Detective Gordons Auftrag im Arkham Asylum beginnt mit den Ermittlungen am Mord an einem Wachmann, durch die er Dr. Leslie Thompkins kennenlernt. Dahinter steckt jedoch nicht nur der einfache Versuch, aus dem Gefängnis auszubrechen. Wir lernen zwei neue Bösewichte kennen, die für Comickenner keine Unbekannten darstellen sollten. Inzwischen baut Cobblepot seine Armee weiter aus, findet sich zum Ende der Episode jedoch hinter schwedischen Gardinen wieder.

Gordon versucht seinen alten Job bei der Polizei zurückzubekommen, indem er versucht, den entflohenen Jack Gruber wieder einzufangen. Die Jagd nach dem manischen Genie gestaltet sich jedoch als äußerst kompliziert. Dieser hat sich nämlich ein ganz spezielles Ziel ausgesucht, um seine Rache zu bekommen. In der Zwischenzeit hat Falcone Probleme, sein Imperium zusammenhalten, nachdem Fish Mooney zu ihrem nächsten Schachzug angesetzt hat.

Nach dem Mord an einem Drogen-Dealer hoffen Gordon und Bullock auf schnelle Aufklärung. Denn schon kurz nach der Tat meldet sich ein Zeuge. Doch dann wird dieser auch getötet – auf dem Polizeirevier, mit derselben Waffe wie der Dealer. Für Gordon ist klar: Der Täter muss ein Cop sein, der in Drogengeschäfte verwickelt ist. Um seinen misstrauischen Kollegen zu beweisen, dass er Recht hat, geht Gordon ein hohes Risiko ein.

In Gotham treibt ein Serienmörder sein Unwesen. Die Getöteten haben eine Gemeinsamkeit: Alle leiden unter einer Phobie. Bullock findet heraus, dass es eine Phobiker-Selbsthilfegruppe gibt. Jeder dort könnte das nächste Opfer sein – auch die attraktive Scottie. Mooney hat sich unterdessen, nachdem sie die Stadt verlassen musste, auf ein Schiff geflüchtet. Von dem vermeintlich sicheren Rückzugsort aus versucht sie, Rache an Penguin zu nehmen …

Gordon und Bullock kommen bei ihrer Suche nach Dr. Crane dem Ziel immer näher. Doch als sie den verrückten Wissenschaftler endlich erwischen, ist es zu spät: Er hat an seinem Sohn ein furchtbares Experiment vollendet. Fish Mooney wacht derweil in einem Verlies auf – und übernimmt schon bald das Kommando über die anderen Gefangenen. Erst als eine schwer verletzte Frau in den dunklen Keller gebracht wird, realisiert Mooney, welch grausamen Zweck sie und die anderen dienen.

Eigentlich sind Gordon und Dr. Thompkins ganz privat im Zirkus. Doch schnell wird aus dem romantischen Date beruflicher Ernst. In der Manege kommt es zu einer wüsten Prügelei zwischen verfeindeten Artisten-Familien. Als Gordon dem Auslöser des Gewaltausbruchs auf den Grund geht, enthüllt er ein schlimmes Verbrechen. Zusammen mit Dr. Thompkins, die nicht von seiner Seite weichen will, nimmt Gordon die Ermittlungen unter den misstrauischen und eigenwilligen Zirkusleuten auf.

Gotham City ist in Alarmbereitschaft: Gordon und Bullock sehen sich mit einem alten Fall konfrontiert, bei dem es ein perfider Serienkiller namens Ogre auf junge Frauen abgesehen hat. Schon bald stellt sich heraus, dass sich Ogre vor allem Angehörige von Polizisten aussucht, die in seinem Fall ermitteln.

