El comandante Benjamin Sisko de la Flota Estelar llega a la estación Espacio profundo 9 con la misión de dirigir la puesta a punto de la misma y posteriormente comandarla. La estación está en órbita del planeta Bajor, recientemente liberado de la ocupación a la que estaba sometido por la Unión Cardasiana.

Descubren un agujero de gusano cerca de la estación y mueven la estación espacial hasta allí. El comandante Benjamin Sisko y Jadzia Dax, una trill, van por el agujero de gusano. Allí encuentran a unos seres incorpóreos que los bajoranos llaman profetas, y se comunican con Sisko y envían a la teniente Dax de regreso a EP9.

El tripulante de una nave que está siendo atacada por los cardasianos es rescatado por la estación Espacio profundo 9. Al subir a bordo, la mayor Kira Nerys reconoce a Tahna Los, con quien había luchado conjuntamente como miembros de la milicia bajorana. Los cardasianos, por su parte, exigen la extradición de quien consideran un terrorista que debe ser castigado.

Ibudan, un bajorano con cargos por asesinato en su pasado, aparece herido de muerte en una holocubierta de Espacio profundo 9, siendo Odo el encargado de investigar las circunstancias de su agresión, así como encontrar al culpable.

Una extraña epidemia se extiende rápidamente por la estación coincidiendo con el descubrimiento del jefe Miles O'Brien de un extraño artefacto de origen desconocido durante las reparaciones de los replicadores.

Una nave procedente del agujero de gusano llega a la estación. De ella baja un ser llamado Tosk. Poco después llega otra nave desconocida de la que desembarcan tres seres. Los tres alienígenas comunican a Sisko que Tosk es su presa y su objetivo es darle caza.

En su regreso por el agujero de gusano desde el Cuadrante Gamma, la teniente Dax y un alférez quedan atrapados en su lanzadera. Mientras O'Brien busca una forma de liberarlos, el doctor Julian Bashir descubre mediante los resultados de un escáner que la lanzadera lleva a bordo a un tercer pasajero. Al lograr liberar la tripulación descubren que se trata de Vash, una arqueóloga que tiempo atrás había decidido realizar sus exploraciones con la ayuda de los poderes de Q.

Ilon Tandro, un ser del planeta Klaestron IV, junto con dos colaboradores captura a la teniente Jadzia Dax después de que un trill llamado Selin Peers hubiera estado investigándola secretamente. El doctor Bashir, que la acompañaba en el momento del secuestro, no puede evitar su captura, pero da la alerta tan pronto como puede.

Durante un vuelo a bordo de una lanzadera de largo recorrido, Kira y el doctor Bashir reciben una llamada de socorro de una nave Kobliadana a la deriva. Tras teletransportarse a bordo de la nave descubren en ella a sus dos pasajeros: una oficial de seguridad llamada Ty Kajada y un asesino que está bajo su custodia: Rao Vantika. El delincuente tratará de escapar agrediendo a los oficiales de la estación Espacio profundo 9 que han acudido en su ayuda.

El comandante Sisko, junto con el resto de oficiales de mayor graduación de Espacio profundo 9 se preparan para recibir la primera visita de una delegación de un planeta del Cuadrante Gamma. Se trata de los Wadi, una especie descubierta por la Federación recientemente. A su llegada a la estación estos sorprenden a los oficiales cuando muestran un mayor interés por acudir al Bar de Quark’s, para participar en los diferentes juegos de azar que allí se ofrecen.

Quark recibe una visita tan inesperada como sorprendente en su bar, con la llegada del Gran Nagus Zeq, líder y miembro más reverenciado de la comunidad ferengi. Tras preparar el recibimiento que merece tal personalidad, Quark descubre asombrado que las intenciones de su líder no son otras que adquirir su establecimiento, pagando por él una cantidad irrisoria.

Mientras Quark se encuentra discutiendo con unos Miradorns gemelos acerca de la venta de un peculiar artefacto, son sorprendidos por Croden, un alienígena del cuadrante Gamma que demanda la propiedad del artefacto. Tras una batalla entre los Miradorns y el recién llegado, uno de los gemelos muere a causa de un disparo. Odo hace acto de presencia deteniendo a Croden y obligando a Quark y el Miradorn restante a comparecer ante el comandante Sisko.

La líder espiritual de Bajor, Kai Opaka, visita inesperadamente la estación Espacio profundo 9, en lo que se convierte en su primer viaje fuera de su planeta. Por sorpresa muestra su interés en realizar un viaje a través del agujero de gusano. Una vez llegados al Cuadrante Gamma, la nave es atacada por un satélite artificial, que causa la muerte de la Kai.

El peligro de sufrir una guerra civil se extiende rápidamente por Bajor. Para evitar tal situación, Sisko ofrece la neutralidad de la estación Espacio profundo 9 a los líderes de las dos facciones en disputa, los Paqu y los Navot. La sorpresa es evidente cuando a la llegada de la líder de los Paqu, Varis Sul, los oficiales descubren que se trata de una adolescente de apenas 15 años. Poco después le presentan a Woban, el líder de los Navot, con el que tendrá que negociar un acuerdo.

Los bajoranos, con la ayuda de los técnicos de la Federación, están preparados para realizar una transferencia de energía a gran escala desde su quinto satélite natural, llamado Jeradoo. En el análisis final, para descartar la presencia de personas en dicho satélite antes de iniciar el proceso, descubren presencia humanoide, lo que impide que se proceda a realizar la operación hasta haber realizado el desalojo. Kira se transporta a la superficie para alertar a la persona que ha quedado allí.

Los miembros de la tripulación descubren con asombro que, debido a algún misterioso fenómeno, todas las fantasías que tienen se convierten en realidad. Pese a que inicialmente parece que esta situación no conlleva ningún serio peligro, pronto descubrirán que estaban equivocados.

El doctor Bashir es el encargado de la recepción en la estación Espacio profundo 9 de una delegación de embajadores de la Federación, entre los que se encuentra Lwaxana Troi, madre de la consejera del USS Enterprise (NCC-1701-D), Deanna Troi. En una visita al Quark’s Lwaxana descubre que le han robado un valioso collar. Odo, atento como siempre a lo que sucede en la estación, logra recuperarlo y se lo devuelve a la embajadora que cae enamorada del oficial de seguridad.

Kira muestra su desacuerdo ante Sisko por haber permitido éste la llegada de una nave Valeriana, especie que los bajoranos detestan al estar convencidos de que estos proporcionaron armas a los cardasianos durante el ataque y posterior ocupación de su planeta. Antes de la llegada de la nave, un crucero klingon emerge del agujero de gusano y estalla justo después de que un klingon agonizante se transporte a la estación.

Una nave Kobheeriana transporta a EP9 un pasajero enfermo. Al conocer la mayor Kira que está afectado por la enfermedad llamada Kalla-Nohra recuerda que tan solo se conocen afectados entre los que sufrieron un accidente en un campo de minado en el que los cardasianos esclavizaban a los bajoranos y que ella liberó años atrás. Al visitar la enfermería para ver de quien se trata, Kira descubre que se trata de un cardasiano.

Durante una clase en la escuela de la estación Espacio profundo 9, la profesora Keiko O'Brien explica a sus jóvenes estudiantes los aspectos técnicos que originan el agujero de gusano artificial junto al que está su estación. Un religioso bajorano, Vedek Winn, que está presente durante su visita a la estación, muestra su desacuerdo, asegurando que lo que realmente guía con seguridad a las naves dentro del agujero de gusano no es la tecnología, sino las manos de sus profetas.

Quark muestra a Kira Nerys un pendiente procedente de Cardasia IV que ésta reconoce inmediatamente como perteneciente a Li Nalas, un líder de la resistencia bajorana que se suponía muerto. Ante el descubrimiento Kira solicita autorización a Benjamin Sisko para realizar una arriesgada misión de rescate, que el comandante autoriza ante la aparición de anagramas alusivos al grupo terrorista El círculo en EP9, dada la posibilidad de que Nalas pueda dirigir un futuro pacífico de su pueblo.

