Dopo due settimane dalla scomparsa di Rebecca - solo Frank e Annalise sanno che è morta in realtà - tutti cercano di mandare avanti la propria vita. Annalise e la sua squadra prendono in carica il caso di Caleb e Catherine Hapstall, due ragazzi sospettati dalla zia per l'omicidio dei genitori adottivi. Nel frattempo, una vecchia amica di Annalise, l'avvocato Eve Rothlo, arriva in città per aiutare Nate, sotto processo per il presunto omicidio di Sam; Eve però sospetta che sia stata proprio Annalise ad uccidere il marito e quindi cerca di chiudere il loro rapporto. Connor prova il suo amore verso Oliver, sieropositivo, trasferendosi a casa sua, portando a un piano superiore la loro relazione. Michaela invece contatta con il suo telefono il misterioso "EGGS 911". Laurel e Wes intanto sono i sospettati di Frank e Annalise per l'omicidio di Rebecca ma mentre i due hanno una conversazione, Annalise capisce chi è il vero assassino: Bonnie. Dunque la donna si dirige dall'assistente, che ammette di aver ucciso Rebecca. Lasciata Bonnie sola, Annalise si dirige quindi da Eve; dopo un discorso sulla loro amicizia, le due si baciano dando così inizio a una relazione sentimentale. Il giorno dopo, Annalise e i suoi quattro studenti vanno in un club per divertirsi per dimenticare ciò che è successo; il cellulare di Michaela però vibra: EGGS 911 ha risposto al suo messaggio. Nel frattempo, il procuratore Sinclair costringe Asher a rivelare che l'avvocato Eve Rothlo è stata a casa di Annalise, ricattandolo riguardo a fatti del suo passato legati a Trotter Lake; e Bonnie viene a conoscenza dell'omicidio della zia di Caleb e Catherine, trovata morta nella sua auto con la gola tagliata, e cerca disperatamente di chiamare Annalise.

Si apre l'udienza preliminare per l'omicidio di Sam. Il procuratore Sinclair prima tenta di far sospendere l'udienza a causa del rapporto di amicizia tra Eve ed Annalise e poi chiama Annalise come testimone. Il procuratore attraverso una serie di accuse ed insinuazioni cerca di incriminare anche Annalise per aver aiutato Nate ad uccidere suo marito e anche Eve, non potendo fare altrimenti, la accusa in modo tale da poter scagionare Nate, che si rifiuta di mentire dicendo di aver avuto una lite con Sam per giustificare la sua impronta sull'anello. Alla fine dell'udienza il giudice rimprovera il procuratore di essersi concentrata su Annalise anziché sulle prove contro Nate e ordina quindi di istruire un nuovo procedimento con capi d'accusa chiari e fondati rimettendo per il momento in libertà Nate.

Scossa dalle accuse e dalle umiliazioni rivoltale in aula, Annalise si sfoga con Bonnie dicendole che non è in grado di fare niente autonomamente. Bonnie le risponde che è lei che non le lascia fare niente da sola in modo da farle sempre ricordare quello che le deve e che lei la ha salvata. Annalise dice che in realtà lei non la ha mai salvata ma anzi la ha condannata perché avere a che fare con lei è una condanna. Eve va poi a casa di Annalise e si scusa con lei per essersi accanita contro di lei e averla messa sul personale, non limitandosi ad accusarla per scagionare Nate. Eve dice di averlo fatto perché è ancora innamorata di lei e non sopporta di non poter stare con lei. Annalise le confessa che lei è la cosa più bella che le sia capitata e di averla lasciata solo per paura. Le due passano la notte insieme e il mattino dopo Nate le vede mentre si salutano baciandosi.

Caleb e Catherine Hapstall vengono arrestati per l'omicidio della zia a causa del ritrovamento del DNA di Caleb nell'auto dove è stata trovata morta. I due prima giurano di essere rimasti tutta la sera a casa ma poi Catherine ammette che il fratello è uscito per mezz'ora. Annalise riesce a far liberare i due all'udienza preliminare scoprendo che la polizia ha manomesso il referto del DNA dell'auto per accusare Caleb dell'omicidio. Annalise però si infuria con loro per averle mentito e minaccia di lasciarli se dovessero rifarlo.

Frank ha una discussione con Laurel e la respinge dicendole che è stufo di essere usato come un gigolò e che se lei è veramente interessato a lui dovrebbe tentare di conoscerlo veramente.

Oliver scopre che Connor ha detto agli altri Keating Four e ad Asher della sua sieropositività e si arrabbia molto con lui. In seguito Oliver gli rivela di aver preso il virus quando in preda alla disperazione per il suo tradimento si era ubriacato ed era andato a letto con un ragazzo conosciuto in un bar che adesso neanche ricorda. Connor si sente in colpa poiché ritiene di essere indirettamente responsabile della sua malattia.

Annalise difende Tanya Randolph, fondatrice di una sorta di circolo del sesso chiamato Utopia Circle, che è accusata di omicidio colposo di Dominic, un uomo morto di infarto mentre faceva del sesso estremo con lei in un sex party. Il caso appare subito complicato per via delle implicazioni morali, dei pregiudizi della giuria e dell'omertà degli altri partecipanti al festino che rifiutano di testimoniare al suo processo e si complica ulteriormente quando Annalise scopre che Tanya aveva scambiato le carte che venivano distribuite casualmente alla festa (le due persone che avevano la stessa carta formavano una coppia) in modo da poter fare sesso con Dominic. Tanya è quindi costretta ad ammettere che in realtà era innamorata di Dominic e voleva che lui lasciasse sua moglie. L'esame tossicologico rivela che l'infarto è stato provocato dal misto di viagra e nitroglicerina e Annalise, accusando la moglie di averlo drogato appositamente per ucciderlo per motivi di gelosia dopo aver scoperto che Dominic assumeva viagra, riesce a far assolvere Tanya.

Annalise scopre che su un giornale di gossip è stata pubblicata una foto dei fratelli Catherine e Caleb Hapstall che si baciano e un articolo che insinua che fra i due vi sia una relazione incestuosa che peggiora ancor di più la loro situazione e che fornisce un movente all'accusa per l'omicidio dei genitori (i due avrebbero ucciso i genitori perché essi dopo aver scoperto dell'incesto avrebbero minacciato di diseredarli). In seguito si scopre che la foto era stata divulgata alla stampa dal procuratore Sinclair che continua a servirsi di Asher come spia in casa Keating spingendolo addirittura a rubare il registratore di Annalise. Quando Asher le comunica di non voler più continuare il suo doppio gioco, lei lo minaccia nuovamente di rivelare il misterioso episodio del suo passato avvenuto a Trotter Lake che scopriamo essere legato a una ragazza bionda di nome Tiffany. Questo spaventa Asher che lascia Bonnie e chiede aiuto a suo padre.

Michaela continua a frequentare Levi (Eggs 911) e Wes scopre la sua identità ma stringe un'alleanza con lui per scoprire la verità su cosa è accaduto a Rebecca e mantiene il segreto. Al termine dell'episodio Wes stringe un'alleanza anche con Nate, con cui Annalise vuole tentare un riavvicinamento.

