Cassie demande de l'aide à la Katarina Jones de 2015 pour sauver Cole qui est venu se réfugier chez elle après avoir été blessé par Ramse. Jones a l'idée d'injecter à Cole un échantillon de sang du James Cole de 2015, pour provoquer un paradoxe et annihiler les dégâts causés par les fragmentations successives. Les deux femmes se rendent alors chez le père de Cole, qui accepte de les aider quand Cassie fait référence à l'Armée des Douze Singes, l'organisation dont la mère de Cole, Marion, lui avait demandé de se méfier en lui confiant leur fils avant de partir...

Cole doit affronter l'inimaginable pour sauver la femme qu'il aime. Il doit la faire s'échapper de Titan, la citée qui voyage dans le temps...

Pour trouver le Témoin, Railly et Cole doivent se rendre dans l'époque la plus terrible : les années quatre-vingt. Ils sont donc envoyés en 1989 à la recherche d'un document sacré qui pourrait les mener sur les traces de la redoutable armée des 12 Monkeys...

L’origine de l’Armée des Douze Singes a été dévoilée. Mais quel rôle Christopher Lloyd joue t-il dans cette histoire ?...

Katarina et son équipe mettent au point leur mission ultime pour tenter d’éliminer le témoin enfant. Ils savent où et à quelle époque les gardiens élèvent le garçon. Ils décident donc de se rendre en 1953 et de voler un prototype de brouilleur à impulsions électromagnétiques au laboratoire Raritan afin de mettre hors service les cuirasses des gardiens et les empêcher de se fragmenter quand ils arriveront pour tuer le témoin...

Des enfants découvrent Jennifer dans le mausolée qu'elle avait dessiné après une vision, et où elle semble attendre «l'homme qui meurt». En 1891, Cole et Cassie ont retrouvé Athan dans une église, et ils essaient de le dissuader de retourner à Titan.