Plein d'amertume, Pingouin jure de libérer sa mère, retenue prisonnière. Peu de temps après leur première rencontre, Silver et Selina se disputent au sujet de Bruce.

Au musée d'histoire naturelle de Gotham, Bruce accompagné d'Alfred confie la dague au professeur Niles Winthrop et son petit-fils Alex pour une expertise approfondie. Après s'être absenté, c'est au tour de Ra's de venir.

Gordon et Bullock enquêtent sur deux meurtres perpétrés à Sirens. A cette occasion, le passé de Bullock revient le hanter. Au même moment, Bruce et Alfred explorent les tunnels sous la ville. Le projet d'évasion de Pingouin et Nygma va être contrecarré.

Gotham est au bord de la réunification, Gordon et Bruce se retrouvent face à Eduardo. Ils vont enfin découvrir le cerveau derrière le chaos actuel de la ville. Pendant ce temps, Barbara demande de l'aide à Lee.