Jim Gordon und sein Kollege Harvey Bullock sind weiterhin auf der Suche nach dem als Ogre bekannten Serienmörder. Der ist gerade dabei, sich in Gordons Umfeld einzuschleichen. Bei Barbara Kean stößt er jedoch an seine Grenzen …

Barbara Kean befindet sich weiter in der Gewalt von Serienkiller Ogre. Langsam, aber sicher wird sein zerstörerischer Einfluss auf sie immer stärker. Schließlich lässt sich Barbara auf einen grausamen Deal ein … Währenddessen sind Jim Gordon und Harvey Bullock Ogre und seinem Opfer dicht auf der Spur. Doch die Zeit wird knapp. Kommen sie noch rechtzeitig, um einen weiteren Mord zu verhindern?

Auf den Straßen von Gotham City erreicht der Krieg zwischen den verfeindeten Mafia-Gangs seinen Höhepunkt. Mitten drin: Fish Mooney – sie ist zurückgekehrt, um die Herrschaft über die Stadt doch noch an sich zu reißen. Mit diesem Wunsch ist sie nicht allein. Auch Penguin und Maroni wollen die Kontrolle übernehmen. Im Machtkampf um Gotham ist kein Leben mehr sicher …

Nygma hat einen verbrecherischen Plan: Er will der neue Super-Schurke werden. Dafür braucht er allerdings einen Mentor. Also sucht er sich passende Kandidaten für diese Rolle aus und fordert von ihnen als Test die Lösung verschiedener Rätsel. Wer sie nicht entschlüsseln kann, muss sterben. Fortan wird er Riddler genannt. Bruce macht sich unterdessen auf die Suche nach Selina – gerät dabei aber in einen Hinterhalt …

Der verzweifelte Nygma will seine einstige Intelligenz zurück und sucht Thompkins auf, die ihm helfen soll. Derweil haben es Bullock und Gordon mit einem mysteriösen Fall zu tun: Die Opfer sind bestechliche Polizisten, die alle mit einem aufgesetzten Schweinekopf gefunden werden. Offenbar haben die Ermordeten etwas gemeinsam: Sie waren für Pinguin tätig. Auch Bullock gerät ins Visier des Killers. Indessen kümmert sich Pinguin lieber um seine aufkeimende Freundschaft mit Sofia.

Der Bürgermeister ist der Meinung, dass Bullock seine Aufgaben als Captain des GCPD nicht mehr zufriedenstellend erfüllt und will Gordon für die Position anwerben. Nach ersten Bedenken nimmt Gordon das Angebot an. Derweil hilft Pinguin Tabitha, Barbara und Selina aus der Klemme, doch nicht etwa aus Gefälligkeit, sondern weil die Damen daraufhin in seiner Schuld stehen. Als Ausgleich verlangt er von ihnen die Auslieferung von Nygma – doch der wird von Butch beschützt.

Gordon ist weiterhin hinter Pyg her. Allerdings weiß er noch immer nicht, wer sich hinter der Schweinemaske verbirgt. Offenbar hat sich der skrupellose Verbrecher so oft unters Messer gelegt, dass von seinem ursprünglichen Aussehen nicht mehr viel übrig ist. Der Disput zwischen Pinguin und Sofia geht derweil so weit, dass er sie bei sich festhält und foltert. Als ihr die Flucht gelingt und sie auf Barbara trifft, findet Sofia in ihr eine neue Verbündete.

Gordon findet durch seine Nachforschungen heraus, dass Thomkins hinter dem Pseudonym „Doc“ steckt. Sie will große Veränderungen für die Bewohner in den Narrows anstoßen und bringt sich dadurch selbst in Gefahr. Alfred macht derweil Bekanntschaft mit der netten Kellnerin Tiffany. Als diese jedoch von ihrem brutalen Freund umgebracht wird, fällt der Verdacht auf Alfred. Indes erwacht Ivy mit neuem Aussehen und noch mehr Kraft wieder zum Leben.

Ivy will wissen, was hinter dem sogenannten Projekt M. steckt und bedient sich dafür ihrer Fähigkeit zur Hypnose: Unter diesem Einfluss stehend, erzählt ihr Bruce alles Wesentliche darüber. Anschließend versetzt sie ihn mithilfe eines Gifts in einen Rausch – mit schwerwiegenden Folgen. Unterdessen wächst Jeromes Armee in Arkham. Pinguin hat allerdings wenig Interesse daran, zu Jeromes Anhängern zu zählen und freut sich daher über die Kontaktanfrage des Riddlers.

