Jones uważa, że pacjent szpitala psychiatrycznego jest kluczem do zagadki Armii 12 małp i wysyła Cole’a do 2015 roku, aby to zbadał.

Cole chce wyciągnąć informacje od doktora Henri’ego Toussainta — jedynej osoby oprócz Jennifer, która wie o sekretnym laboratorium i miejscu, gdzie znajduje się wirus.

Ramse obawia się, że Jones i Cole działają zbyt pochopnie. Cole skacze jednak do 2015 roku, aby zbadać Night Room.

Uwięziony w pętli czasu Cole musi uciec z alternatywnego 2043 roku. Wchodzi w spółkę z niechętnym Aaronem, by zapobiec zamordowaniu Cassie i powrócić do swoich czasów.

Cole, Cassie i Aaron rozpoczynają skomplikowaną misję, której celem jest ujawnienie powiązań między CIA i Operacją Troja. Poświęcenie Cassie zostaje wystawione na próbę.

Wychodzą na jaw wydarzenia, które miały miejsce w 1987 r. w Tokio. Dawni przyjaciele stają się wrogami. Jeden z nich triumfuje — przekonany, że wirus się rozprzestrzenia.

Kiedy ranny Cole pojawia się w 2015 roku, Cassie i młodsza Jones muszą opracować intrygę, która przywróci go do życia.

Pomimo złych przeczuć Jones wysyła Ramsego do 1944 r. po Cole’a i Cassie. Jennifer pomaga Jones w przejrzeniu planu Armii 12 Małp.

W 2016 r. Cassie i Jennifer podążają tropem Pierwotnej. W 2044 r. Cole i Ramse zmierzają do konfrontacji z Deaconem.

W 2016 r. Jennifer rekrutuje bojowników do starcia z Armią 12 Małp. W 2044 r. Cassie i Ramse poszukują Tytana — tajemniczej siedziby Świadka.

Cole i Cassie wreszcie odnaleźli spokój. Z sielskiej przeszłości wyciąga ich jednak szaleńcza pogoń za Świadkiem, który ma w swoim rękawie jeszcze jednego asa.

W 2163 r. Cole poszukuje Cassie, która próbuje wydostać się z Tytana. Podróżnik w czasie informuje Cole’a, że kluczem do wszystkiego jest Jennifer w 1917 r.

Paryż, 1921 r. Jennifer ledwie umyka czterem tajemniczym postaciom ze skrzynią. Potencjalny sprzymierzeniec wyjawia Cassie informacje o przyszłości jej syna.

Ramse przybywa do laboratorium wraz z Olivią. Zespół nie ma pewności, komu może zaufać. Tymczasem w Tytanie ktoś zostaje wyrwany z objęć śmierci.

Cole and Ramse podróżują do 2007 r. Mają informacje, które pozwolą im zabić Świadka. Ramse ukrywa jednak przed bratem swoje prawdziwe zamiary.

Team Splinter goes back in time to the wild, wild frontier in search of a weapon to destroy the Witness.

The beginning of the end as Cole and Cassie embark on their final mission.