Deep Space Nine esplode all'improvviso. Esclusa l'ipotesi di un incidente, si affaccia l'eventualità di un attentato e le indagini conducono ad alcuni ribelli che abitano nella zona smilitarizzata. Grazie al trattato di pace, i coloni si sono ritrovati improvvisamente ad abitare un territorio cardassiano e non si sentono più protetti dalla Federazione. Secondo il Tenente Comandante Cal Hudson, un vecchio amico di Sisko, i coloni si stanno organizzando in una formazione armata e clandestina chiamata Maquis, per cacciare i Cardassiani...

I Maquis si dichiarano estranei all'attentato che ha distrutto l'astronave cardassiana su Deep Space Nine, ma rivendicano il rapimento di Gul Dukat. Hudson è ancora convinto che il suo vecchio amico Sisko non oserà procedere contro di lui, ma il comandante di Deep Space Nine è assolutamente deciso a far rispettare il trattato fra la Federazione e l'Impero Cardassiano...

Garak, il sarto cardassiano che lavora su Deep Space Nine, viene colpito da improvvise e violente emicranie. Il Dottor Bashir scopre che all'interno del cervello di Garak è stato impiantato un chip capace di scaricare nel suo corpo delle grandi quantità di endorfine. Questo impianto poteva risultare utile in caso di interrogatori, aiutando a sopportare le torture, ma ora si è guastato ed è necessario rimuoverlo al più presto...

Kira e Bashir stanno tornando da una missione, ma quando arrivano all'uscita del tunnel spaziale scoprono di trovarsi in un universo parallelo, dove il pianeta Bajor è alleato con i Cardassiani e con l'Impero Klingon. Gli uomini del disciolto Impero Terrestre sono costretti a lavorare come schiavi e una Kira Nerys ambiziosa e crudele comanda la base spaziale. Sembra che tutto questo sia dovuto all'interferenza avvenuta anni prima da parte di un certo Capitano James Kirk...

Su Bajor è il momento di eleggere il successore della compianta Kai Opaka. Il favorito è Vedek Bareil, che era stato prescelto personalmente dalla vecchia Kai, ma l'ambiziosa Vedek Winn sostiene che Bareil nasconde un grave atto criminoso, commesso durante l'occupazione cardassiana. Kira, che è sicura dell'innocenza del suo amante, indaga per scagionarlo e scopre che la chiave di tutto è un atroce massacro in cui persero la vita 43 Bajoriani della resistenza, compreso il figlio di Kai Opaka. Qualcuno aveva informato i Cardassiani del nascondiglio dei combattenti e Winn è convinta che sia stato Bareil...

Il Capo O'Brien ottiene una licenza ed è deciso a trascorrere una vacanza di tutto riposo con Keiko. Poco dopo la loro partenza da Deep Space Nine, la navetta viene fermata da una nave cardassiana e O'Brien viene arrestato e condotto a forza su Cardassia senza sapere di quali crimini è accusato. Per fortuna Odo, che servì sotto i Cardassiani durante l'occupazione, è qualificato come Nestore, una specie di consigliere, e in questa veste è autorizzato a fare visita a O'Brien e ad assistere il suo difensore durante il processo...

Sisko sperava di effettuare una bella gita con suo figlio nel Quadrante Gamma, ma Jake invita il suo amico Nog. Lo zio Quark vuole assolutamente seguire il nipote e così questa male assortita compagnia si accampa su un pianeta deserto dall'altra parte del tunnel spaziale. I ragazzi si allontanano nei boschi e Sisko e Quark vengono catturati da esseri che dichiarano di essere dei Jem'Hadar. Prigioniera con loro, c'è una donna di nome Eris che spiega che gli spietati Jem'Hadar sono incaricati dal Dominio di fare rispettare la legge nel Quadrante Gamma...

Tutte le potenze del Quadrante Alfa concordano nel considerare molto serie le minacce del Dominio. Kira è preoccupata perché le difese della base Deep Space Nine non sono state concepite per resistere a un attacco prolungato. Al Comandante Benjamin Sisko viene affidata la nave stellare sperimentale Defiant, che la Flotta aveva concepito per combattere i Borg. Gli ordini sono di recarsi nel Quadrante Gamma, trovare i Fondatori e gettare le basi per una pace duratura. Se questo non fosse possibile, la Defiant, con i suoi pesanti armamenti, potrà dare una dimostrazione della determinazione della Flotta Stellare a difendere la base e l'intero Quadrante Alfa...

Odo viene accolto con gioia dai suoi simili e un rappresentante dei mutaforma lo invita a sperimentare nuove forme per avvicinarsi al Grande Legame che unisce i cambianti. La presenza di Kira invece non è troppo gradita: la Bajoriana viene guardata con sospetto, in quanto forma di vita solida. Intanto su Deep Space Nine sono in corso le transazioni per stipulare un trattato di pace fra la Federazione, le altre potenze del Quadrante Alfa e il Dominio. Inesplicabilmente i Romulani sono stati esclusi da ogni trattativa e quando Sisko protesta presso l'Ammiraglio Nechayev, viene sbrigativamente messo a tacere con argomenti poco convincenti...

Da quando i Fondatori sono diventati una minaccia reale, la stazione è poco frequentata e gli affari di Quark ristagnano. L'unico cliente rimasto nel locale è Kozak, un Klingon ubriacone e violento che si rifiuta di pagare. Quando un esasperato Quark gli ordina di saldare il conto, il Klingon estrae un coltello, ma è troppo ubriaco e finisce per cadere sopra l'arma, morendo sul colpo. Grilka, la bellicosa vedova di Kozak, costringe Quark a seguirla su Qo'noS e a sposarla, secondo le usanze del suo popolo...

Durante una cena informale nell'alloggio del comandante, Jadzia Dax si mostra astiosa e insofferente nei confronti di tutti gli invitati. È soltanto l'inizio di una serie di disturbi che la porteranno a perdere il controllo e a vivere orribili allucinazioni. Il Dottor Bashir non riesce a fare nulla per lei, salvo constatare che i livelli del neurotrasmettitore che consente al simbionte e all'ospite di comunicare, sono molto bassi. Insieme a Sisko, la accompagna fino al pianeta dei Trill, dove viene scoperto che Jadzia sta sperimentando i ricordi di Joran Belar, un precedente ospite di Dax...

Il Maggiore Kira scopre il suo nome sul registro di una prigione cardassiana, ma lei non ricorda assolutamente nulla di questa sua presunta incarcerazione. L'idea di un errore burocratico sfuma di fronte alla testimonianza di un Bajoriano che giura di ricordarsi di lei come sua compagna di prigionia. Decisa a vederci chiaro, Kira parte con una navetta, diretta a Bajor, ma lungo il tragitto viene narcotizzata e rapita. Al risveglio, un anziano Cardassiano le porge il bentornato e guardandosi allo specchio Kira scopre con orrore che il suo volto è quello di una Cardassiana...

Su un relitto che proviene dal Quadrante Gamma e che Quark ha da poco acquistato viene rinvenuta una camera di stasi contenente un bambino umanoide nato da pochi giorni. Il Dottor Bashir se ne prende cura, scoprendo nel trovatello un metabolismo molto accelerato, tanto che in poche ore il neonato raggiunge lo sviluppo di un bambino di otto anni. Ma non è l'unica sorpresa: il nuovo arrivato è un ingestibile Jem'Hadar, che come tutti i suoi simili è stato creato in laboratorio con un unico scopo: combattere...

Il Capo Miles O'Brien, assistito da Sisko e da suo figlio Jake, lavora al disarmo di una vecchia raffineria cardassiana su Deep Space Nine. Inavvertitamente avvia una procedura anti-sommossa, concepita per frenare eventuali ribellioni da parte dei lavoratori bajoriani. I tre rimangono intrappolati e dagli altoparlanti si scatena la voce di Gul Dukat che intima ai ribelli di arrendersi, o l'intera area sarà saturata con un gas mortale. Nessuno riesce a bloccare il dispositivo. L'unica soluzione è contattare Gul Dukat per annullare l'ordine...

