El detective James Gordon trabaja en la corrupta y peligrosa ciudad de Gotham, que se balancea constantemente entre el bien y el mal. Junto a su compañero, Harvey Bullock, se encargan de encontrar al asesino de Thomas y Martha Wayne.

Selina guía a su nuevo amigo en un peligroso viaje a través de Gotham huyendo de unos asesinos que la persiguen. Mientras tanto Gordon, tras dar un paso en falso, es reasignado al Asilo Arkham.

Un nuevo asesinato pone al detective Gordon al frente de una investigación que lo desvía de su misión en Arkham Asylum y lo lleva a conocer al doctor Leslie Thompkins. Mientras tanto, Cobblepot sigue intentando armar su particular ejército.

Cuando el testigo clave de un homicidio aparece muerto mientras la policía lo retiene para ser cuestionado, Gordon sospecha que el culpable es un infiltrado y decide acudir a un viejo amigo a por información.

La velada que Jim y la doctora Thompkins habían planeado en el circo se va al traste cuando un incidente les lleva a investigar el asesinato de la madre de un joven llamado Jerome que trabaja para la compañía.

Tras el atraco a varios bancos, Gordon y Bullock siguen la pista a una banda liderada por un extraño personaje que esconde su rostro tras una capucha roja. Mientras tanto, Selina sigue estrechando lazos con Barbara, y Fish Mooney trata de recuperar su posición en el submundo.

Después de que Bridgit Pike se reúna con sus hermanos, una nueva chispa de coraje se enciende en ella, ya que elige tomar las riendas de su futuro. Mientras tanto, la relación de Kringle y Nygma dará un nuevo paso y el Pingüino y Galavan continuarán peleando por el control del submundo de Gotham City.

Hugo Strange da la bienvenida a una cara familiar de Gotham tras resucitar a Fish Mooney en Indian Hill. Más tarde, Bruce descubre que un amigo está en peligro y forma equipo con Gordon, Alfred y Lucius, mientras descubren más de los experimentos de Strange.