Annalise difende Zoey, un'adolescente accusata di aver ucciso la sua migliore amica Rachel. Zoey afferma di averlo fatto perché costretta da altre due sue amiche, a una delle quali Rachel aveva rubato il ragazzo. Laurel però scopre un video sul suo cellulare che la inchioda dimostrando come in realtà fosse proprio Zoey la leader del gruppo di assassine. Annalise con l'accordo dei genitori vuole far sparire il video per cercare comunque di far assolvere Zoey ma Connor non è d'accordo ritenendo la ragazza pericolosa e capace di uccidere ancora e passa di nascosto il video al procuratore. Zoey quindi si tradisce in aula aggredendo la sua amica e venendo quindi condannata. Annalise avverte Connor di non provare più a sabotare le sue cause minacciandolo di far ricomparire la sua auto con le tracce di sangue di Sam.

La moglie di Nate, malata di cancro, chiama Annalise dal cellulare del marito e le chiede un favore: procurarle con l'aiuto di Frank delle pillole che la aiutino a togliersi la vita in modo da smettere di soffrire senza dirlo a Nate. Annalise ci pensa ma alla fine rifiuta.

Annalise manda Michaela dai fratelli Hapstall per prepararli all'interrogatorio e per cercare di estorcergli la verità sul loro rapporto incestuoso: Michaela scopre che Catherine in realtà è vergine e insieme ad Annalise la convince a sottoporsi ad un esame medico per dimostrarlo in modo tale da smentire le voci sull'incesto e screditare le tesi dell'accusa

Asher e il padre stringono un accordo con il procuratore Sinclair in cambio della sua immunità per i fatti di Trotter Lake ma Bonnie lo scopre e quando Asher le dice che sta aiutando il procuratore perché ha capito che Annalise ha costretto Nate ad uccidere Sam Bonnie mente dicendo di essere lei la vera colpevole.

Nate rivela a Wes che la notte in cui è sparita Rebecca Frank ha chiamato 3 volte un numero. Wes e Levi scoprono che quel numero appartiene a Bruno, un suo vecchio compagno di scuola che lavora in un cimitero e capiscono quindi che l'uomo l'ha aiutato a sbarazzarsi del suo corpo. Al termine dell'episodio Annalise scopre Nate e Wes che parlano al commissariato di polizia.

Il giudice del caso Hapstall convoca Annalise e la Sinclair per decidere se ammettere o meno la testimonianza della zia Helena, poi trovata morta, nel processo. Per evitare che la testimonianza sia ammessa Annalise e il suo team scovano il video di quando la zia aveva parlato per la prima volta con la polizia dopo aver saputo dell'omicidio del fratello e della cognata. Il video della polizia è interrotto ma con l'aiuto di Oliver che si introduce nel sito della polizia il team riesce a trovare l'audio completo in cui Helena dice di non ricordare in realtà cosa è accaduto, oltre a fare commenti razzisti contro i due figli adottivi. Il giudice però decide di ammettere comunque la testimonianza poiché non intende prendere in considerazione quell'audio in quanto ottenuto illegalmente.

Dopo che Bonnie gli ha mentito dicendo di essere stata lei ad uccidere Sam perché lui aveva tentato di stuprarla, Asher è combattuto e non riesce a decidere se testimoniare. Alla fine nonostante i vari tentativi di dissuaderlo di Bonnie, anche a causa dei ricatti della Sinclair, decide di farlo e Annalise compie l'ultimo disperato tentativo di fermarlo facendogli vedere un video sul passato di Bonnie, che da piccola era stata molestata sessualmente dal padre.

Mentre Oliver si lamenta che debba illegalmente entrare nel sito della polizia rischiando la galera senza neanche essere pagato da Annalise, Connor gli confessa di aver fatto qualcosa di terribile per cui rischia di finire in carcere alludendo al suo coinvolgimento nell'omicidio di Sam ma non gli rivela cosa accadde per non mettere nei guai anche lui.

Wes e Levi minacciano Bruno per scoprire cosa gli abbia chiesto Frank la notte in cui morì Rebecca ma lui sostiene di avergli solo dato la chiave del suo box. Wes ruba le chiavi da Frank per scoprire cosa c'è nel box e vi si reca con Levi ma Connor, Michaela e Laurel lo seguono insospettiti e Wes è costretto a rivelare loro l'identità di Levi. In seguito Levi viene arrestato perché Frank lo incastra nascondendo della droga nel suo bagagliaio in modo da toglierlo di mezzo e Wes scopre che il box contiene solo una valigia piena di soldi. Si scopre che Frank aveva previsto tutto dicendo a Bruno di dire del box a chiunque avesse ficcato il naso, aveva fatto in modo che Wes gli prendesse le chiavi e aveva nascosto lì solo quella valigetta in modo che Wes pensasse che Rebecca non centrasse.

Mentre lavora insieme al suo team, Annalise riceve la telefonata di Jill Hartford, una sua collega transessuale che le confessa di aver appena ucciso il marito che la aveva maltrattata per anni. Annalise le detta delle precise istruzioni e si reca da lei chiedendo al procuratore di non mandarla a processo in quanto si è trattato di legittima difesa. Il procuratore però non solo vuole accusare Jill dell'omicidio ma anche Annalise per favoreggiamento in quanto aveva istruito Jill su come sistemare la scena del crimine nel modo migliore per farla sembrare legittima difesa. Annalise ricorre quindi ad un metodo estremo: consegna al procuratore un dossier con le prove che incriminano il giudice William Millstone per corruzione, in modo tale da permettere al procuratore di far emergere il caso ottenendo una promozione in cambio dell'archiviazione delle accuse contro di lei e contro Jill. Il giudice Millstone riceve quindi un avviso di garanzia e decide di troncare ogni rapporto con il figlio Asher.

Wes, Michaela, Laurel e Connor fanno una pessima figura con i fratelli Hapstall facendosi registrare mentre ammettono che li ritengono colpevoli ma hanno un'ottima intuizione riguardo al loro caso: indagare sui loro genitori biologici. Oliver hackera il sito dell'agenzia di adozioni cercando il cognome Hapstall e non si imbatte sui genitori adottivi, ma sulla zia Helena che scopre aver avuto un bambino 26 anni prima, mantenuto segreto fino alla sua morte. Il ragazzo si chiama Philip, abita a due miglia di distanza, e con la morte della madre e degli zii sarebbe automaticamente diventato l'erede di tutti i beni di famiglia se anche Caleb e Catherine fossero stati arrestati. Annalise sa che una notizia del genere potrebbe salvare i suoi assistiti. Alla fine dell'episodio Oliver tenta di entrare nel computer di Philip ma si scopre che anche lui è un hacker e sta spiando Oliver e Connor.

La moglie di Nate muore dopo la lunga malattia. Annalise tenta di andare da Nate per consolarlo ma lui le dice di averle dato le pillole che la hanno uccisa per farla smettere di soffrire come lei desiderava e si sfoga contro di lei accusandola di avergli tolto gli ultimi momenti che poteva passare insieme a lei avendolo fatto arrestare.

Wes continua a voler scoprire la verità su Rebecca e Annalise lo affronta dicendole che capisce che lui non si fida di nessuno dato che sua madre si suicidò lasciandolo da solo. Frank porta Laurel a conoscere la sua famiglia. La Sinclair riconoscendo ad Annalise la vittoria consegna a Bonnie un dossier su Asher riguardante il caso di Tiffany a Trotter Lake parlando di stupro di gruppo.

Il nuovo cliente di Annalise è Dale, un uomo che stalkerava la sua ex moglie ed è accusato di aver spinto il suo nuovo marito al suicidio. Laurel dimostrando furbizia e perspicacia riesce a scoprire che in realtà l'ex moglie ha una relazione con il procuratore ed è proprio quest'ultimo ad aver indotto il marito al suicidio. Con un abile stratagemma riesce poi a portare il suo portiere in tribunale per testimoniare in modo da dimostrarlo.

