Die Ermittler James Gordon und Harvey Bullock sind hinter einem Kinderschmuggelring her, der die Schutzlosigkeit der Straßenkinder Gothams brutal ausnutzt. Zu den Opfern gehört auch Selina Kyle. Unterdessen kehrt Oswald Cobblepot, der Penguin, wieder vom Land zurück und beginnt seine Rückreise nach Gotham, was viele neue Opfer fordert. Es wird dabei deutlich, dass sich die Serie mit ihren Charakteren etwas überlastet.

Die Ermittler James Gordon und Harvey Bullock jagen einen selbsternannten Rächer, der korrupte Einwohner Gothams umbringt, indem er sie an Wetterballons hängt. Oswald Cobblepot kehrt unterdessen in die Stadt zurück und findet einen neuen Job, der ihn näher an eine einflussreiche Gestalt der Unterwelt bringt. Während dessen kommen sich Barbara Kean und Renee Montoya näher als bisher gedacht...

Gordon und Bullock suchen nach den Produzenten einer neuen Straßendroge, die nach einem kurzen euphorischen Hoch zu einem schnellen Tod führt. So sind Nutzer dieser in der Lage, selbst massive Gewichte zu tragen, verspüren darauf jedoch erheblichen Muskelschwund. Oswald Cobblepot steigt unterdessen weiter in der Gunst Maronis. Fish Mooney arbeitet indes unbeirrt weiter an ihrer Verschwörung gegen Falcone.

Die Gewalt zwischen Maroni und Falcone eskaliert weiter, während Oswald Cobblepot aka Penguin eine neue Komponente seiner Manipulationsstrategie enthüllt. So gibt es eine kleine Überraschung zum Ende der Episode. Darüber hinaus taucht noch der aus den Comics bekannte Victor Zsasz auf. Gordon muss sich fortan mit den Konsequenzen seiner Entscheidung herumschlagen, Penguin am Leben gelassen zu haben.

Nikolais Männer verhelfen einem Sprengstoffexperten zu der Flucht aus dem Gefängnis, um Hilfe bei der Rache an Falcone zu bekommen. Derweil zeigt der aus den Comics als späterer Bösewicht bekannte Harvey Dent sein doppeltes Gesicht. Bruce und Alfred nehmen Selina auf damit ADA Harvey Dent den Hauptverdächtigen in den Wayne Morden durcheinanderbringen kann.

Detective Gordons Auftrag im Arkham Asylum beginnt mit den Ermittlungen am Mord an einem Wachmann, durch die er Dr. Leslie Thompkins kennenlernt. Dahinter steckt jedoch nicht nur der einfache Versuch, aus dem Gefängnis auszubrechen. Wir lernen zwei neue Bösewichte kennen, die für Comickenner keine Unbekannten darstellen sollten. Inzwischen baut Cobblepot seine Armee weiter aus, findet sich zum Ende der Episode jedoch hinter schwedischen Gardinen wieder.

Nach dem Mord an einem Drogen-Dealer hoffen Gordon und Bullock auf schnelle Aufklärung. Denn schon kurz nach der Tat meldet sich ein Zeuge. Doch dann wird dieser auch getötet – auf dem Polizeirevier, mit derselben Waffe wie der Dealer. Für Gordon ist klar: Der Täter muss ein Cop sein, der in Drogengeschäfte verwickelt ist. Um seinen misstrauischen Kollegen zu beweisen, dass er Recht hat, geht Gordon ein hohes Risiko ein.

Gordon und Bullock kommen bei ihrer Suche nach Dr. Crane dem Ziel immer näher. Doch als sie den verrückten Wissenschaftler endlich erwischen, ist es zu spät: Er hat an seinem Sohn ein furchtbares Experiment vollendet. Fish Mooney wacht derweil in einem Verlies auf – und übernimmt schon bald das Kommando über die anderen Gefangenen. Erst als eine schwer verletzte Frau in den dunklen Keller gebracht wird, realisiert Mooney, welch grausamen Zweck sie und die anderen dienen.

Eine Bande von Bankräubern hält Gotham in Atem. Das Markenzeichen der Kriminellen: rote Sturmhauben. Gordon und Bullock nehmen die Ermittlungen auf. Während Bullock auf einen schnellen Ermittlungserfolg aus ist, glaubt Gordon, dass die Sache komplizierter ist … Unterdessen bekommen Bruce Wayne und Alfred späten Besuch. Der Überraschungsgast ist sehr unterhaltsam – aber auch gefährlich.

Gotham City ist in Alarmbereitschaft: Gordon und Bullock sehen sich mit einem alten Fall konfrontiert, bei dem es ein perfider Serienkiller namens Ogre auf junge Frauen abgesehen hat. Schon bald stellt sich heraus, dass sich Ogre vor allem Angehörige von Polizisten aussucht, die in seinem Fall ermitteln.

Barbara Kean befindet sich weiter in der Gewalt von Serienkiller Ogre. Langsam, aber sicher wird sein zerstörerischer Einfluss auf sie immer stärker. Schließlich lässt sich Barbara auf einen grausamen Deal ein … Währenddessen sind Jim Gordon und Harvey Bullock Ogre und seinem Opfer dicht auf der Spur. Doch die Zeit wird knapp. Kommen sie noch rechtzeitig, um einen weiteren Mord zu verhindern?