A bordo della USS Defiant, l'equipaggio avvista un pianeta che sembra comparire dal nulla. I cordiali abitanti si annunciano amici e invitano la squadra a pranzare con loro. Durante la festa, la rappresentante della comunità spiega che il piccolo paradiso in cui vivono si sposta periodicamente da una dimensione incorporea a una materiale, insieme a coloro che lo abitano. Il pianeta Meridian è perciò visibile per un tempo limitato, soltanto dodici giorni, e quindi tornerà nell'altra dimensione, per rimanerci per ben ottant'anni...

Il Dottor Bashir ordina a Kira una giornata di assoluto riposo. L'arrivo del Comandante William Riker, proveniente dall'Enterprise, fornisce al maggiore l'occasione di seguire i consigli del medico, accompagnando Riker in una visita guidata della base, cominciando dalla nave stellare Defiant, fonte di orgoglio per tutti gli ufficiali della stazione. Riker si mostra doverosamente colpito, ma poco dopo stordisce Kira con un phaser e convince Sisko di doversi allontanare da Deep Space Nine perché la Defiant rischia di esplodere...

Il pianeta Bajor celebra la Festa della Gratitudine e anche su Deep Space Nine fervono i preparativi per questa ricorrenza. Keiko e Molly tornano dopo due mesi ad abbracciare Miles O'Brien, ma la loro non è l'unica visita importante: in qualità di ambasciatrice di Betazed, torna sulla stazione l'imprevedibile e affascinante Lwaxana Troi che non vede l'ora di riabbracciare il suo caro amico Odo. Poco dopo l'inizio della festa, Lwaxana viene colpita da un violento mal di testa e, nello stesso momento, anche Vedek Bareil e Jake Sisko subiscono la stessa dolorosa esperienza...

Gli ufficiali di Deep Space Nine sono sulla Defiant e si dirigono verso la Terra per stilare un rapporto sulla difficile situazione nel Quadrante Gamma. Durante il teletrasporto si verifica un'anomalia che spedisce Sisko, Bashir e Jadzia indietro nel tempo, nella San Francisco del XXI secolo. Mentre i primi due vengono scambiati per dei vagabondi e accompagnati dalla polizia nella zona riservata ai senzatetto, Jadzia viene soccorsa da Chris Brynner, un miliardario che le procura i documenti necessari a vivere nel 2024...

Per rimediare al cambiamento nella linea temporale causato dal loro arrivo nel passato, Sisko e Bashir devono non soltanto partecipare alla rivolta dell'asilo distrettuale in cui si trovano, ma esserne protagonisti. Sisko si sente in dovere di sostituire Gabriel Bell, l'uomo chiave della rivolta che è morto per salvargli la vita, anche se Bashir gli ricorda che Bell morì durante lo scontro. Dax intanto cerca in tutti i modi di rintracciarli, mentre Kira e Miles O'Brien ricostruiscono l'incidente e si teletrasportano in differenti epoche terrestri nella speranza di ritrovare i loro colleghi...

Una nave bajoriana attracca su Deep Space Nine. A causa di un incidente, i condotti di plasma saltano e solo grazie al tempestivo intervento degli uomini della sicurezza Kai Winn viene tratta in salvo, praticamente incolume. Vedek Bareil invece è gravemente ferito. I due eminenti Bajoriani dovevano intraprendere delle trattative di pace segrete con i Cardassiani. Il Dottor Bashir tenta il tutto per tutto e riesce a rianimare Bareil, ma gli raccomanda assoluto riposo. Purtroppo il Vedek è indispensabile alle trattative e Kai Winn insiste perché si rimetta subito al lavoro...

Kira e Odo stanno tornando da una missione quando ricevono la chiamata di una nave lissepiana che è stata attaccata dai Maquis. La navetta si lancia all'inseguimento dei ribelli e arriva su una luna sconosciuta, sconvolta da potenti scosse telluriche. Tutto fa pensare che i Maquis abbiano trovato rifugio in una delle numerose caverne presenti e la navetta atterra sulla luna deserta. Durante la perlustrazione di una grotta, il piede di Kira rimane intrappolato in una strana formazione rocciosa. Odo tenta di liberarla, ma i suoi sforzi sono vani. Non solo la roccia sembra indistruttibile, ma cresce, avviluppando lentamente tutta la gamba di Kira...

Bajor e l'Impero Cardassiano tentano la prima collaborazione dopo la firma del trattato di pace. Due scienziate cardassiane intendono sperimentare un trasmettitore in grado di permettere le comunicazioni anche attraverso il tunnel spaziale e per farlo devono lavorare su Deep Space Nine insieme a rappresentanti bajoriani e Federali. Sisko è felice di questa grande occasione, ma l'anziano Vedek Yarka gli racconta di un'antica profezia, secondo cui il Tempio dei Profeti verrà distrutto quando tre vipere torneranno nel loro nido nel cielo. Il comandante gli fa notare che se pensa che le vipere siano le scienziate cardassiane non c'è pericolo, visto che sono soltanto due. Ma poco dopo giunge su Deep Space Nine una terza presunta "vipera"...

N.B.: Nell'episodio tradotto in italiano viene erroneamente chiamato "runabout" un ben più piccolo shuttlepod (una sorta di scialuppa) lanciato dall'hangar della nave stellare Defiant. Questo errore non è presente in Inglese.

Il Grande Nagus Zek giunge su Deep Space Nine. L'anziano Ferengi ha appena terminato di redigere le nuove Regole dell'Acquisizione destinate a cambiare per sempre la vita di tutti i Ferengi e vuole che siano proprio Quark e Rom ad avere l'onore di essere i primi a leggerle. I due fratelli pensano di approfittare di questa occasione per carpire qualche segreto al Grande Nagus, ma restano inorriditi leggendo la prima delle nuove regole che recita: "Se qualcuno rivuole il suo denaro, daglielo"...

Miles O'Brien sta tentando di convincere Quark a fornire il suo locale di un gioco di freccette, ma il Ferengi non è molto convinto che un simile passatempo possa essere considerato divertente. Mentre Miles gli sta spiegando le appassionanti regole del gioco, si ritrova improvvisamente sulla passeggiata e dalla balaustra può osservare se stesso mentre tenta di convincere Quark a fornire il suo locale di un gioco di freccette...

Bashir sorprende nell'infermeria di Deep Space Nine un umanoide che sta rubando del gel biomimetico, sostanza la cui vendita è assolutamente proibita. L'alieno aggredisce il dottore, tramortendolo con una violenta scossa bioelettrica e al risveglio Bashir scopre di trovarsi in una stazione buia e apparentemente deserta, in cui funzionano solamente i supporti vitali indispensabili. Durante la sua perlustrazione incontra Garak e un Quark terrorizzato. Una strana e inquietante presenza si aggira sulla base...

Miles O'Brien rapisce il Comandante Sisko, costringendolo a seguirlo su una navetta. Una volta giunto a bordo, Sisko si rende conto di trovarsi nell'universo dello specchio scoperto dal Capitano Kirk e visitato per errore un anno prima da Kira e Bashir. Miles O'Brien vuole che Sisko impersoni il suo alter ego dell'universo alternativo, per convincere una scienziata terrestre a lavorare per i ribelli. La scienziata è Jennifer Sisko, che in questo universo è ancora viva, ma disprezza il suo ex marito..

Una improvvisa esplosione distrugge la sartoria di Garak. La causa sembra essere un sovraccarico di energia a un condotto del plasma, ma nonostante Garak affermi di non avere nemici, Odo non crede all'ipotesi dell'incidente e riesce a provare che si è trattato di una bomba. Ulteriori indagini fanno pensare che dietro l'attentato ci siano i Romulani, ma il movente è oscuro. Odo scopre anche che cinque ex membri dell'Ordine Ossidiano, il più potente servizio segreto di Cardassia, sono morti proprio lo stesso giorno in cui è avvenuta l'esplosione nel negozio di Garak...

Odo e Garak si trovano su un vascello romulano in compagnia di Enabram Tain, che fu il capo dell'Ordine Ossidiano ai tempi dell'occupazione di Bajor. Garak accetta di tornare a servire Cardassia e il primo, difficile compito che gli viene assegnato consiste nell'usare ogni mezzo per nell'estorcere a Odo, con qualunque mezzo, informazioni sui Fondatori. A questo scopo Enabram Tain consegna a Garak uno speciale strumento che impedisce ai mutaforma di trasformarsi e di tornare al loro stato naturale...