Ivy (Peyton List) nimmt ihr nächstes Ziel ins Visier, was Gordon (Benjamin McKenzie) und Lucius (Chris Chalk) wiederum zu einem alten Bekannten führt. Während Selina (Camren Bicondova) versucht, die Dinge in ihre eigenen Hände zu nehmen, will Sofia (Crystal Reed) endgültig die komplette Kontrolle über die Stadt übernehmen. Dafür wendet sie sich an Lee (Morena Baccarin), der ihr bezüglich The Narrows helfen könnte. Bruce (David Mazouz) möchte sich derweil mit Alfred (Sean Pertwee) aussprechen und Nygma (Cory Michael Smith) stattet Arkham einen Besuch ab.

Bullock (Donal Logue) und Gordon (Ben McKenzie) versuchen jemanden ausfindig zu machen, der für Sofias (Crystal Reed) Kontrolle über Gotham wichtig ist.

Der Pinguin (Robin Lord Taylor), Lee und Nygma (Cory Michael Smith) wenden sich an einen überraschenden Verbündeten bei ihrer Suche nach Rache.

Selina (Camren Bicondova) bittet Bruce (David Mzouz) um einen Gefallen um ihre Schuldgefühle wegen Ivy loszuwerden.

Gordon muss mittlerweile nicht nur gegen die Kriminellen in Gotham kämpfen, sondern auch gegen Eduardo und dessen Team. Diese sind nämlich nicht die langersehnte Hilfe von außen, sondern kaltblütige Killer. Fox hat Nygma derweil von dem Chip in seinem Kopf befreit. Doch Walker hat noch weiteren Personen einen solchen Chip eingepflanzt, der sie die Kontrolle über ihr Bewusstsein verlieren lässt.

Jeremiah hat einen perfiden Plan: Er will den Tod von Bruce’ Eltern nachstellen – mit Lee und Gordon in den Opferrollen. Tetch unterstützt Jeremiah und bereitet einen Giftgasanschlag auf Gotham vor. Pinguin beschließt derweil mit Barbara, Selina und Nygma die Flucht aus der Stadt auf ganz besonderem Wege.

Gordon beruft eine Versammlung ein, bei der er die Verbrecher der Stadt zu einem Waffenstillstand überreden will. Dabei wird er von Zsazs angeschossen und lebensgefährlich verletzt. Sein Kampf ums Überleben gestaltet sich in Gordons Unterbewusstsein wie eine Gerichtsverhandlung, in der er zu all seinen Fehlern Stellung beziehen muss. Dabei wird ihm klar, was er wirklich will.

Endlich scheint Gotham gerettet, denn die Zusammenführung mit dem Festland steht kurz bevor. Dann kommt allerdings alles anders: Walker hat Eduardo zu Dr. Strange gebracht, der ihn zwar am Leben hält, ihn dafür aber für immer in Bane verwandelt. Als er wieder auf den Beinen ist, bringt Bane Bruce und Gordon in seine Gewalt.

Walker hat sich als Nyssa Al Ghul zu erkennen gegeben. Gordon und Bruce wissen nun, dass sie den Mord an ihrem Vater blutig rächen und Gotham in ihre Gewalt bringen will. Nyssa kidnappt Barbara und deren Baby, das sie künftig als ihr eigenes aufziehen will. Gordon ist bereit, alles zu tun, um seine Tochter zu retten.

Die Serie blickt 10 Jahre in die Zukunft, da Bruce zur Eröffnung des neuen Wayne Tower nach Gotham zurückkehren wird. Eine Reihe von Verbrechen führt Gordon zu dem Glauben, dass Pinguin und The Riddler ihre alten Tricks anwenden. Als Bullock jedoch für einen Mord verantwortlich gemacht wird, beginnt Gordon, eine noch finsterere Handlung zusammenzusetzen, die auf die Stadt abzielt, und eine neue Gestalt taucht aus dem Schatten auf, um der Held zu sein, den Gotham dringend braucht.