Após receber uma chamada de emergência perto da Jamaica, Tom Chandler e sua equipe fazem uma tentativa de resgate. No entanto, um ataque deixará à deriva no mar o capitão e o segundo no comando. Agora, tudo depende de seus homens.

Quando Chandler se vê em uma situação de extremo perigo, alguém deverá assumir seu posto. Essa pessoa terá que dividir seus esforços entre salvar seu superior e, ainda mais importante, encabeçar a missão que pode tirar o mundo do caos.

A virologista Rachel Scott e Tom Chandler pedem voluntários para testar a vacina em humanos, o que poderá significar um inferno dentro de seus corpos. Enquanto isso, a esposa e o pai do capitão fazem o impossível para manter sua família com vida.

No último episódio da primeira temporada de "The Last Ship", o capitão Tom Chandler tenta salvar sua família e descobre algo aterrador sobre seu novo mundo.