Benjamin Sisko è di ritorno da una visita al più importante museo tecnologico di Bajor, dove è venuto a conoscenza di una leggendaria impresa. I Bajoriani sostengono infatti che i loro avi raggiunsero il pianeta Cardassia ben ottocento anni prima, volando su una nave spaziale a vela, sospinta dai venti solari. Sull'onda dell'entusiasmo, il comandante decide di costruire una copia esatta del vascello solare, facendo uso esclusivamente dei mezzi che gli antichi Bajoriani avevano a disposizione, e di tentare di ripetere l'impresa. Vorrebbe coinvolgere Jake nel progetto, ma il ragazzo non mostra molto entusiasmo...

Il bar di Quark è colmo di avventori e la serata si preannuncia piena di profitti, quando si presenta Brunt, un ispettore del commercio ferengi per controllare i conti del locale. Quark è accusato di non aver sorvegliato a dovere sua madre Ishka che sembra avere concluso transazioni d'affari, traendone un notevole profitto, nonostante tali attività siano tassativamente precluse alle femmine. Un'altra sgradita sorpresa aspetta Quark e Rom quando arrivano a Ferenginar: contro ogni legge e ogni buon senso, Ishka indossa degli abiti. Quark ha tre giorni di tempo per ottenere una confessione da sua madre...

Le preghiere che Kira recita nel suo alloggio per il compianto Bareil vengono interrotte da Sisko con una spiacevole notizia. Il Primo Ministro di Bajor è appena deceduto e, in attesa di procedere alle votazioni per eleggere un sostituto, Kai Winn ricoprirà lei stessa la carica vacante. La Kai vuole che Kira si rechi a Bajor per convincere alcuni contadini a restituire delle attrezzature agricole. Il capo di questi disobbedienti è Shakaar, l'uomo che comandava la cellula della resistenza a cui anche Kira apparteneva. Per il bene di Bajor, Kira accetta a malincuore di andare a litigare con un amico...

Dax sta per sottoporsi al rito dello zhian'tara che le consentirà di incontrare i suoi ospiti precedenti. Sotto la guida di un guardiano dei Simbionti, la memoria di ciascun ospite verrà trasferita nel corpo di altrettanti volontari. Per un'esperienza tanto preziosa e particolare Jadzia chiede la collaborazione dei suoi più cari amici. L'ospite più difficile da trattare, il violento Joran, entrerà nel corpo di Sisko, mentre Odo ospiterà Curzon, a cui Jadzia vuole porre una domanda che la tormenta da tempo...

Benjamin Sisko è stato promosso Capitano e tutti sulla stazione lo stanno festeggiando. Al termine della cerimonia, Sisko viene informato da un ambasciatore che sul pianeta degli Zenkati ha appena avuto luogo un colpo di Stato. Le comunicazioni sono difficili e l'ambasciatore chiede al neo capitano di recarsi sul luogo con la Defiant per verificare la situazione. Subito dopo la partenza viene scoperto a bordo dell'astronave un dispositivo alieno che danneggia i sistemi e ben presto risulta chiaro che un Fondatore si è infiltrato sulla Defiant e sta tentando di prenderne possesso...

Cardassia ha chiuso i confini e l'Impero Klingon, convinto che sia in mano ai Fondatori, offre il suo aiuto alla Federazione per attaccare in forze. Sisko è perplesso perché non è stato previsto nessun attacco e tanto meno è stato chiesto l'appoggio dei Klingon. Allo scopo di frenare la furia dei Klingon, il Capitano Sisko chiede aiuto all'unico esponente di quella razza guerriera che si sia mai arruolato nella Flotta, il Tenente Comandante Worf della nave stellare Enterprise. L'ufficiale Klingon deve decidere se ubbidire agli ordini dei suoi superiori o unirsi alla sua gente in una battaglia che si preannuncia gloriosa...

Il trattato fra l'Impero Klingon e la Federazione sembra ormai irrimediabilmente rotto. Sisko rifiuta le dimissioni di Worf dalla Flotta Stellare, inaccettabili in un momento tanto critico, e contatta Dukat che ora è un membro del nuovo governo cardassiano. Offre l'aiuto della Defiant per respingere le navi Klingon che ormai sono pronte all'attacco. Worf fa notare al suo capitano che probabilmente in questo modo sta aiutando proprio i Fondatori, ma Sisko è deciso a seguire una sua strategia...

In una notte buia e tempestosa a New Orleans una donna bussa alla porta del famoso scrittore Jake Sisko. L'uomo, ormai vecchio, racconta alla visitatrice di come la sua vita sia stata condizionata dalla morte del padre Benjamin, avvenuta per via di un incidente quando lui era appena adolescente e viveva sulla base stellare Deep Space Nine. Lui e il padre stavano esaminando il tunnel spaziale a bordo della Defiant, quando Benjamin fu colpito da una scarica di energia e svanì nel nulla. Qualche mese dopo la tragedia, Jake vide distintamente suo padre per qualche attimo, e questo non fu un episodio isolato...

Bashir e O'Brien sono costretti a un atterraggio di fortuna su un pianeta del Quadrante Gamma indicato sulle mappe come disabitato, ma a accoglierli trovano invece alcuni Jem'Hadar. Quando il loro capo, Goran'Agar, scopre che Bashir è un medico, gli racconta di essere stato disintossicato dalla dipendenza dal ketracel bianco. Ora vorrebbe che il dottore trovasse una cura anche per i suoi uomini, in modo da non dovere più dipendere dai Fondatori. Concede a Bashir solo cinque giorni per riuscirci, dopo di che la scorta di ketracel in loro possesso si esaurirà...

Kira scopre l'ubicazione del relitto della Ravinok, una nave cardassiana che trasportava prigionieri bajoriani e di cui si erano perse le tracce diversi anni prima. Decide di recarsi sul posto per un'indagine, ma il governo di Cardassia esige che venga accompagnata da un rappresentante dell'Impero, Gul Dukat. La Ravinok si trova su un pianeta deserto e vicino al relitto vi sono alcune tombe, troppo poche per ospitare tutti i passeggeri della nave. Forse qualcuno potrebbe essere sopravvissuto...

Jadzia Dax scopre che sta per giungere su Deep Space Nine la Dottoressa Lenara Kahn. Jadzia e Lenara non si sono mai viste prima, ma i loro simbionti, Kahn e Dax, sono stati addirittura marito e moglie. Il grande amore che li univa in passato è oggi più vivo e intenso che mai e Jadzia e Lenara sono pronte a sfidare le rigide regole della società Trill che impone un distacco completo dai legami affettivi degli ospiti precedenti, pur di continuare a vivere il loro indimenticato amore...

La Defiant è nel Quadrante Gamma per una trattativa d'affari con un rappresentante dei Karemma. Durante la discussione, la nave subisce l'attacco di tre vascelli Jem'Hadar e viene gravemente danneggiata. Il Dottor Bashir rimane intrappolato con Jadzia in un turboascensore e Sisko viene seriamente ferito e si accascia a terra, in bilico fra la vita e la morte. Per impedirgli di scivolare nel coma, Kira si assume l'arduo compito di tenere desta la sua attenzione, parlandogli senza sosta...

Per Nog è giunto il gran giorno: deve recarsi sulla Terra per iniziare i corsi all'Accademia della Flotta Stellare. Quark e Rom decidono di accompagnarlo per collaudare la nuova navetta donata loro dal cugino Gaila, ma durante il viaggio qualcosa va storto e i tre Ferengi si ritrovano sì sulla Terra, ma nell'anno 1947. Dopo lo schianto, Rom, Quark e Nog scoprono di essere stati trasferiti in una base militare a Roswell, nel New Mexico. Dietro a un falso specchio, ufficiali degli Stati Uniti osservano con interesse ed emozione i primi marziani giunti sulla Terra...