Eve ritorna a Filadelfia per rappresentare in giudizio Nate, che è stato accusato dalla Sinclair di avere ucciso sua moglie. Eve riesce a fare dichiarare Nate innocente grazie alla collaborazione di un'infermiera che falsifica i risultati dei test fatti sul sangue della moglie di Nate. Dopo aver avuto un breve colloquio con Wes, mandato da Annalise per controllare l'andamento delle udienze di Nate, Eve scopre che è lui il ragazzo che Annalise sta proteggendo e Annalise le dice che lo sta facendo perché lui non è solo un semplice studente. Eve sembra comprendere a cosa si riferisce.

Bonnie fatica ad accettare quello che le ha rivelato la Sinclair riguardo a Trotter Lake e al coinvolgimento di Asher e scopre inoltre che Annalise ha rivelato ad Asher il suo passato andando su tutte le furie. Ubriaca di vodka quindi ha un violento litigio con Annalise e si spinge a dire che avrebbe preferito che fosse stata lei a morire al posto di Sam.

Frank coinvolge Oliver per far sì che aiuti con il caso Hapstall rintracciando Philip, ma Connor non è affatto contento di questa decisione temendo per la sua incolumità. Oliver convince Connor a organizzare un incontro in un bar tramite un sito di incontri per procurarsi il suo DNA ma Philip non si presenta. Quando Oliver ritorna a casa per aspettare Connor, Philip lo segue a casa.

Connor ritorna a casa e scopre che Oliver è scomparso. Si reca subito da Annalise e dagli altri e, mentre stanno per chiamare la polizia, entrano in casa Oliver e Philip. Annalise cerca di scusarsi con Philip, ma lui non accetta le scuse, dicendo di non essere lui l'assassino, e prima di andarsene minaccia Annalise di denunciarli alla polizia per stalking. L'incontro con Philip permette però ad Oliver di procurarsi un campione del suo DNA da una cannuccia usata da lui mentre discutevano.

Il procuratore Sinclair propone a sorpresa a Caleb e Catherine un patteggiamento che permetterebbe ai due di usufruire di un cospicuo sconto di pena. Annalise e i suoi cercano di dissuadere Caleb dall'accettare il patteggiamento ma Wes consiglia invece a Catherine di accettare pentendosi di non averlo fatto lui stesso per l'omicidio di Sam. Philip sporge denuncia alla polizia ma Nate risolve la faccenda modificando un file dall'archivio e facendolo passare per schizofrenico. Frank non riesce a far analizzare il campione di DNA di Philip perché il laboratorio è intasato da più di 300 richieste da parte della Sinclair. Questo fa sorgere dei sospetti e grazie ad Asher si scopre che la Sinclair aveva introdotto una cimice nello studio di Annalise. Annalise quindi usa la cimice a suo vantaggio inducendo la Sinclair a riperquisire a vuoto la casa in modo da prendere tempo. Catherine però decide di presentarsi spontaneamente dalla Sinclair dichiarandosi colpevole ottenendo solo 10 anni di galera e la libertà per il fratello. Frank però utilizza parte dei suoi soldi per convincere un'infermiera ad effettuare il test del DNA e arriva in aula appena in tempo per impedire a Catherine di accettare definitivamente il patteggiamento. Il DNA di Philip combacia al 99,4% con quello trovato sulla scena del delitto e rivela che Philip è nato dalla relazione incestuosa fra Helena Hapstall e il suo unico fratello, ovvero il padre adottivo di Catherine e Caleb. Catherine manda a Wes uno dei suoi quadri come segno di ringraziamento, e Wes, sfogliando le foto del caso, si rende conto che nella foto di Philip si vede sullo sfondo uno dei quadri di Catherine. Wes avvisa subito Annalise e Nate. Alla fine dell'episodio si vedono Catherine e Philip assieme, e lui che le dice di non preoccuparsi e che si occuperà di tutto lui. La scena si sposta poi su Caleb e Michaela e si vede Caleb mentre fa vedere a Michaela una pistola che ha trovato nello studio di Catherine.

Dopo aver visto la pistola, Michaela decide di chiamare per un consulto Connor, il quale vuole mostrarla ad Annalise, mentre Michaela si rifiuta in quanto l'avvocatessa potrebbe essere accusata di occultamento di prove: Catherine si sveglia e ritrova i tre nel soggiorno di casa e Caleb con la pistola in mano, così scappa. Intanto, Nate viene accusato dalla Sinclair di aver modificato alla centrale di polizia un documento riguardante Philip, facendolo risultare schizofrenico. Dopo un litigio con il procuratore, Nate la minaccia davanti a tutto lo staff della polizia e tale azione gli costa il posto di lavoro. Nel frattempo, lo scandalo del padre di Asher viene a galla e il giudice federale Millstone si suicida impiccandosi. La madre di Asher accusa il figlio di essere causa della morte del padre e lo ripudia; così il ragazzo dà la colpa di tutto ciò alla Sinclair e dopo l'ennesima discussione, avvenuta in un parcheggio, in cui lei gli dice che il padre meritava di morire la investe con la macchina uccidendola. Annalise mostra a Caleb la foto che indica che Catherine abbia un qualche legame con il loro fratellastro e, poiché considera la ragazza colpevole e non la si ritrova dopo la sua fuga, Annalise decide di difendere solo Caleb. Mentre Caleb viene inviato a casa di Michaela, dopo la scoperta della morte della Sinclair, Annalise decide di architettare un nuovo stratagemma in modo che Catherine passi come l'assassina della donna. Invia dunque Frank alla ricerca di Catherine affinché la addormenti somministrandole dei farmaci. Connor si rifiuta di partecipare, allora Annalise svela finalmente ad Asher che ad aver ucciso Sam sono stati proprio loro e non Bonnie. Infine, per far risultare la scena del crimine più credibile, Annalise decide di farsi sparare anche se nessuno dei ragazzi vuole farlo: quando lo chiede a Wes egli inizialmente si rifiuta, e rende noto alla professoressa di aver chiamato Nate, per poi spararle in pancia e non sulla gamba come da lei richiesto, dopo che gli viene comunicato che Rebecca è morta da tanto. Preso da un atto di ira Wes vuole ucciderla, ma Annalise pronuncia il nome Christophe, che smuove la mente di Wes, il quale si ferma.

L'episodio comincia 2 settimane dopo la sparatoria, Annalise si sveglia in macchina. Bonnie l'ha riportata a casa. Il giorno dopo dovrà testimoniare, incolpando Catherine dell'accaduto. Troppo sconvolta Annalise, rimasta sola in casa, decide di ingoiare delle pillole di psicofarmaci che le causano delle allucinazioni. Lei immagina quindi di vedere una donna che, bussandole alla porta, le lascia un bimbo di pochi mesi in braccio. Chiamata da Annalise, Bonnie giunge a casa dell'avvocatessa e si accorge che non è in grado di testimoniare. Wes passa le sue giornata nel letto, fin quando Laurel non lo invita a studiare insieme agli altri. Annalise non può testimoniare, così i 5 studenti insieme a Frank scrivono una testimonianza da poter presentare in tribunale. Il giudice si oppone e vuole Annalise in aula, così Laurel le telefona. Annalise si presenta e racconta di essere stata sparata da Catherine, ma si lascia sfuggire anche che la ragazza non ha ucciso i suoi genitori, perché glielo ha rivelato quando la difendeva. Annalise viola quindi il segreto professionale, facendo sembrare tutto colpa delle sue precarie condizioni mentali. In realtà Annalise incontra poi Caleb in macchina e gli svela di averlo fatto per proteggere Catherine facendola sembrare una vittima non responsabile delle sue azioni ed incolpare Philip. Caleb va dalla sorella e la convince che è stato proprio Philip a drogarla e per effetto della droga é stata lei a sparare ad Annalise. Tornati in aula Catherine confessa di aver sparato ad Annalise, perché drogata da Philip. Il procuratore quindi le propone un accordo, una pena di soli 5 anni di carcere in cambio della sua testimonianza contro Philip. Laurel è preoccupata per Wes che è ancora scosso e non vuole che faccia qualcosa di sbagliato. Intanto lui va a casa di Annalise e cerca informazioni che riguardano il suo vero nome Cristophe. Non trova nulla e quando arriva la professoressa a casa le chiede spiegazioni, ma lei si rifiuta di rispondere e gli chiede di andar via.

