バリーは夢の生活をしている。両親が生きており、アイリス･ウェストをデートに誘った彼は、ついに普通の男としての人生を歩むことができる。キッドフラッシュという新たな俊足の男が、セントラル･シティの平和を守っているからだ。だが、大惨事が起きたとき、バリーは決断を下さなければならなくなる。今の世界でバリー･アレンとして生きていくのか、それとも元の世界に戻ってフラッシュとして生きていくのか。

バリーは、フラッシュポイントの余波が思った以上に大きいことに気づく。そして、バリーは新たに同僚となったジュリアン･アルバートに会う。ジュリアンは、顔を合わせるなりバリーに対する嫌悪感をあらわにし、バリーを驚かせる。

バリーたちは、アース２のウェルズ博士とジェシーとの再会を喜ぶ。ウェルズ博士は、ジェシーも速く走る能力を持っており、アース２で人々を救っているとバリーとケイトリンに明かす。だが、娘の身を心配するウェルズ博士は、ジェシーが能力を使わないようバリーたちから説得してほしいと言う。一方、金属を操れるマジェンタという新たなメタヒューマンが、街を恐怖に陥れる。

ジェシーを能力面で指導するバリーは、新たなメタヒューマンのミラーマスターが現れたとき、彼女が自分と同行するのを許可する。ミラーマスターは昔からのパートナー、トップとともに、レナード･スナートに報復するため、彼の居場所を捜していた。ジェシーもバリーとともに活躍するが、バリーのある指示に従わなかったために、悲惨な結果を引き起こしてしまう。

自分の体に何が起きているのかを必死に解明しようとするケイトリンは、名高い生物医学研究者の母、タンホイザー博士に会いに行く。メタヒューマンとしての能力が強まる中、母ならその理由が分かるだろうと期待したが、ただの被験者のような対応をされた彼女は、母に冷たい態度を取り、つらい過去の話を持ち出して、母との大げんかに発展する。一方セントラル･シティは、謎めいたメタヒューマンから攻撃を受け、バリーはジュリアンに捜査を手伝わせてほしいと言う。

ウォリーは、キッドフラッシュとして活躍する夢を何度も見るようになる。そんな彼を見たバリーは、ウォリーの安全のためにはアイリス、ウェストそしてウォリーに、フラッシュポイントでのウォリーの運命を告げなければならないと気づく。

ケイトリンは自分の能力を使ってバリーを救出する。だが母の予想したとおり、能力を使ったことによって、隠れていたキラーフロストとしての人格が出てきてしまう。キラーフロストはアルケミー博士を捜そうと暴れ回り、ジュリアンを誘拐してフラッシュとバイブの２人と対峙する。一方、ウェストとウェルズ博士は腹を割って話し合う。

ミネーターと呼ばれる宇宙人がセントラル･シティを襲撃し、バリーはスター･シティにいるアローに助けを求める。ドミネーターを倒すのは想像以上に難しいと気づいた２人は、レジェンドたちとスーパーガールを呼ぶ。スーパーヒーローたちは全員で攻撃の計画を立てていく。一方、ウォリーは宇宙人との戦いに参加を志願するが、アイリスに止められる。

アルケミーとサビターの脅威が迫り、バリーはクリスマスやアイリスとの関係に心を集中できない。バリーはサビターを倒すためにアース３へ行き、ジェイ･ギャリックから助言をもらおうとする。一方ウォリーは、バリーとサビターの戦いで援護射撃をしたいと言い出す。だが彼はウェルズ博士から能力面で指導を受けていると明かし、バリーはそれが気に入らない。シスコは初めて兄のダンテがいないクリスマスを迎えることになり、古傷を思い出す。

バリーの見た未来でアイリスがサビターに殺されてしまう。同じく未来に登場していたプランダーという悪党がセントラル･シティに姿を現すが、バリーはプランダーを捕まえたらアイリスの運命がより未来に近づくのではないかと恐れる。ウォリーは、プランダーを捕まえるのを躊躇しているバリーを不審に思い、キッドフラッシュとしてプランダーを捕まえようとする。一方ケイトリンは、ジュリアンにある仕事の話を持ちかける。