Kor, un vecchio e onorato guerriero klingon, giunge sulla stazione e incanta i clienti del bar di Quark con i suoi racconti di gesta eroiche ed epiche battaglie. In segreto rivela alla sua amica Dax e a Worf di essere in possesso di informazioni per rintracciare la mitica spada che appartenne a Kahless. Una volta appurata la veridicità delle informazioni, i tre compagni partono a bordo di un runabout diretti verso il Quadrante Gamma alla ricerca della preziosissima reliquia. Una volta sul posto Kor, Worf e Dax scoprono senza problemi il sito in cui dovrebbe essere custodita la spada di Kahless, ma il sito è stato già violato e tutti i manufatti trafugati...

Ma la situazione rischia di precipitare veramente quando i due klingon si rendono conto che il valore simbolico della reliquia avrebbe legittimato le ambizioni più sfrenate di chiunque l'avrebbe riportata in patria.

Il Dottor Bashir sta vivendo un'avventura sul ponte ologrammi in cui interpreta la parte di un agente segreto della Terra del 1960. L'intempestivo arrivo di Garak irrita il dottore, che vede violata la sua privacy, ma il sarto cardassiano insiste così tanto che alla fine Bashir decide di accettarlo come compagno di avventura. Intanto Sisko, Kira, Worf, Dax e O'Brien si trovano su una navetta che sta per esplodere, con i sistemi di teletrasporto che non funzionano, ma Eddington riesce a salvare le matrici degli ufficiali registrate dal teletrasporto nell'oloromanzo di Bashir e le integra nella storia...

Il Capitano Sisko e Odo devono raggiungere urgentemente la Terra dove la serenità e la pace sono seriamente minacciate. La Flotta Stellare ha infatti le prove di un imminente attacco alla Federazione da parte del Dominio. Alcuni mutaforma si sono già infiltrati fra gli esseri umani e al Capitano Sisko, l'unico ufficiale della Flotta ad avere una profonda conoscenza dei Cambianti, viene assegnato l'incarico di responsabile della sicurezza della Terra. Sisko insiste perché vengano aumentati i controlli anche fra gli ufficiali della Flotta, ma il Presidente della Federazione Jaresh-Inyo non è d'accordo, almeno fino a quando Odo non gli dà una dimostrazione di cosa possono fare i Fondatori...

Ormai sulla Terra vige la legge marziale, una situazione che avvilisce tutti coloro che si sono sempre battuti per la libertà. Durante le indagini sull'ormai imminente attacco del Dominio alla Federazione, il Capitano Sisko scopre un complotto ai vertici della Flotta Stellare per assumere il controllo militare della Terra. L'Ammiraglio Leyton ordina perciò a Sisko di tornare su Deep Space Nine, assumendosi lui stesso l'incarico di responsabile della sicurezza della Terra. Durante la notte Sisko viene avvicinato da un Fondatore che ha assunto le sembianze di O'Brien...

Shakaar, il primo ministro di Bajor, giunge in visita alla stazione spaziale per discutere dell'imminente ingresso del suo pianeta nella Federazione. Per lui e Kira è l'occasione di rinverdire una vecchia e profonda amicizia e forse anche per far nascere un rapporto più intimo. Odo assiste impotente al nascere di questo nuovo amore e dentro di lui scoppia un'inaspettata gelosia che riesce a distrarlo dai suoi compiti di capo della sicurezza e responsabile dell'incolumità del primo ministro...

Su richiesta del Primo Ministro Shakaar, Kira accetta di discutere della crisi con l'Impero Klingon su un avamposto cardassiano. Con sua grande sorpresa, scopre che il vascello che deve accompagnarla alla conferenza è al comando di Dukat. Infatti il Gul, dopo aver portato su Cardassia Ziyal, la figlia nata dalla sua relazione con una donna bajoriana e ritrovata sul relitto della Ravinok, è stato lasciato dalla moglie e rimosso da incarichi di responsabilità e vive su quella nave insieme alla figlia. Quando giungono a destinazione Kira e Dukat scoprono che i Klingon hanno attaccato l'avamposto...

Kurn, il fratello di Worf, giunge su Deep Space Nine con una richiesta molto particolare. Vuole che Worf esegua il Mauk-to'Vor, un rituale secondo cui il fratello maggiore può uccidere il minore per restituirgli l'onore. Da quando la famiglia di Worf ha perso tutto e Worf si è schierato con la Federazione contro l'Impero, Kurn non riesce più a trovare un modo dignitoso per vivere. Per amore di suo fratello, Worf accetta di ucciderlo. Odo e Dax intervengono appena in tempo per interrompere il terribile rituale e trasportare in infermeria Kurn. Worf dovrà trovare un altro modo per restituire l'onore a suo fratello...

I dipendenti del bar di Quark, dai camerieri alle ragazze Dabo, sono stanchi delle dure condizioni di lavoro a cui sono sottoposti. Inaspettatamente Rom, il remissivo fratello di Quark, prende in mano la situazione e organizza un sindacato pronto anche a scioperare pur di ottenere migliori condizioni di vita. Prepara una lista di richieste da sottoporre all'attenzione di Quark, fra cui riduzione dell'orario di lavoro, permessi per malattia e aumenti di paga, ma il fratello scoppia a ridere di fronte a tali assurde pretese. Per tutta risposta, Rom dichiara il primo sciopero della storia dei Ferengi...

Un antico vascello bajoriano esce dal tunnel spaziale e il suo unico occupante è Akorem Laan, un poeta scomparso senza lasciare tracce da duecento anni. Racconta di essersi trovato in difficoltà, di essere stato soccorso dai Profeti, e reclama il titolo di Emissario. Sisko, che non si è mai trovato a suo agio nel ruolo attribuitogli dai Bajoriani, è ben lieto di farsi da parte. Durante il suo primo discorso in pubblico, Akorem dichiara che i Profeti gli hanno permesso di tornare per riportare Bajor agli antichi valori, restaurando il rigido sistema di caste in uso nel passato. Sisko è perplesso perché una società basata sulla discriminazione è contro i valori della Federazione e Bajor potrebbe restare ancora una volta isolato...

Un convoglio che sta portando aiuti a una colonia cardassiana viene improvvisamente attaccato dai Klingon. La Defiant, di scorta al convoglio, si trova coinvolta nello scontro e apre il fuoco su un vascello nemico. Worf, che si trova al comando della nave federale, si accorge troppo tardi di avere distrutto una nave civile. L'Impero Klingon chiede a gran voce l'estradizione di Worf per giudicarlo secondo le proprie inflessibili leggi. Tutta la base si schiera al fianco del tenente comandante, ma le prove sono tutte contro di lui...

Miles O'Brien torna su Deep Space Nine dopo avere trascorso vent'anni in una prigione del pianeta Agrathi. La curiosità del Capo per l'avanzata tecnologia degli alieni venne scambiata per spionaggio e per questa ragione l'uomo fu condannato. Ma la realtà è diversa: i vent'anni di sofferenza di Miles sono stati soltanto una perfetta ricostruzione proiettata nella sua mente nell'arco di poche ore, ma le esperienze, i traumi e i ricordi sono così vividi e realistici che Miles non riesce più a trovare un equilibrio, tanto che sta meditando il suicidio

Jake non riesce a credere ai suoi occhi quando, entrando nel suo alloggio, trova il padre che sta conversando con una donna in tutto e per tutto identica a sua madre. Benjamin gli spiega che si tratta di Jennifer, il doppio proveniente dall'universo parallelo. Sisko viene chiamato ad altri compiti e lascia i due da soli. Quando torna, nell'alloggio non c'è più traccia né di Jake, né di Jennifer, c'è solo uno strano apparecchio che probabilmente una volta attivato lo condurrà "dentro lo specchio". Per salvare suo figlio, il capitano si tuffa senza esitazione nel pericoloso universo parallelo...

Lwaxana Troi torna su Deep Space Nine, decisa a chiedere aiuto a Odo su una questione molto delicata. La donna è incinta, ma sa già che il neonato, essendo un maschio, sarà allontanato da lei subito dopo il parto. Secondo le rigide leggi del pianeta di suo marito, le donne possono allevare solo le bambine, mentre l'educazione dei maschi spetta agli uomini. Intanto Jake incontra una strana donna che ha il potere di esaltare il suo talento di scrittore, che fino ad ora era rimasto latente in lui...

