転校初日から、初対面であるはずの雄二に対して一方的な好意を寄せてきた天音。知り合って日が浅いにも関わらず、常に尽くそうとしてくる彼女の献身には、「一目惚れ」以外の切実な理由があるのではないかと雄二は考えていた。しかし、天音のことを憎からず想い始めていた雄二は、ついに彼女に問い詰める「なにがお前をそうさせるのか」と。雄二の問いかけに涙ながら告白を始める天音。それは雄二の姉“一姫”の死にまつわる──「滝園学園マイクロバス転落事故」の忌まわしい記憶だった。

バス転落事故でかろうじて生き残った滝沢学園バスケ部の部員たちは、誰の助けも届かない、世界の奈落のような場所に取り残されていた。そんな、死と隣り合わせの絶望的な状況の中、天音は“風見一姫”と名乗る少女と出会う。天才的な判断力と非情ともとれる冷静さで、部員たちを導き救っていく彼女の姿は、状況に立ち尽くすばかりの天音にとって強烈な印象を与えた。冷徹な一姫と優柔不断で内気な天音。タイプのまるで違う二人は、救いのない極限的な日々を共に過ごす内に、次第に強い友情で結ばれていくのだった。

奈落の底に落ちて数日後。手持ちの食料ととも、助けを信じる気力まで尽きかけた少女達は、ゆっくりとだが確実に壊れはじめていた。事故の怪我がもとで病に侵される者、耐え難い飢餓感に苛まれ続ける者、みなが救いのない世界に心を病んでいく中……天音と一姫は互いを励ますようにかろうじて正気を保ち続けていた。その日その日を、ただ死なずにいるだけの形だけの生存。そんな絶望的な日々からついに脱落者が出た時、天音は「この世の地獄」を目の当たりにするのだった。

雄二の励ましもあり、自らの過去と向き合う決心をした天音。しかしながら雄二は、天音の話の中でひとつの疑念を抱く――「果たして一姫は本当に死んだのか」と。自らの疑問を確かめるため、天音の案内で事故現場へと赴く雄二。しかし、部員たちの末路はわかっても、肝心の一姫については結局わからずじまいだった。だが真相は知れずとも、事実と向き合えたことで、少なからず救われた気持ちになる天音。そんな中、忌まわしき事故の因縁は、彼女に新たな災厄をもたらそうと、静かに忍び寄りつつあるのだった。

美浜学園の5人の少女たちの心を救った風見雄二。しかし、彼自身の心の闇は、いまだに晴れぬまま重く立ち込めていた。雄二は自らの生い立ちを振り返る。自らを育み、形作っているものが何なのか。そして、それらとの邂逅の中で何を得、何を失ったのか――。忌まわしいくも、かけがえのない時間をたどる旅路の果てに、雄二は自ら心の奥底にしまいこんだ闇の正体と対峙する。

「情報屋」ジミーとの接触で、今の状況が予想以上に悪いことを知った由美子と美浜学園の少女たち。雄二を失い、学園をも追われた5人だったが、新たな活動拠点を確保し、雄二奪還作戦を画策する。そんな少女たちのもとに、謎の協力者から支援の手が差し伸べられる。一方、テロ事件発生直後より「市ヶ谷」に拘束されていた雄二は、その地下深くである存在と邂逅していた。「彼女」の口から語られたのは、姉・一姫の死の真相、そして今この国が直面している危機についてだった。

一姫編「お医者さんごっこしましょうか？」

突如、天音たちに寄り添う姿なき支援者「タナトス」──。「彼女」の目的もまた、風見雄二の解放と奪還だった。利害が一致した美浜の少女たちとタナトスは、作戦を実行するため準備を整えていく。携帯電話越しに繰り広げられる、一見意味不明なタナトスの指示に戸惑う彼女たちだったが、それらは目的を結実させるため、予想以上の成果を少女たちへもたらしてくれるのだった。そして雄二の身柄が赤坂へと移送される当日。可能な限りの準備を整えた彼女たちは、かけがえない存在を取り戻すための戦いへと赴くのだった。

核兵器を盾に国家を脅迫する国際的テロリスト・ヒースオスロ。彼との取引のため、国家の人身御供にされんとする雄二の危機を救うには、その身柄が市ヶ谷から赤坂へと移送されるタイミングで奪還するしかないという。そしてタナトスの情報のもと、移送ルートを割り出した美浜の少女たちは、護送車の襲撃を企てるのだった。一方、オスロがタナトスシステムの掌握を目論んでいることを察知した「彼女」は、情報屋ジミーとJBの協力のもと、タナトスのコアをシステム本体から物理的に切り離そうと試みる。そしてシステムがその機能を停止した時、少女たちは奇跡の光景を目の当たりにする。

雄二を奪還し、激しい逃亡劇を繰り広げた美浜の少女たち。そのゴールで待っていたのは、タナトスのコアとして生きながらえていた風見一姫だった。思いがけない邂逅に驚きを隠しきれない雄二と天音だったが、事態は再会の感慨に浸る暇さえも許してはくれないのだった。自分の運命を狂わせ、世界に死と災いを振りまく忌むべき男──ヒース・オスロ。彼との因縁を断ち切るため、風見雄二は最後の戦場へと向かう。そしてかつて雄二に救われた少女たちは、彼にとっての帰るべき場所を守るため、ともに戦う意思を固めるのだった。

太平洋に浮かぶ巨大な人工物・タルタロス。それは世界の敵、そして風見雄二の宿敵、ヒース・オスロの居城だった。彼は静かに待っていた、己の野望を成就するための最後の鍵・風見雄二が再び自らの眼前に現れるその瞬間を。そして、復讐の鬼と化した雄二がタルタロスに降り立った時、彼は歓喜の声をあげるのだった。一方、タルタロスへと赴く雄二を見送った美浜の少女とタナトスは、愛しくも罪深い彼が帰ってこられる場所を作るため、ある計画を開始していた。心の安らぐ場所──「楽園」を手に入れたい。ささやかだが切望された願いを叶えるため、皆が最後の戦いへと臨む。

「天音と一姫の、日記に書けないマッサージ」