バイブの能力を持つジプシーというコレクターがセントラル･シティに姿を現し、ウェルズ博士は過去の清算を迫られる。ジプシーは、ウェルズ博士をアース19で犯した罪の裁判に出席させるため連れ戻しに来たのだ。実はアース19から別のアースへ行くことは禁止されていた。ウェルズ博士は降伏するが、ジプシーとデスマッチを行えばウェルズ博士は釈放されると知ったバリーとシスコが間に入り、ウェルズ博士の代わりにシスコがジプシーと戦うことを申し出る。

バリーとＳＴＡＲ（スター）ラボチームは、協力してクライブ･ヨーキンというメタヒューマンの犯罪者を倒そうとする。人の体を急速に分解し、手際よく人々を殺害していくヨーキンの次の標的はウェストだが、そこにアイリスも巻き込まれてしまう。一方、引き続きキッドフラッシュを能力面で指導しているフラッシュは、キッドフラッシュの能力をさらに高めるために新たな方法で彼を指導する。

ジェシーから、ハリーが誘拐されたと聞き、バリー、ケイトリン、シスコとジュリアンは、ゴリラシティからハリーを救うため、アース２へ行く。バリーたちは即座に捕まり、グロッドのもとへ連れて行かれる。グロッドはゴリラシティのトップ、ソロバーがアース１を侵略するのを阻止するためにバリーたちの協力を必要としていたのだ。一方アース１では、重力を操れるメタヒューマンを止めるため、ジェシーとキッドフラッシュとウェルズ博士が出動していた。

アース１でもグロッドとゴリラ軍団が戦いを展開する。セントラル･シティが破壊される前に彼らを止めようとするフラッシュとＳＴＡＲ（スター）ラボチーム。そこにジプシーが戻ってきて、フラッシュたちに加勢する。一方ジェシーは、ウォリーとともにアース１に留まろうと考える。

ウォリーはバリーに指導してもらっている間、サビターの幻覚を見るようになっていた。だがウォリーは、そのことをバリーたちチームメンバーには隠していた。一方、ある危険な秘密がバリーとアイリスの幸せを脅かす。

サビターを倒して仲間たちを助けようと必死になっているバリーは、答えを得ようとスピードフォースへと突入する。一方ウェルズ博士は、ジェシーにある忠告をする。

モン＝エルとハンク･ヘンショウが昏睡状態のスーパーガールを抱えてやって来て、バリーたちを驚かす。モン＝エルたちは、ミュージック･マイスターに呪文をかけられたカーラを救ってほしいと頼む。だが、フラッシュも同じような昏睡状態に陥り、カーラとバリーが目を覚ますと、彼らはスーパーヒーローの能力を持たないパラレルワールドにいた。そこから脱出するには歌と踊りが満載の台本を最後まで演じ切らなければならなかった。

フラッシュはアース19からやってきた悪党アブラカダブラと戦う。アブラカダブラは、そこで「逃がしてくれたらサビターの正体を教えてやる」と言い、アイリスを救おうと必死なバリーは提案を受け入れようかと悩むが、アブラカダブラはジプシーがやって来た騒ぎに紛れて逃げてしまう。一方ジュリアンは、ケイトリンに対してまだ少し冷たい態度を取るが、彼女がジプシーとの戦いで重傷を負うと、すぐに駆けつけるのだった。

バリーは未来でサビターの正体を突き止め、アイリスを救いたいと考える。2024年にたどり着いたバリーは、そこで年を取った自分自身と仲間たちに遭遇するが、アイリスの死を経験し、サビターとの決戦で大きなダメージを受け、全員が以前とまったくの別人になっていた。彼らに再び希望を持たせられるかは、バリーが未来の仲間たちが待ち望むヒーローになれるかどうかにかかっていた。一方2017年では、キラーフロストの追跡がまだ続いていた。

バリーたちＳＴＡＲ（スター）ラボチームは、サビターを倒す鍵となる人物かもしれない物理学者に会う。彼女の名前はトレイシー･ブランド。だがキラーフロストもトレイシーのあとを追っており、そのためバリーたちは昔からの友人と戦うことになってしまう。またウェストとセシルの関係は大きな局面を迎え、バリーはジュリアンに捜査を手伝わせてほしいと言う。