Odo e il Tenente Comandante Eddington hanno le prove che un agente dei Maquis opera usando come base Deep Space Nine. I loro sospetti sono concentrati su Kasidy Yates e il Capitano Sisko, nonostante il suo coinvolgimento emotivo, autorizza ulteriori indagini. La Defiant segue non vista la nave di Kasidy e assiste a un inequivocabile incontro con una nave maquis. I sospetti sono diventati certezze, una verità difficile da accettare...

Un proditorio attacco a Deep Space Nine distrugge un pilone di attracco. I responsabili sono dei Jem'Hadar ribelli alla ricerca di attrezzature tecnologiche che consentano loro di attivare uno dei portali che l'antico popolo degli Iconiani aveva dislocato in diverse parti dell'universo. Questi portali, il primo dei quali fu scoperto dal Capitano Picard della nave stellare Enterprise, consentono di coprire istantaneamente immense distanze. Per fermare i Jem'Hadar, Sisko si allea con altri Jem'Hadar rimasti fedeli ai Fondatori...

La missione esplorativa nel Quadrante Gamma condotta da Kira, Jadzia e Bashir viene interrotta da una richiesta di soccorso. Il messaggio proviene da un pianeta massacrato da un terribile attacco dei Jem'Hadar avvenuto secoli prima. Da allora la gente è vittima di un virus che non lascia scampo e che conduce a una morte lenta e dolorosa. La piaga è il prodotto della scienza dei Fondatori, che vogliono in questo modo dimostrare cosa succede a chi osa ribellarsi al loro dominio. Il Dottor Bashir decide di impegnare tutte le sue forze e le sue conoscenze nel tentativo di trovare una cura...

Quark torna da un soggiorno su Ferenginar con una sconvolgente notizia: ha scoperto di avere la sindrome di Dorek e gli resta solo una settimana di vita per riuscire a sistemare i suoi affari. Intanto Kira, il Dottor Bashir e Keiko O'Brien tornano da una spedizione nel Quadrante Gamma dove la loro navetta ha avuto un grave incidente. Le due donne sono ferite, Kira in modo lieve, ma la situazione di Keiko è grave, tanto che il Dottor Bashir, per salvare la vita sia a lei che al bambino che porta in grembo, ha dovuto trasferire il feto nell'unico altro utero disponibile sulla navetta, quello di Kira Nerys...

Odo soffre di violenti disturbi che gli procurano dei forti dolori. Il Dottor Bashir individua una variazione nella densità del corpo del conestabile, ma non è in grado di stabilizzare le dolorose fluttuazioni. Sembra a questo punto che la sola possibilità di salvezza per Odo sia di recarsi nel Quadrante Gamma per rintracciare il nuovo pianeta dei Fondatori e unirsi al Grande Legame. I suoi amici ufficiali lo accompagnano a bordo della Defiant e la nave viene intercettata dai Jem'Hadar. La donna cambiante sale a bordo della Defiant e ne assume il controllo per condurre subito Odo sul nuovo pianeta dei Fondatori, senza rivelarne l'ubicazione ai solidi...

Sisko e Dax tornano su Deep Space Nine dopo un meeting al Comando della Flotta sulla Terra che ha avuto come tema l'incremento dell'ostilità dell'Impero Klingon. Il Comando ha deciso di inviare Sisko, O'Brien, Odo e Worf in una missione all'interno dell'Impero Klingon per verificare i sospetti che il cancelliere Gowron sia un mutaforma che sta operando nell'interesse del Dominio.

Investigando sulla possibilità di estrarre della cormalina su Torga IV, Sisko si imbatte in una nave del Dominio naufragata sul pianeta e inizia un'operazione di recupero della nave, sperando di ottenere preziose informazioni sulla tecnologia utilizzata. Ma un gruppo di Jem'Hadar è deciso a impedire ad ogni costo che Sisko si impadronisca della nave.

Worf aiuta Quark nel rapporto con una donna klingon, malgrado il fatto che lui stesso ne sia innamorato.

Jake è intrappolato nell'ospedale sotterraneo di Ajilon Prime sotto un attacco Klingon.

Una forza aliena ostile prende il controllo di Keiko e obbliga O'Brien a eseguire i suoi ordini.

Intrappolato nel passato, Sisko deve salvare il Capitano Kirk da un Klingon che tenta di ucciderlo.

In vacanza su Risa, Worf viene influenzato da un gruppo di tradizionalisti il cui scopo è distruggere il sistema di vita paradisiaca del pianeta.

Sisko, Odo, e Garak vengono misteriosamente calati nei ruoli di un gruppo di Bajoriani condannati a morte sette anni prima.

Intrappolati in un pianeta sconosciuto, Odo e Quark devono trovare il modo di sopravvivere.

Sisko è ossessionato da una visione che potrebbe contenere la chiave per il futuro di Bajor.

Un misterioso assassino prende di mira i membri della vecchia cellula di resistenza comandata da Kira.

Proprio nel momento in cui Kira dà alla luce il figlio di O'Brien e Keiko, Odo si trova a dover badare ad un piccolo mutaforma.

Sisko rischia il tutto per tutto per catturare Michael Eddington, un ex membro dell'equipaggio federale di Deep Space Nine che si è unito ai Maquis.

Mentre Worf e Garak sono intrappolati nel quadrante Gamma, Sisko viene a conoscenza della notizia di un'imminente invasione del Dominio.

Sotto il comando di Dukat, Cardassia si unisce al Dominio per minacciare il quadrante Alfa. Di fronte a questa decisione, i Klingon decidono di ripristinare gli Accordi di Khitomer e la loro alleanza con la Federazione, mentre per la prima volta anche i Romulani sembrano intenzionati a collaborare con le due potenze per la difesa del quadrante. Ma Dukat e il Dominio hanno un piano per indebolire in un colpo solo le tre flotte.

Quando Julian Bashir viene scelto come modello di una nuova versione di medico olografico, il processo di creazione della nuova personalità olografica potrebbe rivelare un segreto del suo passato che metterebbe in discussione la sua carriera di medico della Flotta Stellare.

Odo si innamora di una misteriosa donna che si rivela essere la vittima designata di un omicidio da parte del Sindacato di Orione.

Intravedendo la possibilità di saldare finalmente i propri debiti, Quark accetta di lavorare alle dipendenze di un venditore di armi.

La morte imminente di Tekeny Ghemor, il padre cardassiano di Kira, le fa ricordare la morte del suo vero padre.

Il Grande Nagus Zek e la madre di Quark sono innamorati, ma Brunt è pronto a restituire a Quark la licenza ferengi per il commercio se questi dovesse riuscire a far separare la coppia.

Worf viene assegnato temporaneamente come primo ufficiale sul Rotarran, il Bird of Prey al comando del Generale Martok, in una missione il cui scopo è prestare soccorso al B'Moth, disperso nella zona di confine con il territorio cardassiano sotto il controllo del Dominio. Il morale a bordo è molto basso, in quanto l'equipaggio non registra vittorie da mesi e si sente disonorato; la tendenza di Martok a non attaccare il nemico rende il clima ancora più teso.

Nel quadrante Gamma, Dax insiste nel voler esplorare un pianeta circondato da una barriera di energia. Una volta superata la barriera, la squadra di sbarco scopre una colonia sul pianeta, la cui leader, Miranda O'Brien, rivela che due giorni dopo la squadra di sbarco, tentando di lasciare il pianeta, farà naufragio su di esso e verrà sbalzata 200 anni nel passato. Il pianeta, Gaia, si rivela essere popolato dai discendenti di quel naufragio e Sisko spera che la consapevolezza del naufragio permetta di cambiare il corso della storia, ma così facendo la colonia cesserà di esistere.

Sisko viene a sapere che alcuni terroristi maquis che non sono stati sconfitti dal Dominio si sono riorganizzati e hanno lanciato una serie di missili dotati di dispositivo di occultamento contro Cardassia che arriveranno entro pochi giorni. Dal momento che Cardassia si trova ora sotto il controllo del Dominio, un attacco simile potrebbe portare ad una guerra totale e alla fine della Federazione. L'unica speranza di Sisko è Michael Eddington, l'ex ufficiale della Flotta che ha abbracciato la causa maquis e che si trova imprigionato.