El ministro Jaro de Bajor comunica al comandante Sisko su decisión de substituir a la mayor Kira como máxima representante de los bajoranos a bordo de EP9 por el recién rescatado líder militar Li Nalas, con lo que, además, se garantizaría la seguridad de éste ante la creciente inestabilidad política del planeta. El comandante de la Federación mostrará su descontento con la decisión.

A pocas horas de la llegada de las fuerzas bajornas a la estación Espacio profundo 9, Sisko decide permanecer a bordo, mientras el resto de personal de la Federación continúa desalojándola. El resto de oficiales de mayor graduación le comunican su intención de permanecer junto a él, con la esperanza de encontrar una vía de detener la expulsión.

A causa de una feroz tormenta de plasma es necesario desalojar EP9, quedando en ella tan solo el personal indispensable para asegurar su correcto funcionamiento. En ese momento, una nave alienígena dañada solicita ayuda, obteniendo autorización para estacionar en uno de los hangares.

Un joven cardasiano, de visita a la estación junto con su padre adoptivo, un bajorano, muestra una inesperada ira ante la presencia del sastre Garak, también cardasiano. El líder de la Unión Cardassiana, Gul Dukat, se pone en contacto con el comandante Sisko para investigar los motivos por los que un cardasiano está bajo la tutela de un bajorano.

La alférez Melora Pazlar llega a bordo de EP9 con la misión de dirigir un equipo que cartografíe el inexplorado Cuadrante Gamma. Melora pertenece a la raza Elaysiana, una especie nativa de un planeta con una gravedad natural muy baja, lo que le obliga a utilizar una silla de ruedas y otras ayudas artificiales para poder valerse en el entorno normal. A su llegada a la estación, pronto deja bien claro que no espera ni quiere ningún tipo de trato especial por su condición.

Quark recibe de parte del Gran Nagus Zek la importante noticia de su designación como encargado de la expansión comercial ferengi en el Cuadrante Gamma. La primera negociación es con los Dosi, a los que Quark debe comprar una importante remesa de barriles de vino para establecer las primeras relaciones.

Pallra, una mujer bajorana logra convencer a Quark para que busque en su bar la caja fuerte que supuestamente su último marido ocultó allí durante la ocupación cardasiana. El ferengi, esperando encontrar un tesoro de gran valor inicia la búsqueda por la noche y a escondidas, pero su sorpresa llega cuando descubre que la caja tan solo contiene una lista de nombres bajoranos.

Durante la conmemoración del comandante Sisko del cuarto aniversario del fallecimiento de su esposa en el Promenade, encuentra una mujer llamada Fenna, que entabla conversación con él, y que desaparece poco después tan misteriosamente como había aparecido.

Una nave alienígena de origen desconocido llega a través del agujero de gusano. Ante el inestable estado de la nave sus cuatro tripulantes son transportados a la estación, donde tratan de comunicarse sin lograrlo debido a las dificultades del traductor universal por descifrar su idioma. Cuando finalmente logran entenderse, informan que otros tres millones de Infirmary en el otro lado del agujero necesitan asistencia.

El jefe Miles O'Brien está considerablemente preocupado acerca de su edad y estado de forma física tras haber perdido claramente en un partido de frontón jugado contra el doctor Julian Bashir, y así se lo hace saber a su esposa Keiko. Bashir, por su parte, comenta la mala reacción que ha observado en el ingeniero tras perder, y duda de la conveniencia de aceptar jugar el partido de revancha.

El doctor Mora Pol, científico bajorano que estuvo al mando de las investigaciones sobre Odo después de su aparición, llega a EP9 anunciando que cree haber encontrado una pista sobre el origen del metamorfo, lo que dispara la curiosidad de éste ante su afán de descubrir sus raíces.

Durante una guerra que se extendió durante siglos entre los T’Lani y los Kellerun crearon unas peligrosas armas de destrucción que el doctor Bashir y O'Brien deben lograr destruir. Para lograrlo se trasladan a un laboratorio en órbita de T’Lani III, que resulta atacado por un grupo de soldados Kellerun. Sisko recibe la falsa noticia de la muerte de sus dos oficiales por un error durante la investigación llevada a cabo.

Tras regresar de una misión en el sistema Paradas, O'Brien sospecha que tanto su esposa como el resto de gente que conoce están dispensándole un trato diferente al habitual. En poco tiempo será consciente de que no se trata de una mera suposición, y deberá buscar el motivo de esta situación.

Realizando una misión en busca de planetas de clase M situados en sistemas estelares cercanos al agujero de gusano, Sisko y O'Brien descubren la presencia de una colonia de humanos. Al transportarse a la superficie para establecer contacto con los habitantes, éstos les informan que llevan diez años allí y que desde su llegada no ha funcionado ninguno de los dispositivos electrónicos que llevaban.

Durante una exploración en el Cuadrante Gamma, Odo y Dax detectan emisiones procedentes de la superficie de un planeta inexplorado, por lo que se acercan para investigar su origen. Una vez allí encuentran una colonia de Yaderanos, que se encuentra bajo la protección de un ser llamado Colyus. Éste les explica las misteriosas desapariciones de los habitantes que están sufriendo últimamente, ante lo que ofrecen su ayuda para investigar el asunto.

Dax recibe el encargo de evaluar a Arjin, un joven trill que desea poder hospedar en su interior a un simbionte. Ante la enorme fama de Dax y la fama de inflexibilidad de Curzon Dax, el joven muestra su temor a no parecer preparado para la unión.

Mientras Odo investiga sobre los rumores que apuntan que Quark podría haberse hecho con un pequeño dispositivo de ocultación, una dañada nave cardasiana solicita ayuda a EP9. Sisko autoriza a sus tres pasajeros: el profesor Natima Lang y sus dos estudiantes a permanecer en la estación hasta que finalicen las reparaciones de su nave.

Kor, Koloth y Kang, tres guerreros klingons con una fama irrefutable, llegan a bordo de Espacio profundo 9 con la intención de reunirse con su viejo colega Curzon Dax. Su sorpresa será mayúscula al descubrir que el viejo Curzon Dax es ahora la atractiva Jadzia.

Una nave cardasiana estalla durante las maniobras para abandonar Espacio profundo 9. Ante el descubrimiento de que no se trata de un accidente, el frágil alto el fuego entre la Federación y la Unión Cardasiana parece peligrar, por lo que la Flota Estelar envía al teniente comandante Cal Hudson, viejo amigo de Sisko. Éste descubre que los colonos que quedaron en territorio cardasiano tras el acuerdo de paz se sienten abandonados por la Federación.

El teniente comandante Cal Hudson comunica a Sisko su firme intención de abandonar la Flota Estelar para unirse a los rebeldes Maquis, en su lucha contra los cardasianos, a los que acusa de estar introduciendo grandes cantidades de armas en la zona desmilitarizada.

Durante el almuerzo semanal que comparten el doctor Bashir y Garak, el sastre cardasiano parece sufrir algún tipo de indisposición aguda, sin embargo rechaza toda la ayuda que el doctor trata de dispensarle. Poco después Bashir recibe un aviso de Quark, que le comunica que Garak está en su bar en un pésimo estado. A la llegada del doctor, Garak pierde el conocimiento tras claras muestras de dolor.

Tras sufrir dificultades técnicas en su regreso a través del agujero de gusano a bordo de una lanzadera, Kira y el doctor Bashir descubren que han aparecido en un universo alternativo, en el que una doble de la bajorana dirige la estación.

Después de un largo proceso, Bajor está a punto de elegir el que será su nuevo líder espiritual, puesto para el que parte con clara ventaja Vedek Bareil, que había sido designado por Kai Opaka como su sucesor natural. Vedek Winn es la única persona que puede interponerse en su elección como nuevo Kai.