Annalise, definitivamente guarita, ritorna al suo lavoro e difende Jason, un ragazzo che ha ucciso un suo coetaneo dopo una lite finita male. Mentre Jason sta per accettare un accordo con la procura che prevede 15 anni di carcere per omicidio di secondo grado, interviene la madre della vittima che propone di ricorrere alla giustizia riparativa ovvero un colloquio privato che potrebbe portare ad una pena minore per il ragazzo tramite il suo perdono. Annalise intuisce che tale situazione potrebbe al contrario peggiorare le cose e tenta di opporsi all'azione ma il giudice lo consente. Il ragazzo però, colpito dalla volontà della madre della vittima di perdonarlo, ammette di aver ucciso volontariamente suo figlio e di averlo lasciato morire senza chiamare i soccorsi. Questo induce la procura a cambiare l'accusa in omicidio di primo grado e il ragazzo, nonostante l'opposizione della madre della vittima che continua a volerlo perdonare per non vivere il resto della sua vita nell'odio, accetta di scontare l'ergastolo per non rischiare addirittura la pena capitale.

Caleb fa visita ad Annalise nel suo studio perché non è soddisfatto del suo nuovo avvocato e la supplica di aiutarlo a ritrovare Philip ma lei rifiuta.

Wes si rivolge ad una clinica affinché gli vengano prescritti dei sonniferi ma al rifiuto del medico di guardia si irrita facendo un riferimento al suicidio e viene quindi ricoverato nell'ala psichiatrica. Laurel è molto preoccupata che Wes possa cedere e raccontare tutto riguardo alla notte in cui sparò ad Annalise ma quest'ultima si rifiuta di fare qualcosa per farlo dimettere, provocando un risentimento in tutti i Keating 5 che la abbandonano. Alla fine dell'episodio Annalise si decide a rivelare a Wes qualcosa riguardo al rapporto con sua madre nel passato e lascia un fascicolo davanti al suo appartamento.

Frank è arrabbiato con Laurel perché non gli ha detto del ricovero di Wes e la ragazza reagisce dicendogli che anche lui non le dice mai le cose brutte che fa per Annalise, che non potrà mai farlo e che quindi lei non potrà mai conoscerlo veramente e tronca così la loro relazione. Ma Frank inaspettatamente, per non farla andar via, le confessa di aver ucciso Lila.

Connor riceve una mail contenente un video della notte in cui inscenarono l'omicidio della Sinclair e non sapendo che fare chiama Annalise dimenticando il suo risentimento nei suoi confronti.

Annalise chiama tutti i ragazzi tranne Wes per discutere della mail che tutti credono sia di Philip. Dopo poco Connor riceve una seconda mail che chiede un riscatto di un milione di dollari. Dapprima Annalise cerca di procurarsi i soldi anche offrendo il suo aiuto a Caleb perché la paghi un'ingente somma. Poi però decide, anche su consiglio di Nate, di ignorarlo pensando che sia un bluff poiché Philip non vuole essere trovato. Dopo la scadenza dell'ultimatum però ricevono un altro video che riprende Annalise e Nate in casa la sera prima.

Laurel è sconvolta dopo la confessione di Frank, scappa e va a casa di Wes dove lo trova intento ad esaminare il fascicolo lasciatogli da Annalise. Quando Wes le dice che il caso riguarda sua madre, Laurel gli propone di andare a Cleveland per scoprire di più. Lì consultano gli atti del processo Mahoney scoprendo che sua madre si era rifiutata di testimoniare e poi vedono anche il referto dell'autopsia che parla di suicidio. Laurel però nasconde uno dei fogli del reperto dove si parla di probabile omicidio con sospettato principale lo stesso Wes, all'epoca dodicenne e al loro ritorno lo mostra subito ad Annalise chiedendole se lei sapeva. Connor ha paura e pensa di trasferirsi a Stanford chiedendo a Oliver di venire con lui.

Wes torna dalla psichiatra per parlare della madre, ma lei gli consiglia di parlare direttamente con Annalise. Annalise dice a Laurel di non preoccuparsi di Wes e che non sono affari suoi e decide di proteggere il gruppo dalle minacce di Philip. Si reca quindi dal procuratore Denver con il computer di Connor su cui ci sono i video inviati da Philip che collocano i K5 sulla scena del crimine la notte della morte della Sinclair. Annalise consegna il computer in cambio dell'immunità per quella notte, che il procuratore è costretto a concedere. Laurel, Michaela, Connor e Oliver passano la notte a casa di Asher, mentre Annalise va da Nate. Wes, giunto a casa di Annalise, trova il fogli in cui veniva accusato di aver ucciso la madre e torna dalla psichiatra. Lei lo convince che si sia trattato di suicidio e consiglia a Wes di lasciar perdere. Il ragazzo torna a casa deciso a mettere tutto da parte, quando su uno dei fogli del processo trova la firma di Eve. Laurel implora Annalise di parlare con Wes perché teme che possa farsi del male. Annalise si reca quindi a casa di Wes trovando la porta aperta, le luci accese e rumori provenienti dall'interno. Entrata, riceve una telefonata di Eve che le dice di aver trovato Wes nel palazzo in cui si trovava. Annalise le dice di chiamare il 911 perché c'è qualcuno nell'appartamento di Wes e cerca di scappare, ma viene bloccata da Philip che, uscendo da sotto il letto, la aggredisce.

Annalise riesce a liberarsi da Philip e va alla polizia dove viene raggiunta da Eve e Wes. Tornati a casa, Eve chiede ad Annalise di andare con lei a New York per restare al sicuro, ma lei decide di rimanere a casa. Michaela accusa Annalise di non aver protetto Caleb, che nel frattempo è scomparso. Il procuratore Denver convoca i K5 per far loro alcune domande circa la loro presenza nei video della notte dell'omicidio della Sinclair, ma tutti riescono a cavarsela. I K5 e Oliver decidono di rifugiarsi a casa di Annalise per passare la notte, ma l'avvocatessa caccia tutti tranne Wes. I ragazzi si recano in un bar dove Oliver dice a Connor di essersi licenziato e Asher e Michaela hanno un rapporto. Annalise dice a Wes la verità sulla sua storia: suo padre non è morto, ma è Wallace Mahoney, e lei ha cercato di proteggerlo: Wes inizia dunque a cercare informazioni sul suo vero padre. Bonnie affronta Frank sull'omicidio di Lila capendo che è stato Sam a chiedergli di uccidere la ragazza e che Annalise non lo sa. Laurel, ubriaca, va da Annalise per scoprire cos'è successo tra lei e Wes, ma non ottenendo risposte le chiede se ha ordinato lei a Frank di uccidere Lila. Annalise, sconcertata e delusa, prepara una valigia e torna da sua madre.