O'Brien, Garak e Nog vengono inviati su Empok Nor, la gemella di Deep Space Nine, per recuperare alcune apparecchiature necessarie alla base federale, ma i tre e una squadra di salvataggio rimangono imprigionati nella stazione spaziale cardassiana ritenuta abbandonata.

Jake e Nog rischiano di provocare un serissimo incidente diplomatico quando cercano di risollevare lo spirito di Sisko tentando di acquistare ad un'asta una vecchia figurina di Willie Mays, un giocatore di baseball.

Con l'intento di bloccare il continuo arrivo di navi del Dominio, Sisko mina l'ingresso del wormhole, provocando l'attacco immediato a Deep Space Nine da parte delle forze cardassiane e del Dominio al termine del quale Dukat riesce a riprendere possesso della stazione.

Sono trascorsi ormai tre mesi da quando la stazione spaziale Deep Space Nine è stata occupata dal Dominio e dai Cardassiani. La guerra non volge a favore della Federazione e, mentre la Defiant viene riparata dai danni subiti in battaglia, il Capitano Sisko e i suoi ufficiali si trovano ad affrontare una missione molto delicata. A bordo di un vascello Jem'Hadar devono riuscire a raggiungere un importante deposito di ketracel bianco nel Quadrante Gamma e distruggerlo.

Sisko, intrappolato su un pianeta assieme a un Vorta morente e ad alcuni Jem'Hadar, deve venire a patti con i Jem'Hadar disperati per lo scarseggiare del ketracel e con il Vorta che lotta per restare in vita a qualunque costo.

Worf deve affrontare il suo dovere di padre quando Alexander si offre volontario per servire a bordo della Rotarran. Nel frattempo Ziyal torna su Deep Space Nine per riunirsi con suo padre Dukat.

Mentre Sisko, promosso, è costretto ad inviare la Defiant in missione senza di lui, la lealtà di Odo è messa in discussione dall'arrivo di un Fondatore.

Mentre Dukat si prepara a detonare il campo minato che protegge il territorio federale, Sisko mette in atto un piano che sembra impossibile: riprendere il controllo di Deep Space Nine.

Con il campo minato che protegge la Federazione sul punto di cedere, Sisko guida un'apparente missione suicida per riprendere Deep Space Nine.

Il giorno del matrimonio tra Worf e Dax è finalmente arrivato, tuttavia ci sono alcuni aspetti del rituale klingon che non si confanno alla trill.

Quando uno sconosciuto si materializza a bordo di Deep Space Nine e prende Kira in ostaggio, la bajoriana scopre che questa persona assomiglia in maniera impressionante a Vedek Bareil. Lo sconosciuto si rivela essere Bareil stesso proveniente dall'Universo dello Specchio in fuga da un'Alleanza che sta tentando di catturarlo.

Ora che il passato di Bashir è stato rivelato, gli viene richiesto di lavorare con un gruppo di persone che, come lui, hanno subito interventi genetici. Bashir si trova quindi con alcune persone che, differentemente da lui, sono rimaste nell'istituto dove ha subito l'intervento, ognuna delle quali presenta una caratteristica predominante: Jack (aggressivo), Lauren (sensuale), Patrick (frivolo), e Sarina (timida). Si spera che Bashir possa aiutare queste persone ad inserirsi normalmente nella società.

Quark comanda una missione di Ferengi per salvare la madre catturata dal Dominio.

Sisko e Dukat si trovano intrappolati su un pianeta a causa del naufragio della Honshu, distrutta da un attacco dei Cardassiani mentre li trasportava alla base stellare 621.

Quark eredita una grossa somma e un mucchio di guai dalla presunta morte di Morn.

Sisko ha una visione di se stesso come scrittore di fantascienza che deve combattere contro l'America razzista nel 1953.

Nascosti in un runabout miniaturizzato, Dax, O'Brien e Bashir costituiscono l'ultima speranza per Sisko quando i Jem'Hadar attaccano la Defiant.

Un'operazione di infiltrazione nell'Orion Syndicate su Farius Prime si trasforma in una questione personale per O'Brien, infiltrato nell'organizzazione con il nome di Connelly.

Durante una missione per permettere la fuga di un importante disertore da una base del Dominio, Worf abbandona la missione e mette a repentaglio la sua stessa carriera per salvare la vita di Jadzia, intrappolata su un pianeta.

Nel giorno dell'anniversario della nascita della madre, Kira riceve un messaggio da Dukat che le rivela che sua madre è stata la sua compagna. Kira, attraverso l'Emissario, decide di utilizzare il Cristallo del Tempo per verificare le affermazioni di Dukat.

Secondo i risultati di un'investigazione interna, Bashir risulta essere una spia del Dominio e un agente della Sezione 31 della Flotta Stellare è disposto ad utilizzare qualsiasi metodo per dimostrare questa ipotesi.

Stufo di leggere lunghi elenchi di compagni dispersi o deceduti, Sisko, con l'aiuto di Garak, mette in atto un piano per convincere i Romulani a dichiarare guerra al Dominio, ma ben presto la cosa va al di là dei suoi propositi iniziali.

Per tentare di aprire una breccia nel cuore di Kira, Odo si affida a Vic Fontaine, il nuovo ologramma di Bashir.

Sisko viene convocato quale Emissario a B'Hala sul luogo del ritrovamento di un importante manufatto bajoriano molto antico sul quale ci sono dei geroglifici che iniziano con «Benvenuto emissario». Dopo un'improvvisa visione dei Profeti sul luogo del ritrovamento, Sisko decide di portare il manufatto su Deep Space Nine per poter approfondire la traduzione dei geroglifici, ma Kai Winn è decisa a riportare il manufatto su Bajor, ad ogni costo.

Jake e Nog vengono salvati da un gruppo di cadetti della Squadra Rossa impegnati in una missione segreta.

Il Grande Nagus Zek e Ishka arrivano su Deep Space Nine annunciando che il Grande Nagus ha emendato la legge ferengi per concedere pari opportunità alle donne. Tuttavia, questa decisione ha gettato la società nel caos, Zek è stato deposto e la sua carica è occupata in via temporanea dal liquidatore Brunt, che assumerà la carica di Grande Nagus in via definitiva entro pochi giorni.

O'Brien, riunitosi con la sua famiglia, decide di festeggiare con un picnic su Golana, ma, durante il picnic, Molly cade all'interno di un portale temporale che la scaglia 300 anni nel passato, quando quel pianeta era disabitato. Con l'aiuto del personale della stazione spaziale, si riesce a recuperare Molly, ma, a causa di un errore di calcolo, sulla piattaforma del teletrasporto si materializza una ragazza diciottenne.

A bordo della Defiant, Sisko e l'equipaggio ricevono una richiesta di soccorso da parte del Capitano Lisa Cusak, la cui capsula di salvataggio è naufragata su un pianeta dopo la distruzione della sua nave. La Defiant inizia così una gara contro il tempo per salvare la vita del Capitano Cusak.

Ignorando gli avvertimenti dei Profeti, Sisko guida un'invasione nel territorio del Dominio.

Dopo tre mesi il vuoto lasciato dalla morte di Jadzia e l'esilio volontario sulla Terra del Capitano Sisko si fanno sentire sulla stazione, nonostante Kira, promossa colonnello, la stia dirigendo con estrema competenza. L'Ammiraglio Ross giunge su Deep Space Nine con notizie che preoccupano molto Kira: i Romulani hanno chiesto di poter insediare un loro ufficio sulla stazione stellare. Worf, nonostante l'aiuto discreto dei suoi amici, non riesce a riprendersi dalla perdita dell'amata moglie e Sisko, ospite a casa di suo padre, tenta disperatamente di ristabilire un contatto con i Profeti. Mentre suona il pianoforte, il capitano ha una visione in cui scava in un deserto fino a disseppellire il volto di una donna bellissima. Decide di dovere a ogni costo rintracciare quella donna, ma non dovrà andare molto lontano per trovarla…

Sisko incontra Ezri, il nuovo ospite del simbionte Dax, prima di partire per la Terra il pianeta Tyree con il padre, Joseph, e il figlio Jake. Ezri desidera accompagnarli nella loro ricerca del mitico Orb dell'Emissario di Bajor, che Sisko è persuaso che a credere che esista. Sulla stazione, Kira prepara un blocco per impedire ai Romulani di rendere operative le armi che hanno piazzato sulla luna bajoriana di Derna. Intanto sulla nave Klingon del generale Martok, Worf, O'Brien, Bashir e Quark intraprendono la missione di distruggere un cantiere navale del Dominio, per assicurare un posto allo spirito della morta moglie di Worf, Jadzia, un posto nell'aldilà klingon lo Sto-Vo-Kor...