バリーはサビターを止めるため、思い切った行動に出る。一方ウェルズ博士は、サビターを捕まえるため、トレイシー･ブランドに罠の設計を急ぐよう迫る。そして、キラーフロストは興味深い提案を持って戻ってくる。

アイリスがサビターに殺害されるまで、残された時間は24時間。バリーは、愛する彼女を救いたい一心で、どんな手でも使うと決心する。そして、アイリスの命を救う方法はただ一つしかないことに気づいたフラッシュは、キャプテン･コールドに協力を求める。

「もう失うものは何もない」バリーが、ついにサビターとの最後の決戦へ。壮大な結末を迎えるサード･シーズン･フィナーレ。

バリーがスピードフォースに消えた後、アイリス、キッド･フラッシュ、ジョー、バイブが、彼の代わりにセントラル･シティを守っていた。しかし、サムライ姿の強敵が現れ、フラッシュを連れて来なければ街を破壊すると告げる。シスコはバリーをスピードフォースから連れ戻すという危険な賭けに出る。しかしスピードフォースから戻ったバリーは、以前のバリーではなかった。

最新テクノロジーを操るメタヒューマンに立ち向かうのに忙しいバリーは、私生活でも困難に直面していた。スピードフォースに消え、６か月間アイリスと離れていた間のつけが回ってきたためだ。何でも勝手に決めてしまうバリーに業を煮やし、アイリスは彼を連れてカウンセリングに行く。一方、シスコは暗号の解読に手間取り、ジプシーとのデートをキャンセルしなければならなくなる。

バリーは銀行強盗の現場に駆け付ける。しかし犯人のベッキーを追いかけようとした瞬間、大量のビー玉に足を滑らせて転倒し、取り逃がしてしまう。ベッキーがツキまくる一方で、彼女の周囲の人間はなぜか不運に見舞われる。バリーたちは、バリーがスピードフォースから出た瞬間、たまたま通りかかったバスにベッキーが乗車しており、ダークマターを浴びていたことを突き止める。

バリーたちは、ダークマターを浴びたバスの乗客たちを捜し始める。すると死亡した運転手の持っていたバス代の借用書から、バリーの宿敵であるラルフ･ディブニーが浮上する。ディブニーは元警官で、彼が刑事をやめるきっかけを作ったのがバリーだった。同じ頃、ジプシーの父親ブリーチャーが現れ、シスコは24時間狙われることになる。

結婚式の前夜、バリーとアイリスはそれぞれ同性の友人たちと共に独身最後の夜を過ごす。バリーはシスコの仕切りで品行方正に過ごすはずが、現れたディブニーにストリップクラブへ連れていかれ大騒動に。一方、フェリシティが合流したアイリスたちも上品に過ごすはずだったが、ケイトリンがキラーフロストに変わってしまう。

ディブニーの記憶から、メタヒューマンとなったネイティブ・アメリカンのチャイタンの存在を突き止めるバリーたち。彼女は石像や人形に命を吹き込める力を持っていた。ディブニーの協力でバリーが無事にチャイタンを捕らえる一方、ウェルズは別のアースから自分のドッペルゲンガーたちを呼び、デヴォー捜しを手伝わせることにする。

デヴォーの家を訪れたバリーは夫婦が怪しいと感じるが、ケイトリンたちが集めたデータではデヴォーがシロだと裏付けるものばかりだった。チームはデヴォーの潔白を信じ始めるが、バリーは何とか証拠を手に入れようとデヴォーの自宅に不法侵入する。デヴォーとの直接対決を決意したバリーに、デヴォーはフラッシュの正体を知っていること、自分がメタヒューマンであることを認める。

ダークアロー軍団に結婚式を邪魔されたバリーは、オリバーたちと共にアースⅩの収容所に送られてしまう。アースⅩはナチスが牛耳る世界だった。あわや銃殺刑となるところだったバリーたちは、スナートのドッペルゲンガー、レオⅩに救われる。同志であり恋人のザ・レイを救いに来たというレオⅩと共に、バリーも反政府活動をする解放軍の基地へ向かう