Ophelia organizza una festa di bentornata ad Annalise, a cui partecipa anche il padre della donna, con il quale ha un rapporto tormentato. Presso l'ufficio di Annalise, la squadra deve fare i conti con la notizia che Denver ha emesso un mandato di arresto per la donna, sospettando che ci sia un traditore che l'ha incastrata (in seguito grazie ad un filmato scoprono che costui è Caleb). Intanto Laurel rivela a Frank che il padre biologico di Wes è Wallace Mahoney. Oliver rintraccia il luogo in cui è finita Annalise, dopo di che Nate va a Memphis per incontrarla di persona, trattenendosi a cena con la sua famiglia. Durante la cena, Annalise ribadisce di non voler rivolgere la parola a suo padre, che in precedenza ha abbandonato la famiglia quando era ancora una bambina. La mattina seguente, Annalise torna a Middleton e incontra Denver, rivelandogli che Caleb è stato il serial killer per tutto il tempo e mostrandogli una chiavetta USB datale da Philip durante il loro incontro all'appartamento di Wes dove sono contenuti i dati del fitness tracker di Caleb (che indicano che lui si trovava esattamente nel luogo dove morì Helena Hapstall, la madre di Philip). A riprova di ciò c'è la testimonianza di Catherine, la quale ammette di essere innamorata di Caleb e di non averlo trovato nella sua camera la notte nella quale morirono i loro genitori. Mentre la polizia inizia a cercare l'uomo, si scopre che egli si è ucciso. Più tardi, Oliver sabota il progetto di Connor, cancellando la mail di conferma circa la sua accettazione da Stanford e chiamando l'istituto per rifiutare il suo posto. Bonnie rivela ad Annalise quello che Frank ha fatto e il motivo per cui è stato costretto, e questa risponde che l'uomo deve sparire. Laurel visita l'appartamento di Frank, ma scopre che ha già lasciato la città. Wes incontra Wallace Mahoney per la prima volta, ma poco prima che riesca a parlargli questi viene ucciso da un cecchino.

Wes è in centrale di polizia e viene sentito come testimone dell'omicidio di Wallace Mahoney. In auto, Annalise gli chiede del ruolo di Frank (che aveva accompagnato Wes dal padre), in quanto ritiene sia stato lui ad ucciderlo, mentre Wes gli era accanto, per impedire alla donna di farlo arrestare per l'omicidio di Lila. Quattro mesi dopo, i ragazzi si incontrano di nuovo all'università e Wes ha una nuova fidanzata, Meggy. Ad Annalise è stato tolto il corso di diritto penale e assegnato un altro, in cui gli studenti selezionati sono dei veri e propri avvocati e partecipano a casi, una consulenza legale pro bono. Nello stesso periodo in aula è stato appeso un volantino con la foto di Annalise e la scritta "assassina", così come sulla bacheca universitaria. Il primo caso viene assegnato a colui che sarà in grado di costruire la miglior difesa a Karim Assaf, accusato di possesso di stupefacenti e prossimo al rimpatrio, ma nonostante gli sforzi di tutti Karim viene espatriato. A casa, Annalise nasconde un cellulare nel portagioie e lo usa per comunicare con un investigatore sulle tracce di Frank, il quale però aggredisce l'investigatore lasciando Annalise nel panico. Oliver chiede un lavoro ad Annalise e, nonostante il parere contrario di Connor, quest'ultima accetta la proposta. La relazione tra Michaela e Asher continua segretamente, mentre Oliver decide di lasciare Connor.

Frank inscena un incidente d'auto con incendio finale per nascondere il corpo dell'investigatore di Annalise, mentre la stessa distrugge il suo telefono cellulare segreto dove era in contatto con l'uomo. La classe di Annalise ottiene il caso di Irene Crawley, una donna che ha trascorso 32 anni in prigione per aver ucciso il marito violento e che chiede la libertà condizionata per la settima volta. Connor lascia la casa di Oliver mentre Asher lotta con la rivelazione che Michaela lo utilizza solo per il sesso e l'università vuole sospendere Annalise dall'insegnamento, dato che la questione dei volantini comincia ad essere notizia nazionale. Laurel scopre che Annalise ha chiesto ad Eve di tenere d'occhio le indagini sull'assassinio Mahoney e ammette ubriaca a Bonnie che amava Frank, anche se era un assassino.

Annalise ha un confronto con Nate riguardo alla ricerca di Frank e uno con il rettore dell'università, poiché ha deciso di continuare la sua attività con il seminario pro bono. Il caso presentato da Annalise è particolarmente intricato ed il processo è già in corso: l'unica che si prende da subito la responsabilità di essere il legale della persona da difendere è Michaela ma, quando questo diviene sempre più complesso, Annalise e Bonnie decidono di occuparsene personalmente senza l'aiuto degli studenti. Intanto Laurel, su consiglio di Annalise, è andata a Miami per parlare con il padre, il quale subito le chiede se è andata da lui solo per sapere dove trovare Frank. All'incontro Laurel e il padre discutono sul loro passato travagliato, ma alla fine quest'ultimo dice a Laurel che sa dove si trova Frank, tuttavia non le dirà nulla se prima non firmerà alcuni documenti. Sorprendentemente, Frank chiama Laurel e l'avverte che Annalise ha tentato di ucciderlo; in seguito Laurel accetta la proposta del padre ma decide di non comunicare la sua posizione né a Bonnie né ad Annalise.

Annalise si trova in un bar con Eve, e ritorna a casa ubriaca. Nel mezzo della notte, qualcuno bussa alla porta di Frank: è una ragazza che ha acquistato per lui una bombola di idrogeno solforato.

Annalise prosegue con le cause pro bono e durante una di queste, mentre è affiancata da Asher, scopre che è stata sospesa dall'albo per cattiva condotta, in particolare quando ha tirato uno schiaffo al suo precedente cliente che aveva ucciso due donne. Nonostante ciò, la causa in corso può continuare in quanto saranno Bonnie e Asher a condurre la difesa di un ragazzo accusato di furto di carte di credito. Grazie all'aiuto di Oliver, scoprono che il giovane diventerà padre fra poco tempo e che ha rubato i soldi per poter dare un ottimo futuro al figlio; tuttavia quest'ultimo non vuole che il fatto venga reso pubblico anche se potrebbe assolverlo dalle accuse, poiché vuole che il bambino abbia un futuro diverso dal suo e non lontano dalla madre, che è una sua insegnante. Il cliente viene comunque assolto, anche se non ha gradito il comportamento di Bonnie in tribunale. Annalise non solo ha perso l'abilitazione alla professione, ma viene anche licenziata dall'università: infatti, scopre che a tradirla è stato proprio un membro del consiglio universitario. Dopo che Nate l'ha lasciata a causa del suo problema con l'alcol, Annalise decide di confessare alla corte che è un'alcolista e che vorrebbe entrare in riabilitazione, mentre Nate va a letto con l'assistente procuratore Atwood, una donna che da un precedente caso si era vista molto ostile nei confronti di Annalise. Quest'ultima tenta di consolarsi con Eve, ma lei rifiuta le sue avances perché felicemente fidanzata con un'altra donna. Laurel tenta di avere più notizie possibili su Frank, e si reca dal padre di quest'ultimo per sapere se vi è un collegamento tra Frank e una cittadina chiamata Coalport; da lui viene a sapere che Frank è stato in prigione ed era stata Annalise a salvarlo. Intanto Frank ha trovato lavoro come addetto alle pulizie proprio presso il carcere di Coalport, ma è solo una copertura per accedere all'ospedale sito dentro alla struttura e uccidere il padre di Bonnie, ricoverato per un problema respiratorio. Laurel, che sente Bonnie annunciare ad Annalise della perdita del padre, si sente in colpa e confessa a Bonnie che lei sapeva dove si trovava Frank e ritiene che sia stato lui ad uccidere suo padre; Bonnie le risponde di non dire nulla ad Annalise.