Oltre a far fronte ai ricordi delle vite passate del simbionte Dax, Ezri deve affrontare le reazioni che la sua presenza genera su Deep Space Nine. La sua presenza non è molto apprezzata, dal momento che molte persone non sono sicure su cosa provino per la nuova arrivata. Worf ha la peggior reazione, arrivando persino a minacciare amici e ufficiali. Anche Garak non sta anche prendendo bene l'arrivo di Ezri, ma è preso dai suoi problemi dovuti alla claustrofobia di cui soffre e che lo colpisce in modo molto acuto…

Una nave stellare della Federazione attracca a Deep Space Nine. Sisko conosce il suo capitano, Solok, un suo ex compagno dell'Accademia e suo rivale. Solok crede che il suo equipaggio formato da soli Vulcan sia superiore sotto ogni aspetto, e sfida Sisko a una partita di baseball in sala ologrammi. Sisko accetta la sfida, ma ha solo due settimane per formare ed allenare una squadra di cui suo figlio Jake è l'unico membro potenziale che abbia mai giocato a baseball prima di allora.

Sulla stazione torna il quartetto di individui potenziati geneticamente visto nell'episodio della sesta stagione "Probabilità statistiche", impersonando un Ammiraglio ed il suo staff. I quattro aiutano Julian Bashir perfezionare uno strumento medico così che quest'ultimo possa operare Sarina Douglas.

Odo riceve un messaggio in codice da Gul Russol e decolla dalla stazione per incontrarlo, anche ha preso in considerazione la possibilità che possa essere una trappola. Infatti è un strataggemma di Weyon per incontrare Odo...

Il Dahar Master Kor, sempre più vecchio e che ha perso la sua influenza nell'Impero Klingon si reca sulla Stazione per incontrare Worf. Lo scopo della visita è chiedere aiuto a Worf per ottenere il comando di un nave ed avere la possibilità di morire da guerriero, ma quando Worf rappresenta la richiesta al Generale Martok, che nel mentre sta pianificando un attacco all'interno dello spazio cardassiano, quest'ultimo la rifiuta con rabbia. Martok ha un profondo rancore nei confronti di Kor, che in passato gli ha negato la nomina ad ufficiale per via della sua discendenza. Come compromesso Worf, non essendo a conoscenza dei problemi di salute mentale di Kor, fa in modo di venga nominato terzo ufficiale del Ch'tang, la nave di Martok.

Il pianeta AR-558 è degno di nota solo per essere il sito per uno dei maggiori relè di comunicazione. Il pianeta è già stato occupato dai soldati della Federazione, che pagato un con il sangue la conquista; dei 150 inviati sul pianeta, 43 soltanto sono sopravvissuti. Questi soldati sono in servizio da più di cinque mesi continuati; una violazione del regolamento della Flotta Stellare che impone un turno di riposo ogni 90 giorni. La USS Defiant arriva sul pianeta trasportando rifornimenti e razioni per i replicatori. La nave è al comando del Capitano Benjamin Sisko, con Worf come Ufficiale Esecutivo, Ezri Dax ed il Dottor Julian Bashir come supporto tecnico e medico, il Guardiamarina Nog come membro dell'equipaggio, e Quark, inviato dal Grande Nagus in "missione conoscitiva".

Odo vorrebbe condividere la fede di Kira nei Profeti Così da poter passare il suo tempo con lei anche durate le funzioni religiose. Il sermone del giorno è stato tenuto da Vedek Fala, che dopo la funzione è andato a far visita a Kira nei suoi alloggi per darle un dono, che presto si rivela essere un trasponder che la trasporta lontano dalla stazione. Kira si ritrova su Empok Nor, attualmente occupata da 50 bajoriani che adorano i Pah wraiths come i veri Profeti di Bajor. Il leader del gruppo altri non è che Dukat. la fede dei residenti bajoriani in Dukat è talmente grande che quando Kira minaccia di ucciderlo con un phaser, molti di loro si piazzano sulla linea di tiro. Kira viene colpita e resa incosciente da uno degli altri membri del culto, quando rinviene si trova nell'alloggio di Dukat.

Dopo che è stata rimpiazzata la gamba amputata in seguito alla ferita subita nella battaglia su AR-558, ed aver seguito per mesi la riabilitazione sulla Base Stellare 235, Nog ritorna su Deep Space 9. E' afflitto dai flashbacks sulla ferita e sente dolore nel suo nuovo arto, anche sei i medici non hanno rilevato alcuno stimolo fisico per questo dolore. L'equipaggio della stazione accoglie calorosamente Nog con l'intenzione di organizzare una festa per lui, ma lui invece si rinchiude nel suo alloggio, dormendo gran parte del giorno e ascoltando una registrazione della canzone "I'll Be Seeing You" cantata da Vic Fontaine. Quando Jake si stanca della costante ripetitività della canzone, Nog cerca Vic nella sala ologrammi di Quark. Dopo aver sentito Vic cantare la canzone in ogni arrangiamento che questi conosce, Nog lo convince a permettergli di rimanere per la notte nel suo appartamento all'albergo…

Julian Bashir rivela a Benjamin Sisko una confidenza fattagli da O'Brien: che lui sarebbe andato a New Sydney, il settimo pianeta nel sistema di Sappora, alla ricerca di Morica, vedova di un membro del Sindacato di Orione di nome Liam Bilby, del quale era diventato amico nel corso di un'operazione sotto copertura. O'Brien si sente in parte responsabile della morte di Bilby avvenuta nel corso della stessa operazione. Dato che la famiglia dell'ospite di Dax, Ezri, vive vicino a New Sydney e è proprietaria di un'impresa mineraria, Sisko le chiede di aiutarlo nella ricerca di O'Brien…

La versione di Ezri dell'universo dello specchio si presenta da Quark chiedendogli di portargli un dispositivo di occultamento per il Reggente Worf come riscatto per il Grande Nagus Zek, che si era recato nel loro universo in cerca di opportunità commerciali. Quark arruola Rom nell'impresa di rubare uno di quei dispositivi da uno sparviero Klingon attraccato alla stazione, che avrebbero nascosto occultando il dispositivo stesso. Quando raggiungono l'anello abitativo, evitano le domande di un confuso Benjamin Sisko e di un impaziente Generale Martok quando notano che i due fissano una paratia senza un apparente motivo. Riescono a consegnare il dispositivo alla Ezri dello specchio, ma sono costretti a teletrasportarsi nel suo universo quando Martok scopre il furto. Al loro arrivo sulla versione alternativa di Deep Space 9 (chiamata Terok Nor), incontrano Vic Fontaine, che nell'universo dello specchio non è un ologramma.

Dopo una notte di bevute, Ezri Dax accompagna Ilario, un membro dell'equipaggio DS9, al suo alloggio. La mattina seguente Ilario viene trovato morto nel suo alloggio. Julian Bashir determina che Ilario è stato ucciso con un proiettile di tritanio sparato da breve distanza. Viene stabilito che l'arma è un TR-116, un prototipo progettato dalla Flotta Stellare per essere impiegato in ambienti dove i phaser sarebbero stati inefficaci. Odo però è perplesso in quanto solitamente quel tipo di arma lascia residui di polvere sulla vittima quando viene colpita da breve distanza.

Mentre stanno rientrando a Deep Space Nine, Odo e il Capo O'Brien incontrano un altro cambiante. Questo Cambiante, come Odo, è uno tra quelle centinaia che sono stati inviati ad esplorare il Quadrante Alfa. Il cambiante, che si fa chiamare Laas, non a nessuna conoscenza del Dominio o dei Fondatori. Quando ha avvertito la presenza di Odo si messo all'inseguimento del run about in quanto è desideroso di saperne di più sulla sua specie.