結婚して初めてのクリスマスを迎えるバリーとアイリス。そんな中、ケイトリンがアミュネットに、バリーはデヴォーにさらわれてしまう。しかし、人手やシステムの問題から、チームはどちらか１人を優先的に捜さなければならない。アイリスは、悩みつつもチームのリーダーとして、ケイトリンを先に捜すという決断を下す。バリーはどうにか戦いの末、脱出するが、デヴォーの生死は分からない状態に…。

デヴォーの罠にはめられたバリーは、デヴォー殺害の容疑者として裁判にかけられることになる。弁護を引き受けたセシルは、不利な状況を打破するためにフラッシュは自分だと公表するようバリーに助言するが、バリーは周囲に危険が及ぶことを懸念して公表しない意志を貫く。同じ頃、街に放射線を放つメタヒューマンが出現したと知ったバリーは、不利になるのを承知で法廷をあとにする。

バリーがいない街の平和を守ろうと張り切るディブニー。脱獄したアクセルが再び街を襲い始めたため、いつもの調子でアクセルにも挑んでいく。しかし初めてケガを負い、自分が無敵ではないと痛感して、刑務所のバリーのもとを訪れる。一方、バリーは刑務所の中で、かつて父親が救ったビッグ・サーとの友情を深めていた。

バリーはビッグ・サーが無実の罪で有罪になったと知り、ウェルズたちに真犯人を見つけるように依頼する。ウェルズたちは容疑者としてランディンという男の自宅を訪ねるが、ランディンの放った光線でシスコとディブニーが小型化してしまう。同じ頃、妊娠が引き金になったのか、セシルは突然人の考えが読めるようになってしまう。逆にジョーは元気を失っていく。

アミュネットと手を組み、ウルフがメタヒューマンたちで商売していることを知ったバリーは、同じくウルフに捕らえられたメタヒューマンのベッキー、チャイタン、ディーコン、ランディンと共に脱獄を図る。一方、バリーの面会に行った際にセシルはウルフの心を読んでその魂胆を見抜き、アイリスたちはバリーを救うために奔走する。

デヴォーの狙いがバスの乗客だと気づいたバリーは、バスに乗っていたミュージシャンのイジーのもとへ向かう。そこへベッキーの姿のデヴォーが現れるが、イジーはそのデヴォーにさえ痛手を与えることのできる力を持っていた。バリーはイジーの猛特訓を始めるが、訓練に嫌気がさしたイジーはラボを出て行ってしまう。そんなイジーに、ディブニーは想いを寄せ始めていた。

核爆弾の輸送車がテロリスト集団に襲われる。フラッシュになったバリーが現場に駆け付けるが、タッチの差で起動装置を押されてしまう。バリーは超高速で動くことで爆発の瞬間を長引かせ、さらに、ウェルズと話し合うために来ていたジェシーとアース３のジェイの加勢を得て、必死で爆発を食い止めようとする。

メタヒューマンの力を奪い第三者に移せる能力のあるバスのメタヒューマン、マシューが現れる。マシューと戦ったバリーも、彼に触れられたとたんにスピードを失い、その力がアイリスに移されてしまう。力を失ったバリーは複雑な思いを抱えるが、フラッシュに変身して現場に向かうアイリスを、チームリーダーとして支えなければならなかった。

残る２人のバスのメタヒューマンの捜索とデヴォー対策に追われるバリーたちだったが、ディブニーはふざけてばかりいる。バスのメタヒューマンの1人、ジャネットを見つけたバリーは、彼女の保護に向かうが、ディブニーと呼吸が合わず取り逃がしてしまう。怒ったバリーはディブニーにラボでの待機を命じる。一方、戻ってきたブリーチャーがシスコに頼みごとをする。

最後のバスのメタヒューマンであるエドウィンの捜索を開始したバリーたち。消息がつかめなかったのは、エドウィンの力がポケット･ディメンションでの移動であるためだった。さらに彼の力でデヴォーの隠れ家へつながるポケット･ディメンションを作れることがわかった。ディブニーはエドウィンの助けを借りてデヴォーを殺そうとするが、バリーは断固反対する。