Bonnie si reca a Coalport per i funerali del padre e incontra Frank. L'uomo le confessa che è stato lui ad uccidere Mahoney e dichiara che 11 anni prima Annalise e Sam non avrebbero dovuto aiutarlo ad uscire di prigione. Annalise chiama Bonnie per sapere del funerale, ma quest'ultima le dice di trovarsi insieme con sua sorella anziché con Frank; poi Annalise, per riavere la licenza, si reca alle riunioni degli alcolisti anonimi dove incontra a sorpresa il rettore dell'università. Dopo che la donna svuota la casa da tutti gli alcolici, si rende conto di essere nuovamente sola, per cui recupera della vodka, si ubriaca e chiama Nate. Intanto Bonnie propone a Frank di tornare e chiarire la situazione con Annalise, ma l'uomo è di opinione opposta e vorrebbe che entrambi andassero via per costruirsi una nuova vita, poi vanno a letto insieme. Il giorno dopo Frank sparisce, ma Bonnie avverte Laurel che Frank sta bene. Wes, dopo la cena col padre di Meggy, si reca a casa di Annalise e la trova ubriaca, dunque l'assiste mentre sta male. All'università, l'assenza della Keating e il comportamento di Simon iniziano a creare delle tensioni all'interno del gruppo di futuri avvocati appartenenti al corso pro bono, soprattutto quando Simon incolpa qualcuno dei Keating Five del furto del suo computer. Tutti smentiscono, anche se in realtà è stata Michaela perché voleva recuperare i riassunti per gli esami grazie all'aiuto di Oliver. Questo, dopo aver hackerato il computer, scopre e comunica a tutti che è stato Simon a creare i volantini contro Annalise. Perciò la donna, avendolo saputo dagli studenti, va da Simon per smascherarlo; per evitare di essere accusato da lei, il giovane consegna a tutti i riassunti per gli esami. Successivamente, Annalise riottiene il posto da insegnante grazie ad una minaccia di causa contro l'università da diversi milioni di dollari. Non appena Wes viene a sapere che Laurel sa dove si trova Frank, la porta da Annalise per confessarglielo; un istante dopo averlo fatto, Bonnie entra anch'essa nell'abitazione.

Annalise è arrabbiata con Bonnie per averle tenuto nascosto dove si trova Frank ma lei le dice che lo ha fatto per farlo confessare dell'omicidio di Mahoney; tuttavia la confessione non può essere usata in quanto Frank potrebbe rivelare tutto sull'omicidio di Sam. Mentre Annalise, Bonnie, Laurel e Wes discutono sugli eventi accaduti, Meggy chiama Laurel per avvisare che la polizia sta perquisendo l'appartamento di Wes. Annalise, a cui è stata revocata la sospensione dall'albo degli avvocati, porta agli studenti il caso di un soldato accusato di aggressione aggravata, e la difesa è assegnata a Simon; in tribunale si presenta però l'assistente procuratore Atwood – molto ostile nei confronti di Annalise – per cui la Keating stessa decide di gestire in prima persona il caso. Asher e Michaela si lasciano perché vedono il rapporto in due modi differenti, ma risolvono la situazione ammettendo i sentimenti che provano l'uno per l'altra, Wes decide di lasciare Meggy, perché capisce di amare Laurel, e Connor fa una scenata di gelosia a Oliver perché quest'ultimo ha iniziato a frequentare un altro. Quando finalmente si decidono a far testimoniare Wes, con l'aiuto di un avvocato conosciuto da Bonnie, Annalise scopre che il ragazzo è scappato ed ha rubato il registratore con la confessione di Frank; Wes è andato da Laurel per distruggerlo e in seguito i due vanno a letto insieme. Al telegiornale, la giornalista dà la notizia che il figlio di Mahoney è ricercato per omicidio: tutti credono si tratti di Wes, ma in realtà è il figlio legittimo, dal momento che Frank lo ha incastrato collocando l'arma del delitto all'interno della sua vettura.

Annalise propone ai suoi alunni il caso di due fratelli ed una sorella accusati di concorso in omicidio nei confronti della madre, una donna che in apparenza è fragile e malata, ma che si rivela poi la loro principale fonte di tormento. Annalise riesce a scagionare i suoi clienti quando viene a scoprire che è stata proprio la madre stessa, non appena appreso che i figli fantasticavano sulla sua morte, a tentare di auto-avvelenarsi con l'antigelo per fargliela pagare. Nel frattempo, Wes si reca al dipartimento di polizia di New York e conferma di aver visto Charles Mahoney nel luogo dove è avvenuta la sparatoria; il giorno seguente, Annalise rimprovera tale scelta ma dopo rassicura il ragazzo, affermando che Eve sta seguendo le dinamiche della vicenda. Poco dopo, accade che viene rinvenuta una prova secondo la quale Charles possiede un solido alibi, dunque i Keating Five si riuniscono a casa di Annalise per discutere la prossima mossa: la donna è a corto di idee e riferisce ai suoi allievi di aver più volte mentito loro al fine di proteggerli (infatti, Eve si è trasferita a San Francisco e non se ne ha più notizia da oltre un mese), quindi gli concede di potersi togliere un peso sfogandosi contro di lei. Durante il loro terzo appuntamento, prima di intraprendere un rapporto sessuale, Thomas respinge Oliver, essendo venuto a conoscenza che quest'ultimo sia sieropositivo; dunque, il ragazzo richiede conforto presso Connor il quale si mostra accondiscendente. Frank torna invece a Filadelfia e si dirige dapprima da Laurel – che sorprende, senza farsi notare, a letto con Wes – e poi da Bonnie. Questa però, furiosa che lui l'abbia lasciata a Coalport e che sia andato prima da Laurel, lo scaccia in malo modo. Frustrato, va nuovamente da Laurel che rimane particolarmente sorpresa del suo arrivo.