Durante el viaje a bordo de una lanzadera de largo recorrido que debía llevar a Miles O'Brien y su esposa Keiko a unas merecidas vacaciones, la nave es detenida por un crucero cardasiano, cuyos tripulantes detienen a Miles y lo trasladan hasta Cardasia Prime, sin comunicarle el motivo de su apresamiento.

Lo que debía ser un viaje padre-hijo de Benjamin y Jake Sisko se estropea con la presencia de Quark y Nog. Poco después de acampar el grupo en un planeta inhabitado del Cuadrante Gamma, Sisko y Quark encuentran a una alienígena que, asustada, les comunica que está huyendo de un grupo de soldados Jem’Hadar, que repentinamente aparecen capturándolos a los tres.

Kira Nerys muestra su preocupación por el limitado sistema defensivo de Espacio profundo 9 ante el temor de un posible ataque a gran escala por parte del Dominio, mediante sus fuerzas de asalto Jem’Hadar. Benjamin Sisko, por su parte, regresa a la estación a bordo de una nave experimental diseñada especialmente para enfrentarse en combate con los poderosos Borg: el USS Defiant.

Tras años de búsqueda, Odo encuentra el que resulta ser su planeta de origen, y descubre como todos los miembros de su especie conviven en completa unión. Mientras, el comandante Sisko tiene conocimiento de que la Federación está negociando un tratado de paz con el Dominio, representado por Borath, uno de los Fundadores.

Motivado por el riesgo en el que vive la estación Espacio profundo 9, el negocio va muy mal en el bar de Quark, que apenas tiene clientes. Un solitario klingon realiza más gasto del que puede permitirse, y cuando Quark se acerca para reclamarle el dinero, éste se suicida tras amenazar al ferengi con un cuchillo. La repentina aparición de una multitud interesada en lo sucedido hace que Quark vea un posible renacimiento de su local explicando que él mismo mató al klingon en autodefensa.

Jadzia Dax sufre una extraña alucinación cuando, tras encontrar un teclado musical, toca una familiar melodía, pese a no tener conocimientos musicales. Extrañada por las visiones, decide acudir al doctor Julian Bashir, que descubre que una sustancia neurotransmisora que une su mente con la del simbionte se encuentra en su organismo en cantidades extremadamente bajas, pudiendo estar en peligro su unión.

En un viaje rumbo a Bajor, la mayor Kira es secuestrada, despertando poco después en Cardasia, donde se ve transformada en una cardasiana. Ante su sorpresa y repulsión, un oficial cardasiano llamado Entek le informa que ella es en realidad una cardasiana que fue infiltrada en territorio bajorano para investigar a sus enemigos.

Un Boslic, capitán de una nave, ofrece a Quark la posibilidad de comprar como chatarra los restos de una nave estrellada en el Cuadrante Gamma. La sorpresa invade a Quark cuando, investigando su nueva adquisición, descubre un pequeño bebé entre los escombros, que entrega en la enfermería rápidamente. Una vez allí, Sisko verá con sorpresa como en unas pocas horas ese bebé se convierte en un niño de cerca de 8 años.

Sisko, O'Brien y Jake se encuentran atrapados en una antigua zona de Espacio profundo 9 en la que se trataban los minerales obtenidos, tras activar accidentalmente un sistema de seguridad cardasiano implementado para evitar posibles revueltas entre los esclavos trabajadores durante la ocupación. El resto de la tripulación, y ellos mismos, deberán buscar una forma de salir de allí.

Durante una misión de exploración del Cuadrante Gamma, Sisko, O'Brien, Dax y Bashir, a bordo del USS Defiant descubren la existencia de un planeta en un lugar en el que no se había detectado nada en exploraciones anteriores. Al descubrir formas de vida en la superficie deciden descender y una vez allí sus habitantes les explican que su planeta, Meridian, cambia constantemente de dimensión, pasando la mayor parte del tiempo en un universo en el que ellos existen tan solo como consciencia.

El comandante William T. Riker llega a bordo de Espacio profundo 9 para visitar la estación. La mayor Kira decide ser su anfitriona en una visita a las instalaciones y a la nave USS Defiant. Una vez allí, sin embargo, Riker ataca a Kira. Tamal y Kalita, dos colaboradores de Riker suben a bordo inmediatamente después y abandonan la estación a bordo de la nave.

Durante los preparativos previos a la celebración del festival bajorano de gratitud llegan a la base Vedek Bareil, que se reúne con Kira, y una agotada Keiko, a la que espera su marido Miles O'Brien. Por sorpresa para Odo, también llega la embajadora Lwaxana Troi, que continúa enamorada de él.

De viaje a la Tierra, Sisko, Bashir y Dax se ven afectados por un problema en el transportador, que los traslada al San Francisco del año 2024, donde Dax es separada de sus dos compañeros, que son capturados por la policía y llevados a una zona de la ciudad en la que la gente vive en condiciones de extrema pobreza.

Sisko, con la difícil misión de lograr que los acontecimientos históricos no sufran alteración ninguna por su visita al siglo XXI, se ve obligado a tomar el papel de Gabriel Bell, un héroe en su tiempo por proteger con su propia vida la de los rehenes durante unas revueltas sociales en demanda de oportunidades para todos.

Una nave bajorana en camino a Espacio profundo 9 sufre un terrible accidente, del que logra salir ilesa Kai Winn. Vedek Bareil, sin embargo, resulta gravemente herido, hasta el punto de ser considerado muerto. Antes de iniciar la autopsia, el doctor Bashir descubre una débil deñal de vida y, poniendo todo su esfuerzo en ello, logra revivir al bajorano.

Kira y Odo, a bordo de una lanzadera de largo recorrido, descubren que una nave Maqui estaba atacando una nave Lissepiana. Al iniciar la persecución, la nave rebelde se estrella en un satélite natural, en el que aterrizan la lanzadera para detenerlos. Poco después de iniciar su búsqueda a pie, Odo recibe una llamada de socorro de Kira, que se encuentra atrapada por una misteriosa roca que parece ir creciendo lentamente en torno a su cuerpo.

En los primeros pasos dentro del acuerdo de paz entre Cardasia y la Federación, dos científicos cardasianos acuden a EP9 para implementar un sistema de comunicación permanente entre la zona bajorana y el cuadrante Gamma. Vedek Yarka alerta al comandante Sisko de la proximidad de una antigua leyenda bajorana que anuncia la destrucción del agujero de gusano.

El Gran Nagus Zek visita a Quark en la estación Espacio profundo 9, con una importante noticia para comunicarle. La emoción inicial ante el anuncio de que Zek está preparando una revisión de las Reglas de Adquisición Ferengis se torna en desconcierto al descubrir Quark que las nuevas van totalmente en contra del código comercial de su planeta, en lo que parece un ataque de locura del Gran Nagus.

Un grupo de romulanos llegan a Espacio profundo 9 en virtud de un acuerdo alcanzado entre la Federación y el Imperio Romulano, por el cual equiparán el USS Defiant con un dispositivo de ocultación a cambio de poder obtener información confidencial acerca del Dominion. O'Brien, paralelamente, se ve afectado por unas radiaciones que le hacen sufrir extrañas visiones, que el doctor Bashir considera normales atendiendo a su estado.

Un alienígena llamado Altovar solicia a Bashir que éste le subministre una sustancia de uso restringido, a lo que el doctor se niega. Poco después descubre que Altovar está en la enfermería, tratando de robar la mencionada sustancia. Al verse acorralado, el ladrón ataca a Bashir con una extraña arma. Al recuperar la conciencia, descubre que está envejeciendo a un ritmo extremadamente acelerado.

El Comandante Sisko es abducido por el O'Brien del universo alternativo que un año atrás habían visitado Kira y Bashir. Una vez allí, O'Brien comunica a Sisko que su doble de ese universo, líder de la resistencia Terrana, había muerto, y que necesitan su colaboración para lograr sobreponerse ante ese duro golpe a sus planes.