デヴォーが研究室にいるメタヒューマンを狙っていることをつかんだバリーは、そのメタヒューマンの安全な場所への移動を計画する。途中で核爆発が起きないよう、コールドガンを持つアースＸのレオＸに協力を仰ぐ。しかし、レオＸを連れてくる際に、同じ裂け目からサイレンＸもアース1に来てしまう。一方、シスコはウェルズに疑いを持ち始める。

バリーとチーム・フラッシュはジプシーと手を組み、デヴォーの計画を阻止しようとする。一方、シスコとジプシーは２人の関係について率直に話し合う。

完成が迫っていたデヴォーの光の計画の衛星を阻止するために、チーム・フラッシュはアミュネットに協力を仰ぐことにする。同じ頃、ウェルズは知能が消滅しつつあることで“ウェルズ評議会”から追い出されるが、新たにシスコはウェルズを“ハリソン評議会”に招集するのだった。

デヴォーが光の計画の衛星を完成させるためにＡ.Ｒ.Ｇ.Ｕ.Ｓ（アーガス）の施設を襲う。デヴォーを止めるには、バリーがシスコとケイトリンを連れて施設に入るしか方法はない。しかしディブニーの死をひきずっていて、これ以上仲間の命を危険にさらしたくはないバリーは、１人でデヴォーに立ち向かおうとする。

フォース･シーズンのフィナーレ。デヴォーとの最終決戦のさなか、チーム・フラッシュの前に驚くべき援軍が現れる。

バリーとアイリスは、これ以上タイムラインを歪めることなくノラを未来へ送り返す方法はないものかと悩む。そしてチーム･フラッシュは、バリーとアイリスに協力する一方で、悪意ある別のメタヒューマンと戦わなければならなくなる。

バリーは、娘のノラが優れたスピードスターになるための手助けをする。一方でチーム･フラッシュのメンバーと共に、ハイテク武器を盗もうとするメタヒューマンを追跡していたバリーは、邪悪な目的で同じメタヒューマンを追うシカーダという新たな敵に遭遇する。

フラッシュがシカーダに攻撃されて以来、チームは、新たに現れたこの危険な敵を倒すためには、これまでとは全く違った視点で考えることが必要なのだと気づく。ノラは、両親の手助けをするためにある計画を思いつくが、そのせいでチーム･フラッシュのあるメンバーの命を危険にさらしてしまう。一方、ケイトリンは自分の過去と向き合う。

チーム･フラッシュは、メタ技術を備えた危険なメタヒューマン、スピンと戦う。娘ノラの命を脅かすスピンの出現は、バリーとアイリスに親としての究極の試練を与えることになる。一方、自信を失っていたラルフは、ある意外なことをきっかけに自信を取り戻していく。

ノラが口を滑らせた未来の出来事に、激しく落胆するアイリス。バリーはそんな妻の気をそらそうと、新たなメタヒューマン、ラグ･ドールを止めるために力を合わせようと提案する。一方、ケイトリンは父親に関するあることを知る。

アイリスとシャーロックがシカーダに関する手がかりを追う。一方、ケイトリン、バリー、シスコの３人は、ケイトリンの父について新たな情報を得る。

未来でバリーが失踪してしまう。それに対してどうすることもできないノラは、ぶつけようのない怒りを抱え、葛藤する。一方バリーとチーム･フラッシュは、強力な新メタヒューマン、ウェザー･ウィッチが父親であるウェザー･ウィザードを殺すのを止めなければならない。

バリーとチーム・フラッシュは、シカーダを止める作戦を思いつく。だが、そのためには、バリーとノラが時間をさかのぼって必要なものを集めなければならない。娘に過去の自分を見られることが不安なバリーはためらう。一方、シャーロックはノラについての不安をアイリスに語り、ケイトリンはシカーダとの戦いで鍵となるものを発見する。

ある日の朝、バリーとオリバーが目覚めると、２人の体が入れ替わっていた。調べたところ、何かが時間軸を乱したことが原因だと判明する。しかしチーム･フラッシュも悪党たちも２人の話を信じようとしない。スーパーガールの助けが必要だと気づいた２人は、アース38のスモールビルへ向かい、そこでカーラのいとこ、クラーク･ケントと、怖いもの知らずのリポーター、ロイス･レインに出会う。

