Tijdens hun zoektocht naar het dodelijke ondergrondse spionagenetwerk Apollyon wordt Pride gescheiden van het team. Het NCIS-team moet de ​​mol vinden die informatie blijft geven aan Apollyon.

Pride moet zijn vakantie onderbreken wanneer Hannah wordt geschorst wegens het verbreken van het protocol tijdens een gezamenlijk onderzoek met de FBI.

Tammy moet Rachel, een door onderzoek geobsedeerd tienermeisje, beschermen nadat haar vader in hun huis is neergeschoten, terwijl de rest van het team op zoek is naar een motief.

Terwijl Pride het team opdracht geeft om Sasha in verband te brengen met de recente aanslagen in New Orleans, moet hij Connor helpen te begrijpen wie zijn moeder werkelijk is. Ook zoeken Carter en Tammy naar een gestolen, hoogopgeleide militaire hond, en nemen Pride en Rita een belangrijke beslissing over hun huwelijk.