Lo que inicialmente parece una explosión accidental en la sastrería de Garak pronto se descubre como un acto terrorista meticulosamente camuflado como un accidente. El cardasiano, sin embargo, continúa con su habitual secretismo ante las preguntas de Odo y Sisko sobre posibles sospechosos, lo que no facilita el descubrimiento del culpable o culpables.

Garak se une con su antiguo mentor, Enabran Tain, para realizar una misión para aniquilar a los Fundadores, líderes del Dominio, en una operación conjunta de la Orden Obsidiana cardasiana y el Tal Shiar romulano.

Sisko está entusiasmado ante la posibilidad de construir con sus propias manos una antigua nave bajorana de la que había obtenido los planos en un reciente viaje al planeta. Esta nave, de 800 años de antigüedad sirvió a los bajoranos para explorar su sistema estelar e incluso más allá. Una vez finalizada se enorgullecerá de realizar el primer viaje con la ayuda de su hijo Jake.

Quark recibe a Brunt en su bar, un miembro de la autoridad comercial ferengi, que le comunica que ha sido acusado como responsable de los actos de su madre, al ser el varón de más edad vivo en su familia. Al descubrir Quark que su madre ha roto las normas ferengis que prohíben a las mujeres hacer negocios, emprende rápidamente un viaje hasta Ferenginar.

Cuando el presidente del gobierno provisional de Bajor muere, Kai Winn ocupa su posición provisionalmente. Entre sus primeras decisiones, envía a Kira a su provincia natal, donde unos granjeros rechazan ceder parte de sus tierras. El líder de los granjeros, llamado Shakaar, formó parte de la resistencia bajorana en la ocupación cardasiana junto a la mayor.

Jadzia Dax ultima los preparativos del zhian’tara, un ritual trill por el cual logran transferir temporalmente las personalidades de los anteriores anfitriones del simbionte a otras personas, una forma de lograr acercarse más a la personalidad de cada uno al poder conversar directamente con ellos. Sisko, Kira, Bashir, Odo, Quark, O'Brien y Leeta le ofrecen su colaboración.

Sisko es promocionado oficialmente al cargo de capitán. En la fiesta de celebración el almirante Krajensky le informa de su primera misión como capitán: deberá llevarle a bordo del USS Defiant hasta el sector Tzenkethi, debido a un golpe de estado sufrido en el gobierno de ese imperio que pone en peligro la seguridad de los colonos que la Federación tiene a lo largo de la frontera con ellos. Durante el trayecto reciben una llamada de socorro de la colonia en el planeta Barisa Prime.

Una flota de naves del Imperio Klingon está estacionada en los alrededores de Espacio profundo 9. El comandante de esta fuerza, el general Martok, le comunica al capitán Benjamin Sisko que su presencia allí obedece a su firme intención de ayudarles a combatir contra el Dominio. Sisko se muestra escéptico, debido a que en ningún momento han solicitado ayuda a los klingons para este asunto.

Los tripulantes de EP9 descubren que las intenciones reales de los klingons no son otras que lograr el control de Cardasia. Ante la llegada de numerosas naves más, Sisko prepara la estación para el inminente combate, que no tarda en iniciarse al abrir fuego los klingons.

Décadas en el futuro, un anciano Jake Sisko es visitado en su hogar de Nueva Orleans por Melanie, una joven aspirante a escritora interesada en descubrir el motivo por el que un afamado escritor como Jake decidió abandonar el mundo de la escritura con tan solo 40 años de edad.

Durante el viaje de regreso a la estación desde el Cuadrante Gamma, Julian Bashir y Miles O'Brien captan una llamada de socorro procedente de un planeta cercano. Al llegar son atacados y su nave se estrella. Una vez allí son capturados por un grupo de Jem’Hadar, cuyo líder Goran’Agar ordena encarcelar al descubrir que Bashir es un médico. Le explica al doctor que por algún motivo ya no depende del Ketracel blanco y le pide que encuentre una cura a esta adicción impuesta por el Dominio para sus hombres.

Kira Nerys debe aceptar que Gul Dukat le acompañe en una investigación en el sistema Dozaria acerca de una nave cardasiana que desapareció seis años atrás cuando transportaba a un numeroso grupo de prisioneros bajoranos, entre ellos un amigo suyo.

Un grupo de trills, encabezado por la doctora Lenara Kahn, llega a Espacio profundo 9 para iniciar una serie de investigaciones a bordo del USS Defiant. Al recibir la noticia Jadzia Dax descubre que un anterior huésped del simbionte al que está unida la doctora estuvo casada con Torias Dax. La situación es muy delicada debido a las severas sanciones impuestas por la ley trill en lo referente a las uniones sentimentales con antecedentes en huéspedes anteriores.

Sisko encabeza una representación de la Federación que se dirige al sistema Karemma, dentro del Cuadrante Gamma, con intención de iniciar relaciones comerciales bilaterales. Una vez llegado al punto de encuentro, dos naves Jem’Hadar aparecen, atacando la nave Karemma, que trata de despistar al enemigo adentrándose en la densa atmósfera de un planeta cercano. El USS Defiant acude a su ayuda persiguiendo las naves del Dominio.

Años después de que Quark prestara dinero a su primo Gaila con la condición de que si éste lograba tener éxito en los negocios le compraría una nave, recibe la esperada recompensa. Para celebrarlo, Quark decide llevar a su sobrino Nog a la Academia de la Flota Estelar utilizando su nueva nave, pero al llegar al sector de la Tierra una avería causa que la nave se estrelle en Roswell, Nuevo México, después de viajar al pasado hasta el año 1947.

Worf accede a acompañar a Dax y el guerrero klingon Kor en su búsqueda de la Espada de Kahless, un artefacto legendario del que no se conoce el paradero desde hace siglos. Sin que el trío tenga conocimiento de ello, no serán los únicos que persiguen encontrar ese Bat’leth.

Bashir ve como Garak interrumpe su diversión en la holocubierta en la que estaba disfrutando interpretando su papel como agente secreto en los años 1960. Paralelamente, Sisko, Kira, Dax, O'Brien y Worf regresan a la base en una lanzadera que estalla accidentalmente, dando el tiempo justo a Eddington para salvar sus patrones en algún sistema de la estación.

La explosión de una bomba durante una conferencia entre la Federación y el Imperio Romulano causa la muerte de 27 personas en la Tierra. Sisko y Odo son llamados desde San Francisco ante las pruebas que indican que un metamorfo ha sido el encargado de situar el artefacto.

Mientras la Federación entera se prepara ante una posible invasión inminente por parte del Dominio, Sisko sospecha que algunos miembros del alto mando de la Flota Estelar están tratando de imponer un estado de emergencia que quite los poderes del gobierno democrático y se los asigne a la cúpula militar.

El primer ministro de Bajor, Shakaar, llega a la estación Espacio Profundo 9 con la intención de negociar la prematura admisión de Bajor en el seno de la Federación Unida de Planetas ante el inminente riesgo que supone el Dominio. Las alarmas saltan en el departamento de seguridad cuando reciben amenazas de un grupo extremista cardasiano, que pretende asesinar a Shakaar.

El primer ministro bajorano, Shakaar, asigna a Kira la misión de dirigirse a una base cardasiana para reunirse con la intención de compartir la información que poseen sobre los klingons. A su llegada descubre que Gul Dukat ha perdido todo su poder en Cardasia a causa de haber reconocido públicamente que Tora Ziyal es su hija, y que ahora sobrevive como un fugitivo, comandando una nave con la que huyó.

El hermano de Worf, Kurn, llega por sorpresa a la estación Espacio profundo 9, donde le reclama que ejerza su obligación como hermano y le honre con la ejecución del ritual Mauk-to’Vor, ya que después de su apoyo a la Federación durante la guerra con el Imperio Klingon él y toda su familia han sido deshonrados y han perdido cuanto poseían. Worf, sin otra alternativa que cumplir los deseos de su hermano, lo hiere mortalmente, pero la intervención de Odo y Dax evita que el klingon muera.