Julian Bashir e Miles O'Brien si godono una tranquilla serata da Vic Fontaine, quando il programma si trasforma improvvisamente in un rumoroso cabaret. Frankie Eyes, rivale da lungo tempo di Vic, si presenta per buttare fuori Vic. Bashir e O'Brien tentano di eliminare Frankie dal programma, ma non funziona. Quindi tentano di congelare il programma, ma anche questo senza successo…

Quando Julian Bashir si prepara per recarsi a una conferenza su Romulus, Luther Sloan appare nel suo alloggio assegnandogli un incarico per la Sezione 31. Quando Bashir sale a bordo della USS Bellerofonte, Sloan gli spiega in dettaglio l'incarico, che è quello di confermare le voci secondo cui Koval, capo della temuta Tal Shiar, oppositore della Federazione e candidato a un posto di un potente comitato del Senato romulano, soffra della sindrome di Tuvan, una condizione che affligge principalmente Vulcaniani e Romulani. Bashir espone il problema all'Ammiraglio William Ross. Ross pensa che sarebbe meglio se la Senatrice Cretak, amica della Federazione, ottenesse quel posto libero nel comitato permanente in quanto si è espressa pubblicamente a favore dell'alleanza contro il Dominio…

Sulla stazione, Sisko confida a Kasidy Yates di aver acquistato un terreno su Bajor e i suoi piani per costruirvi una casa. Al bar, Ezri Dax apprende che la USS Defiant ha rinunciato a cercare Worf, disperso nelle Badlands mentre era al comando di una nave Klingon nel corso di un attacco dei Jem'Hadar. Ezri decide di prendere un runabout e andare lei stassa nelle Badlands. Benjamin Sisko le ordina di tornare sulla stazione, ma lei finge, in modo poco convincente, che vi siano troppe interferenze per comprendere il messaggio. Quindi Sisko le permette di procedere con la ricerca di Worf, inviandole inoltre i diari di ricerca della Defiant. Il computer del runabout di Dax estrapola il punto probabile di ingresso della capsula di salvataggio di Worf nelle Badlands, quindi le porta il runabout in posizione e spegne i motori, con la speranza che e correnti la portino sulla posizione di Worf.

Kai Winn si reca in vista su DS9 per informare l'Emissario che sarà lei ad officiare il suo matrimonio con Kasidy Yates, e non il Vedek che Sisko ha scelto. dopo aver lasciato l'ufficio di Sisko, Winn ha quella che pensa essere la sua prima visione di sempre dei Profeti. Loro le dicono che "il Sisko ha vacillato", e che lei è stata scelta per "un compito importante", e che le avrebbero inviato una guida in possesso de "la saggezza della terra." Dax e Worf continuano a discutere dopo che sono stati interrogati dai Breen separatamente. La gelosia di Worf per Julian Bashir viene confermata quando un semiaddormentata Ezri dichiara il suo amore per lui.

Thot Gor, Alto Comandante della Confederazione Breen, presenta Dax e Worf alla Femmina Cambiante come dono. I Breen sono accettati nel Dominio indipendentemente dalla disapprovazione del trattato da parte di Damar e dalle sue conseguenze per Cardassia. Septimus III viene attaccato dai Klingon e sebbene Weyoun si fosse impegnato "ad evitarlo", i 500,000 soldati dell'Undicesimo Ordine sono spazzati via. L'umore di Damar peggiora quando a Thot Gor viene acconsentito l'accesso alle informazioni cardassiane classificate.

Worf e Ezri tornano alla stazione intanto i Breen attaccano la Terra. Il quartier Generale della Flotta Stellare e i Golden Gate vengono danneggiati dall'attacco. Un riluttante Solbor porta Winn al libro del Kosst Amojan, ma le pagine del libro con sua grande sorpresa sono vuote. Quando Solbor scopre il piano di Winn per liberare i Pah-Wraith, lei lo uccide il suo sangue di Solbor cadendo sul libro rende visibile il testo.

Durante una riunione strategica, Capo O'Brien rivela che la sola nave sopravvissuta alla Seconda Battaglia di Chin'Toka: uno sparviero klingon che stava effettuando un adattamento casuale del suo nucleo di curvatura che ha neutralizzato l'azione dei disgregatori ad alta potenza Breen. Questa modifica non può essere applicata alle navi Federali e a quelle Romulane, mettendo gli alleati in forte svantaggio. Il Dominio deve rimandare l'offensiva finale per contrastare la rivolta di Damar e dell'esercito cardassiano. Per aiutare Damar a guidare la rivolta contro Cardassia, Benjamin Sisko ordina a Kira Nerys di andare con Garak su Cardassia per insegnare ai ribelli le tecniche di guerriglia. L'ammiraglio Ross conferisce sul campo il grado di comandante della Flotta Stellare a Kira Nerys.

Il Cancelliere Gowron invia il Generale Martok in un'inutile offensiva contro il Dominio a causa del loro inferiore numero. Gowron incolpa Martok per l'insuccesso, ma Sisko daltro canto accusa Gowron per aver ordinato in primo luogo una missione di fatto suicida. Worf rivela a Sisko il suo sospetto che la nuova strategia militare di Gowron fosse intesa ad umiliare Martok, senza pensare alle conseguenze per l'Impero Klingon. Worf suggerisce a Martok di sfidare Gowron, ma questi rifiuta persino di parlarne.

Sloan si presenta negli alloggi di Julian Bashir, abboccando al falso annuncio di una cura per la peste dei Cambianti. Quando Sloan non vede nessuna via di uscita dall'interrogatorio di Bashir, si suicida. Bashir, con Miles O'Brien, impiega un interprete engrammatico multitronico per entrare nella mente di infiltrate Sloan. Bashir mette in guardia O'Brien del poco tempo a disposizione per trovare le informazioni sulla malattia, in quanto i due morirebbero se sono ancora connessi al cervello di Sloan cesserà la sua attività residua. Entrando nella mente di Sloan trovano ad accoglierli il suo subconscio che è ben disposto ad aiutarli ma che non riesce a parlare…

La ribellione Cardassiana guidata dell'ex Legato Damar, subisce un duro colpo quando lo stesso Damar rimane bloccato su Cardassia Primo con Garak e Kira e le basi ribelli vengono distrutte. Il Dominio annuncia con orgoglio di aver schiacciato la ribellione e nomina un nuovo Legato, Broca, alla guida dell'Unione Cardassiana. Damar, Garak e Kira trovano rifugio nella casa di Mila, ex governante di Tain. Incoraggiati da Kira, i tre bombardano una caserma di Jem'Hadar, e Damar rivela alla popolazione che non è morto come sosteneva la propaganda del Dominio, invitando la popolazione ad insorgere. Sebbene la resistenza militare organizzata sia finita una massiccia guerra civile ha inizio …

Su Deep Space Nine gli Alleati si preparano ad imbarcarsi per quella che potenzialmente è l'offensiva decisiva nella guerra con il Dominio, Bashir si sveglia nel suo allogio con al fianco Ezri, O'Brien parla con la sua famiglia in merito ad accettare un incarico sulla terra e Sisko conforta Kasidy incinta ed in preda alla nausea. Mentre sui dirige alla battaglia sulla Defiant, Sisko ha una visione della madre Sarah, uno dei Profeti di Bajor, che gli dice che la fine del viaggio "non è davanti a te, ma dietro di te". La battaglia tra la flotta del Dominio (Jem'Hadar, Breen e Cardassiana) e quella degli Alleati (Federazione, Klingon e Romulani) ha inizio. Kira, Garak e Damar, nascosti su Cardassia Primo, incitano alla rivolta e sabotano la rete elettrica del pianeta, tagliando le comunicazioni tra la flotta e il comando del dominio. Weyoun e una morente femmina Cambiante ordinano ai Jem'Hadar di spazzar via una città Cardassiana…

Stardate: Unknown. Sisko leads, what he hopes will be, a final all-out assault on Cardassia Prime. Kira and Garak mount a suicidal assault on the Cardassian headquarters occupied by the Dominion, who in turn kill innocent women and children village by village in retaliation for the Resistance's attacks.