ノラはイオバード・ソーンが祖母を殺したという新事実に頭を悩ませる。一方、チーム・フラッシュは、新たなメタテックのヴィランで、エンジンやモーター技術を操ることのできるシルバー･ゴーストとウェザー･ウィッチが手を組むという恐ろしい事態を阻止しなければならない。ケイトリンとシスコはメタヒューマンを治療する方法を見つけようとする。

シカーダとの戦いでノラは重傷を負う。シカーダに力を弱められたせいでノラの傷はなかなか回復せず、バリーとアイリスは娘の未来を案じる。娘の負傷に激しい怒りを覚えたフラッシュは、シカーダと本気で戦うことを決意。一方、キラーフロストは、治療薬を作ろうとするケイトリンの邪魔をする。

グレイスの記憶にアクセスするために、シャーロークはバリーとノラにメモリーマシンを使いたいと言う。ノラは、自分が隠してきた秘密を両親に知られることを恐れてパニックを起こす。そして、自分だけで密かにマシンを使うが、グレイスの精神に捕らわれるという最悪の事態を引き起こしてしまう。娘を救うためにバリーとアイリスもグレイスの記憶に入り込むが、アイリスはそこで知った事実にひどく心を傷つけられる。一方、ラルフはシスコをだまして夜の町へ連れ出す。

バリーとラルフは、シカーダを止めるために使えそうな装置を手に入れようと、変装して違法な闇市に潜入する。深くまで入り込むほど倫理観を試される裏の世界で、バリーとラルフは罪を犯すか、強大な敵を倒す手段を失うかの選択を迫られる。一方、シカーダの居場所について手がかりを探していたアイリスは、危険な状況に陥ってしまう。

アイリスの身の危険を知ったノラは、大急ぎで母を救出しようとする。一方、バリーはメタヒューマンの治療薬の最後の仕上げに入っていた。珍しく時間のできたシスコは、カミラをデートに誘う決意をする。

セントラル･シティがゴリラのグロッドに攻撃される。グロッドを倒すために、バリーとチーム･フラッシュは意外な人物、キング･シャークと手を組むことになる。だが、ある問題にぶつかり、ターニャ･ラムデン博士を通じてキング･シャークことシェイ･ラムデンに接触しようとする。

メタヒューマンの治療薬がついに完成する。だがシカーダに飲ませるためには、長時間、シカーダを拘束しなければならない。キラーフロストは計画に手を貸そうとするが、ノラはシカーダを止めようとするバリーのやり方をよく思わない。一方、ジョーがようやく職場に戻ってくる。

ビッキー･ボーレンという主婦に危険が迫っていると知ったチーム･フラッシュ。彼らはビッキーを救うために駆けつけるが、実は彼女はメタヒューマンで、その能力を家族に隠していた。家族に秘密を打ち明けるようビッキーを説得するバリーを見て、ノラは両親にソーンのことを話すべきだと気づく。

バリーとアイリスは、ノラがソーンと手を組んでいたことを知りショックを受ける。また、娘との接し方について２人の意見が食い違う。チーム･フラッシュはノラを信用していいのかわからなくなり、なぜ彼女が最大の敵に協力するようになったのか、その理由を彼女の日記を読んで探ろうとする。

アイシクルが、新たな悪巧みを実行するために戻ってくる。この氷のモンスターを倒すために、ケイトリンと彼女の母カーラ･タンホイザー博士は、長年の不仲を解消しなければならなくなる。一方、家族についての大きな決断をバリーがアイリスに相談せずに勝手に決めてしまい、アイリスは自分の手で問題に対処しようとする。

ノラの裏切りをどう捉えるべきなのか葛藤するバリー。そんな中、クイーン･ビーことブリー･ラーバン、ウェザー･ウィッチことジョス･ジャッカム、ラグ･ドールことピーター･メルケルがセントラル･シティに戻ってくる。一方シスコは、ある思い切った決断をする。

すべてのメタヒューマンの命を奪うウイルスをばらまくと脅すシカーダ２号。チーム･フラッシュは厳戒態勢に入る。

フィフス･シーズン、フィナーレ。バリーは、最も古く最も手ごわい敵であるリバース･フラッシュと対決する。