Bonnie avvisa Annalise del ritorno di Frank, il quale è a casa di Laurel per chiedere chiarimenti sulla storia tra lei e Wes. Frank afferma di essere innamorato di Laurel, ma lei lo respinge con rabbia. In quel momento Bonnie chiama Laurel e chiede se Frank sia effettivamente da lei: Laurel conferma e al telefono Annalise minaccia di morte Frank, che vuole andare a sistemare le cose con Annalise a casa sua. Laurel, però, fa leva sui sentimenti di Frank e gli intima di rimanere da lei prima di compiere mosse azzardate. Wes riceve dal suo avvocato la convocazione per un'udienza a porte chiuse in cui deve dichiarare di aver visto Charles la notte dell'omicidio di suo padre. Bonnie si reca a casa di Laurel e dice a Frank che Annalise ha bisogno di lui. Il fatto che Frank si sia fermato a casa di Laurel scatena la gelosia di Wes, che viene rassicurato proprio dalla ragazza. All'università, il rettore Hargrove mostra ad Annalise la proposta di divorzio del marito e non è molto convinta dell'avvocato propostole: Annalise allora decide di dare un'occhiata al fascicolo per vedere se può esser lei d'aiuto. A casa Keating, si discute della strategia per l'alibi di Wes nel caso Mahoney e Bonnie propone di ritardare l'udienza sfruttando i vecchi problemi psicologici del ragazzo, incaricandolo di andare a recuperare la cartella clinica; in ospedale viene accompagnato da Laurel e i due hanno un breve incontro con Meggy, che mostra rancore nel vederli insieme. Bonnie incarica anche Frank di mettersi sulle tracce dell'avvocato del figlio di Mahoney e l'uomo scopre che essa incontra la donna che gli aveva consegnato i soldi prima per metter delle cimici nella stanza di Annalise. La cartella clinica di Wes finisce in mano alla difesa, col risultato che l'udienza viene rimandata di 24 ore per consentire al giovane una valutazione psicologica prima della sua testimonianza, ma l'avvocato di Wes minaccia Annalise di ritorsioni se dovesse continuare ad intralciare il processo. Asher e Michaela discutono sul perché la madre di lei si sia fatta risentire e Michaela è preoccupata del fatto che possa chiederle solo un favore personale. Annalise dice a Wes di essere contenta della relazione che ha con Laurel e gli dà la buonanotte, ma in quel momento si fa sentire Frank: via e-mail ha mandato delle foto della donna che sta seguendo, il cui nome è Lisa Cameron, ed ha una figlia, quindi avvisa di volerle uccidere. Annalise minaccia di dire tutto alla polizia se farà loro del male, così l'uomo fugge dall'abitazione. In un supermercato, mentre Annalise è alla cassa, la sua attenzione viene catturata da alcuni cellulari usa e getta esposti, così ne porta uno a casa mostrandolo a Bonnie. Grazie a Bonnie, il prepagato arriva in carcere in una busta chiusa a Charles Mahoney. Annalise si confronta con Laurel congratulandosi della sua relazione con Wes, il quale ha passato la valutazione psicologica ed è pronto quindi a presentarsi in aula. Wes in tribunale si scaglia contro Charles ammettendo di averlo visto sulla scena del crimine prima della sparatoria. Lisa Cameron testimonia in aula di avere avuto una relazione con Charles, e quando le viene domandato della telefonata fatta da casa sua a Charles in carcere della sera prima ne rimane sorpresa: si scopre infatti che la telefonata è stata fatta partire da Frank mentre la stava spiando. Il telefono prepagato viene quindi usato in aula come prova e Charles viene incriminato per l'omicidio di suo padre. Connor e Oliver hanno una nuova animata discussione e rompono definitivamente, quindi Connor va a sfogarsi da Michaela; intanto la madre di Michaela chiama di nuovo la figlia e Asher risponde. Annalise, a casa sua, affronta Frank: parlano degli eventi passati e Frank cerca di ottenere il perdono di Annalise per la morte di suo figlio, ma non vi riesce; a quel punto l'uomo si punta una pistola sotto il mento e Annalise lo incita a premere il grilletto mentre Bonnie lo supplica di non farlo.

Bonnie convince Frank a non spararsi, rivelando inconsapevolmente la loro storia d'amore ad Annalise. La mattina seguente, poco dopo aver annunciato ai suoi allievi che sono stati tutti promossi, Annalise viene a sapere di esser sotto inchiesta da parte dell'ufficio del procuratore distrettuale, il che la fa ricadere nell'alcol; più tardi, ubriaca, va da Bonnie ma non prima di aver bruciato tutte le carte e i file compromettevoli di casa sua. Wes viene sottoposto ad un interrogatorio in centrale di polizia, in cui scopre che il cadavere di Rebecca è stato rinvenuto nel bosco. I detective allora gli offrono l'immunità in caso decidesse di testimoniare contro Annalise. Nate, resosi conto che la Atwood lo ha assunto solo per guadagnare informazioni circa Annalise, tronca il rapporto con la donna e si dirige a casa di Annalise, trovando la porta di casa aperta. Intanto, un Connor ubriaco ammette ad Oliver di aver mentito sul fatto che fosse tossicodipendente, e quest'ultimo inizia a diventare sospettoso riguardo alla scomparsa di Sam Keating il giorno dopo la notte del falò. Annalise, dopo aver incontrato Oliver per domandargli di hackerare l'ufficio del procuratore, fissa un appuntamento con i Keating Five a casa sua, ma Asher è troppo ubriaco per via dei festeggiamenti, Connor si incontra con Thomas e Michaela sta discutendo con la madre appena arrivata in città: solo Laurel si reca a destinazione, e un attimo dopo essere entrata nella casa vi è un'esplosione. A quel punto Annalise, corsa sul posto, viene arrestata perché considerata la potenziale colpevole, mentre Laurel viene ricoverata in ospedale. Bonnie, contattata in cella da Annalise, viene a sapere dell'accaduto e, dopo aver rassicurato Frank sullo stato di salute di Laurel, viene raggiunta in ospedale da Asher, Michaela, Oliver e Connor ai quali rivela l'identità della persona morta nell'incendio: la notizia sconvolge tutti, e anche Laurel, risvegliatasi nel frattempo dal coma, e Meggy vengono a conoscenza dell'identità del morto. Nate, sano e salvo, arriva all'obitorio per identificare l'uomo sotto il lenzuolo: si tratta di Wes. Poco dopo, l'uomo si dirige nella cella di Annalise e le riporta che Wes in realtà era già morto prima che l'incendio divampasse.

Sconvolta per la morte di Wes, Laurel soffre di disturbo post traumatico da stress pertanto rimane ricoverata in ospedale. Qui si confronta con i detective di polizia, ai quali dichiara di aver visto qualcuno nella casa prima della esplosione. Durante una visita fatta dal gruppo a Laurel, Connor offende la persona di Wes ammettendo che non sarebbe stato un buon padre per il bambino che la ragazza ha in grembo e viene quindi duramente colpito a pugni da Asher. Ciò inasprisce Michaela, la quale, dopo essere stata abbandonata dalla madre, si sente in dovere di stare vicino a Laurel. Nel frattempo, Annalise viene temporaneamente trasferita in carcere e Bonnie, scelta come suo difensore, si adopera con l'aiuto di Frank al fine di trovare la fonte anonima che ha fatto arrestare la donna. I due, rivedendo i tabulati telefonici riguardanti le chiamate effettuate alla stazione di polizia, notano anche quella di Hannah Keating, che intravedono dunque come potenziale colpevole. Quando Bonnie ne discute con Annalise, quest'ultima le rivela di averla chiamata lei in precedenza, sotto l'effetto di alcolici. Al processo per la cauzione, l'accusa non rivela la fonte anonima ma riesce a portare potenziali prove sufficienti a costringere Annalise ad attendere il processo rinchiusa al penitenziario. Nate comincia a sospettare che qualcuno abbia manomesso l'autopsia di Wes facendo credere che il ragazzo non sia morto prima dell'incendio mentre Frank, accusato da Laurel di essere il vero colpevole per la morte di Wes e spinto da Bonnie, si dichiara colpevole dell'omicidio al cospetto degli agenti di polizia.