Rom pierde el conocimiento en el bar de Quark, y es trasladado rápidamente a la enfermería, donde el doctor Bashir le informa que padece una grave infección en un oído, que podría haber llegado a causar su muerte. Ante la negativa de Quark de darle la baja a su hermano para recuperarse, Bashir le sugiere la creación de un sindicato, idea que es rápidamente acogida por el resto de trabajadores del local.

Una nave de origen bajorano pero con siglos de antigüedad aparece repentinamente a través del agujero de gusano, con un único tripulante que es transportado rápidamente a la enfermería de Espacio proifundo 9. El tripulante, un legendario bajorano llamado Akorem Laan asegura que sufrió un accidente en el espacio y que los Profetas le salvaron la vida, anunciándole que había sido elegido para ser el Emisario. Resulta que él viene del pasado.

Durante una batalla entre la Federación y el Imperio Klingon en la que Worf participó dirigiendo el USS Defiant, abrió fuego sobre una nave que se estaba desocultando ante ellos, sin tener tiempo a ver que se trataba de una nave civil de pasajeros. Por este motivo, se encuentra inmerso en un juicio, en el que es defendido por el capitán Sisko ante el abogado klingon de la acusación: Ph’Pok.

Capturado y acusado de espionaje por los Argrathi, O'Brien regresa a EP9 tras haber cumplido su condena. Los Argrathi utilizaron en él una tecnología mediante la cual en apenas unas horas implantan en la mente de un delincuente los recuerdos de 20 años de condena, lo que resulta mentalmente devastador para O'Brien, que requiere de la asistencia de un consejero mientras Bashir encuentra una solución.

La doble de la esposa de Sisko, Jennifer, procedente del universo alternativo se reúne con Sisko. Al llegar Jake a su habitación y ver a la doble de su madre, Sisko les deja solos para que puedan hablar. A su regreso ve que no hay nadie, y encuentra tan solo un pequeño dispositivo que, al activarlo, lo transporta al otro universo, donde es capturado por el doble de O'Brien.

La embajadora de Betazed Lwaxana Troi llega a EP9 con la inesperada noticia de su embarazo. Su marido, un Tavnian, pretende que una vez nacido el bebé, y siguiendo su tradición, se lo entregue a él para criarlo en solitario hasta que cumpla los 16 años de edad. Lwaxana decide tener a su hijo en la estación para evitar perderlo.

Un importante cargamento de replicadores con destino a Cardasia, donde son urgentemente necesarios pasa a través de Espacio profundo 9, donde deben garantizar su seguridad frente a posibles ataques klingons o atentados Maquis. La información de que hay un maqui oculto entre los visitantes de la estación hace recaer las sospechas sobre Kasidy Yates, la compañera sentimental del capitán Sisko.

Una nave Jem’Hadar ataca la estación Espacio profundo 9, ante lo que Sisko prepara un equipo de salida que los persigue a bordo de USS Defiant hasta el Cuadrante Gamma, a través del agujero de gusano. Una vez en la otra parte del agujero, encuentran otra nave Jem’Hadar a la deriva, de la que rescatan a seis guerreros y a Weyoun, su líder Vorta, que informa a Sisko que la otra nave está tripulada por un grupo de renegados que pretenden hacerse con una tecnología que podría ser devastadora.

Bashir y Dax llegan a un planeta cuyos habitantes han sido atacados por armas bacteriológicas, que causan una enfermedad llamada Blight, reconocida por unas marcas azules a lo largo de la cara y cuerpo de los infectados que se tornan rojas en el proceso final, en el que un gran dolor es el preludio de la muerte. Bashir tratará de ayudar al médico local, Trevean, pero descubre que lo único que hace el doctor es practicar la eutanasia para evitar el sufrimiento en lugar de buscar una cura.

Quark regresa de su viaje a Ferenginar con la terrible noticia de que sufre una devastadora enfermedad llamada síndrome Dorek, por lo que le queda en torno a una semana de vida. Dado que las reglas ferengis establecen que deben pagar todas sus deudas antes de morir, Quark decide poner los restos de su propio cuerpo a la venta.

Odo es trasladado a la enfermería cuando inesperadamente pierde su forma física. Tras un detallado examen, el doctor Bashir determina que está perdiendo su capacidad para mantenerse en estado sólido, pero desconoce el motivo. Hasta que logren encontrar una solución, Bashir ordena a Odo a permanecer bajo observación, lo que no es del agrado del metamorfo.

El capitán Benjamin Sisko debe demostrar que el líder klingon Gowron ha sido sustituido por un metamorfo del Dominio, que pretende controlar de esta forma el Imperio para facilitar su invasión del Cuadrante Gamma. Junto con Odo, Miles O'Brien y Worf se adentrará en el espacio klingon para desvelar la identidad del impostor.

Durante una misión de exploración del Cuadrante Gamma a bordo de una lanzadera de largo recorrido, el equipo formado por el capitán Sisko, Miles O'Brien, Jadzia Dax y Worf junto con otros tripulantes de Espacio profundo 9, observan como una nave Jem’Hadar se estrella sobre un planeta. El capitán decide regresar a la estación espacial para recuperar la nave enemiga utilizando el USS Defiant, pero durante ese tiempo otra nave del Dominio hace acto de presencia.

Grilka, una mujer klingon que estuvo casada con Quark en un matrimonio de conveniencia, llega a Espacio profundo 9. Worf se siente humillado cuando, tras enamorarse de ella solo verla, observa como ésta besa a Quark. Cuando pretende cortejarla, su acompañante le rechaza asegurando que hasta que Worf no recupere su honor entre los klingons, Grilka nunca estará con él.

En su desarrollo como escritor, Jake Sisko realiza un viaje en lanzadera junto con el doctor Julian Bashir, con intención de escribir una biografía sobre éste. Al recibir una señal de socorro de una colonia de la Federación bajo un ataque klingon, Jake convence a Bashir para acudir en su ayuda, esperando poder ver al doctor en acción, salvando vidas en primera línea de combate.

El USS Defiant está de regreso del espacio cardasiano transportando a bordo el Orbe del Tiempo Bajorano, cuando un pasajero llamado Arne Darvin, un espía camuflado, utiliza el artefacto para enviar el Defiant cerca de un sigo al pasado, a la Estación Espacio Profundo K-7, con la intención de alterar la historia asesinando al legendario capitán James T. Kirk envenenando una remesa de grano.

La felicidad de Miles O'Brien ante el regreso de su esposa Keiko desde el planeta Bajor se esfuma rápidamente al tener conocimiento de que una entidad alienígena la ha tomado como rehén, poseyéndola y amenazando su vida a menos que O'Brien realice ciertos cambios técnicos en los sistemas de Espacio profundo 9.

Worf viaja al planeta de ocio Risa, junto con Dax, Bashir, Quark y Leeta, con la intención de asentar su relación sentimental con Dax. Al llegar allí, sin embargo, se verá desalentado al descubrir que la máxima responsable en el planeta es un antiguo amor de Curzon Dax. Mientras tanto, un hombre llamado Pascal Fullerton, líder de un movimiento conservador de la moral y la cultura de la Federación, le informa que tienen la intención de destruir el sistema de gestión climático del planeta.

Tras el regreso de una misión en lanzadera, Bashir descubre como Sisko, Dax, Odo y Garak están inconscientes. Mientras él intenta que se recuperen, ellos despiertan en Terok Nor, el antiguo nombre de Espacio profundo 9 durante la ocupación cardasiana de Bajor, y descubren que de alguna forma han viajado al menos 9 años al pasado.

Odo debe escoltar a Quark en un viaje de ocho días para formar parte de un Jurado en un juicio. Poco tiempo después de salir de Espacio profundo 9 empiezan a oír un extraño sonido dentro de la lanzadera, y descubren que alguien ha escondido una bomba a bordo. Pese a que logran expulsarla de la nave, la explosión causa importantes desperfectos en ella, forzándoles a realizar un aterrizaje de emergencia en un planeta cercano en el que parecen no tener señal de radio.

