James Gordon, nyuddannet kriminalassistent, og hans erfarne partner Harvey Bullock efterforsker mordet på den 12-årige Bruce Waynes milliardærforældre.

Gordon og Bullock efterforsker en sag om en menneskesmuglerring, som udnytter gadebørn, deriblandt Selina. Pingvinen begynder at vende tilbage mod Gotham.

Gothams bandekrig når kogepunktet, og Fish Mooney går i clinch med Maroni og Pingvinen i et forsøg på at genvinde magten i byen.

Da Bruce opdager sin afdøde fars hemmeligheder, indgår Gordon modvilligt et samarbejde med Oswald Cobblepot.

Gordon tager ud i Gothams gader for at finde den skøre videnskabsmand og superskurk Hugo Strange og hans assistent Fish Mooney.

Professor Strange er stadig på fri fod, men Fish er fast besluttet på at finde ham. Samtidig leder Gordon og journalisten Valerie Vale efter Fish.

Mens virussen spreder sig i byen, løber udviklingen af en modgift på laboratoriet ind i problemer. Gordon og Mario kommer op at toppes inden brylluppet.

En dødelig virus truer Gotham. Nogle af byens mest vanvittige slyngler slår sig sammen, og den unge Bruce er klar til at acceptere sin skæbne.

Mens Bruce tilpasser sig livet som selvtægtsmand, planlægger Pingvinen åbningen af sin natklub, Iceberg Lounge. En ny skurk tvinger Gotham til at se sin frygt i øjnene.

Pingvinens plan om at få en gammel rival tilbage til Gotham ender uventet voldsomt. Bruce og Alfred kommer op at toppes på grund af dårlig opførsel.

Gammelkendte skurke indtager den kaotiske Gotham City, hvor Gordon og Bruce kæmper for at holde byen sikker, og Selina går en usikker fremtid i møde.