La polizia esamina i video delle telecamere di sicurezza situate nella strada che mostrano Frank e Wes in un'auto, affermando così la possibilità che sia stato Frank ad uccidere Wes. Nel frattempo, Nate visita Laurel e la informa della confessione di Frank che ha citato come causa dell'omicidio il fatto che Laurel fosse incinta di Wes: dunque Laurel si rende conto che Frank ha mentito alla polizia dal momento che nemmeno lei sapeva di essere incinta in quel momento e contatta Bonnie per riferirglielo. I ragazzi e Bonnie si adoperano al fine di scoprire su quali siano le prove in mano al procuratore, venendo a scoprire che questa indaga anche sugli omicidi di Sam, Lila, Rebecca e la Sinclair, e pianificano di ridossare tutte le colpe a Frank; Bonnie prova ad offrire al procuratore Atwood un accordo che incastri l'uomo e che permetta di ottenere il rilascio Annalise ma tale tentativo fallisce nel momento in cui Annalise mostra aggressività nei confronti della Atwood. Durante un interrogatorio all'ospedale, Laurel, sotto consiglio di Bonnie, rivela alla polizia di aver in precedenza informato Frank della gravidanza e di averlo visto in casa poco prima dell'incendio. A questo punto Frank viene accusato di complicità nell'omicidio di Wes ma, dal momento che la polizia decide di continuare ancora ad investigare su Annalise, quest'ultima resta la principale sospettata e di conseguenza è costretta a rimanere in prigione.

Alla cerimonia commemorativa per Wes nel campus, Laurel, dimessa dall'ospedale, inizia a piangere e insulta tutti i presenti sostenendo di essere l'unica ad aver mai conosciuto davvero il ragazzo; dopodiché scappa e si reca all'obitorio chiedendo di vedere il corpo del ragazzo. Nate la porta alla cella frigorifera ma, invece del corpo di Wes, trovano un altro cadavere. Ad Annalise viene di nuovo negata la cauzione, nonostante Frank abbia confessato l'omicidio, e in carcere riceve la visita dei genitori. Annalise scopre che sua madre soffre di attacchi di demenza senile, dopo che questa ha raccontato di aver bruciato la casa per uccidere lo zio Clyde, che violentò Annalise quando era ancora una bambina. Annalise affronta il padre rinfacciandogli di trovarsi in prigione perché lui non si è mai preso cura della famiglia, mentre lui sostiene che se lei volesse davvero aiutare la madre troverebbe subito un modo per uscire. Annalise allora minaccia e provoca la sua compagna di cella che inizia a picchiarla; Bonnie viene così chiamata in prigione, scatta delle foto alla faccia tumefatta di Annalise e le porta al giudice minacciando di divulgarle alla stampa nel caso la donna non venisse fatta uscire di prigione sotto cauzione: Annalise viene rilasciata. Oliver ha salvato su una chiavetta USB il contenuto del cellulare di Annalise e, convinto da Connor, decide di scoprire cosa nasconde la professoressa. Laurel ha un incontro con Frank in prigione e si convince che non sia lui l'assassino di Wes. Nate affronta Denver e la Atwood chiedendo di sapere chi ha fatto spostare il corpo di Wes e inaspettatamente gli dicono che è stato proprio lui: sul mandato di trasferimento, infatti, c'è la sua firma.

Nate si incontra con Annalise e le rivela che la Atwood ha iniziato a prenderlo di mira, essendoci la sua firma sul mandato di trasferimento del corpo di Wes; inoltre le confessa di aver visto il ragazzo a casa sua la notte dell'incendio, ma di essersene andato lasciandolo lì. Annalise allora presenta una richiesta d'indagine del grand jury per l'illecito comportamento del procuratore Atwood; ma Ingrid Peters, il procuratore generale dello Stato, dopo che Annalise fa pubblicare un articolo sulla cospirazione in atto nei suoi confronti, rifiuta, minacciandola addirittura di perseguirla richiedendo la pena di morte. Laurel assume un investigatore privato per scoprire se ci sia qualche collegamento tra la morte di Wes e i Mahoney e in effetti c'è: Sylvia Mahoney ha fatto fare un esame del DNA, cinque giorni prima della morte di Wes. I ragazzi si rivolgono ad Annalise, ma questa consiglia di stare alla larga dai Mahoney raccontando del figlio, morto nell'incidente organizzato da Wallace Mahoney. Annalise accetta di uscire con il rettore Hargrove, ma capisce che è un informatore della Atwood e tronca ogni rapporto con lei. In una nuova udienza Frank chiede che il procuratore Atwood fornisca tutte le comunicazioni del suo ufficio del giorno della scomparsa del corpo di Wes e il giudice, per avere un equo processo, acconsente. A casa di Bonnie, Asher e Michaela affrontano Connor sospettosi del fatto che il ragazzo continua ad accusare Annalise dell'omicidio. Connor torna a casa, ma Oliver gli dice di aver scoperto il suo segreto: la notte dell'incendio Connor aveva ascoltato il messaggio ed era andato a casa di Annalise.

Connor confessa a tutti di esser stato casa di Annalise la notte dell'incendio e, nel tentativo di rianimare Wes, ha sentito le ossa del ragazzo spezzarsi. Il gruppo, nel frattempo, apprende che Charles Mahoney è stato rilasciato dalla prigione. Nate fornisce ad Annalise la password Wi-Fi della Atwood e Oliver scopre che la procuratrice è stata contattata da un numero sconosciuto sia la notte in cui Wes è morto sia il giorno in cui il corpo del ragazzo è stato trasferito. A questo punto, il gruppo discute se debba comporre o meno il numero. Intanto, Denver offre a Frank un patteggiamento di sette anni minacciandolo che avrebbe accusato anche Laurel per l'omicidio di Wes se l'uomo non avesse accettato la proposta. Connor si offre di prendere posizione e rivelare le informazioni sulla costola rotta in modo che il referto dell'autopsia possa essere invalidato ma fare ciò potrebbe incriminarlo, quindi Annalise suggerisce a Laurel di prendere il suo posto. Tuttavia, Denver scredita la sua testimonianza con la prova che Laurel in passato ha commesso reato di falsa testimonianza avendo presumibilmente fabbricato una storia di rapimento, anche se la donna spiega di aver ritrattato la sua vera affermazione per proteggere il padre. Quindi, la mozione di Bonnie finalizzata a revocare l'accusa di omicidio nei confronti di Annalise viene negata e il caso è pronto per essere processato. Connor si reca nell'ufficio di Denver per ammettere che la storia di Laurel era in realtà la sua ma chiedendo in cambio l'accordo di immunità precedentemente offerto a Wes. Asher, per fargli cambiare idea, chiama il misterioso numero con cui la Atwood era in contatto: un cellulare risuona nell'ufficio dove si trova Connor, dimostrando il coinvolgimento di Denver nel trasferimento del corpo di Wes.

Proprio nel momento in cui Connor trova il telefono di Denver, l'uomo entra. Lo sconosciuto killer di Wes dà il telefono di Wes a Denver, che può adesso affermare di averlo trovato nell'auto di Connor. Denver minaccia di accusare di omicidio Connor per fargli firmare l'accordo di immunità. Alla fine il termine per accettare l'accordo di immunità scade ma, per salvarsi dall'arresto, Connor rivela che Oliver ha una copia del telefono di Annalise sul suo computer. Intanto, Annalise si confronta con Sylvia Mahoney riguardo al coinvolgimento della sua famiglia nella morte di Wes. Sylvia ammette che Wes non era figlio di Wallace, ma di Charles. Nonostante le proteste di Laurel, Annalise si serve di un messaggio vocale, trovato sul computer di Oliver e ricevuto la notte dell'incendio, per liberare Connor e incriminare Wes della morti di Rebecca e Sam, spingendo Denver a lasciare cadere le accuse contro di lei e Frank. Nel frattempo, Laurel, convinta che Charles abbia ucciso Wes, si prepara ad ucciderlo, ma poco prima di farlo viene intercettata dall'uomo che si è rivelato essere l'assassino di Wes: Dominic, un amico di famiglia.