Al ver un cuadro de la legendaria ciudad B’hala, de la que no se conoce su ubicación, que los cardasianos devuelven a los bajoranos tras haberlo expoliado durante la ocupación, Sisko se obsesiona con la búsqueda de la ciudad. Para lograr encontrarla inicia su investigación recreando en la holocubierta un obelisco representado en la pintura y que supuestamente indica el lugar exacto.

La muerte de Latha Mabrin, miembro del grupo de resistencia de Shakaar en el que sirvió Kira Nerys, unido a un mensaje recibido por la mayor, indica que alguien está planeando asesinar a todos los integrantes del antiguo comando. Kira realiza las gestiones para lograr que otro de los miembros, Fala, viaje a EP9 para poder garantizar su seguridad, pero durante el transporte en lanzadera también muere.

Coincidiendo con el parto de la mayor Kira, Odo adquiere en el local de Quark un recipiente que contiene a un ser de su especie, pero que es demasiado joven como para lograr alcanzar un estado sólido. Su intención de encargarse en solitario de su adiestramiento se verá alterada con la llegada del doctor Mora a Espacio profundo 9, el científico bajorano que crió a Odo en sus primeras etapas.

La captura del renegado Michael Eddington se ha convertido en una obsesión personal para el capitán Sisko, que al lograr localizar una señal suya no duda en partir a bordo del USS Defiant en su captura. En el momento de dar la orden de abrir fuego sobre la nave de Eddington una serie de fallos dejan prácticamente inutilizado el Defiant, lo que humilla al capitán.

Garak es llamado por los oficiales de Espacio profundo 9 para descifrar un mensaje cardasiano recibido desde el Cuadrante Gamma. El sastre asegura que se trata de un mensaje irrelevante, pero es descubierto poco después tratando de abandonar la estación a bordo de una lanzadera. Al ser interrogado reconoce que se trata en realidad de una llamada de auxilio lanzada por su antiguo mentor y líder de la Orden Obsidiana: Enabaran Tain.

Numerosas tropas de diferentes orígenes se preparan en los alrededores del agujero de gusano para un inminente ataque cuando una flota Jem’Hadar pasa a través suyo, pero poniendo incomprensiblemente rumbo hacia espacio cardasiano. Gul Dukat rompe la formación y los persigue, pero en lugar de atacarlos se une a sus fuerzas, desvelando un acuerdo secreto alcanzado entre el Dominio y la Unión Cardasiana.

El doctor Lewis Zimmerman informa a Bashir que ha sido seleccionado como modelo para la nueva serie del programa médico de emergencia, por lo que realizará diversas entrevistas con amigos y familiares suyos, así como un amplio estudio de su historial. El doctor de Espacio profundo 9 no se muestra especialmente cómodo ante esta situación.

Odo queda sorprendido en Quark’s por los dotes de observación que muestra una bella mujer llamada Arissa. Inesperadamente, Arissa es capturada poco después cuando es descubierta intentando obtener información confidencial de los ordenadores de la estación. Al ser interrogada informa a Odo que quiere recuperar a su hija, que le arrebataron 15 años atrás y que uno de los pasajeros de Espacio profundo 9 tenía importante información del caso.

Gaila, el primo de Quark, llega a Espacio profundo 9 con una oferta de negocio que podría liquidar sus deudas en tan solo un mes. Quark debería encargarse de alojar y mostrar a sus clientes las diferentes armas del catálogo de su primo, pero sin quebrantar la ley gracias a el uso de las holocubiertas.

Tekeny Ghemor, el cardasiano que intentó hacerse pasar por el padre de la mayor Kira cuando fue secuestrada y quirúrgicamente alterada para hacerle creer que era cardasiana, visita a Kira como disidente por su oposición ante la alianza Cardasia-Dominio. Pese a que una enfermedad está a punto de acabar con su vida, ofrece a Kira la posibilidad de realizar un rito cardasiano por el que alguien que va a morir puede transmitir a sus familiares secretos que puedan causar daño a sus enemigos.

Acosado por su mala fortuna en los negocios, Quark decide regresar a Ferenginar, para vivir nuevamente en la casa de su madre, Ishka. Ésta lo recibe con alegría, pero al conocer las intenciones de su hijo de permanecer allí indefinidamente muestra su desacuerdo. Al entrar Quark en su antigua habitación descubre que el Gran Nagus Zeq está allí, ocultando una relación sentimental con su madre.

El general klingon Martok recibe su primera misión tras huir del campo de prisioneros del Dominio: debe encontrar la nave B’Moth, desaparecida cerca de la frontera con Cardasia. A bordo del Rotarran contará con la ayuda de Worf y Dax, que descubren como las constantes derrotas ante los Jem’Hadar han minado completamente el orgullo y la moral de los klingons de la tripulación.

Al iniciar una investigación sobre un planeta rodeado por una extraña barrera de energía, el USS Defiant se estrella en la superficie, donde descubren una colonia humana liderada por una mujer llamada Miranda O'Brien. Los colonos les informan que son en realidad sus descendientes, dado que al intentar despegar de la superficie sufrirán un accidente que los transportará 200 años al pasado y les atrapará en el planeta.

Sisko dispone de menos de once días para detener una serie de devastadores misiles camuflados que un pequeño grupo de Maquis que resisten ha lanzado hacia Cardasia. Dada la alianza entre Cardasia y el Dominio, de no lograr evitar el ataque se entraría en una guerra abierta en la que la superioridad de los enemigos de la Federación resultaría aplastante.

Durante las reparaciones de EP9, O'Brien ve como necesita algunas piezas que los replicadores son incapaces de generar, por lo que Sisko debe autorizar una misión para obtenerlas de la estación gemela, Empok Nor, en espacio cardasiano y abandonada.

Ante el avance del Dominio en el Cuadrante Alfa el capitán Sisko parece haber entrado en una depresión, que Jake trata de que supere adquiriendo una tarjeta de un jugador de béisbol legendario. Pese a convencer a Nog para ofrecerle todos sus ahorros, pierden la subasta ante un hombre llamado doctor Giger.

El capitán Sisko recibe órdenes de la Flota Estelar de evitar que más refuerzos del Dominio lleguen a territorio cardasiano. Como única posibilidad, Sisko decide desplegar una red de minas alrededor del agujero de gusano, medida que inevitablemente conduce a un rápido ataque de sus enemigos.

Tras meses de batallas con el Dominio, la Federación ve como tiene la guerra perdida, lo que desmoraliza a todos los tripulantes de las naves, incluidos los de la estación espacial Espacio profundo 9, que llevan tiempo luchando a bordo del USS Defiant tras haber dejado atrás la estación. El almirante Ross informa a la Defiant de su nueva misión: destruir el mayor depósito de Ketracel blanco del Cuadrante Alfa.

Viajando a bordo de la nave Jem’Hadar capturada tiempo atrás por Benjamin Sisko, la tripulación de EP9 entra en una nebulosa sin cartografiar, en la que sufren un accidente estrellándose en un planeta. Jadzia Dax resulta gravemente herida, y su vida corre un serio riesgo pese a que el doctor Bashir logra estabilizarla.

El general klingon Martok llega con su nave para obtener refuerzos y las reparaciones necesarias para continuar su lucha contra el Dominio. Worf descubre como entre la tripulación del general está su hijo Alexander, que él envió a la Tierra para que sus padres adoptivos le criaran después de que le dijera que no quería ser un guerrero.

El almirante Ross, a bordo de la Estación Espacial 375, informa al capitán Sisko del principal motivo del aplastante avance del Dominio en el Cuadrante Gamma: poseen un radar capaz de analizar todo lo que sucede a lo largo y ancho de cinco sectores. Sisko planea inmediatamente una forma de destruir esta estratégica instalación del enemigo.

Ante la necesidad de una importante victoria que recupere la moral de las tropas de la Federación en la larga guerra contra la alianza Cardasia-Dominio, el capitán Sisko planea realizar un ataque a gran escala para recuperar el control de la estación Espacio profundo 9 y, con ella, el paso a través del agujero de gusano.

Liderando desde el USS Defiant la flota de la Federación que se dirige al asalto de EP9, el capitán Sisko ordena que se abra fuego tan solo sobre naves cardasiana, para intentar abrir una vía de paso entre las tropas estacionadas en su camino. Mientras, Damar tiene conocimiento de que colaboradores de Sisko planean sabotear la estación desde dentro para facilitar la llegada de las tropas de la Federación.

Tras haber recuperado el control de la importante estación Espacio profundo 9, y pese a que la guerra contra los cardasianos y el Dominio continúa, Worf y Dax recuperan sus forzosamente abandonados planes de boda.

El doble de Vedek Bareil procedente del universo alternativo llega a Espacio profundo 9 tomando a la mayor Kira Nerys como rehén y asegurando que trata de huir de su universo. Sisko decide permitir a Bareil que permanezca en la estación, pese a la influencia que genera en Kira.

Después de que hubiera sido hecho público que el doctor Bashir fuera modificado mediante ingeniería genética, se le solicita que participe en un proyecto junto con otras personas en su misma situación, pero con personalidades completamente contrapuestas entre ellos. Pese a los problemas de comunicación y convivencia entre ellos, sus investigaciones avanzaran a un ritmo asombroso.

El Gran Nagus Zek comunica a Quark la terrible noticia de que su madre Ishka ha sido capturada por el Dominio, y que está preparando una misión de rescate, ofreciendo a Quark una importante recompensa si logra recuperar a su madre. El ferengi logra formar una tripulación junto con su hermano Rom, su sobrino Nog, Leck, Gaila y Brunt.

Sisko se reúne con Gul Dukat, antiguo líder de Cardasia ahora convertido en un prisionero tras haber perdido su poder con la muerte de su hija Ziyal. La nave que los transporta es inesperadamente atacada por un cruzero cardasiano, pero Dukat logra escapar y salva a Sisko, aterrizando en un planeta inhabitado.

La tripulación entera de Espacio profundo 9 se entristece de conocer la muerte de Morn, por causa de una tormenta iónica. Durante una fiesta en su memoria organizada por Quark para aprovechar la ocasión y ganar algún dinero, Sisko le comunica al ferengi que es el único beneficiario de la herencia de Morn.

Al conocer la destrucción de una nave en la que tenía muchos amigos, Sisko considera la posibilidad de abandonar la Flota Estelar. En ese momento, inexplicablemente, sufre visiones que lo sitúan en la Tierra del año 1953, en el papel de Benny Russell, escritor de una revista de ciencia ficción. En la misma redacción descubre a O'Brien, Kira, Bashir, Dax, Quark y Odo, todos con apariencia de humanos.

Durante la investigación de un extraño fenómeno subespacial, Dax, O'Brien y Bashir, a bordo de la lanzadera USS Rubicon ven como su tamaño es reducido a apenas 10 centímetros. Continúan la investigación seguros de que al salir de la zona de influencia por el mismo camino recuperaran su tamaño normal, pero el USS Defiant es atacado por una nave Jem’Hadar, lo que les obliga a salir por otro lugar, sin recuperar su tamaño normal.

La sección de espionaje e inteligencia de la Flota Estelar asigna a Miles O'Brien una misión secreta, por la cual debe infiltrarse en el peligroso Sindicato de Orión, para poder reunirse con un confidente que la Flota tiene infiltrado en la organización criminal.

Dax y Worf parten de EP9 con la misión de reunirse con un doble agente infiltrado en Cardasia, llamado Lasaran, que debe darles una importante información. Una vez localizado, el agente les pide ayuda para desertar y abandonar el territorio cardasiano.

Pese a estar segura de que la información que Gul Dukat le ha hecho llegar, referente a que su madre no está muerta como ella creía y que en realidad les abandono para ser su amante, es falsa, la mayor Kira pide autorización para utilizar el Orbe del Tiempo bajorano y ver en el pasado lo que sucedió realmente.

El agente Sloan, de asuntos internos de la Flota, llega a Espacio profundo 9 con las sospechas de que podría haber una brecha de seguridad en la estación. Para encontrar al espía que estaría filtrando información confidencial al enemigo recluye a los oficiales en sus habitaciones e inicia una ronda de interrogatorios.

Mientras revisaba la interminable lista de bajas sufridas en las últimas batallas contra la alianza Cardasia-Dominio, Sisko comprende que solo hay una posibilidad de ganar la guerra: deben convencer a los hasta entonces neutrales romulanos para que se unan al frente creado por la Federación y el Imperio Klingon. Para ello utilizará los recursos de Garak para que los romulanos crean que son un objetivo del Dominio.

El doctor Bashir muestra orgullosamente a sus amigos su última creación, un programa de la holocubierta que simula una sala de fiestas de Las Vegas de los años 1960, con un cantante llamado Vic Fontaine que, pese a ser un simple holograma pronto mostrará un especial sentido para comprender las emociones humanas.

Sisko es urgentemente llamado desde Bajor cuando descubren una tableta destinado al Emisario. Al observarla el capitán, entra en una visión en la que los profetas se comunican con él. Sisko decide llevarse la tabla a EP9 para analizarla en profundidad, pero recibe las reticencias de Kai Winn, que pretende que la retorne a Bajor.

De camino a Ferenginar, Nog y Jake Sisko ven como una nave Jem’Hadar abre fuego sobre su lanzadera. Cuando lo daban todo por perdido son teletransportados a bordo del USS Valiant, una nave de clase Defiant, en la que descubren que está tripulada por un grupo de adolescentes, que se identifican como el Escuadrón Rojo, el grupo de élite de la academia de la Flota Estelar.

El Gran Nagus Zeq y la madre de Quark, Ishka, llegan a Espacio profundo 9, donde comunican que el líder ha decidido, en virtud de su amor por Ishka, establecer una nueva ley por la quelas mujeres ferengis tienen las mismas oportunidades de hacer negocios que los hombres. Sin embargo, esta proposición sumió a todo Ferenginar en el caos, siendo Zeq desposeído de su cargo que actualmente ostenta Brunt.

Miles O'Brien y su esposa Keiko están disfrutando de un día de picnic en un planeta cercano junto con sus dos hijos. Inesperadamente Molly, de 8 años, desaparece en lo que parece ser un vórtice temporal. Al llegar la ayuda de Espacio profundo 9 determinan que Molly ha sido transportada 300 años en el pasado, y reactivan el vórtice, pero un error de cálculo hace que la niña que se perdió escasas horas antes regrese con 18 años de edad.

Navegando a bordo del USS Defiant, Sisko capta una señal de socorro procedente de la capitana Lisa Cusak, que logró sobrevivir a la destrucción de su nave a bordo de una cápsula de escape, e inmediatamente pone rumbo hacia el origen de la señal, a seis días de viaje. Pese a que inicialmente no logran comunicarse con ella, O'Brien logra hacerle saber que están en camino para rescatarla.

Tras interminables meses de guerra la Flota Estelar decide emprender una ofensiva en lugar de seguir manteniéndose solo a la defensiva, y determina que el primer ataque dirigido por Sisko se efectuará en el sistema cardasiano Chin’toka, los informes del cual indican que las defensas de que disponen allí son escasas.

Han pasado tres meses desde que un poseído Gul Dukat asesinara a Jadzia Dax y las cosas han cambiado considerablemente en la estación espacial Espacio profundo 9, donde Kira Nerys está temporalmente al mando de la estación. Mientras, el capitán Benjamin Sisko está en la Tierra buscando alguna forma de comunicarse con los Profetas, cuando recibe la visita de Ezri, una joven trill que se ha convertido en la nueva huésped de Dax.

Ezri se une a la tripulación formada por Sisko, su hijo Jake y su padre Joseph, partiendo hacia el planeta Tyree en busca del Orbe bajorano del Emisario. A su llegada al planeta descubren que es un enorme desierto, y Sisko guiado por extrañas visiones empieza a caminar hasta un punto en el que se detiene y cava en la arena.

A su llegada a la estación Espacio profundo 9, Ezri se encuentra con reacciones de todo tipo entre los antiguos amigos de Jadzia y de su marido, Worf. Esto se suma a la gran cantidad de recuerdos de vidas pasadas que están asaltando su mente desde el momento de la unión.

El capitán vulcaniano Solok, compañero y rival en la academia de la Flota Estelar de Sisko, llega a Espacio profundo 9 para realizar las reparaciones necesarias en su nave tras meses de batallas. Una vez allí, reta al capitán a un partido de béisbol en la holocubierta, lo que hace que Sisko deba preparar en dos semanas a un equipo competitivo de entre la tripulación, con el inconveniente de que ni siquiera conocen el deporte.

El grupo de genios genéticamente creados con el que el doctor Bashir compartió una investigación tiempo atrás escapa de su hospital y se dirigen a Espacio profundo 9 con la intención de pedir al doctor que encuentre una cura para su compañera Sarina, que está en un permanente estado catatónico.

Odo acude a una reunión secreta en la que descubre que la persona que ha contactado con él es el Vorta Weyoun, que le comunica su intención de desertar del Dominio, y pide asilo diplomático en el seno de la Federación a cambio de desvelar importante información confidencial que podría decantar la balanza a favor de la Flota Estelar en la guerra.

Worf recibe la visita de Kor, un veterano héroe de guerra, que le pide ayuda debido a que por su incontrolable ambición de poder se ha forjado numerosos enemigos dentro del Imperio, lo que le impide ser asignado como comandante de ninguna nave klingon. Worf se pone en contacto con el general Martok que, pese a sus reticencias, se verá obligado a aceptarlo como tercer oficial en su nave insignia.

Durante una misión de transporte de suministros a las tropas de la Federación que mantienen el control en una estación de comunicaciones del Dominio capturada por la Flota Estelar, Sisko observa como las tropas no solo tienen que resistir ante los ataques diarios del enemigo, sino que además son víctimas de minas antipersonas ocultas en el subespacio. Debido a la importancia de su misión allí, Sisko decide permanecer junto a ellos el tiempo que sea necesario.

Una antigua profesora de Kira Nerys y actualmente religiosa bajorana llamada Vedek Fala visita a la mayor en la estación Espacio profundo 9, dónde le ofrece un extraño cristal que la transporta a Empok Nor, donde se reúne con un Gul Dukat muy diferente al que ella conocía.

Tras haber perdido una pierna en un combate, Nog regresa a EP9 para pasar el tiempo necesario de su recuperación. Pese al buen funcionamiento mostrado por la pierna artificial que se le implanta, el trato con el resto de la gente se hace muy difícil para el joven ferengi, que decide escudarse en la holocubierta durante el tiempo que esté de baja, eligiendo el programa de Vic Fontaine.

Al descubrir el capitán Sisko que se ha perdido todo contacto con Miles O'Brien mientras este realizaba una misión secreta en Nueva Sydney, encarga a Ezri Dax que acuda en su búsqueda, dado que su familia posee una estación de minado en ese sistema.

El Gran Nagus Zeq es secuestrado durante un contacto comercial que estaba llevando a cabo en el universo alternativo. La doble de Erzi informa a Quark que la Alianza lo asesinará a menos que él les entregue un dispositivo de ocultamiento, que el ferengi se ve obligado a robar de una nave klingon y llevar al otro universo junto con Rom.

Un teniente de la Flota Estelar llamado Ilario es encontrado muerto en sus apostentos, asesinado por el disparo del rifle TR-116, una arma experimental. Paralelamente, Ezri se tiene que enfrentar a la personalidad de uno de los anteriores huéspedes de Dax, Joran, que fue un asesino. Al despertar de su sueño recibe la noticia de que ha habido un segundo asesinato en la estación.

A su regreso de una conferencia Odo descubre que un intruso se ha ocultado en su lanzadera. Se trata de otro de los cientos de criaturas metamorfas que el Dominio esparció años atrás por toda la galaxia y que ha estado hasta ahora aislada del resto de miembros de su especie.

Durante una relajante estancia en el programa de la holocubierta que simula Las Vegas, en el salón de fiestas de Vic Fontain, el doctor Bashir y O'Brien se verán inmersos en una novela negra cuando un gánster hace presencia y trata de asesinar al cantante.

Poco antes de partir rumbo a Rómulo para asistir a una conferencia, el doctor Bashir recibe la inesperada visita del director de la Sección 31, el brazo más temido de la inteligencia de la Flota Estelar, que le pide que colabore con ellos obteniendo cierta información durante su estancia en el planeta principal del Imperio Romulano.

Mientras Sisko adquiere unas tierras en Bajor donde espera poder construir su soñado hogar recibe noticias de la desaparición de Worf tras una terrible batalla contra el Dominio. Cuando, por motivos estratégicos, se ve forzado a abandonar su búsqueda, Ezri roba una lanzadera e inicia la búsqueda por su cuenta, asaltada por los recuerdos del klingon que tenía la anterior huésped de Dax, Jadzia.

Kai Winn viaja a EP9 para ayudar a Sisko en los preparativos para su boda y le comunica que los Profetas le han advertido que deberá afrontar una dura prueba en el futuro. Poco después de su llegada a la estación Kai Winn tiene una largamente esperada visión de los profetas que le informan de que pronto llegará a ella una persona que le ayudara a liderar la restauración de Bajor.

Un giro inesperado modifica todas las estrategias calculadas para la guerra cuando el Dominio firma un acuerdo con los poderosos Breen, que desplaza fuera de su posición privilegiada a la Unión Cardasiana que ve peligrar su seguridad ante las condiciones impuestas por los Breen.

Mientras la recientemente formada alianza entre el Dominio y los Breen celebran sus aplastantes victorias en las primeras batallas, el líder cardasiano, Damar, planea secretamente un alzamiento para liberar su territorio de la ocupación del Dominio. Mientras, en Bajor, Gul Dukat convence a Kai Winn de que deben liberar a los espíritus Pah, los enemigos de los Profetas.

Ansioso por colaborar con el movimiento revolucionario impulsado por Damar contra el Dominio, el capitán Sisko ordena a la mayor Kira que aparte sus prejuicios ante los cardasianos y los instruya con sus conocimientos en el campo de la resistencia.

Mientras Kira colabora con Damar en la resistencia cardasiana, Odo regresa a EP9 aquejado de una enfermedad que está acabando con los miembros de su especie, por lo que el doctor Bashir empieza inmediatamente la búsqueda de una cura.

O'Brien y Bashir informan a Sisko que la Sección 31 podría tener en su poder una cura para la enfermedad que sufre Odo, dado que ellos habían sido los creadores de la enfermedad diseñada para exterminar a todo su pueblo. Sloan acude engañado por ellos a Espacio profundo 9, pero se negará por todos los medios a ofrecer su ayuda.

Mientras el capitán Sisko toma el mando de una nueva nave llamada también USS Defiant, Kira, Garak y Damar deben ocultarse ante la creciente presión que sufren del Dominio y Quark recibe un inesperado mensaje del Gran Nagus Zeq, que le informa de que lo va a nombrar como su sucesor para el cargo de Gran Nagus.

Mientras Kai Winn y Gul Dukat prosiguen con sus planes para acabar con los Profetas, los metamorfos descubren que el pueblo cardasiano se está levantando en armas contra ellos poniendo en peligro su estrategia en el Cuadrante Alfa, y anuncia severos castigos para los rebeldes.

Mientras Sisko, el almirante Ross y el general Martok ultiman la batalla final en el espacio, Kira y Garak lideran la resistencia cardasiana en la superficie del planeta, logrando adentrarse en el edificio principal hasta llegar a tomar el control de la sala desde la que la líder del Dominio y Weyoun estaban controlando sus fuerzas.